건축자재 관련 실물거래없는 가공세금계산서를 수취하였는지 여부

○○○세무서장이 2009.8.3. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도분 7,741,290원과 2008사업연도분 21,391,130원의 부과처분과 소득금액변동통지처분(2007년 귀속분 42,341,560원, 2008년 귀속분 129,922,389원)은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 종합건설업체인 청구법인은 공사물품 납품업체인 ○○○(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 건설부자재와 안전장구 등을 매입한 것으로 하여 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 중 5건의 세금계산서(공급가액 72,026,450원)와 2008년 제1기 과세기간 중 7건의 세금계산서(공급가액 137,238,454원, 12건의 세금계산서를 이하 “전체세금계산서”라 한다)를 수취한 후 부가가치세 및 법인세과세표준 신고시 매입세액을 공제하고 공급가액을 손금산입하였다.
• 나. ○○○세무서장은 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사를 실시한 뒤 쟁점거래처를 부분자료상으로 고발하고, 전체세금계산서상 거래 중 2007년 제2기분 공급가액 38,492,328원과 2008년 제1기분 공급가액 118,111,263원(이하 “쟁점거래분”이라 한다)을 가공거래로 보아 처분청에 과세자료를 통보하자, 처분청은 이를 근거로 하여 2009.8.3. 청구법인에게 부가가치세 2007년 제2기분 6,800,820원, 2008년 제1기분 20,223,010원과 법인세 2007사업연도분 7,741,290원, 2008사업연도분 21,391,130원을 경정·고지하고, 쟁점거래분에 부가가치세를 포함한 금액을 대표자 상여처분한 뒤 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2002.8.28. 개업한 종합건설법인으로서, 쟁점거래처와 2007년 제2기 및 2008년 제1기 과세기간 중 철물 등의 건설부자재 및 안전장구 등을 매입하고 매월말에 전체세금계산서를 교부받았으며, 교부받은 당해 세금계산서와 일치하는 거래명세표를 일자별로 보관하고 있고, 거래대금을 12회는 무통장입금 및 계좌이체의 방법으로, 1회는 현금으로 13회에 걸쳐 쟁점거래처에 지급하였다. 청구법인이 쟁점거래처로부터 매입한 물품은 각 공사현장에서 필수적으로 소요되는 소모품 등으로 각종 공사관련 잡철물, 안전장구, 건축관련 부수품목들로 이루어져 있으며, 매입금액도 이 건 과세기간 의 전체 매입액 2,362,400천원 중 209,274천원으로 8.8% 수준이고, 공사수입금액 3,183,454천원의 6.5% 수준으로 공사실적과 대비하면 정상적으로 소요되는 정도의 물품매입비용에 해당된다. 특히 매입거래처 명세에 동종의 유사물품을 매입한 거래처가 없는 점에서도 쟁점거래처와 실물거래를 하였다는 사실을 알 수 있으며, 전주세무서장이 쟁점거래처에 대하여 자료상혐의조사를 실시한 뒤 부분자료상으로 검찰에 고발하면서 제출한 고발장 및 범죄일람표에는 청구법인이 포함되어 있었으나 검찰 조사결과 청구법인은 정상거래자로 밝혀져 공소장 및 범죄일람표의 공급받는 자 명부에서 제외되었다. 처분청은 청구법인이 2008.4.14. 쟁점거래처에 매입대금으로 계좌이체한 금액 170백만원이 입금된 후 ○○○이 쟁점거래처에 입금한 85,120천원과 함께 2일 후 255,120천원으로 인출되어 ○○○ 외 2인에게 송금된 것을 이유로 쟁점거래분을 가공거래로 보았으나, ○○○세무서장은 당초 자료상혐의자조사를 할 때 쟁점거래처 대표자 ○○○로부터 엇갈리는 진술만 확보하였을 뿐이며, 위의 금액이 청구법인에게 재입금되었다는 사실에 대한 확증이 없음에도 위의 금전거래가 청구법인과 연계되었다고 막연히 추정하여 가공거래로 인정한 것은 잘못이 있다 하겠다. 처분청은 쟁점거래처에 대한 자료상조사 당시 청구법인의 대표자 ○○○의 명함에 ○○○의 법인명이 함께 기재되어 있는 것을 근거로 ○○○이 ○○○의 실질적인 대표자라는 의견이나, ○○○은 터파기전문의 ○○○업자이고, 청구법인은 종합건설면허를 보유한 건설업자로서 청구법인이 ○○○로부터 공사도급을 받아 ○○○에 하도급을 주었던 관계로 일시적으로 그러한 명함을 사용하였을 뿐이고, 이러한 명함의 공유는 소규모 건설업자간의 오래된 관행이며 ○○○의 대표자인 ○○○ 등과 청구법인의 대표자는 아무런 관련이 없다. 처분청은 쟁점거래처의 이 건 과세기간 중 전체 매입액 534,768천원 중 471,100천원이 가공매입액이기 때문에 실제 매입액은 63,668천원에 불과하므로 청구법인과 쟁점거래처간의 거래를 가공거래로 보았으나, 쟁점거래처가 취급하는 물품은 철물, 부자재 등이며 대부분 영세업체가 제조하여 공급하는 건설물품으로 공급자는 차량 등에 물품을 적재하고 전국을 순회하면서 세금계산서의 수수없이 현금거래하는특성상 실제 물품을 매입하고도 세금계산서는 수취하지 못하는 반면, 쟁점거래처가 청구법인과 같은 법인건설업자와 거래할 때 세금계산서를 교부하여야 하기 때문에 매출이 노출되어 부가가치세 신고시 일정 부분 사실과 다른 위장세금계산서의 수취가 불가피한 실정이며, 쟁점거래처도 매입물품에 대한 위장 세금계산서를 교부받은 것인데도, 이러한 현실을 감안하지 아니한 채 단순히 전체 매입액에서 가공매입액을 차감하여 청구법인과 한 쟁점거래분을 가공거래로 추정하는 것은 현실을 무시한 것이다. 