영농조합법인인 청구법인이 주유소 운영을 통하여 얻은 소득이 조세특례제한법 제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는 ‘농업 소득외의 소득’에 해당하는지 여부
영농조합법인인 청구법인이 주유소 운영을 통하여 얻은 소득이 조세특례제한법 제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는 ‘농업 소득외의 소득’에 해당하는지 여부
1. ○○세무서장이 청구법인에게 한,
2. 나머지 심판청구는 기각한다. 이 유
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 2007.2.28. 개정되기 전의 조세특례제한법 시행령 제63조 제1항 은 영농조합법인의 ‘농업소득외의 소득’에 대하여 법인세가 감면되는 금액 한도만을 규정하고 있을 뿐, 그 소득이 발생한 업종을 구분하지는 않고 있으므로, 쟁점소득 중 2003~2006사업연도에 발생한 소득의 경우, 위 조항의 문리해석상 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당한다.
(2) 2007.2.28. 조세특례제한법 시행령 개정 이후에도, 조세특례제한법 시행령 제63조 제1항 은 면제 대상 소득을 "농업소득 외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액은 농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득"이라고 규정하고 있고, 농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조 제5호는 영농조합 법인의 사업으로 "기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업"을 규정하고 있는 바, 청구법인의 주유소 소매업은 농민에게 꼭 필요한 유류를 직접 공급하기 위한 것이어서 이에 포함되는 것이므로, 쟁점소득 중 2007~2008사업연도에 발생한 소득 역시 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당한다.
(3) 설혹, 쟁점소득이 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당하지 않는다고 하더라도, 쟁점소득 중 농민에게 공급한 면세유류 사업에서 발생한 것은, 실질상 영농조합법인의 목적 달성을 위한 사업에 포함되는 것임은 물론 청구법인 정관에도 그 내용이 포함되어 있으므로, 이 부분에 한해서는 감면 대상 소득으로 보는 것이 타당하다.
(1) 관련법령이 영농조합법인의 설립목적을 "협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 통하여 조합원(농업인)의 소득증대를 도모"함으로 하면서, 영농조합법인의 사업을 "농업의 경영 및 부대사업, 농업에 관련된 공동이용시설의 설치·운영, 농산물의 공동출하·가공 및 수출, 농작업의 대행, 기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업"으로 규정하고 있는 점, 이에 따르면 위 설립목적에 부합하는 농업과 관련된 사업만이 영농조합법인의 사업 범위에 포함되는 것으로 보아야 하는 점, 2007.2.28. 조세특례제한법 시행령 개정으로 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’은 "농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조에 따른 영농조합법 인의 사업에서 발생한 소득"으로 제한되었고, 동 개정은 기존에도 영농조합법인의설립목적과 부합되는 사업에서 발생한 소득에 한하여 법인세를 감면하였던 것을 확인적으로 규정한 것으로 보아야 하는 점, 농업회사법인의 경우에도 농업회사법인의 설립목적과 상이한 농지분양ㆍ매출 및 농지 분양대행사업, 찜질방 사업 등에서 발생한 소득에 대하여는 법인세 감면을 인정하지 않았던 점(재법인-218, 2006.3.17.) 등을 종합하면, 어떠한 소득이 당초부터 영농조합법인의 설립목적에 부합하지 않는 사업에서 발생한 소득이라면, 2007.2.28. 조세특례제한법 시행령 개정 이전 사업연도에 발생한 소득이라도 이에 대한 법인세는 감면하지 않는 것이 타당하다.
(2) 쟁점소득 중 2007~2008사업연도분의 경우 개정 시행령에 의하여, 주유소 소매업에서 발생한 소득은 법인세 감면 대상으로 볼 수 없음이 명백하다.
(3) 청구법인이 운영한 주유소 소매업 자체가 영농조합법인의 설립목적에 부합하는 사업이 아니므로, 여기에서 발생하는 소득 중 농 민에게만 공급되는 면세유 판매에 다른 소득에 대하여서는 감면을 인정하여야 한다는 청구법인 주장은 법령의 자의적인 해석에 불과하다.
