토지와 건물의 가액이 불분명하다고 볼 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2009.7.10. 청구인에게 한 2002년 귀속 양도소득세 70,894,260원의 부과처분은 쟁점부동산의 양도가액 750,000,000원 중 쟁점토지의 양도가액은 293,000,000원, 쟁점건물의 양도가액은 457,000,000원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

○○○세무서장이 2009.7.10. 청구인에게 한 2002년 귀속 양도소득세 70,894,260원의 부과처분은 쟁점부동산의 양도가액 750,000,000원 중 쟁점토지의 양도가액은 293,000,000원, 쟁점건물의 양도가액은 457,000,000원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인 주장 [주위적청구] 청구인은 쟁점토지 등을 하○○○에게 양도하면서 토지가액은 3.3㎡당 약 3,960,000원(취득가액은 3.3㎡당 3,700,000원)으로 하고 쟁점건물의 가액은 건축원가를 감안하여 3.3㎡당 약 2,700,000원으로 하여 총매매가액을 750,000,000원으로 체결하였으나, 쟁점건물은 건축주 명의변경을 통하여 매수인 명의로 사용승인되어 소유권보존 등기되어 쟁점토지의 양도가액 입증자료로 별도의 구분계약서를 작성하는 것으로 하였기 때문에 위 사항을 매매계약서 특약사항에 부득이 기재하지 못하였던 것이며, 청구인이 위와 같이 총 매매가액을 구분하여 산정할 수 있었던 것은 쟁점토지의 양도당시 ㎡당 개별공시지가는 1,060,000원으로 취득 당시 ㎡당 개별공시지가 1,020,000원에 비하여 거의 지가상승의 차이가 없었을 뿐만 아니라 청구인이 쟁점건물을 건축하면서 관련 건축원가 등을 대략이나마 수첩에 기록하여 매수인에게 쟁점토지와 쟁점건물의 원가를 설명하면서 매매하였기에 가능하였던 것이다. 쟁점건물은 사용승인 전 명의변경에 해당하여 지방세법상 취·등록세 과세대상이 아니어서, 쟁점토지를 하○○○에게 소유권이전 등기를 해주기 위해서는 토지만의 거래가액을 명시한 구분계약서를 작성하여야만 하는 것이므로 청구인은 매수인과 쟁점토지의 가액을 지목 및 개별공시지가 등에 비추어 합당하게 협의하여 산정할 수 밖에 없었으며 부동산매매계약서상 기재된 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고 거래당사자가 쟁점토지 및 쟁점건물을 구분하여 쟁점토지의 매매가액을 명시적으로 작성한 구분계약서에 의하여 청구인이 세법상 무지로 쟁점건물의 양도가액을 제외하고 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고를 한 것은 설령 쟁점건물이 양도소득세 과세대상이라 하더라도 단순 과소신고에 불과한 것이므로 부과제척기간은 5년으로 보아야 할 것임에도 처분청이 쟁점토지의 구분계약서 작성을 사기 기타 부정한 행위로 보아 부과제척기간을 10년으로 보는 것은 매도자와 매수자의 협의에 따라 약정된 구분계약서의 존재 및 내용을 배척하는 자의적인 판단으로서, 첫째, 실지거래가액의 허위를 의미하는 이중계약서와 토지의 거래가액만을 기재한 구분계약서를 혼동하고 있는 점, 둘째, 쟁점토지의 취득가액은 273,600천원, 양도가액은 293,000천원으로 양도소득세 예정신고하였음에도 쟁점토지의 취득가액보다 낮은 금액을 매매가액으로 구분계약서를 작성하였다는 이의신청에 대한 결정서 내용은 사실관계를 소홀히 한 것으로서 구분계약서가 사기 기타 부정한 행위에 의한 이중계약서라고 주장하는 명확한 근거를 제시하지 못하고 추정에 근거하고 있는 점, 셋째, “구분계약서는 매수인이 인감증명서를 첨부하여 실가라고 확인해 준 사실이 있는 것으로 볼 때, 일괄계약서만이 존재하는 것으로 보아 쟁점토지의 실지 양도가액이 불분명하다고 단정하기는 어려운 것으로 판단”한 심판례(○○○ 2008.5.28.) 