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 매입한 자재가 작업일보에 기재되지 아니하고 시멘트 등의 운반내역이 없으며, 쟁점거래처의 매입처 중 갈탄, 합판 등을 취급하는 거래처가 없다는 이유로 쟁점거래분을 가공거래로 보았으나, 청구법인은 관급공사가 아닌 개인공사 위주의 소규모 건설업자로서 대부분의 경우 공사계약서와 함께 공사원가계약서를 같이 제출하여 계약하며 당해 계약서상에 소모품 등의 잡자재와 철물 등이 계상되어 있다고 보아야 하고, 현장소장 등이 업무가 많아 시간이 없는 관계로 실제 공사일보 등을 작성할 여유가 없어 이를 기재하지 못한 경우가 있으며, 모든 자재가 대형 건설업자처럼 체계적으로 관리되지 못하므로 작업일보에 투입자재가 기록되지 아니하였다는 이유로 자재투입을 부인할 수는 없으며, 공사원가 산정시 예측하지 못한 공사종류가 수시로 발생하므로 이에 따른 원가를 빠짐없이 작성하지 못하고 일괄적으로 계약하며, 실제 공사현장에서는 각종 자재 등이 소요되어 대부분의 일반 잡자재는 현장에서 필요한 때 수시로 매입하고, 시멘트 등은 대량 구입하여 자재창고에 보관하다가 현장별로 공급하는 등의 형태로 공사를 하고 있으며, 자재의 매입 및 현장운송은 거래처가 하거나 청구법인이 직접 하므로 운송기록이 없는 것이고, 쟁점거래처의 매입처 중 갈탄 등을 취급하는 거래처가 없는 것은 쟁점거래처가 무자료 매입을 하였기 때문이며 쟁점거래처의 매입처명세에 해당 물품을 취급하는 거래처가 명시되어 있지 아니하다 하여 청구법인과의 쟁점거래분을 가공거래로 단정할 수는 없다. 따라서, 청구법인이 쟁점거래처로부터 실물을 매입하고 공사대금을 지급한 사실이 분명하므로 전체세금계산서상 쟁점거래분에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하고, 매입금액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 뒤 매입대금을 대표자 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 소명자료로 제출한 거래명세표와 쟁점거래처와의 거래원장을 대사한 바, 거래원장에 없는 거래명세표는 모두 거래일자가 기재되어 있지 아니하고 실제 거래한 것만 일자가 기재되어 있는 점을 볼 때, 실지거래와 가공거래를 구분하여 관리한 것으로 인정되며, 2008년 거래분은 거래원장조차 존재하지 아니한다. 또한, 쟁점거래처로부터 매입한 원자재가 투입된 ○○○공장 신축공사와 관련된 공사일보 및 견적서를 분석한 바, 각재, 합판, 시멘트 등의 원자재를 반입만 것만 기록되어 있고 필수적으로 수반되는 인력투입이 전혀 없으며, 건축공사에서 레미콘을 매입한 내역이 있음에도 쟁점거래처로부터 동절기에 다량의 시멘트를 매입한 반면 시멘트 매입이 있으면 이를 배합할 모래, 자갈의 반입이 필수적임에도 그러하지 아니한 점 등을 고려할 때, 공사일보는 신빙성이 없다. 청구법인은 쟁점거래처로부터 시멘트, 합판, 갈탄, 각재 등을 매입하였다고 주장하지만 당해 자재를 건설현장으로 이송한 내역을 입증할 만한 운송장, 출하내역서 등 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으며, 청구법인은 매입대금을 지급하면서 쟁점거래처의 기존 예금계좌○○○가 아닌 2008.4.14. 별도로 개설된 예금계좌○○○로 170백만원을 이체하였고, 쟁점거래처 대표자 ○○○는 2008.4.16. 당해 예금계좌에서 ○○○ 외 2인에게 송금한 이유에 대하여 진술을 계속 번복하고, 대금결제한 후 새로운 예금계좌를 개설하여 매입대금을 이체하고 2일 후에 인출하여 타인에게 지급한 것은 정상적인 거래로 보기 어려우므로, 청구법인과 쟁점거래처간의 쟁점거래분을 가공거래로 보아 부가가치세와 법인세를 부과하고 대표자 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 자료상으로 고발된 쟁점거래처로부터 건축공사와 관련한 자재를 일부는 실제로 매입하지 아니한 것으로 보아 교부받은 세금계산서상 쟁점거래분에 대한 매입세액을 불공제하고, 공급가액을 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 부과하고, 공급대가를 대표자 상여처분한 뒤 소득금액변동통지한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제53조【세금계산서】① 법 제16조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소 2의2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

