영업보상금과 피해보상금이 혼재되어 있는 경우 과세대상 구분

○○세무서장이 2009.3.13. 청구인에게 한 2003년 귀속 종합소득세 28,703,340원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 최○○○ 등 3인과 함께 ○○○ 일대에서 넙치 등 육상수조식양식장을 운영한 자로서, 2003.12.1. 한국수력원자력(주) ○○○본부(이하 “한국수력원자력”이라 한다)로부터 어업피해보상금 378,574,000원(청구인 지분으로 이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 수령하였다.
• 나. ○○지방국세청장은 청구인 등에 대한 세무조사 결과, 청구인이 수령한 쟁점보상금은 청구인 등이 기존 소송 진행중인 피해보상 요구를 철회하고 향후 원전가동 관련 온배수 및 저감시설공사로 인한 일체의 피해보상 요구를 하지 않는다는 내용을 조건으로 어업권을 자진폐지하고 양식장 미래평균수익의 3년치를 보상받은 것으로 한국수력원자력측과 더 이상의 추가 보상요구를 하지 않겠다는 내용의 합의서를 작성한 사실이 확인되어 이는 소득세법상 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 이익인 영업권(어업손실보상)을 양도한 것에 해당된다 하여 처분청은 쟁점보상금을 일시재산소득으로 보아 2009.3.13. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 28,703,340원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점보상금은 △△원자력발전소의 온배수 피해로 인한 어업권의 직접적인 피해보상으로서 △△원자력발전소의 공익사업을 위한 확장계획에 따라 한국수력원자력과 청구인 사이의 합의하에 이루어진 어업권 소멸 보상이 아니므로 처분청이 소득세 비과세대상이 아닌 일시재산소득으로 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 한국수력원자력이 청구인에게 지급한 쟁점보상금은 기존의 원자력발전소 5·6호기 가동후에도 추가 피해보상 요구가 예상되고 소멸보상시 중복보상이 예상되어 민원 해소 차원에서 구체적이고 객관적인 피해사실에 대한 피해액 산출없이 일괄 소멸보상한 것으로 기존에 피해금액이 확정되어 있지 않는 등 직접적인 피해에 대한 보상으로 볼 수 없으며, 한국수력원자력의 자체보고서 및 합의서 내용에 향후 신△△원자력발전소 부지 매입에 따른 어업소멸에 대한 보상 사실이 명시되어 있고 해당 ‘육상해수양식어업권’은 △△군수로부터 어업허가를 취득한 것으로서 소득세법 시행령 제40조의2 제3항 에 의한 영업권에 해당하므로 소득세법 제20조의2 에 의한 일시재산소득으로 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 한국수력원자력이 청구인에게 지급한 보상금이 넙치 폐사 등 직접적인 피해에 대한 보상금인지, 어업권 소멸보상금인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2003.12.30, 법률 제7006호로 개정되기 전의 것) 제20조의2【일시재산소득】① 일시재산소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

2. 광업권, 어업권, 산업재산권, 산업정보, 산업상 비밀，상표권, 영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권 기타 이와 유사한 자산이나 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 일시재산소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.

③ 일시재산소득의 범위는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2003.12.30, 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것) 제40조의2 【일시재산소득의 범위】③ 법 제20조의2 제1항 제2호에 규정하는 "영업권" 에는 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 사업용 고정자산(법 제94조 제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권은 포함되지 아니하는 것으로 한다. (3) 수산업법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “어업권”이란 제8조에 따라 면허를 받아 어업을 경영할 수 있는 권리를 말한다. 제36조【공익의 필요에 의한 면허어업의 제한 등】① 시장·군수·구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 면허한 어업을 제한 또는 정지하거나 어선의 계류 또는 출항·입항을 제한할 수 있다.

5. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 의 공익사업을 위하여 필요한 경우 제43조【허가어업】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 어업을 하려는 자는 어선·어구 또는 시설마다 시·도지사의 허가를 받아야 한다.

