비사업용 토지로 볼 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2009.6.4. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 1,668,251,040원의 부과처분은 청구법인이 2007.3.2. 및 2007.10.22. 주식회사 ○○○에게 양도한 ○○○ 전 170,909.24㎡와 같은 곳 153 외 2필지 답 3,851㎡를 비사업용 토지로 보지 않는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 ○○○에서 ‘자동차부품 및 선박부품 제조업’을 영위하는 법인으로, 1997.10.16. ○○○으로부터 ○○○국가산업단지 내에 선박부분품 제작공장의 부지를 조성하기 위한 산업단지개발사업시행자 지정을 받고, 2004.6.18. 실시계획 승인을 받은 후, 2005.8.23. ○○○으로부터 분양받은 ○○○필지 전 170,909.24㎡와 1999.6.17. ○○○로부터 취득하였던(소유권 이전등기 접수일은 2007.9.5.임) 같은 리 153외 2필지 답 3,851㎡(이상의 174,760.24㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)에서 공장부지 조성사업을 수행하다가 2006.9.27. 개발사업자의 지위를 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)에게 양도하는 한편, 2007.3.2. 및 2007.10.22. 2차례에 걸쳐 쟁점토지를 ○○○에게 양도하였으나, 토지 등의 양도소득에 대한 법인세 신고를 하지 아니하였다. 처분청은, ○○○지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)이 2009.3.23.부터 2009.4.17.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 뒤, 쟁점토지는 청구법인이 법령 등에 의하여 불가피하게 ○○○에게 양도한 것이 아니고, 농지법 제6조 제2항 제10호 바목이 규정한 대통령령이 정하는 토지 등의 개발사업과 관련하여 사업시행자가 취득한 농지에도 해당되지 아니하며, 선박부분품 제작공장의 부지를 조성하기 위한 개발사업목적에 사용된 토지로 볼 수 없어, 쟁점토지의 양도는 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 의 규정에 의한 비사업용 토지의 양도에 해당하므로 양도차익의 30%에 해당하는 금액을 토지 등의 양도소득에 대한 법인세로 추가 납부하여야 하나 청구법인이 당초 법인세 신고시 이에 대한 신고를 누락하였다는 취지의 과세자료를 통보함에 따라, 2009.6.4. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 1,668,251,040원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 국토해양부가 1974.4.1. 및 1996.9.5. 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 “산개법”이라 한다)에 따라 지정한 ○○○국가산업단지 내에서 선박부분품 제작공장 부지를 조성할 목적으로 1997.10.16. ○○○으로부터 산업단지 개발사업자 지정을 받고, 2004.6.18. 공장용지 조성을 위한 실시계획승인을 받았으며, 2005.8.23. ○○○으로부터 분양받은(쟁점토지 중 일부는 ○○○로부터 취득함) 쟁점토지에서 개발사업을 진행하다가, 조선사업을 주업으로 하는 관계회사와의 사업중복을 조정하기 위하여 2006.5.22. 및 2006.9.27. ○○○광역시장의 승인을 받아 개발사업자의 지위를 관계회사인 ○○○)에게 양도하고, 2007.3.2. 및 2007.10.22. 2차례에 걸쳐 쟁점토지를 ○○○에게 양도하였는 바, 쟁점토지는 쟁점토지 일대가 산업단지 조성지구로 지정되어 ○○○광역시가 전소유자에게 이주보상금을 지급하고 수용한 1997.10.16. 이후 사실상 경작하지 아니하여 농지로서의 기능이 상실된 시유지였고, 산개법 제21조에서 제17조의 규정에 의한 실시계획의 승인을 얻은 경우에는 관계법률에 의한 인․허가 등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다고 규정하고 있어 ○○○광역시장의 실시계획승인이 있은 날인 2004.6.18. 농지법 제6조 제2항 제6호 의 농지전용허가를 받은 것으로 보아야 하고, 당해 전용목적으로 계속 사용하다가 사업을 지속할 수 없는 사정이 있어 산개법 제16조의 규정에 의하여 ○○○광역시장의 승인을 받아 쟁점토지를 변경승인받은 사업시행자인 ○○○에게 양도한 것이므로 쟁점토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호의 규정에 따라 사업용 토지로 보아야 함에도 처분청은 쟁점토지가 농지법 제6조 제2항 제10호 바목의 규정에 따라 취득한 농지에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 청구법인이 부득이한 사유없이 사업을 임의로 포기한 것으로 보아 비사업용 토지로 본 것이므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 규정하고 있는 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 에서의 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하는 바, 쟁점토지 중 지목이 전ㆍ답으로 되어 있는 토지는 경작이 불가능한 토지가 아니라 청구법인이 산업단지조성을 위하여 경작을 하지 아니한 토지이고, 법인세법 시행령제92조의5 제3항 제2호의 규정에 의하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례(비사업용 토지로서 양도차익의 30% 추가납부) 대상에서 제외되는 농지는 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지를 말하는 것이며, 청구법인의 주장대로 쟁점토지가 산개법제21조의 규정에 의하여 산업단지 개발계획에 대한 승인 및 고시를 받는 경우에는 농지법 제36조 의 농지전용허가 및 협의를 받은 것으로 의제된다 하더라도 청구법인이 쟁점토지를 산업단지를 조성할 목적으로 보유하다가 청구법인의 사정상 사업을 중도에 포기하고 당해 전용목적으로 사용되기 전에 관계회사인 ○○○에게 양도하였는 바, 쟁점토지의 양도는 농지의 양도로서 비사업용 토지에 해당된다. 더구나, ○○○광역시장이 법령에 의하여 강제로 사업시행자를 청구법인에서 ○○○으로 변경한 것이 아니라 청구법인 및 ○○○ 사이의 사업부문 조정 등을 이유로 ○○○광역시장에게 사업시행자 변경신청을 하여 승인받은 것이므로 쟁점토지가 사업용으로 사용되었다고 볼 수 없는 바, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당되는 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 국가산업단지 내의 사업시행자가 중도에 사업을 양도하고 지목이 농지인 사업대상토지를 이후 사업시행자에게 양도한 경우, 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 의 규정에 의한 비사업용 토지로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○법인세법(2007.7.19. 법률 제8519호로 개정되기 전의 것) 제55조의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례 】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다.

