특정감면대상사업장에서 결손금 발생시 당해 사업장에서 발생한 소득의 의미

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○ 도

○○○ 시

○○○ 읍

○○○ 리 64-3 ‘

○○○ 인프라’(업종: 제조업, 사업자등록번호:

○○○ -17-*),

○○○ 시

○○○ 읍

○○○ 리 산55 ‘

○○○ 광산’(업종: 광업, 사업자등록번호:

○○○ -08-*),

○○○ 시

○○○ 읍

○○○ 리 150-9 ‘

○○○ 바이오’(업종: 제조업, 사업자등록번호:

○○○ -10-*)의 감면사업 등 5개 업체의 기업을 운영하면서2006년과 2007년 귀속 종합소득세 확정신고와 관련하여 ‘중소기업에 대한 특별세액감면대상세액 상당액’을 산출시 중소기업에 대한 특별세액감면대상사업장 중 결손금이 발생한 사업장의 소득금액 △276,237,626원(2006년 △95,724,256원, 2007년 △180,513,370원)을 결손금이 발생하지 않은 다른 감면사업장의 사업소득금액에 합산하지 아니하는 방식으로 감면대상 사업장별 사업소득금액을 540,108,011원(2006년도분 229,413,731원, 2007년도분 310,694,280원)으로 계산하고 감면세액을 50,895,976원(2006년 21,368,146원, 2007년 29,527,830원)으로 산출하여 감면신청하였다.

• 나. 처분청은 중소기업특별세액감면 적용시 감면업종을 영위하는 기업에 대하여 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 사업소득금액은 감면업종을 영위하는 모든 사업장의 소득을 합산하는 것으로 보아 쟁점사업장에서 발생한 결손금을 다른 감면사업장에서 발생하는 사업소득금액에 합산하여 감면대상 중소기업에 대한 특별감면세액을 총24,824,321원(2006년도분 12,452,159원, 2007년도분 12,372,162원)으로 산출하고 청구인이 감면받은 세액(50,895,976원)에서 재계산한 감면대상세액(24,824,321원)을 차감한 26,071,655원(이하 "쟁점감면세액"이라 한다)을 청구인이 과다공제신고한 것으로 보아 2009.8.14. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 11,053,140원, 2007년 귀속 종합소득세 19,373,890원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여2009.8.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제7조 제1항에 의하면, "해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다"라고 명확히 규정되어 있으며, 또한 ○○○ 예규에 의하면 감면대상 중소기업특별세액은 아래 산식과 같이 감면대상사업장별 사업소득금액으로 감면세액을 계산하는 것[감면세액=종합소득산출세액×(감면대상사업장별 사업소득금액/종합소득금액)×감면비율]으로 명확히 설명하고 있음에도, 청구인이 위와 같은 명확한 법규정과 유권해석에 따라 사업장별로 ‘중소기업에 대한 특별감면세액’을 계산하여 공제신고한 내용을 부인하고 결손금이 발생한 감면대상 사업장의 소득금액을 결손금이 발생하지 않은 감면대상 사업장의 소득금액과 합산함으로써 결손금이 발생한 감면대상 사업장의 소득금액에 상당하는 쟁점감면세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 중소기업에 대한 특별세액 감면은 거주자의 감면대상 소득에서 발생한 소득에 대하여 소득세를 감면함으로써 관련 산업을 육성·발전시키려는 데 목적이 있다 할 것이므로 동 규정 적용시 당해 사업장에서 발생한 소득은 사업자별로 감면업종을 영위하는 사업의 소득을 모두 합산하여야 하는 것이며, 또한 종합소득 산출세액 중 당해 감면업종에 해당하는 소득금액(분자)이 종합소득금액(분모)에서 차지하는 비율에 해당하는 종합소득 산출세액에 감면비율을 곱하여 산출한 세액을 감면세액으로 하여야 한다고 규정되어 있어, 감면업종에서 발생한 결손금을 감면대상 소득금액에서 차감하지 아니하고 계산하는 경우 감면대상이 아닌 소득금액(근로소득, 서비스업소득)에 상당하는 산출세액에 대하여도 ‘중소기업에 대한 특별감면세액’으로 하여 공제하는 결과를 초래하므로, 감면대상 소득금액 계산시 당해 감면업종에 해당하는 소득금액은 결손금이 발생한 감면대상사업장의 소득금액도 결손금이 발생하지 않은 감면대상사업장의 소득금액에 합산하는 것이 타당하며, 이에 따라 결손금이 발생한 감면대상 사업장의 소득금액을 결손금이 발생하지 않은 감면대상 사업장의 소득금액과 합산하여 산출한 감면세액을 공제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 중소기업특별세액감면액의 산출을 위한 감면소득비율계산시 복수의 감면대상사업장을 영위하는 자의 특정감면대상사업장에서 결손금이 발생한 경우 "당해 사업장에서 발생한 소득"의 의미를 복수의 감면대상사업장의 소득금액을 통산하지 아니하고 감면대상사업장별로 각각 발생한 소득으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2005년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

