겸업자의 경우 감면소득금액의 계산

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1994년 7월 개업하여 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 건설기계장비 등 부품제조업 및 도매업과 그 외 임가공업 등을 영위하는 법인으로 2006사업연도 법인세 과세표준 신고시조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)에 의거 감면대상 소득금액을 감면업종의 소득(제조업 4,042백만원, 도매업 △780백만원)과 기타 과세소득(기타 임가공업 등 701백만원)을 통산한 3,963백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 하여 특별세액감면을 신청하였다.
• 나. 처분청은 2009년도에 실시한 전산 사후관리 결과, 복수의 감면업종을 겸영하는 중소기업의 경우, 일부 감면대상소득에서 발생하는 결손금을 다른 감면대상소득과 통산하여 감면세액을 계산하여야 함에도 청구법인이 감면대상업종인 도매업에서 발생된 결손금을 감면대상업종(제조업)과 감면대상이 아닌 업종(임가공업 등)에 안분하여 감면대상소득을 계산함으로써 결과적으로 감면대상소득이 과다 계상되었다 하여 도매업의 결손금을 감면대상소득인 제조업 소득과 통산하여 감면대상소득을 재계산하고 2009.6.8. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 32,166,300원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.7.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 국세청 해석사례(서이46012-10133, 2003.1.21.) 및 심사결정례(심사 법인2003-73, 2003.7.7.)에 따르면, ‘조세특례제한법제7조의 규정을 적용함에 있어서, 감면율이 서로 다른 제조업과 도매업을 겸영하는 법인의 각사업연도 소득금액 중 도매업부문은 결손이고, 제조업소득과 기타 과세소득이 있는 경우법인세법제59조의 규정에 따라 감면세액을 계산함에 있어서 감면소득은 각사업연도 소득금액 범위내의 제조업 소득금액을 말하는 것’이라고 해석하고 있는 바, 청구법인이 이에 따라 2006사업연도 감면대상 소득금액을 각 사업연도의 소득금액인 쟁점금액(3,963백만원)을 한도로 하여 중소기업에 대한 특별세액감면 신청을 한 것은 정당하고, 위 국세청 해석사례와 달리, 감면소득을 감면업종의 소득범위내에서 통산하여야 한다는 것이법인세법이나조세특례제한법에 명시적으로 규정되어 있지 아니하며, ‘수도권 외의 지역에서 제조업과 도매업을 겸영하는 중소기업이조세특례제한법제7조의 중소기업특별세액감면 규정을 적용함에 있어서, 당해 법인의 각 사업연도 소득금액 중 도매업부문은 결손이고 제조업소득과 기타과세소득이 있는 경우 법인세법 제59조 의 규정에 따라 감면세액 계산시, 동 규정에 의한 ‘감면소득’은 당해 제조업 소득금액에서 도매업에서 발생한 결손금을 공제한 금액으로 하는 것‘이라는 국세청 해석사례(서면2팀-940, 2008.5.14.)는 이 건 과세연도인 2006사업연도 법인세 신고기한(2007.3.31.) 이후에 생산된 것으로서 이 건 부과처분은국세기본법상 신의ㆍ성실의 원칙 및 소급과세의 금지 원칙에 반하여 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2003.1.21.자 국세청 해석사례에 따라 감면업종과 과세대상소득을 안분하여 감면소득을 산출한 것이 정당하다고 주장하나, 동 해석사례는 이후 2003.7.22. 생성된 새로운 해석사례(예규 서일46011-10977)에 의거 결손감면소득은 감면소득내에서 다른 감면소득과 통산하여 산출하는 것으로 변경된 바, 세법해석의 경우 동일사안에 대한 새로운 해석은 종전의 해석을 변경ㆍ치유하는 것이므로 청구법인이 감면소득 산출근거로 제시한 종전의 예규는 효력이 없고, 청구법인은 종전의 해석사례(서이46012-10133)와 다른 해석사례(서면2팀-940)가 2008.5.14.에야 생산되었으므로 이 건 2006사업연도분에 대한 과세는 소급금지의 원칙에 반한다고 주장하나, 위 해석사례 서면2팀-940은 이미 2003.7.22. 생산된 해석사례 서일46011-10977(조세특례제한법제7조의 중소기업 특별세액감면 적용시 당해 사업에서 발생한 소득은 감면업종을 영위하는 사업의 소득을 합산하여야 한다)에 터잡아 현재까지 같은 해석으로 적용되고 있는 바, 청구주장은 이유가 없다 할 것이며, 청구법인은 감면소득을 감면업종의 소득범위내에서 통산하여야 한다는 것이법인세법이나조세특례제한법에 명시적으로 규정되어 있지 아니하다고 주장하나,법인세법제59조(감면 및 세액공제액의 계산) 제2항은 ‘세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액으로 한다’고 규정하고 있는 바, 감면소득은 감면업종의 소득범위내에서 통산하여 산출하는 것이 법 취지에 부합한다 할 것이므로 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 감면대상사업에서 발생한 결손소득에 대해 감면소득 범위내에서만 통산하지 아니하고, 과세소득까지 포함하여 안분계산된 감면소득에 대하여 청구법인의 2006사업연도 법인세 계산시 중소기업특별세액 감면을 적용할 수 있는지 여부