및 “토지 및 건물의 구분가액을 매매계약서 특약사항에 기재하지 못하여 추후 구분계약서를 작성한 경우 그 구분표시된 가액이 취득가액 및 사회통념, 개별공시지가 등에 비추어 크게 부당한 것으로 보여지지 아니하므로 거래당사자가 합의한 토지가액을 실지거래가액으로 인정함이 타당한 것으로 판단”한 관련 심판례(○○○ 2008.12.31.)가 다수 존재하고 있는 점, 넷째, 10년의 제척기간은 예외이고 5년의 제척기간이 원칙이라고 할 때, 예외규정의 적용범위가 확산되지 않도록 엄격 해석하는 것이 법해석의 일반적 원리이므로, 이는 부당한 것이라 아니할 수 없다. [예비적청구] 청구인이 대략 수첩에 기록한 쟁점건물의 원가내역의 구성을 살펴보면 건축비, 금융이자, 설계비, 철거비 및 쟁점건물에 설치한 가전제품 등으로서 그 원가의 합계가 거의 450,000,000원에 이르며 이에 대한 지출증빙 및 제반 경비 자료는 2008년 10월에 발생된 화재로 소실되어 구체적으로 제시할 수는 없으나 쟁점건물의 원가 구성에 가전제품 및 철거비 등도 포함되어 있어 단순히 기준시가에 의한 안분계산 규정을 적용하기에 다소 무리가 있으므로, 오히려 구분계약서 작성에 대한 동기 및 방법, 정도와 과정에 비추어 거래당사자가 협의하여 작성한 쟁점토지의 구분계약서상 매매가액을 쟁점토지의 양도가액으로 보는 것이 보다 합리적이라 할 것이다. 청구인은 분명 매수인과 협의하에 토지가액의 구분계약서를 작성하였고 당시 매수인은 자신의 인감증명서를 첨부하여 이를 확인하였음에도 어떠한 이유로 매수인이 작금에 앞뒤가 맞지 않는 구분계약서의 작성이나 이에 관한 사실을 알지 못한다고 부인하는 주장을 근거로 추정하여 청구인의 주장을 수용하지 않는 것은 억울하다 아니할 수 없는 바, 청구인이 신고한 구분계약서 토지가액을 부인하고 쟁점토지와 쟁점건물의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 [주위적청구] 청구인은 부과제척기간을 10년으로 보는 것에 대한 반증으로 쟁점토지를 매수인에게 소유권 이전 등기를 해주기 위하여 토지만의 거래가액을 명시한 구분계약서를 작성한 것으로 주장하고 있으나, 청구인은 건물 완공 직전에 건축주 명의 변경을 통하여 쟁점부동산을 양도하였으며 매수인과 매수인의 자(子) 및 중개인에게 유선으로 거래내용에 대해 확인한 바, 거래내용은 토지와 건물을 일괄로 양도한 것이며 토지 및 건물에 대한 각각의 구분없이 매매가액을 산정한 것으로 기억하고 있고, 매수인이 소유권을 이전받기 위해 토지 매매가액을 293,000,000원으로 기재된 매매계약서 및 거래사실확인서를 추가로 작성한 사실을 기억하지 못하고 있으며, 최초 매매계약서를 양도소득세 신고시 제출하지 않고 건물 양도차익에 대해 양도소득세 무신고하여 조세포탈을 가능하게 하여 부과 징수를 현저히 곤란하게 하는 등 적극적 부정한 행위에 해당되므로 이 건 부과처분은 정당하다. [예비적청구] 청구인은 일괄 매매 계약시 토지와 건물의 가액의 구분에 대한 언급이 없으며 청구인이 주장하는 구분가액이 토지와 건물의 양도당시 기준시가와 비교하여 각각 113.05%와 211.57%로 정상적인 거래에 비추어 토지와 건물의 가액을 합당하게 구분한 것으로 보이지 않으며, 청구인의 수첩에 기록한 쟁점건물의 원가내역에 대한 실증적 지출증빙없이 공사원가 자료로 제출하여 토지와 건물의 평가액에 대한 객관성이 결여되어 있다고 보여지며 토지와 건물의 가액을 구분하여 결정한 사실에 대한 어떤 증빙도 제시하지 못하고 있어 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가 비율에 따라 안분계산하여 토지와 건물의 양도가액을 결정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 (주위적청구) 청구인의 쟁점부동산 양도에 대하여 부과제척기간을 10년으로 보아 과세한 처분의 당부 (예비적청구) 쟁점토지만의 구분계약서 금액을 인정하지 아니하고, 쟁점부동산의 토지·건물가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(2) 소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