• 가. 제조업
• 나. 광업

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 "도매업 등"이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권 안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 30

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 가. 제조업
• 나. 광업

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 "도매업 등"이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권 안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 30

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조，제7조, 제30조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제63조，제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제121조의8, 제121조의9 제2항，제121조의17 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제94조，제104조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제30조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항，제32조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제121조의8，제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항과 제121조의2 또는 제121조의4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

○ 조세특례제한법 시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 소기업"이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 광업ㆍ건설업ㆍ물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

⑦ 법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 감면사업장 3개업체와 비감면사업장(부동산임대업, 근로소득, 서비스업 등)을 운영하는 사업자로, 2006년, 2007년에 각 사업장별로〈표1〉과 같은 소득금액이 발생된 것으로 나타난다. 〈표1〉2006년, 2007년 귀속 소득금액 및 산출세액 내역 (단위: 원) 귀속 구분 상호 사업자등록번호 업종 소득금액 2006년 감면배제

○○○ 000-14- 임대 1,037,670 근로소득 188,285,000 000-05- 서비스 192,240,000 감면대상

○○○ 인프라 000-17-* 제조업 229,413,731

○○○광산 000-08-* 광업 △1,779,804

○○○바이오 000-10-* 제조업 △93,944,452 합 계 515,252,145 2007년 감면배제

○○○ 000-14-* 임 대 0 근로소득 188,285,000

○○○농원 000-90-* 농원 590,676

○○○ 000-05-* 서비스 230,688,000 감면대상

○○○ 인프라 000-17-* 제조업 298,894,484

○○○광산 000-08-* 광업 11,799,796

○○○ 바이오 000-10-* 제조업 △180,513,370 합 계 549,744,586

(2) 청구인의 신고 및 처분청의 처분내역을 보면, 아래 〈표2〉와 같이 2006년 중소기업에 대한 특별세액감면액 계산시 ○○○의 소득금액 229,413,731원에 대한 산출세액 71,227,156원의 30%인 21,368,146원을 세액감면액으로 계산하여 공제받았으나, 처분청은 감면해당업종인 ○○○의 결손금 95,724,256원을 ○○○의 감면사업장 소득금액(229,413,731원)에서 차감한 133,689,475원에 대한 산출세액41,507,198원의 30%인 12,452,159원을 감면세액으로 재계산하였고, 2007년 중소기업에 대한 특별세액감면액 계산시 청구인은 ○○○의 소득금액 310,694,280원에 대한 산출세액 98,426,105원의 30%인 29,527,831원을 감면세액으로 계산하여 공제받았으나, 처분청은 감면해당업종인 ○○○의 결손금 180,513,370원을 ○○○의 감면사업장 소득금액을 합산한 금액에서 차감한 130,180,910원에 대한 산출세액41,240,540원의 30%인 12,372,162원을 감면세액으로 재계산하는 등 청구인은 감면대상 사업장별 결손금과 소득금액을 통산하지 않는 방법으로 한 반면, 처분청은 감면대상사업장의 소득금액을 통산하는 방법을 적용하여 산출세액에 곱할 감면대상소득금액비율을 산정한 것으로 확인된다. 〈표2〉 중소기업 특별감면세액 신고 및 과세내역 (단위: 원) 귀속 구 분 업 종 소득금액 종합소득 산출세액 감면세액 계산 비 고 2006년 과세 임대 381,562,670