2. 인공적으로 조성한 육상의 해수면에서 수산동식물을 양식하는 어업(이하 “육상해수양식어업”이라 한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 한국수력원자력의 확인자료에 의하면, △△원자력발전소 인근 해역 온배수 피해보상 경과는 아래와 같다.

① 1994.7. 원전 온배수 등으로 넙치 대량폐사, 원전 피해보상 요구하였으나 성사되지 아니함

② 1997.8. ①항의 온배수 피해에 대한 손해배상청구소송 제기

③ 1998.7. 육상수조식양식어업인들 어민피해보상대책위 구성, 어업피해 실태조사와 피해보상 요청

④ 1998.8. △△원전 3, 4호기 상업운전 개시, 온배수량 증가

⑤ 1998.10. 온배수손해보상청구소송 1심판결, 어민측 승소, 소송금액중 일부인 211백만원 수수, 쌍방 항소 제기

⑥ 1999.12. △△원전 4호기 정식 상업운전 개시, 어민피해보상대책위원회는 강력한 대책 요구, 한국수력원자력과 온배수에 의한 영향 및 어업피해를 용역 조사키로 합의

⑦ 2000.1. 온배수피해손해배상청구소송 2심판결, 어민측 승소, 쌍방 상고

⑧ 2001.4. 온배수피해조사 중 육상수조식양식장 부분이 조사완료되어 보고서 납품, 양식장 운영이 불가능하다(피해율 최저 50% 최대 57%)는 결론으로 보고

⑨ 2001.10. 소멸보상합의서 작성, 육상수조식양식장에 대하여 1차 어업권 피해보상금 30억원 중 피해소송결과로 1998.10. 기지급된 211백만원을 상계한 2,789백만원 수수함

⑩ 2002.5. 신△△원전예정구역 고시됨, 기 조사보고 완료되 육상수조식양식장을 제외한 해면어업에 대한 피해조사 결과 보고됨

⑪ 2003.1. 2차 어업권 보상금 2,450백만원 수수

⑫ 2003.12. 3차 어업권 보상금 잔금 1,744백만원 수수

⑬ 2004.7. △△원전 5호기 상업운전

⑭ 2005.4. △△원전 6호기 상업운전

⑮ 2005.11. △△원전 6개호기 가동후 피해보상 관련 울진원전측과 재차 피해조사록 합의하였음

⑯ 2008.7. △△원전 6개호기 온배수영향 피해조사 완료보고

⑰ 2009.5. ⑯항 피해조사 결과에 의하여 해면어업권 총 70건에 대하여 피해보상하고 있으며, 정치망 5건에 대하여 어업권 소멸보상되었음

(2) 청구인은 쟁점보상금이 △△원자력발전소 온배수 피해로 인한 어업권의 직접적인 피해보상이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 1998.7. △△원전 어업피해보상대책위원회 공문에 의하면, 청구인 등 육상수조식양식어업인들은 원전온배수에 의한 해양변화와 이에 따른 어업피해를 감지하고 어업피해보상대책위원회를 결성하여 한국수력원자력측에 어업피해 실태조사와 피해보상을 요청한 것으로 나타난다. (나) 1999.12.14. 한국수력원자력과 어민피해보상대책위원회간의 합의서에 의하면, 육상수조식양식장은 조사기간을 12개월로 하여 원전 온배수에 의한 영향 및 어업피해를 용역 조사하기로 합의한 것으로 나타난다. 2001.4.27. 부경대 수산과학연구소가 조사 연구한 용역보고서에 의하면, △△원자력발전소 4개호기 가동으로 인한 온배수영향 조사를 실시하고 영향이 있다면 그에 따른 어업피해율을 산출하여 어업손실액 산출을 위한 감정평가 자료를 얻기 위한 목적으로 조사 연구한 것으로 나타난다. (다) 2001.9. 한국수력원자력의 △△원전 주변 육상양식장 관련 민원처리 현황 및 대책 자료에 의하면, 부경대 용역결과의 피해율에 대한 어민 반발이 예상되고 소송, 4개호기 온배수 영향, 온배수 저감시설 공사 피해보상 외에 신△△원전 부지매입 소멸보상을 별도로 해야 하므로 중복보상이 불가피하며, 피해보상 이후에도 후속기 및 타원전에 파급이 우려되어 검토한 것으로 나타나며, 향후 4개호기 온배수 민원, 대법원 심리중인 넙치폐사 소송 및 온배수 저감시설공사 민원을 연계하여 후속기 부지확보 차원에서 양식장 조기 소멸을 합의하는 방향으로 대책을 마련한 것으로 나타난다. (라) 2001.10.9. 한국수력원자력(갑)이 청구인 등(을)과 작성한 합의서의 주요 내용은 아래와 같이 나타나며, 한국수력원자력이 2001.10.11. 지급한 보상금 27억8,900만원의 지급예산은 2001년 피해보상금/환경피해보상비로 계상된 것으로 나타난다.