○ 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제92조의5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의2 제2항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

③ 법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에서 " 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지" 라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 농지법 제6조 제2항 제2호 ㆍ제5호ㆍ제9호 가목 또는 라목에 해당하는 농지

2. 농지법 제6조 제2항 제6호 의 규정에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 동법 제6조 제2항 제7호의 규정에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

3. 농지법 제6조 제2항 제9호 마목 내지 사목의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

○농지법(2007.5.17. 법률 제8466호로 개정되기 전의 것) 제6조 【농지 소유 제한】

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 이를 소유하지 못한다.

② 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.

6. 제34조 제1항의 규정에 의한 농지전용허가〔다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제(의제)되는 인가․허가․승인 등을 포함한다〕를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우(2007.4.11. 법률 제8352호에서 제7호로 변경)

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따라 한국농촌공사가 농지를 취득하여 소유하는 경우
• 나. 농어촌정비법 제16조 ․제40조․제58조․제86조에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우
• 다. 공유수면매립법에 따라 매립농지를 취득하여 소유하는 경우
• 라. 토지수용으로 농지를 취득하여 소유하는 경우
• 마. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우
• 바. 그 밖에 대통령령으로 정하는 토지 등의 개발사업과 관련하여 사업시행자 등이 농지를 취득하여 소유하는 경우

○ 농지법 제34조 (농지의 전용허가․협의)

① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 농지의 소재지를 관할하는 농지관리위원회의 확인을 거쳐 농림부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령이 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우

○ 산업입지 및 개발에 관한 법률(2007.8.3. 법률 제8635호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

5. “산업단지”라 함은 공장․지식산업관련시설․문화산업관련시설․정보통신산업관련시설․자원비축시설 등과 이와 관련된 교육․연구․업무․정보처리․유통시설 및 이들 시설의 기능제고를 위하여 시설의 종사자와 이용자를 위한 주거․문화․의료․관광․체육․복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정․개발되는 일단의 토지로서 다음 각목의 것을 말한다.

• 가. 국가산업단지: 국가기관산업․첨단과학기술산업 등을 육성하거나 개발촉진이 필요한 낙후지역이나 2 이상의 특별시․광역시 또는 도(이하 “시․도”라 한다)에 걸치는 지역을 산업단지로 개발하기 위하여 제6조의 규정에 의하여 지정된 산업단지

6. “산업단지개발사업”이라 함은 산업단지를 조성하기 위하여 시행하는 다음 각목의 사업을 말한다.

