미등록사업장의 학교매점 세금계산서를 등록한 다른 사업장의 매점에서 매입세액 공제가 가능한지 여부

심판청구를 기각한다.

청구인은 2007.8.21. 낙찰받은 ○○○○시 ○구 ○○동 000-0번지 소재 ○○중학교 매점(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 사업자등록(000-00-00000)하고, 쟁점사업장의 ○□고등학교, □□고등학교, △△고등학교 및 △△△△△임상연구소 등의 4개 매점(이하 “기타 사업장”이라 한다)은 등록하지 아니한 상태로 2007년 제2기부터 2008년 제1기까지의 과세기간 중 기타 사업장의 임차료 및 물품 관련 매입세금계산서를 쟁점사업장의 사업자등록번호로 수취하고 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구인이 쟁점사업장의 2007년 제2기 매출액 중 5,311천원을 신고․누락한 사실, 2008년 제1기 매출액 중 7,030천원을 과다신고한 사실 및 기타사업장이 수취한 2007년 제2기분 23,955천원, 2008년 제1기분 94,152천원을 쟁점사업장이 사업자등록번호로 수취한 사실을 확인하고, 기타사업장의 각 사업장별로 매출액을 기준으로 안분계산하여 매입세액을 불공제하고 2008.12.3. 청구인에게 부가가치세 2007년 제2기분 3,680,370원 및 2008년 제1기분 10,704,450원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 쟁점사업장의 사업자등록을 신청할 때 상담공무원이 청구인에게 “학교 구내매점업은 학생들을 상대로 영위하는 업종으로서 간이과세자로 등록해도 되나 학교에 임차료를 지급할 경우 부담한 부가가치세를 환급받을 수 있으므로 일반과세자로 등록하는 것이 유리하다”고 알려주어 일반과세자로 등록하였다. 청구인은 사업의 문외한으로 쟁점사업장에 대하여는 사업자등록을 하였으나 ○○○세무서이 민원실 업무담당자가 소규모 구내매점인 경우 기타사업장에 대하여는 따로 사업자등록을 할 필요가 없으며 총괄사업장에서 각 구내매점에서 판매하는 상품이 동종이므로 전체 구내매점에 필요한 상품을 청구인이 일괄 구입하여 각 구내매점에 분배하고 판매과정에서 부족한 상품은 각 사업장간 서로 교환하여 판매하면 되고 상품발주 및 대금지급 등의 거래는 총괄사업장에서 처리하면 된다고 하였다. 사업의 부진으로 2008.6.30. 쟁점사업장의 매점운영계약을 포기하였고, 2008.7.9. 최종 낙찰받은 ○○○○시 중구 △∇동 2가 188-1번지 소재 △△대 △△△임상연구동으로 사업장을 이전하여 사업자등록을 정정하였고, 세금계산서 이외의 기타매출분도 신고대상이라고 하여 2007년 제2기분 부가가치세를 환급받은 이후 기타매출분도 신고하여야 한다는 사실을 알고 2008년 제1기분부터 동 기타매출분을 신고하였다. 전체 사업장이 학교구내매점으로 동종업종에 해당되며 각 구내매점의 매출 및 매입을 구내매점별로 부가가치세를 신고납부하나 1개 사업장에서 전체를 신고납부하나 납부할 세액은 동등하고, 또한 각 구내매점마다 부가가치세를 부과하려고 하면 미등록에 따른 가산세만 부과할 것이 아니라 각 구내매점에서 발생한 임대료에 대한 매입세액도 공제하여 이중부담이 되지 아니하도록 과세하여 주시기 바라며 상품 매입세액도 총괄사업장에서 공제받도록 하여 주시기 바랍니다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세버 제4조 제1항에서 “부가가치세는 사업장마다 신고 ․ 납부하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항에서 “신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자 단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업장의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.”고 규정하고 있고, 여기서 ‘사업장’이라 함은 사업을 영위하기 위한 상품의 매입 및 판매활동이 이루어지는 독립된 장소라고 볼 수 있는 바, 청구인이 영위한 쟁점사업장의 기타사업장은 쟁점사업장과 장소적 연관성이 없고 임대 주체별로 별도의 임대차계약을 체결하였으며 판매활동 역시 독립적으로 이루어졌기 때문에 각각의 매점을 별도의 사업장으로 보아야 할 것이다. 따라서, 각 사업장마다 사업장등록을 하고 부가가치세를 신고 ․ 납부하여야 하는 것인 바, 청구인이 쟁점사업장외 기타사업장에 대하여 사업자등록을 하지 아니하고 기타사업장관련 임차료 및 기타사업장의 상품 관련 매입액을 쟁점사업장의 사업자등록번호로 수취하여 매입세액 공제한 것은 동 부가가치세의 사업장별 납세규정에 반하므로 기타사업장의 임차료 관련 매입세액은 전액 불공제하고 상품관련 매입세액은 각 사업장별 매출금액에 비례하여 안분계산하여 부가가치세를 과세한 것은 타당하다. 아울러, 청구인은 민원실 및 부가가치세 신고시 세무서직원과 상담결과 쟁점사업장을 총괄사업장으로 하고 기타사업장은 별도 사업자등록을 하지 아니하여도 된다는 답변을 듣고 쟁점사업장외 기타사업장에 대하여 사업자등록을 하지 아니하고 쟁점사업장에 매출 ․ 매입액을 합산하여 신고하였다고 하나 청구인이 처분청의 민원실 및 부가가치세 종사직원과 위와 같은 상담을 하였다는 증거를 찾을 수 없고, 설사 그러한 상담이 있었다고 하더라도 세무공무원과의 일반적인 세무상담이 처분청의 공식적인 견해의 표시라 할 수 없으므로 청구인의 주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점 사업자등록을 하지 아니한 학교매점의 매입세액을 사업자등록을 한 학교매점의 사업자등록번호로 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제 ․ 신고한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세 제4조 【신고 ․ 납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고 ․ 납부하여야 한다.