1. 갑은 을에게 아래와 같은 방법으로 어업권 소멸보상금을 결정·지급한다.

• 가. 어업권 및 시설물에 대한 소멸보상금은 갑과 을이 상호 합의한 2개의 감정평가기관이 조사·평가한 금액의 산술평균액으로 한다.
• 나. 감정평가시 적용되는 연평균 생산량 및 판매단가는 울진지역에 소재하는 2개 양식장에 대한 감정평가 결과를 기준으로 한다.

2. 어업권 소멸보상금을 지급함에 있어 갑은 을에게 합의서 서명후 3일 이내에 선급금 30억원을 지급하고, 소멸보상금 확정 후 우선 지급액과의 차액을 상계처리한다. 이행조건으로 가. (을)은 1998.7.30. △△원전 어업피해보상대책위원회 명의로 진정한 △△원전 4개호기 온배수로 인한 육상수조식 양식업 피해보상 요구를 철회하고, 향후 △△원전 온배수 및 온배수 영향 저감시설 공사로 인한 일체의 피해보상 요구를 하지 아니하며, 나. 1997.8.22. 최○○○ 외 2인 명의로 소송제기하여 현재 대법원에 계류중인 △△원자력 온배수 관련 피해소송건은 소멸보상 선급금 수령 후 최○○○, 김○○2인은 15일 이내로 소송 취하하고, 기 수령한 일부 1심 판결금 211,000천원을 선급금에서 상계 처리한다. (마) 2001.10.18. 한국수력원자력이 부경대학교 수산과학연구소에 보낸 육상양식업 피해조사 보고서 해지 공문을 보면, 육상양식업 피해보상 방향이 귀 연구소 조사보고서에 근거하지 않고 소멸보상하기로 합의함에 따라 육상수조식 양식업 피해조사보고서 발간에 대한 의미를 상실하여 보고서 미발간 조치하고 기성분에 대하여 실적 정산 처리를 한 것으로 나타난다. (바) 2007.5.18. 한국수력원자력측이 ○○지방국세청장에게 신△△원전 예정구역 내 육상양식장 소멸보상관련 제출자료에 의하면, 전원개발특례법 제11조 및 같은 법 시행령 제22조에 의거 2002.5.4. 신△△원자력발전소 건설사업 예정구역 고시(산업자원부 제2002-49호, 2002.5.4.)되었고, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법령 등에 의하여 보상금을 지급한 것으로 나타난다. (사) 처분청은 청구인과 한국수력원자력이 부경대 육상수조식양식업 조사보고서(2001.4.27.)를 채택하지 않고 2001.10.9. 각종 피해보상 요구를 포기하고 당시 대법원에 계류중인 소송을 자진 취하하는 조건에 합의함으로써 부경대 조사보고서상의 피해율을 참고하여 넙치 폐사량을 확인하는 등 객관적인 피해금액을 산출하지 않았고 미래 평년수익액의 3년분을 산출해 보상받은 것으로 이는 어업소멸보상금(영업권)에 해당하는 것이며, 육상수조식양식업 피해에 관한 어떤 보고서도 그 피해율과 직접적인 피해금액 산출에 이용되지 않았으며, 한국수력원자력이 청구인에게 지급한 어업소멸보상금은 원전 5·6호기 가동후에도 추가 피해보상요구가 예상되어 어업소멸 보상시 중복보상이 예상되는 등 민원해소 차원에서 구체적이고 객관적인 피해사실에 대한 피해액의 확정사실이 없이 일괄 소멸보상한 것으로서 기획재정부 예규(소득세과-491, 2008.11.21)에 따라 소득세법 시행령 제40조의2 제3항 에 의한 영업권으로 보아 소득세법 제20조의2 에 의한 일시재산소득으로 과세한 것으로 나타나고 있으며, 쟁점보상금과 관련된 예규는 다음과 같다.

