중소기업에 대한 특별세액감면 적용시 당해 사업에서 발생한 소득은 감면업종을 영위하는 사업의 소득을 합산하여야 함
중소기업에 대한 특별세액감면 적용시 당해 사업에서 발생한 소득은 감면업종을 영위하는 사업의 소득을 합산하여야 함
심판청구를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2005-2007사업연도에 대한 중소기업 특별세액감면 산출시 종전의 해석에 따라 업종별 소득구분계산서를 작성하여 도매업부분 결손금을 제조업부분 소득에서 공제하지 아니하고 제조업에 대한 감면세액을 산출한 것으로, 처분청은 국세청 예규(법인-3033, 2008.10.23)를 근거로 하여, 제조업부분 소득에서 도매업부분 결손금을 공제한 금액을 감면소득으로 하여 법인세를 경정한 것은 새로운 해석을 해석이 있은 날 이전으로 적용하여 부과처분을 한 소급과세에 해당하는 것이므로 이를 취소하여야 한다.
(2) 처분청은 감면세액을 통산하여 계산함에 있어서, 도매업 해당 감면율 10% 대신 30%를 적용함으로써 감면세액 산출이 과소하게 되어 세부담이 과중하게 되었다.
(1) 국세청의 과세기준자문신청에 대한 회신(국세청 법규과-415, 2009.4.8)에 의하면 2003.7.22. 예규(서일 46011-10977)는 업종간 소득을 합산하지 않는다는 기존 예규(서이 46012-10133, 2003.1.21.)를 변경•치유한 것으로 이후 생성된 예규와 질의회신에서는 일관되게 업종간 소득을 합산하는 것으로 규정하고 있으며, 새로운 해석의 적용시기는 2003.7.22. 새로운 해석이후 신고 또는 경정하는 분부터 적용되는 것으로, 청구법인의 2005사업연도 법인세 신고기한은 2006.3.31.이었으므로 소급과세금지 및 신의•성실원칙 위반에 해당하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령제96조 제1항 제1호에 의하면 감면사업에서 발생한 결손금은 감면대상 소득에서 공제하여야 하므로 비록 구분경리를 하더라도 통산하여야 할 것이고, 감면세액 계산식에서 과세표준(분모)은 감면사업의 결손금이 차감된 금액이므로 감면소득(분자)계산시 각 감면사업의 결손금과 소득금액을 통산하지 않는다면 감면세액이 왜곡되게 산출되는 결과를 초래하게 되므로 청구주장은 이유가 없다.
① 조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)적용시 복수의 업종에 대한 감면소득 중 특정감면소득에 결손이 발생한 경우 감면소득간 통산하여 감면세액을 계산하여 과세한 처분은 새로운 해석을 적용하여 과세처분을 한 것으로 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
② 감면소득간 통산하여 감면세액을 계산하더라도 업종간 감면비율을 각각 적용하여 감면세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】
① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.
② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면 】
⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원 수가 다음 각 호의 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.
1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것
2. 광업 ․ 건설업 ․ 물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것
3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것 (3) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】
① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(괄호생략)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.
1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)
2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
4. 제58조의 3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(괄호생략)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다
③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인등이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법 등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행려 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】
① 법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금• 비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 “공제액 등”이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다.
1. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액
2. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분 계산한 금액
② 법 제59조 제1항 각호의 규정에 의한 감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 다음 각호에 의하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다.
1. 법 제59조 제1항 제1호의 규정에 의한 감면(일정 기간에 걸쳐 감면되는 것에 한한다)의 경우에는 합병법인 등이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 또는 분할 당시의 잔존감면 기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용
2. 법 제59조 제1항 제3호의 규정에 의한 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위 안에서 이월공제잔여 기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 이를 공제
③ 제2항 각호의 규정은 법 제44조 제1항 각호 또는 법 제46조 제1항 각호 및 법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 경우에 한하여 이를 적용하며, 법 제44조 제2항․ 법 제46조 제2항 및 법 제47조 제2항의 전단에 해당하는 경우에는 당해 사유가 발생한 사업연도부터 이를 적용하지 아니한다. (5) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】