② 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 불구하고 2 이상의 사업장이 있는 사업자로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 사업자(이하 “사업자단위과세사업자”라 한다)는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장의 승인을 얻어 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고 ․ 납부할 수 있다. 이 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고 ․ 납부와 관련한 이 법의 적용에 있어서 각 사업장으로 본다.

1. 당해 사업자가 각 사업장의 물류흐름 및 재고를 관리할 수 있는 대통령령이 정하는 전산시스템설비를 갖추고 있을 것

2. 대통령령 정하는 바에 따라 본점 또는 주사무소의 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻을 것

④ 제1항의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세 제5조 【등 록】

① 신규로 사업을 개시하는 자중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다

(3) 부가가치세 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장 ․ 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 환급현지확인 종결복명서(2008년 9월)에 의하면 처분청은 청구인이 사업자등록(000-00-00000)한 ○○○○시 중구 △∇동 2가 000-0번지 소재 △△△임상연구소를 현지확인한 결과, 청구인은 쟁점사업장외 기타사업장을 본인의 명의로 낙찰받아 쟁점사업장은 2008.6.30. 폐업하고 기타사업장 중 △△고등학교 매점은 고모인 강○○이 운영하고 있으나 ○□고등학교 및 □□고등학교 매점은 2008년 10월이 계약만료일로 폐업예정이고, 각 학교에서 자체급식, 조리음식(라면, 우동, 김밥, 떡복이), 탄산음료 및 햄버거의 판매를 금지함에 따라 매출이 부진한 것으로 조사되었으며, 청구인은 쟁점사업장의 사업자등록번호(000-00-00000)로 쟁점사업장 및 기타사업장의 세금계산서를 수취하고 매출을 신고하였는 바, 처분청은 청구인이 부가가치세법령에 따라 부가가치세는 각 사업장마다 신고 ․ 납부하지 아니하였으므로 쟁점사업장의 매입세액은 불공제 대상이라고 판단한 것으로 나타난다. (2) 쟁점사업장 및 기타사업장의 공유재산 사용허가서에 의하면, 청구인은 아래 <표1> 과 같이 쟁점사업장 및 기타사업장 중 3개 사업장인 ○□고등학교 ․

□□고등학교 ․ △△△임상연구동 매점의 운영을 위하여 각 학교 공유재산을 1년 단위로 총 91,308천원의 사용료를 지급한 것으로 나타난다. 다만, 기타사업장 중 △△고등학교 매점은 청구인 명의로 낙찰받아 고모인 강○○이 운영하고 있는 것으로 조사되었다. <표1> (단위: 천원) 학교명 주소 사용허가 공유재산 사용허가 기간 사용료 건물(㎡) 토지(㎡)

○○중학교

○○ ○구 ○○동 999-1 83.6 139.33 ‘07.8.21－ ’08.8.20 17,090

○□고등학교

○○ ○○구

○○동 1795-6 29.26 48.76 ‘07.11.1－ ’08.10.31 27,280

□□고등학교

○○ ○○구

○○동 1795-6 36.96 59.93 ‘07.11.1－ ’08.10.31 41,349 △△△ 임상연구동

○○ 중구 △∇동2가 188-1 30.00 ‘08.3.1－ ’09.2.28 5,589 △△고등학교

○○ ○구 △△동 672 ‘07.11.1－ ’08.10.31 합 계 91,308 (3) 부가가치세 제4조 제1항에서 “부가가치세는 사업장마다 신고 ․ 납부하여야 한다.” 고 규정하면서 제2항에서 “사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.”고 규정하고 있다 (4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합해 보건대, 청구인은 쟁점사업장의 사업자등록번호를 이용하여 기타사업장의 거래를 하여 사업장마다 신고 ․ 납부하여야 한다는 부가가치세법 제4조 제1항 을 위반한 점, 청구인은 처분청의 민원실 업무담당자와의 상담에서 쟁점사업장을 총괄사업장으로 하고 기타사업장은 별도 사업자등록을 하지 아니하여도 된다고 하여 기타사업장에 대하여 사업자등록을 하지 아니하고 쟁점사업장의 매출 ․ 매입액으로 신고하였다고 하나 이러한 경우에도 부가가치세법 제4조 제2항 의 규정에 따라 사업장 마다 사업자등록을 하여 주된 사업장에서 총괄 신고하여야 하는 점 및 청구인이 처분청의 민원실 업무담당자와의 상담내용이 구체적으로 어떤 내용이었는지를 알 수 없어 처분청이 공적으로 의견을 표명했다고 볼 수도 없는 점 등으로 볼 때에 청구인에게 한 이 건 부가가치세의 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.