(1) 심판청구서 청구법인의 정관, 농림수산식품부장관의 회신, 각 사업연도별 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 및 국세통합전산망 (TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 확인된다. (가)농업ㆍ농촌기본법 에 의한 영농조합법인인 청구법인은 2003~2008사업연도에 주유소 소매업을 영위하여 얻은 쟁점소득을 조세특례제한법 제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’으로 보아 각 사업연도 법인세 신고하였는데, 처분청은 일부 면제를 부인하고 이 건 과세처분을 하였다. (나) 청구법인의 정관 제5조 제13항에는 청구법인의 ‘사업’으로 "석유의 도ㆍ소매 중개업 및 주유소"가 규정되어 있다. (다) 이 건과 관련한 대구지방국세청장의 질의에 대하여, 농림 수산식품부장관은 2008.9.11. "주유소 도ㆍ소매업은 농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법 시행령 제22조 에서 규정하는 영농조합법인의 사업의 범위에 명시되어 있지 않고 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ가공ㆍ수출 등을 통하여 조합원(농업 인)의 소득증대를 도모한다는 영농조합법인의 설립목적에 부합하는 사업으로 볼 수도 없으므로 농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법 및 같은 법 시행령상의 영농조합법인의 사업의 범위에 포함되지 않는 것임"이라고 회신(농림수산식품부 경영인력과-2255, 2008.9.11.) 한 바 있다. (2) 조세특례제한법 제66조 및 조세특례제한법 시행령 제63조 는 당초 영농조합법인의 소득 중 ‘농업소득(지방세법 제197조 에 의한 소득으로 작물재배업소득이다)’의 경우 법인세를 전액 면제하고, ‘농업소득 외의 소득’은 인적 한도 내에서 법인세를 면제하되 일몰기한을 2003.12.31.(이후 일몰기한은 2003.12.30. 법률 제7003호에 의 하여 2006.12.31.로, 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 2009.12.31.로 연장되었다)로 정하고 있다가 2006.12.30. 조세특례제한법의, 2007.2.28. 조세특례제한법 시행령의 각 개정(이하 "2007년 시행령 개정"이라 한다)을 통하여 일몰기한을 "2009.12.31."로 연장하고, 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’을 " 농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득"으로 한정하면서 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 이를 적용하도록 하였는데 2007년 개정세법해설(기획재정부 및 국세청)은 그 개정취지에 관하여 "한ㆍ미 FTA 추진 등과 관련하여 농ㆍ어업 경쟁력 강화를 위해 농ㆍ어업 분야에 대해 지원을 당분간 유지할 필요가 있고, 감면대상 소득은 영농조합법인의 설립근거 법률에서 허용하는 사업에서 발생한 소득에 한정됨을 명확히 규정"한 것이라고 밝히고 있다.
(3) 이에 대하여 처분청은, 2007년 시행령 개정 전후를 불문하고 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’은 그 취지상 농업ㆍ농촌 기본법 시행령 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로 제한되는 것으로 봄이 타당하고, 특히 관련 법령에 따른 영농 조합법인의 설립목적과 사업범위 등을 고려할 때, 협업적 농업경영을 통한 농업인의 소득증대 도모를 위한 사업만이 영농조합법인의 사업 범위에 포함된다 할 것인데 청구법인이 영위한 주유소업은 위 사업 범위 내에 포함되는 것으로 볼 수 없으므로 이로부터 발생한 쟁점소득은 모두 법인세의 일부 면제 대상인 ‘농업소득 외의 소득’으로 보기 어렵다(국세청 법규과-4880, 2008.11.20., 참조)는 의견이다.
(4) 반면, 청구법인은 주유소업을 통하여 획득한 쟁점소득 전부가 2007년 시행령 개정 전후를 불문하고 법인세가 일부 면제되는 ‘농업 소득 외의 소득’에 해당한다고 주장하고 있는 바, 그 주장 상세는 다음과 같다. (가) 우선, 2007년 시행령 개정 이전 사업연도분의 경우, 2007년 시행령 개정 이전에는 관련 법령이 소득의 구분 없이 단순하게 ‘농업 소득 외의 소득’ 중 조합원 1인당 1,200만원의 소득에 대하여 법인세를 면제하는 것으로 규정하고 있었으므로 이제와 소득의 발생원천에 따라 면제 대상 여부를 구분하는 것은 부당하다. (나) 2007년 시행령 개정 이후 사업연도분의 경우도, 개정 조세특례제한법 시행령 제63조 는 법인세가 일부 면제되는 영농조합법인의 ‘농업소득 외의 소득’을 "농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득"이라고 규정하고 있고, 이어 농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조 제5호는 영농조합법인의 사 업으로 "기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업"을 규정하고 있는데 청구법인이 영위한 주유소업은 명백하게 청구법인의 정관이 정하고 있는 사업이므로 동 주유소업으로부터 발생한 쟁점소득 역시 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이고, 특히 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 확장해석이나 유추해석은 허용하지 않고 법문대로 해석하여야 한다는 조세법률주의 원칙과 처분청 의견에 따를 경우 농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조 제5호가 인정하는 법인세 일부 면제 대상 사업의 종류 자체가 불분명하게 되어 명확성의 원칙에 반하는 결과가 되는 점을 고려하여도 위와 같이 해석함 이 타당하다 할 것이다. (다) 설혹, 주유소업이 영농조합법인의 목적 달성에 부합하는 사업에 해당하지 않아 이로부터 발생한 쟁점소득 전체를 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’으로 볼 수는 없다고 하더라도, 쟁점소득 중 농민에게 공급한 면세유류 사업에서 발생한 소득은 그 실질상 영농조합법인의 목적 달성을 위한 사업에 포함되는 것이 명백하다 할 것이므로 이 부분에 한해서라도 법인세 일부 면제 대상 소득으로 봄이 타당하다 할 것이다.