① 세법의 해석 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득 수익 재산행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2005-2007사업연도에 대한 중소기업특별세액감면 세액산출시 종전의 해석(국세청 서이 46012-10133,2003.1.21.)에 따라 도매업부분 결손금을 제조업부분 소득에서 공제하지 아니하고 제조업부분 소득을 감면대상 소득으로하여 감면세액을 산출한 것으로, 처분청이 새로운 국세청 예규(법인-3033, 2008.10.23.)를 근거로 제조업부분 소득에서 도매업부분 결손금을 공제한 금액을 감면소득으로 하여 중소기업특별세액감면 세액을 경정하여 이 건 과세한 처분은 소급과세에 해당한다고 주장하고 있다. (나) 2003.1.31. 생성된 국세청 예규 서이 46012-10133의 회신내용을 보면, 조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)의 중소기업에 대한 특별세액감면 적용시 당해 사업에서 발생한 소득은 감면업종을 영위하는 사업의 소득을 합산하여야 하는 것으로 되어 있다. (다) 2009.4.8. 국세청장이 ◇◇지방국세청장의 과세자문신청에 대하여 회신한 내용(법규과-415, 2009.4.8.)을 보면, 세법해석에 있어 동일연도에 새로운 해석과 종전의 해석이 상이한 경우 새로운 해석은 종전의 해석을 변경 치유한 것으로, 법령해석심의위원회 심의결과(2007.2.26.)에 따라 새로운 해석(서일46011-10977, 2003.7.22.)의 적용시기는 새로운 해석이후 신고 또는 경정하는 분부터 적용되는 것이라고 되어 있다. (라) 살피건대, 국세기본법제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) 제3항 소정의 소급과세금지원칙은 과세관청에 의한 과세처분이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변경하여 행하여 졌다는 사정만으로는 적용 될 수 없고, 납세자가 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 하고 나아가 과세처분의 결과 납세자에게 조세부담 등의 경제적 불이익이 발생한 경우에 한하여 적용될 수 있다고 할 것이다(대법원 94누 3629, 1996.7.28. 같은 취지) 이 건의 경우 청구법인이 중소기업특별세액감면 세액을 계산함에 있어 소득이 발생한 제조업부분에 대하여만 감면세액을 계산하였다 하더라도, 국세청장이 2003.7.22. 중소기업에 대한 특별세액감면 적용시 당해 사업에서 발생한 소득은 감면업종을 영위하는 사업의 소득을 합산하여야 한다는 내용의 예규를 생산하여 중소기업특별세액감면 세액의 계산에 있어 ‘감면소득’은 당해 제조업 소득금액에서 도매업에서 발생한 결손금을 공제한 금액으로 하는 것임을 알 수 있으므로, 처분청이 새로운 해석(서일46011-10977, 2003.7.22.) 이후 이 건 과세사업연도인 2005-2007사업연도에 변경된 예규를 적용하여 제조업 소득금액에서 도매업에서 발생한 결손금을 공제한 금액으로 감면소득을 계산한 것에 대하여, 이를 소급과세라는 청구법인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 처분청이 감면세액을 통산하여 계산함에 있어서, 제조업부분 감면비율 100분의 30과 도매업부분 감면비율 100분의 10을 각각 적용하여 제조업부분에서 산출된 감면세액에서 도매어부분에서 산출된 감면세액을 차감하여 계산하여야 한다는 주장이다. (나) 이 건 과세처분과 관련하여 처분청이 계산한 감면세액의 계산내역을 보면, 각 사업연도 산출세액에 제조업부분 감면소득에서 도매업부분 결손금을 차감한 감면소득이 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 금액을 산출하고, 산출된 금액에 제조업부분의 감면비율 100분의 30을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면세액으로 한 것으로 나타나고, 그 내역은 다음 〈표1〉과 같다. 〈표1〉처분청이 계산한 중소기업특별세액감면 세액계산 내역 (단위:천원) 사업 연도 과세표준 산출 세액 감면소득 감면율 감면 세액 제 조 도 매 차 감 2005 371,184 80,796 452,068 △155,384 296,684 30% 19,374 2006 1,779,434 432,858 1,714,748 △256,511 1,458,237 30% 106,417 2007 1,428,939 345,234 1,562,291 △256,606 1,305,685 30% 94,637 (다) 청구법인의 각 사업연도 법인세과세표준신고서에 첨부된 중소기준검토표를 보면, 청구법인은 제조업을 주된 사업으로 영위하고, 종업원수가 100명 미만(2005년 33명, 2006년 37명, 2007년 42명)으로 조세특례제한법 시행령제6조(중소기업에 대한 특별세액감면)제5항의 규정에 따른 소기업에 해당하는 것으로 나타난다. (라) 조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)제1항의 규정에서, 제조업 등 감면업종을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세에 해당 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면하는 것으로 규정하고 있고,법인세법제59조(감면 및 세액공제액의 계산) 제2항에서, 감면되는 세액은 산출세액에 그 감면되는 소득이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액으로 하는 것으로 규정하고 있다. (마) 살피건대, 조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 제1항에서 규정하고 있는 제조업 등 감면업종을 영위하는 중소기업에 대한 특별세액감면은 제조업 등 감면업종에서 발생한 소득에 대하여 해당 감면율에 상당하는 세액을 감면하여 줌으로써 관련산업을 정책적으로 육성 발전시키려는데 그 취지가 있다 할 것이므로, 감면업종을 겸영하는 사업장의 경우 특정 감면업종을 선택하여 감면을 받을 수는 없고, 해당되는 감면업종별 소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 계산하는 것이 타당하다 할 것이므로, 청구법인과 같이 제조업부분에서는 소득이 발생하고 도매업부분에서는 결손이 발생한 경우, 각 사업연도 소득금액과 과세표준은 제조업부분의 (+)소득에서 도매업부분의 (-)소득을 차감하여 계산한 결과가 될 것이고, 이에 따른 감면세액은 법인세법제59조(감면 및 세액공제액의 계산) 제2항의 규정에 비추어 법인세 산출세액에 제조업부분의 소득에서 도매업부분 결손금을 공제한 감면소득이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액에 해당 제조업 감면비율을 곱하여 산출한 금액이 될 것이므로, 청구법인이 법인세 산출세액에 제조업부분 (+)소득이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액에 제조업감면비율 100분의 30을 곱하여 산출한 금액에서, 법인세 산출세액에 도매업부분 (-)소득이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액에 도매업 감면비율 100분의 10을 곱하여 산출한 금액을 차감하여 감면세액을 계산하여야 한다는 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.