4. 취득후 1 년 이내의 부동산인 경우 제97조 【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액 제100조 【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (3) 소득세법 시행령 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제166조 【양도차익의 산정 등】④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. 제176조의 2 【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액" 이라 함은 다음 각 호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제6호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가 제3항 제1호의 매매사례가액 × ───────────────── 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규 정에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

(3) 부가가치세법 시행령 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 쟁점부동산 양도소득세 경정 경위를 보면, 2002.2.28. 청구인은 쟁점토지를 273,600,000원에 취득하고 2002.6.23. 그 지상에 쟁점건물을 신축하는 과정에서 쟁점건물의 준공과 미비된 시설물은 모두 청구인이 책임지는 조건으로 매수자 하○○○과 750,000,000원에 양도하는 매매계약 체결한 후, 2002.10.30. 쟁점토지에 대하여 양도소득세 예정신고를 하면서 매매금액 293,000,000원으로 기재된 별도의 구분계약서를 첨부하여 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하였는데, 2009.7.10. 매수자 하○○○이 쟁점부동산을 양도하고 처분청에 양도소득세를 신고하면서 청구인과 체결한 750,000,000원의 매매계약서(이하 “일괄계약서”라 한다)를 제출하자, 처분청은 청구인이 당초 쟁점토지만을 양도한 것으로 신고한 구분계약서를 인정하지 아니하고 쟁점건물에 대한 양도소득세를 신고누락한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 경정고지한 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 이 건 양도소득세 결정내역을 보면, 쟁점부동산에 대한 청구인의 보유기간이 1년 미만으로서 실지거래가액 신고대상임에 따라, 청구인과 하○○○이 체결한 750,000,000원의 쟁점부동산 매매계약서는 인정하되, 쟁점토지에 대한 293,000,000원의 구분계약서는 세금을 탈루하기 위한 허위의 계약서로 판단하여 국세기본법 제26조의2 에 의하여 부과제척기간 10년을 적용하고, 쟁점토지와 쟁점건물의 구분이 불분명한 것으로 판단하여 쟁점부동산의 양도가액 750,000,000원을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분하여 산정한 후 쟁점토지의 취득가액은 청구인의 신고가액을 인정하고 쟁점건물의 취득가액은 공사원가가 불분명한 것으로 보아 취득 및 양도당시 기준시가로 환산하여 실지거래가액에 의한 방식으로 양도차익을 산정한 사실이 나타난다.

(3) 쟁점부동산에 대한 처분청의 결정 및 청구인이 주장하는 양도가액과 취득가액은 아래 <표1>과 같다. <표1> 양도 및 취득가액 비교 (단위: 천원) 구 분 쟁점 토지 쟁점 건물 합 계 양도가액 취득가액 양도가액 취득가액 양도가액 취득가액 처분청 결정 407,664 273,600 342,336 339,762 750,000 613,362 청구인 주장 293,000 273,600 457,000 453,526 750,000 727,126

(4) 청구인과 매수자 하○○○이 2002.6.23. 체결한 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면 매매대금은 토지와 건물을 구분함이 없이 750,000,000원이며, 부동산중개인은 ○○○부동산으로 기재되어 있고, 특약사항 내용 중에 ‘현재 미등기이며 매도자가 준공은 책임지기로 한다’라고 기재되어 있음이 나타난다.

(5) 청구인과 하○○○이 2002.9.4. 체결한 것으로 되어 있는 쟁점토지 매매계약서에 의하면 매매대금이 293,000,000원이며, 부동산중개인란은 기재되어 있지 아니하고, 특약사항으로 ‘매도일까지의 제세공과금은 매도인이 부담한다’라고 기재되어 있음이 나타난다.

(6) 2002.1.16. 체결한 청구인의 쟁점토지 매매 계약서에 의하면 청구인이 이○○○으로부터 쟁점토지를 273,600,000원에 매수한 것으로 기재되어 있고, 처분청 결정내용을 보면 청구인의 쟁점토지 취득가액에 대하여는 다툼이 없음이 나타난다.

(7) 청구인이 쟁점건물에 대한 공사원가를 제시하지 못하는 이유로 자신의 사업장에 화재가 발생하여 증빙이 모두 소실되었다고 주장하고 있는 바, ○○○이 발급한 “화재증명원”과 ○○○경찰서장이 발급한 “사건사고사실확인원”에 의하면 청구인이 운영한○○○에 2008.10.18. 01:21경 화재가 발생한 사실이 나타난다.

(8) 청구인으로부터 쟁점부동산을 매수한 하○○○이 2002.10.6. 작성한 확인서에 의하면 쟁점토지의 가액을 293,000,000원에 거래하였음을 확인한 것으로 기재되고 인감도장이 날인되어 있으며, 2002.8.21. 발급받은 하○○○의 인감증명서가 첨부되어 있는 것으로 나타난다.