• 가. 공장․지식산업관련시설․문화산업관련시설․정보통신산업관련시설․재활용산업관련시설․자원비축시설 등의 용지조성사업 및 건축사업(건축사업의 경우에는 제16조 제1항 제1호 및 제2호의 사업시행자와 제4호의 사업시행자 중 대통령령이 정하는 법인에 한한다)
• 바. 도로․철도․항만․궤도․운하․유수지 및 저수지건설사업

○제21조(다른 법령에 의한 인․허가의 의제등)

① 산업단지지정권자 또는 해양수산부장관(이하 “실시계획승인권자”라 한다)이 제17조 내지 제19조의 규정에 의한 실시계획의 승인을 함에 있어서 다음 각호의 허가․결정․인가․면허․협의․동의․승인․해제 또는 처분등(이하 “인․허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인․허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2의 규정에 의하여 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각호의 관계법률에 의한 인․허가등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다.

9. 농지법 제34조 의 규정에 의한 농지의 전용허가 또는 협의

② 실시계획승인권자가 제17조 내지 제19조에 따라 제1항 각호의 사항이 포함되어 있는 실시계획을 승인하고자 할 때에는 미리 관계행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻어야 한다. 이 경우 관계행정기관의 장은 실시계획승인권자의 협의요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다.

○제27조 (국․공유지의 처분제한등)

① 산업단지안에 있는 국가 또는 지방자치단체 소유의 토지로서 제2조 제6호 각목의 사업에 필요한 토지는 당해 산업단지개발사업목적외의 목적으로 매각하거나 양도할 수 없다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관서가 2009.3.23.부터 2009.4.17.까지 청구법인에 대하여 법인세 조사를 실시하고 작성한 보고서(2009년 4월)에 의하면, 청구법인은 ○○○ 소재 국가산업단지내 공장부지 개발사업 시행자로 지정을 받아 사업을 진행하던 중 개발사업이 완공되기 전에 관계회사인 ○○○ 사이의 사업부분 조정 및 금융차입 한도 등의 사유로 2006.9.28. ○○○에 당해 공사의 권리를 양도하면서 아래 〈표〉와 같이 2007.3.2. 및 2007.10.22. 2차례에 걸쳐 쟁점토지(○○○ 19외 212필지 전 170,909㎡와 같은 리 153외 2필지 답 3,851㎡)를 137억6,530만원에 양도하였는 바, 쟁점토지는 농지법 제6조 제2항 제10호 바목의 규정에 따라 취득한 농지에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 청구법인이 법령 등의 제한에 의하여 불가피하게 사업을 포기함에 따라 양도한 것이 아니므로 법인세법 시행령제92조의5 제3항 제3호의 규정에 의한 당해 사업목적에 사용된 토지로 볼 수 없는 바, 쟁점토지는 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 의 규정에 의한 비사업용 토지로서 청구법인은 아래 〈표〉와 같이 쟁점토지의 양도차익 41억5,109만원의 30%를 법인세로 납부하여야 함에도 청구법인이 이를 신고하지 아니하였다는 취지의 조사내용이 기재되어 있다. 〈표〉쟁점토지의 양도차익 및 세액 계산 내역 (단위: 천원, %) 양도일 양도가액 취득가액 양도차익 세율 산출세액 2007.3.2. 13,013,000 9,028,549 3,984,450 30 1,195,335 2007.10.22. 752,302 585,657 166,645 30 49,993 합 계 13,765,302 9,614,206 4,151,095 30 1,245,328