7. 사업자단위과세사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호 (3) 법인세법 제14조【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다. 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 전체세금계산서상 거래내역을 보면 아래〈표1〉과 같다. 〈표1〉전체세금계산서상 거래내역

(2) 청구법인은 쟁점거래처와 거래하면서 수취한 것이라고 주장하면서 아래〈표2〉및〈표3〉과 같이 기재되어 있는 거래명세표를 제시하고 있으며, 2007년 제2기의 거래명세표 중 일부는 공급받는 자의 내역에 ○○○이라고만 기재되어 있고, 쟁점거래처의 매출처원장과 대조하면 상호 차이가 발생하는 부분이 있다. 〈표2〉2007년 제2기 과세기간 거래명세표 기재내역

○○○

(3) 청구법인이 이 건 과세기간 중 쟁점거래처에 거래대금을 지급한 내역을 보면 아래〈표4〉와 같다. 〈표4〉거래대금 지급내역 -생략

(4) 청구법인은 2007.12.17.부터 2008.4.10.까지는 쟁점거래처에 대한 매입대금을 ○○○에 입금하였으나 2008.4.14.에는 ○○○ 명의로 새로이 개설된 ○○○에 입금하였고, ○○○는 2008.4.16. 당해 계좌에서 ○○○ 83,960천원, ○○○ 88,380천원, ○○○ 82,780천원, 합계 255,120천원을 인출하여 송금한 사실이 예금거래내역에 의하여 확인된다.