(2) 이 건 과세처분이국세기본법상 신의ㆍ성실의 원칙 및 소급과세의 금지 원칙에 반하는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2007.4.11. 법률 제8371호로 개정되기 전의 것) 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 가. 제조업
• 나. ~ 바. (생 략)
• 사. 도매업
• 아. ~ 소. (생 략)

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업 등”이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. ~ 마. (생 략)
• 바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 15

(2) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제59조【감면 및 세액공제액의 계산】① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. ~ 4. (생 략)

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100 분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. (3) 법인세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정된 것) 제96조【감면 및 세액공제액의 계산】① 법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 “공제액 등”이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액전액

2. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2006사업연도 과세표준 세액 신고내역 및 처분청의 경정결의내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 과세표준 세액 신고 및 경정결의 내역 (단위: 천원) 구분 수입금액 과세표준 산출세액 공제감면 세액 가산세액 신고/고지 세액 신고 56,610,734 3,963,069 987,767 146,835 23,800 23,800 경정(고지) 56,610,734 3,963,069 987,767 120,837 29,969 32,166

(2) 청구법인은 당초 법인세 신고시 도매업의 결손금(△780백만원)을 감면업종인 제조업분 소득 외에 과세소득(임가공업 등 701백만원)과 통산하여 감면소득을 위 <표>의 과세표준으로 산출한 바, 청구법인이 법인세 신고시 제출한 소득구분계산서상의 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 감면소득금액 신고내역 (단위: 천원) 산출 세액 감면업종소득 과세소득 감면소득 금액 비고 제조업 도매업 978,767 4,042,095 △780,784 701,757 3,963,069

(3) 처분청은 감면대상업종인 제조업의 소득과 도매업의 결손금을 통산하여 청구법인의 감면대상소득을 3,261,311천원으로 계산하였고, 청구법인은 당초 신고내역이 정당하다는 의견이다. (4)조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 제1항에서 제조업 등 감면업종을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세에 해당 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면하는 것으로 규정하고 있고,법인세법제59조(감면 및 세액공제액의 계산) 제2항에서 감면되는 세액은 산출세액에 그 감면되는 소득이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액으로 하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 청구법인은조세특례제한법제7조 제1항에서 규정하는 중소기업에 대한 특별세액감면업종인 제조업 및 도매업 등을 영위하는 중기업에 해당하고, 감면세액의 비율은 위 같은 항 2호 바목에 의거 감면되는 소득의 100분의 15를 적용하는 것으로 되어 있다.

(6) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대,조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 제1항에서 규정하고 있는 제조업 등 감면업종을 영위하는 중소기업에 대한 특별세액감면은 제조업 등 감면업종에서 발생한 소득에 대하여 해당 감면율에 상당하는 세액을 감면하여 줌으로써 관련산업을 정책적으로 육성ㆍ발전시키려는데 그 취지가 있다 할 것이므로, 감면업종을 겸영하는 사업장의 경우 특정 감면업종을 선택하여 감면을 받을 수는 없고, 해당되는 감면업종별 소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 계산하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2009구3260, 2009.12.31. 참고).

(7) 또한, 청구법인이 법인세 신고시 받아들인 것으로 주장하는 2003.1.21.자 해석사례는 2003.7.22.자 새로운 해석사례에 의하여 변경되어 2003. 7.22.부터 현재까지 일관되게 감면업종간 소득을 합산하여 감면소득을 산출하는 것으로 해석ㆍ집행되고 있는 점 등을 감안하면, 이 건 과세처분이국세기본법상 소급과세의 금지 및 신의ㆍ성실원칙에 반한다고 보기 어렵다.

(8) 따라서, 처분청이 청구법인의 감면대상업종인 제조업의 소득과 도매업의 결손금을 통산하여 청구법인의 감면세액을 재계산한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.