(2) 청구법인은 국가산업단지내 선박부분품 제작공장의 부지를 조성하기 위한 사업시행자로 지정됨에 따라 당해 사업목적을 위하여 쟁점토지를 취득하여 사업을 진행하던 중 청구법인의 사정으로 사업시행을 지속할 수 없어 ○○○에게 양도한 것이고, 쟁점토지는 당해 사업목적으로 사용되다가 양도되었으므로 사업용 토지에 해당된다고 주장하면서 그 증빙으로 산업단지개발사업시행자 지정 및 산업단지개발사업 실시계획 승인 공문, 청구법인과 ○○○광역시장 사이에 체결된 시유지매매․변경매매계약서, 청구법인과 ○○○주식회사 사이에 체결된 민간건설공사 표준도급계약서, 산업단지개발사업 시행자 변경지정 및 실시계획변경승인 공문, 청구법인과 ○○○ 사이에 체결된 부지조성사업 양․수도 계약서를 제출하였는 바, 그 내용은 다음과 같다. (가) ○○○광역시장의 고시○○○에 의하면, ○○○광역시장은 청구법인을 산개법 제16조 제2항의 의하여 청구법인을 ○○○ 일원 247,318㎡에 선박부분품 제작공장 부지조성사업을 수행하기 위한 산업단지 개발사업자로 지정․고시하였음이 확인되고, 청구법인은 동 산업단지 개발사업에 대한 실시계획을 작성하여 2004.6.18. ○○○광역시장의 승인○○○을 받았으며, ○○○광역시장은 2004.6.24. 산개법 제17조의 규정에 의하여 동 실시계획을 고시○○○하였는 바, ○○○광역시장이 고시한 실시계획서상 사업시행기간은 ‘2004년 4월부터 2007.12.30.까지’로 기재되어 있고, 사업면적은 ‘쟁점토지 소재지 일원 649,223㎡’로 기재되어 있으며, 수용 또는 사용할 토지의 목록에 쟁점토지가 포함된 사실이 확인된다. (나) 청구법인과 ○○○광역시장이 2005.8.23. 작성한 시유지 매매계약서(이하 “당초 계약서”라 한다)에 의하면, ○○○광역시장은 2005.8.23. 쟁점토지 중 ○○○ 외 213필지 전 171,171㎡를 매매대금 80억6,448만원을 2005.8.23.부터 2008.2.9.까지 10회에 걸쳐 분할납부하는 조건으로 청구법인에게 매각하기로 하는 내용의 매매계약을 체결한 것으로 나타나고, 청구법인과 ○○○광역시장이 2006.9.21. 작성한 시유지매매 변경계약서에 의하면, ○○○광역시장은 2006.9.21. 당초 계약서상에 약정된 시유지의 필지 및 면적을 214필지 및 171,171㎡에서 213필지 및 170,909.24㎡로 변경하여 그 매매대금 80억5,086만원을 2005.8.23.부터 2006.9.21.까지 6회에 걸쳐 분할납부하는 조건으로 당초 계약내용을 변경한 것으로 나타나며, 청구법인은 위 시유지에 대한 잔금을 2006.9.21. 납부한 것으로 나타난다. (다) 한편, 청구법인은 쟁점토지 중 같은 리 153외 2필지 답 3,851㎡의 취득과 관련하여 1999.6.17. ○○○와 토지 매매계약을 체결하고, 매매대금 1억원을 일시에 지급하였는데, ○○○가 소유권 이전등기에 필요한 매도용 인감증명서 발급 약속을 미루는 바람에 ○○○를 상대로 한 소유권 이전등기 청구소송을 제기하여 ○○○지방법원의 화해 권고결정에 따라 2007.9.5.에야 소유권 이전등기를 접수하였음이 ○○○지방법원의 화해권고결정서○○○ 등에 의하여 확인된다. (라) 청구법인이 제출한 민간건설공사 표준도급계약서에 의하면, 청구법인은 2005.9.12. ○○○ 소재 ○○○주식회사와 쟁점토지에 대한 접안시설 및 공유수면 매립공사를 공사대금 78억6,781만원(공급가액 기준)에 도급준 내역이 나타나는데, 동 공사계약서상 공사기간은 2005.10.1. 착공, 2006.5.31. 준공으로 기재되어 있다. (마) 청구법인이 제출한 산업단지개발사업 시행자 변경지정 및 실시계획 변경승인 공문○○○에 의하면, 청구법인은 ○○○국가산업단지내 산업단지개발사업 시행자를 2006.5.22. ‘청구법인’에서 ‘청구법인 및 ○○○’으로, 2006.9.27 ‘청구법인 및 ○○○’에서 ‘○○○’으로 변경신청하였고, 이에 대하여 ○○○광역시장은 산개법 제16조 및 제17조의 규정에 따라 승인하였음이 확인된다. (바) 청구법인과 ○○○이 2006.9.28. 작성한 부지조성사업 양․수도 계약서에 의하면, 청구법인은 2006.9.28. ○○○에게 청구법인이 집행한 ○○○국가사업단지사업에 관한 일체의 권리와 의무를 양도하기로 하는 계약을 체결하면서, 부지매립공사비와 인․허가 제반비용에 소유된 비용을 79억9,269만원으로 산정하여 동 금액을 2006.10.27.까지 지불하기로 약정하였고, 청구법인과 ○○○이 2007.2.26. 작성한 부동산매매계약서에 의하면, 청구법인은 2007.2.26. 쟁점토지 중 ○○○ 외 212필지 전 170,909㎡를 매매대금 130억1,300만원에 ○○○에게 양도하기로 하는 내용의 계약을 체결한 것으로 나타나고, 쟁점토지의 등기부등본 및 처분청의 조사자료에 의하면, 쟁점토지는 2007.3.2. 