(5) 쟁점거래처 대표자 ○○○는 2008.7.14. ○○○세무서장에게 청구법인과 실제거래를 한 뒤 매출처원장에 기재하여 보관하고 있으며, 관할경찰서장에게 이를 제출하였고, 청구법인으로부터 받은 매입대금을 자재대금 및 ○○○ 외 2인으로부터 차입한 금전을 상환하는 용도로 사용하였다는 내용의 답변서를 작성하여 제출하였다.

(6) ○○○지방검찰청이 쟁점거래처에 대하여 조세범처벌법 위반혐의로 공소를 제기하면서 첨부한 범죄일람표목록에 기재되어 있는 매출세금계산서의 명세에 청구법인이 교부받은 전체세금계산서는 포함되어 있지 아니하다.

(7) 청구법인은 이 건 과세기간 중 2007.9.15. ○○○와 계약금액을 1,728,600천원(부가가치세 포함)으로 하며 공사기간을 2007.9.17.부터 2008.2.29.까지로 하는 공장신축 공사도급계약을 체결하여 매출공급가액으로 2007년 제2기 848,496,000원, 2008년 제1기 722,958,545원을 신고하였고, 2007.11.13. 남원시장과 공사기간을 2007.11.19부터 2009.2.6.까지로 하고 계약금액을 1,389,148천원으로 하여 인월시장 환경개선사업 공사도급계약을 체결하여 공사를 진행하였으며, 2008.4.22. ○○○와 공사기간을 2008.5.1.부터 2008.9.30.까지로 하고 계약금액을 168,000천원으로 하는 근린생활시설 건축공사계약을 체결한 사실이 공사도급계약서 등에 의하여 확인된다.

(8) 청구법인은 2008.1.5. ○○○과 공사기간을 2008.1.1.25.부터 2008.3.31.까지로 하며 하도급금액을 556백만원으로 하는 ○○○공장 신축공사 중 철근·콘크리트공사 하도급계약을 체결하고, 2008.1.7. 100,500천원, 2008.2.27. 110,000천원, 2008.4.2. 30,006,500원을 지급한 사실이 예금계좌○○○ 거래내역에 나타난다.

(9) ○○○은 본점소재지를 ○○○으로 하여 2005.8.11. 설립한 법인이고, 임원은 대표이사 ○○○이며, 2007년말 ○○○이 22,550주, ○○○이 18,450주를 각각 출자한 사실 등이 법인등기부 등에서 나타난다.

(10) 처분청이 작성한 과세자료 검토조서에는 다음과 같은 내용이 조사되어 있다. (가) 쟁점거래처에서 원자재를 매입하여 청구법인이 시공한 ○○○공장 신축공사관련 견적내역서, 공사일보에 건축공사비 792백만원 중 쟁점거래처로부터 매입한 130백만원만 기재되어 있어 작업일보에 기록한 동 신축공사와 관련된 자재반입이 정확하다고 볼 수 없다. (나) 쟁점거래처의 거래처원장에 기재되어 있는 2007.10.2.부터 2007.12.25.까지의 금액 22,392천원에 해당하는 거래는 실제거래로 인정되지만, 그 이외에 청구법인이 보관하고 있는 거래명세표와 쟁점거래처의 거래원장을 비교한 바, 거래처원장에 없는 거래명세표는 거래명세서상 코드 밑에 일자를 기입하지 아니하는 방법으로 실제거래와 가공거래를 구분한 것으로 판단되며, 쟁점거래처는 2008년 거래분을 거래처원장에 기재하지 아니하여 실제거래하였다고 받아들일 수 없다. (다) 각재, 합판, 시멘트 등 원자재 반입이 이루어지면 그에 따른 인력투입이 수반되어야 하나 그에 대한 기록이 없으며, 레미콘을 이미 매입한 내역이 있음에도 동절기에 다량의 시멘트를 매입하였고, 이를 배합할 모래, 자갈의 반입이 필수적임에도 매입한 사실이 없다. (라) 청구법인이 매입대금으로 지급하였다고 주장하는 금융거래내역은 쟁점거래처의 기존 거래계좌○○○에 의하여 확인되나, 쟁점거래처는 2008.4.14. 다른 ○○○를 개설하여 같은 날 170백만원을 청구법인으로부터 송금받았지만 거래처 대금결제, 차입금변제 등으로 사용하지 아니하였으며, 쟁점거래처 대표자 ○○○는 당해 금액에 대하여 청구법인으로부터 매입대금을 송금받은 후 평소 금전거래가 있는 ○○○의 지시로 ○○○ 외 2인에게 송금한 것이라고 진술하여 ○○○세무서장이 조사시 ○○○에게 확인한바, ○○○은 전혀 그런 사실이 없다고 부인하였고, 또한 ○○○는 위 금액을 송금받은 후 ○○○ 대표자[청구법인과 ○○○의 실제 대표자는 ○○○임]가 빌려 달라고 하여 다시 송금하였다고 진술하는 등 내용을 번복한 점으로 보아 가공거래사실을 조작하기 위하여 금융거래자료를 이용한 것으로 보여진다.