(5) 살피건대 우선 2007년 시행령 개정 이전 사업연도분(2003~2006사업연도분)의 경우 처분청은 동 개정 이전에도 관련 법령의 취지상 영농조합법인의 목적에 부합하지 않는 사업인 주유소업으로부터 발생한 쟁점소득은 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’으로 보기 어렵다는 의견이나, 동 개정 이전에는 조세특례제한법 시행 령 제63조 등이 영농조합법인의 소득 중 작물재배업에 의하지 않은 ‘농업소득 외의 소득’에 대하여 일률적으로 조합원 1인당 1,200만원까지 법인세를 면제하여 준다고만 규정하고 있을 뿐이고 영농조합법인의 목적에 부합하는 사업에서 발생한 소득으로 면제 대상 소득을 제한하고 있지 않았던 점 영농조합법인은 농업ㆍ농촌기본법을 근 거로 협업적 농업경영을 통한 농업인의 소득증대의 목적으로만 설립 할 수 있는 것이고 관련 법령에 의하면 설립 및 설립 이후에도 엄격하게 관리가 이루어지도록 되어 있으며, 특히 영농조합법인의 사업이 설립목적에 부합하지 않을 때에는 시도지사가 직권으로 해산할 수도 있도록 규정된 사실에 비추어 보면, 원칙적으로 영농조합법인이 영위 하는 사업이 그 설립목적에서 완전히 어긋난 것으로 단정하기 어려운 측면이 있는 점, 그에 따라 청구법인도 자신의 정관에 사업의 종류로 주유소업을 명시한 상태에서 오랜 기간 정상적으로 주유소업을 영위 하여 왔던 점, 영농조합법인의 소득에 대한 감면규정의 기본취지가 쌀시장 개방 등으로 어려움을 겪고 있던 농촌경제의 현실을 개선하고 한-칠레 FTA 및 DDA 협상 등에 대비하여 농업경쟁력 강화를 위하여 농업경제의 지원을 위한 것임에 비추어 볼 때, 2007년 시행령 개정 이전 법령은 영농조합법인에게 다소 폭넓은 혜택을 부여하는 방향으로 해석함이 합리적인 점, 2007년 시행령 개정 이전의 경우 영농조합법인의 토지양도소득도 법인세 감면대상 소득으로 본 사례(국심 2003.1781, 2004.5.27. 참조)가 있고, 처분청의 근거로 든 집행례 (재법인-218, 2006.3.17.)는 조세특례제한법 제68조 소정의 ‘농업회사법 인에 대한 법인세의 변제 등’에 관한 것으로 농업회사법인은 영농조합법인인 청구법인의 경우와는 설립목적, 사업범위(포괄규정 없음), 관련법령의 내용 법인세의 면제범위 등에 차이가 있어 이 건에 적용 되는 것으로 보기 어려운 점 등을 종합하면 쟁점소득 중 2007년 시행령 개정 이전 사업연도(2003~2006사업연도)에 발생한 소득의 경우에는 조세특례제한법 제66조 에 따라 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’으로 보아야 할 것이어서 처분청이 이를 부인하고 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(6) 그러나 2007년 시행령 개정 이후 사업연도분(2007~2008사업연도분)의 경우 청구법인은 주유소업이 청구법인의 정관에 명시되어 있으므로 개정 조항에 의하더라도 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’에 쟁점소득이 포함되는 것이라고 주장하나 개정 취지 등을 고려할 때, 2007년 시행령 개정 이후에는 단순히 영농조합법인의 정관에 규정된 사업이 아니라 ‘영농조합법인의 목적달성을 위한 사업’에서 발생한 소득만이 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’으로 보아야 할 것이고 부가적으로 그 사업은 ‘작물재배업’과 최소한의 유사성이 있는 사업에 한정되는 것으로 봄이 타당하다 할 것인 바, 청구법인이 영위한 주유소업이 이에 해당하는 것인지 여부가 불분명하므로(여기서 ‘영농조합법인의 목적달성을 위한 사업’인지 여부는 그 사업이 ‘협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ가공ㆍ수출 등을 공동으로 하기 위한’ 것인지 여부에 달려 있다 할 것인데, 농림수산식품부는 이를 부정하고 있다), 이로부터 발생한 소득은 조세특례제한법 제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’으로 보기는 어려워, 청구법인의 위 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이고 아울러 청구법인은 2007년 시행령 개정 이후의 쟁점소득 중 최소한 면세유 판매에 따른 소득만은 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’에 해당한다고 주장하나, 관련 법령상 위 주장과 같이 구분하여 법인세를 일부 면제할 수 있는지 여부가 불분명한 점, 주유소업에서 발생하는 수익과 비용 중 면세유 판매와 관련된 수익과 비용만을 명확하게 구분하기 어려운 점, 청구법인의 주장을 받아들일 경우 일반 주유소와 비교할 때 청구법인에게만 추가적인 혜택을 부여하는 결과가 되는 점 등을 종합하면, 청구법인의 위 주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.