중소기업특별세액감면 적정 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 1983.1.1. 고철 가공처리업 및 제조업으로 사업자등록을 한 법인사업자로서, 2006사업연도 및 2007사업연도 법인세 신고시조세특례제한법제7조의 규정에 의한 중소기업특별감면세액을 산정함에 있어 제조업의 결손소득을 다른 감면소득(용역업, 도매업) 및 비감면소득(부동산임대업)의 비율별로 안분계산한 감면소득금액을 43,639,090원 및 31,950,500원으로 하여 신고하였다.
• 나. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 감면사업의 결손소득을 비감면소득까지 통산함으로써 감면세액을 과다하게 산정한 것으로 보아 감면사업소득에서 결손소득을 공제하는 것으로 재계산하여 2009.4.8. 청구법인에게 법인세 2006사업연도 15,674,520원 및 2007사업연도 13,419,840원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면은 감면대상사업별로 계산하여야 하고 각 사업연도소득금액 범위 내의 감면대상소득금액으로 하여 특별세액감면을 계산하는 것이므로 감면소득과 결손금을 통산하는 것은 법률관계를 오인한 것이라는 국세청의 심사결정례(법인2003-73, 2003.7.7.)가 있고, 이와 동일한 국세청의 예규(법인46012-36, 2003.1.17.)는 이 건 사업연도에 적용할 수 있는 것인 바, 청구법인과 같이 2개 이상의 감면사업소득이 있는 경우 결손금을 다른 감면소득과 통산한다는 세법상의 근거를 찾을 수 없는데도 처분청이 이 건과 무관한 국세청의 예규(서일46011-10977, 2003.7.22.)를 근거로 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 중소기업에 대한 특별세액감면 적용시 감면소득범위 내에서 복수감면업종을 영위하는 사업의 소득을 합산한다는 취지의 국세청 예규는 2003.7.22.부터 생성되었던 것이므로 당초 처분이 신의성실원칙, 소급과세원칙에 위배하여 납세자가 일반적으로 알 수 없었던 사정이 있었다는 청구주장은 이유가 없고, 그 해석자체가 복수감면소득통산을 의미하고 있으며 이후 복수감면소득통산과 관련하여 해석사례로 수차례 인용된 바 있으며, 세액감면의 방법에 있어 적용되는 대상소득은법인세법제59조 제2항에 의거 ‘감면 또는 면제되는 소득’이라고 분명히 명시되어 있는 바,감면소득은 세법상의 구분경리결과에 의한 감면소득, 과세소득의 합인 각사업연도소득금액이 되는 것으로 청구주장과 같이 감면사업의 결손소득을 비감면사업소득까지 안분하게 되면 사업소득 범위내의 감면소득비율이 증가하므로 비감면소득이 감면되는 모순이 발생하게 되어 불합리하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법상 2개 이상의 감면사업과 기타의 사업을 영위하는 청구법인의 감면소득을 계산함에 있어 감면사업에서 발생한 결손금을 다른 감면사업의 소득에서 공제하고 비감면사업의 소득에서는 공제하지 아니하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2011년 12 월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득 세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사 업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용 한다.

• 마. 제조업
• 아. 도매 및 소매업
• 처. 물류산업

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업(이하 이 조에서 “도매업 등”이라 한 다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외 한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등 을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 30
• 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권외 지역에서 도매업 등을 영위하는 사업장: 100분의 5
• 마. 중기업의 사업장으로서 수도권 안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등 을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 15 (2) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제 에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다) 을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제 액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공 제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면 제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득 에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100)을 곱하여 산출한 세액(감면의 경 우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. (3) 법인세법 시행령 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금 ․ 비과세소득 또는 소득공제액(이 하 이 항에서 “공제액 등”이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다 음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액

2. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료 등에 의하면, 청구법인은 1983.1.1.부터 ○○북도 ○○시에서 고철 가공처리업, 항만하역업 및 도매업 등을 영위하는 중소기업으로서, 2006사업연도 및 2007사업연도 법인세 신고시조세특례제한법제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액 감면소득을 산정함에 있어 3개의 감면사업소득(제조업, 물류업, 도매업)과 비감면소득(부동산임대업) 중 제조업부문에서 발생한 결손소득을 다른 감면사업소득과 비감면사업소득에서 차감하여(소득금액비율로 안분) 감면소득과 감면세액을 계산하여 신고하였고, 처분청은 청구법인이 제조업부문의 결손금을 비감면사업소득까지 안분함으로써 감면소득과 감면세액을 과다하게 산정한 것으로 보아 청구법인의 제조업부문에서 발생한 결손금을 다른 감면사업소득에서 차감하여 감면소득과 감면세액을 재계산하여 이 건 법인세를 과세하였음이 확인된다.

(2) 청구법인은 국세청의 예규(서이46012-10133, 2003.1.21.) 및 심사결정례(법인2003-73, 2003.7.7.)와 같이조세특례제한법제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면은 감면대상사업별로 계산하여야 하는 것이므로 결손금을 통산하지 아니하고 각사업연도소득금액 범위 내 금액을 감면대상소득금액으로 하여 특별세액감면을 계산하여야 한다고 주장하나, 위 국세청의 예규 및 심사결정례는 감면율이 서로 다른 2개 이상의 감면사업을 영위하고 별도의 과세소득이 발생한 법인에 대해 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 1개 감면사업에서 결손이 발생한 경우 당해 결손금을 다른 감면사업의 소득에서 공제하지 아니하고 감면소득과 감면세액을 계산하여야 한다는 것으로 보이고(다른 감면소득의 결손금을 통산하지 아니하고 소득이 발생한 감면사업소득에 대하여만 감면을 적용), 그 후 국세청의 예규(서일46011-10977, 2003.7.22. 및 법규과-1062, 2007.3.9.)는 이 건 과세처분과 같이 감면사업에서 발생한 결손금을 다른 감면소득에서 공제하는 것이 타당하다는 것으로 보이는 바, 청구법인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 보인다(결손금을 다른 감면사업소득은 물론 비감면사업소득까지 공제하여야 한다는 주장임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.