1. 종전 기획재정부 예규(소득 46073-153, 2000.9.28)는 양식어업 및 일반어업에 종사하는 거주자가 한국전력공사로부터 발전소의 건설 및 가동 등으로 인한 피해에 대하여 수산업법 등 관련법령의 규정에 의하여 보상금을 지급받은 경우 당해 보상금은 소득세 과세대상에 해당되지 아니하는 것이라고 해석하고 있고,

2. 새로운 기획재정부 예규(소득세과-491, 2008.11.21)는 육상해수양식사업자가 한국수력원자력(주)에게 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 사업예정구역 내의 양식장을 양도하고 지급받은 어업보상금은 일시재산소득에 해당한다고 해석하고 있다. (아) 살피건대, 소득세법제20조의2 제1항 제2호는 광업권, 어업권, 산업재산권, 산업정보, 산업상 비밀，상표권, 영업권, 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권 기타 이와 유사한 자산이나 권리의 양도로 인하여 당해연도에 발생하는 소득을 일시재산소득으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조의2 제3항은 "영업권"에는 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다고 규정하고 있는 바, 1998.7. 청구인 등 육상수조식양식어업인들이 어민피해보상대책위를 구성하여 한국수력원자력측에 어업피해 실태조사와 피해보상을 요구한 점, 1999.12.14. 어민피해보상대책위원회와 한국수력원자력이 온배수에 의한 영향 및 어업피해를 용역 조사키로 합의한 점, 2001.4.27. 용역조사 보고서에서 수온등락에 의한 피해율은 최저 50% 최대 57%로 조사된 것으로 나타나는 점, 청구인이 한국수력원자력과 2001.10.9 소멸보상합의서를 작성하고 피해보상금 중 선급금 30억원에서 피해 소송결과로 1998.10. 기지급받은 211백만원을 상계한 2,789백만원을 수수한 점, 2002.5.4. 신△△원자력발전소 건설사업 예정구역이 고시된 점 등을 종합하여 보면, 청구인은 신△△원전부지 고시 이전에 그동안 넙치 폐사로 인한 피해가 있었고 더 이상 양식업을 운영할 수 없어 쟁점보상금을 수령한 것으로서 쟁점보상금에는 피해배상액과 일부 영업권 보상액이 혼재된 것으로 보이나, 재정경제부의 기존 예규(소득 446073-153, 2000.9.28.)는 이러한 경우 과세대상으로 하고 있지 아니하다가 2008.11.21. 이를 과세대상으로 변경(소득세제과-491, 2008.11.21.)하고 있어 이 예규는 기존예규를 변경하는 새로운 해석으로 보이므로 이는 새로운 해석 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용되어야 할 것이다. 따라서, 새로운 해석이 시행되기 전에 수령한 쟁점보상금을 영업권의 소멸보상금으로 보아 일시재산소득으로 과세한 이 건 처분은 취소하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.