④ 159,972,748 (청구인 신고=21,368,146원)

④ ×①/③×30% 차액 8,915,987 감면 제조

① 229,413,731 제조·광업

② △95,724,256 (처분청재계산=12,452,159원)

④ ×(①+②)/③×30% 합 계

③ 515,252,145 2007년 과세 임대 419,563,676

④ 174,155,824 (청구인 신고=29,527,830원)

④ ×①/③×30% 차액 17,155,668 감면 제조·광업

① 310,694,796 제조

② △180,513,370 (처분청재계산=12,372,162원)

④ ×(①+②)/③×30% 합 계

③ 549,744,586

(3) 2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 제1항을 보면, 중소기업 중 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2005년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면[감면세액=종합소득산출세액×(감면대상사업별 사업소득금액/종합소득금액)×감면비율]한다고 규정하고 있다가, 2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 이후에는 중소기업 중 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면[감면세액=종합소득산출세액×(감면대상사업장별 사업소득금액 /종합소득금액)×감면비율]하는 것으로 개정하면서 종전에는 수도권 소재 여부를 법인의 본점소재지를 기준으로 판단함에 따라 본점은 지방에 있으나 공장이 수도권에 있는 기업의 경우 공장에 대하여 높은 감면비율을 적용하는 불합리한 점이 있어 이를 개선하고자 같은 항에 단서를 신설하여 "내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다"라고 규정하고 있으나, 사업규모별, 지역별 차등 감면비율을 정하고 있는 같은 항 제2호 가목 내지 다목의 규정은 개정전·후 모두 동일하게 사업장별로 감면비율을 적용하도록 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 2004.12.31. 개정된조세특례제한법제7조 제1항의 개정취지가 본점은 지방에 있으나 공장이 수도권에 있는 기업의 경우 공장에 대하여 높은 감면비율을 적용하는 불합리한 점이 있어 이를 개선하고자 같은 항에 단서를 신설하여 "내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다"라고 규정하고 있으나, 사업규모별, 지역별 차등 감면비율을 정하고 있는 같은 항 제2호 가목 내지 다목의 규정은 개정전·후 모두 동일하게 사업장별로 감면비율을 적용하도록 규정하고 있어 조세특례제한법제7조 제1항에 규정된 종전의 ‘사업별’과 개정후의 ‘사업장별’을 다른 것으로 보기 어려워 보이는 점, 감면소득금액비율(감면대상 사업장 소득금액/종합소득금액)을 계산함에 있어서 분모(종합소득금액)계산시 감면사업장에서 발생된 결손금을 통산하여 계산하였다면 분자(감면대상 사업장 소득금액)를 계산함에 있어서도 결손금을 통산하는 것이 산출기준의 일관성 측면에서 합리적이라는 점, 중소기업에 대한 특별세액감면은 거주자의 감면대상사업장에서 발생한 소득에 대하여 소득세를 감면함으로써 관련 산업을 육성·발전시키려는 목적임에도 감면업종에서 발생한 결손금을 감면대상사업장의 소득금액에서 차감하지 아니하고 계산하는 경우 감면대상업종이 아닌 사업의 소득금액(근로소득, 서비스업소득 등)에 상당하는 산출세액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면액을 공제하는 결과를 초래함에 따라 조세특례제한법제7조 제1항의 "당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세"는 총소득세 중 당해 사업장 발생 상당의 소득세로 해석하는 것이 합리적이라는 점 등으로 볼 때 처분청이조세특례제한법제7조 제1항의 "해당 사업장에서 발생한 소득"의 의미를 결손금이 발생한 감면대상사업장의 소득금액과 결손금이 발생하지 않은 감면대상사업장의 소득금액을 통산하는 방식으로 산정한 감면대상사업장의 소득금액으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면액을 산출하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의해 주문과 같이 결정한다.