및 2007.10.22. ○○○에게 양도된 것으로 나타난다. (3) 농지법 제6조 제2항 제6호 및 제34조 제1항 제1호는 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 인가․허가․승인 등을 받은 자가 당해 농지를 소유하는 경우에는 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다고 규정하고 있고, 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서 및 법인세 시행령 제92조의5 제3항 제2호는 농지법 제6조 제2항 제6호 의 규정에 따른 농지전용허가를 받은 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지를 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. 또한, 산개법 제21조 제1항 제9호는 실시계획승인권자가 제17조 내지 제19조의 규정에 의한 실시계획의 승인을 함에 있어서 농지법 제34조 의 규정에 의한 농지의 전용허가 또는 협의에 관하여 미리 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인․허가 등을 받은 것으로 본다고 규정하고 있고, 제27조 제1항은 산업단지안에 있는 지방자치단체 소유의 토지로서 제2조 제6호 각목의 사업에 필요한 토지는 산업단지개발사업목적외의 목적으로 매각할 수 없다고 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령의 내용을 종합하여 살피건대, 처분청은 현재 농지법 제6조 제2항 제10호 바목의 규정에 따라 토지등의 개발사업과 관련하여 사업시행자 등이 농지를 취득하여 소유하는 경우로서 대통령령으로 규정한 토지가 없으므로 쟁점토지가 농지법 제6조 제2항 의 규정에 의하여 취득한 농지에 해당되지 아니하므로 법인세법 시행령제92조의5 제3항 제3호의 규정에 의한 당해 목적에 사용된 토지로 볼 수 없다는 의견이나, 아래와 같은 이유로 쟁점토지는 청구법인이 취득할 당시부터 양도할 당시까지 사업용으로 사용한 것으로 인정할 수 있다고 판단된다. (가) 청구법인은 주업이 선박부분품 및 자동차부분품 제조업인 법인으로서 지목이 전․답인 쟁점토지를 취득할 수 없으나 농지법 제6조 제2항 제6호 에서 제34조 제1항의 규정에 의한 농지전용허가(다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 인․허가 등)를 받은 자가 당해 농지를 소유하는 경우에는 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다는 규정에 근거하여 쟁점토지를 취득하였다. (나) 농지법 제6조 제2항 각호에서 자기의 농업경영에 사용하지 아니하는 자가 농지를 소유할 수 있는 경우를 열거하고 있는데, 쟁점토지는 동 항 각호 중 10호에 해당하는 농지가 아니라 제6호에 해당하는 농지로 볼 수 있는 측면이 있다. (다) 농지법 제6조 제2항 제6호 의 규정에 따라 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지는 당해 전용목적으로 사용되는 한 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호의 규정에 의하여 사업용 토지로 보게 되는데, 쟁점토지는 산개법에 의한 실시계획승인을 받은 날 같은 법 제21조 제1항 제9호에 의하여 농지전용허가를 받은 것으로 볼 수 있고, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 전용목적에 사용할 목적으로 취득하였으며, 당해 전용목적외의 목적으로 사용하였다는 사실이 확인되지 아니하므로 취득당시부터 양도당시까지 전용목적으로 사용한 것으로 볼 여지가 있다. (라) 처분청은 청구법인이 사업도중 사업을 포기하고 사업시행자의 지위를 임의로 양도하였으므로 쟁점토지를 사업용 토지로 볼 수 없다는 의견이나, 어떤 토지가 사업용으로 사용되었는지 여부는 당해 토지의 용도에 따라 사용하였는지 여부를 기준으로 판단하여야 하고, 사업 도중에 사업시행자가 변경되었다 하여 곧바로 비사업용 토지에 해당된다고 단정하기는 어렵다 할 것인데, 이 건의 경우 청구법인은 지정권자인 ○○○광역시장의 승인을 받아 사업시행자의 지위를 관계사인 ○○○에게 양도하였고, 우리 원에서 확인한 결과, ○○○은 청구법인으로부터 승계받은 개발사업인 조선부분품 공장부지(4공구, 3공구) 조성사업을 2006.10.20. 및 2009.6.18. 준공한 사실이 ○○○광역시의 산업단지개발사업 준공인가○○○ 및 ○○○ 공문 등에 의하여 확인되고 있는 점을 고려할 때, 쟁점토지가 사업용으로 사용되지 않은 것으로 단정하기 어려운 측면도 있다.

(5) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도를 비사업용 토지의 양도로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.