(9) 쟁점토지 공시지가 확인원에 의하면 쟁점토지 취득일인 2002.2.28. 당시 공시지가는 ㎡당 1,020,000원이고, 쟁점토지 양도일인 2002.10.7. 당시 공시지가는 ㎡당 1,060,000원으로 변동된 것으로 나타나며, 쟁점건물의 일반건축물대상에 의하면 2002.8.9. 사용승인을 받고 동일자에 매수자인 하○○○으로 소유권 등록하였음이 나타난다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 주위적 청구에 대하여 살펴보면, 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 신고하면서 제출한 매매계약서가 신고목적으로 매수자와 합의하여 작성된 것일 뿐 허위로 작성된 것이 아닌데도 사기 기타 부정한 행위로써 10년의 부과제척기간을 적용하는 것은 부당하다는 주장이나, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 의하면 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 10년의 부과제척기간을 적용하도록 규정하고 있고, 동 규정에서 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 납세자가 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 함으로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 것인 바, 설령 청구주장과 같이 양도소득세 신고를 위하여 매수인과 합의하여 쟁점토지만을 양도한 것으로 구분계약서를 작성하였다 하더라도 당초 작성된 계약서와 달리 쟁점토지만을 양도한 것으로 보이는 구분계약서를 양도소득 과세표준 신고시에 제출하여 쟁점건물을 제외한 쟁점토지에 대한 양도소득세만 신고하였고, 이로 인하여 청구인이 쟁점건물까지 포함하여 양도한 사실을 처분청이 인지하지 못하게 하여 쟁점건물에 대한 처분청의 부과징수권 행사를 곤란하게 함에 따라 결과적으로 청구인이 부담하여야 할 조세를 부당히 감소시킨 행위가 있었다고 보이므로 처분청이 부과제척기간을 10년으로 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(11) 예비적 청구를 살펴보면, 처분청은 쟁점토지만을 양도한 것으로 기재된 구분계약서가 당초 계약서와 구분계약서의 거래일, 특약사항, 중개인 등의 기재사항이 달리 기재된 점을 들어 이를 인정하지 아니하고 쟁점토지의 양도차익을 산정하면서 취득가액은 청구인이 신고한 가액을 실지거래가액으로 인정하여 273,000천원으로, 양도가액은 토지, 건물 일괄 계약한 750,000천원을 기준시가로 안분하여 쟁점토지의 실지거래가액을 407,664천원으로 하여 이 건 양도소득세를 결정하였으나, 토지만의 구분계약서가 당사자간에 작성되었고 이 계약서는 매수인이 인감증명 및 거래사실확인서에 의해 실가라고 확인해 준 경우 토지와 건물의 가액 구분이 불합리하다고 인정되지 않는 한 일괄계약서만이 존재한다고 보아 쟁점토지의 실지양도가액이 불분명하다고 단정하기는 어려운 것○○○ 2008.5.28. 참고)인 바, 청구인이 쟁점건물 신축 중에 매수자와 일괄계약서를 체결하면서 특약사항으로 건물 준공은 청구인이 책임지기로 약정함에 따라 쟁점건물은 준공시 매수자 명의로 사용승인받고 이후 남아 있는 쟁점토지의 등기이전을 위하여는 쟁점토지만의 계약서가 필요하여 구분계약서를 작성하였다고 보이는 점, 청구인이 쟁점토지에 대한 양도소득 과세표준을 신고하면서 구분계약서와 함께 매수자 하○○○이 확인한 거래사실확인서와 인감증명서를 첨부하여 제출한 사실로 볼 때 구분계약서를 전혀 신뢰할 수 없다고 보기 어려운 점, 청구인의 쟁점토지 취득가액이 273,600천원임에는 처분청과 다툼이 없고 기준시가가 취득당시 ㎡당 1,020,000원에서 양도당시 1,060,000원으로서 가격변동률이 미미하고 청구인의 쟁점토지 보유기간이 약 8개월에 불과한 점을 고려할 때 처분청이 기준시가로 안분하여 산정한 쟁점토지 양도가액 407,664천원은 쟁점토지의 실지취득가액 273,600,000원 보다 49% 높은 가액으로서 오히려 실지 취득가액에서 7.1% 상승한 구분계약서상의 293,000,000원이 쟁점토지의 실지양도가액으로서 적정하다고 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 양도한 쟁점부동산의 양도가액 750,000,000원 중 구분계약서에 기재된 293,000,000원을 쟁점토지의 실지양도가액으로, 나머지 가액을 쟁점건물의 양도가액으로 하여 각각의 양도차익을 산정함이 타당하다고 보인다. 따라서 처분청이 구분계약서상 쟁점토지의 양도가액인 293,000,000원을 인정하지 아니하고 쟁점부동산의 양도가액 750,000,000원을 기준시가로 안분하여 쟁점토지와 쟁점건물의 실지양도가액으로 산정하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.