‘중소기업’에서 제외된 이유가 스스로의 지분변동에 의하여 소위 독립성 기준을 충족하지 못해서인 경우에는 유예기간을 인정할 필요성이 미약한 점 등을 종합하면, 결국 청구인은 조특법상 ‘중소기업’에 해당하지 않음
‘중소기업’에서 제외된 이유가 스스로의 지분변동에 의하여 소위 독립성 기준을 충족하지 못해서인 경우에는 유예기간을 인정할 필요성이 미약한 점 등을 종합하면, 결국 청구인은 조특법상 ‘중소기업’에 해당하지 않음
주 문 심판청구를 기각한다. 이 유
○ 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제7조 【 중소기업에 대한 특별세액감면】
① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】
① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제4조제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(이하 각 업종 생략)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 2.(삭제)
중소기업기본법 시행령 제3조제2호 의 규정에 적합할 것
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.(단서생략)
④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 동항제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액 및 자산총액의 계산에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.
⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표 1의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.
(1) 청구인의 ‘과세표준 및 세액의 경정청구서’, 처분청의 ‘경정청구에 대한 기각결정 통지’ 및 국세통합전산망(TIS)자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구인은 당초 최○○ 외 6인이 청구인을 소유하고 있었던 까닭에, 2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 중기법 시행령이 규정한 ‘중소기업’ 요건을 충족하고 있었다. (나) 그러나 2005.12.27.자 중기법 시행령 개정을 통하여, 종전에 일정 규모 이상의 상장법인이 30% 이상의 지분을 소유한 경우에만 중소기업에서 제외(소위 ‘독립성 기준’)하던 것을, 일정 규모이상의 법인이 30% 이상의 지분을 소요한 경우에는 중소기업에서 제외하는 것으로 그 요건을 강화하여, 결국 일정 규모 이상의 외국법인 또는 비상장법인 30% 이상의 지분을 소유하는 경우에도 해당 기업은 중소기업에서 제외되게 되었고, 청구인의 경우 200.12.1.자로 자산총액 5천억원 이상의 외국법인인 ○○가 청구인 발행주식 총수의 100%를 소유하게 되면서, 결국 중기법 개정령이 규정한 ‘중소기업’ 요건을 충족하지 못하게 되었다.
(2) 이에 대하여 청구인은, 조특법이 조특법상 중소기업 해당 여부에 대한 판단을 중기법 및 중기법 시행령에 의존하고 있으므로 조특법상 중소기업인지 여부는 중기법령의 해석에 따라야 하는 것인데, 중기법 개정령에 의하면 청구인은 2006.12.1. 이후 ‘중소기업’에 해당하지 않음이 원칙이나, 또 한편으로는 문리해석상 청구인에게 개정령 부칙 제2항에서 규정한 경과조치가 적용되어야 하므로, 결국 청구인은 2008.12.27.까지 ‘중소기업’에 해당하고(청구인은 중소기업청의 유권해석도 이와 같다고 주장하고 있다), 따라서 조특법상으로도 ‘중고기업’에 해당하는 이상 청구인에게 조특법 소정의 ‘중소기업에 대한 특별세액 감면’ 규정이 적용되어야 한다고 주장한다.
(3) 반면, 처분청은 개정령 부칙이 규정한 경과조치는, 중기법 시행령 개정 전 이미 비상장법인 또는 외국법인이 30% 이상의 지분을 소유하고 있던 ‘중소기업’이 중기법 개정령으로 인하여 ‘중소기업’에서 제외된 경우에만 적용되는 것이고, 청구인과 같이 중기법 시행령 개정 후 별도의 지분변동이 있는 경우에는 그 적용이 없는 것이므로, 이를 전제로 한 청구인의 위 주장은 받아들이기 어렵다는 의견이다.
(4) 참고로, 중기법 및 중기법 시행령의 소관청인 중소기업청은 개정령 부칙 제2항의 적용범위와 관련된 ‘인터넷질의응답민원(Q&A)'에서, 당초에는 “상기 부칙의 규정은 중기법 시행령 시행 당시(2005.12.27.)에 중소기업에 해당하는 기업이 영의 시행으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우(시행일 이후에 새로이 지분을 취득하여 30%이상 출자관계가 성립하여 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 포함)뿐만 아니라 개정 시행령 시행 이후 설립된 법인에 대해서도 동일하게 적용됩니다.”라고 답변(2008.4.3.)하였다가, 최근“2005.12.27. 개정된 중소기업기본법 시행령 시행 당시 이미 비상장법인(외국법인 포함)이면서 자산 5천억원 이상 법인이 30% 이상 소유한 경우에는 시행일로부터 3년간 중소기업 지위가 인정됩니다. 2005.12.27. 이후 이러한 관계가 성립하는 기업은 부칙의 경과조치의 적용을 받지 아니하고 바로 중소기업에서 제외됩니다.”라고 답변(2009.2.2.)하여 답변취지를 다소 변경한 바 있다.
(5) 살피건대, 청구인은 개정령 부칙으로 인하여 2005.12.27.자 중기법 시행령 개정 이후에도 청구인이 여전히 중기법 ‘중소기업’에 해당하고 따라서 청구인에게 조특법 소정의 ‘중소기업에 대한 특별세액 감면’ 규정이 적용되어야 한다고 주장하나, 법령 개정에 따라 발생하는 예상치 못한 불이익을 방지하기 위하여 경과조치가 규정되는 점을 고려할 때, 개정령 부칙 제2항은 중기법 개정령 시행일 당시에 이미 비상장법인 또는 외국법인이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하고 있었던 기업의 경우에 3년간 ‘중소기업’으로 인정하는 것이고, 시행일 이후에 새롭게 비상장법인 또는 외국법인이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하게 된 경우에는 이에 해당하지 않는 것으로 해석하는 것(기획재정부 조세특례제도과-744, 2008.10.27., 같은 뜻임)이 타당한 점, 청구인 주장과는 달리 중기법 및 중기법 시행령의 소관청인 중소기업청 역시 최근에는 위와 동일한 취지로 해석하고 있는 점, 조특법이 ‘중소기업’ 해당여부에 대하여 중기법의 내용을 따르고 있긴 하나 양 법령의 구체적인 제정취지가 서로 달라 그 판단기준이 반드시 일치하여야 하는 것은 아닌데, 그동안 조특법은 중소기업이 자연적 성장에 따라 ‘중소기업’에서 제외됨으로 인하여 급격한 세부담의 증가가 있는 경우에만 이를 완화하기 위하여 유예규정을 둔 사정을 고려하면 이 건의 경우와 같이 청구인이 ‘중소기업’에서 제외된 이유가 스스로의 지분변동에 의하여 소위 독립성 기준을 충족하지 못해서인 경우에는 유예기간을 인정할 필요성이 미약한 점 등을 종합하면, 결국 청구인은 조특법상 ‘중소기업’에 해당하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로, 청구인의 위 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.