(11) ○○○세무서 조사공무원이 작성한 쟁점거래처에 대한 자료상혐의자 조사종결복명서에는 다음과 같은 내용이 조사되어 있다. (가) 쟁점거래처가 부가가치세를 신고한 내용을 보면, 2007년 제2기의 매출과세표준이 223,912천원이고 매입과세표준이 79,727천원이며, 2008년 제1기의 매출과세표준이 932,945천원이고 매입과세표준이 465,999천원임이 확인된다. (나) 쟁점거래처의 2007년 제2기의 매입처 중 ○○○은 2006.10.31. 부도가 발생하여 2007.12.7. 법원으로부터 회생인가를 받아 현재 법정관리 중에 있고, 업종이 쟁점거래처와는 무관한 주택신축판매업을 영위하고 있으며, 당해 법인과 쟁점거래처 대표자가 가공거래한 사실을 확인하여 2007년 제2기 매입분 71,000천원을 가공거래로 확정하였고, 2008년 제1기 매입처 중 ○○○도 2007.8.28. 부도가 발생하여 2008.8.29. 법원으로부터 회생인가를 받아 현재 법정관리 중에 있으며, 업종이 쟁점거래처와는 무관한 가전제품 제조용 ○○○ 제조업이며, 당해 법인과 쟁점거래처 대표자가 가공거래한 사실을 확인하여 2008년 제1기 매입분 400,100천원을 가공거래로 확정하였다. (다) 청구법인과 ○○○에 대한 매출은 쟁점거래처 대표자 ○○○가 제시한 장부 및 기존 거래계좌○○○에 의하여 확인됨에도, 2008.4.14. 다른 ○○○를 개설하였고, 같은 날에 청구법인으로부터 170,000천원, ○○○로부터 85,120천원, 합계 255,120천원이 입금된 후에 2008.4.16. 계좌이체를 통하여 그 금액을 ○○○(88,380천원), ○○○(83,960천원), ○○○(82,780천원)에게 송금한 사실이 확인되며, 계좌개설한 날과 같은 날에 입금이 되고, 같은 금액을 2일 후에 송금한 것은 거래사실을 위장하기 위하여 금융기관을 이용하여 금융거래자료를 조작한 전형적인 자료상 행위에 해당된다. (라) 쟁점거래처 대표자 ○○○는 2008.11.14. ○○○세무서에 출석하여진술하고 작성한 전말서에서 ① 2007년 제2기 및 2008년 제1기 중 자동차를 이용하여 판매하는 자들로부터 가공거래분 해당 물품을 구입한 뒤 매입대금은 현금으로 지급한 사실, ② 쟁점거래처가 2007년 제2기 중 청구법인에게 발행한 세금계산서 4매의 공급가액 72,026천원 중 33,535천원은 실제거래분이며, 전체세금계산서 중 2008년 제1기에 청구법인에게 발행한 세금계산서 7매 공급가액 137,238천원 중 19,128천원은 실제거래분이고, 나머지 금액도 실제거래한 금액이며 공급가액을 과다하게 발행한 것이 아닌 사실, ③ 2008.4.14. 새로이 ○○○계좌를 개설한 특별한 사유는 없으며, 청구법인과 ○○○로부터 당해 예금계좌로 대금을 송금받아 ○○○ 외 2인에게 지급한 이유는 ○○○에 거주하는 ○○○의 요청 때문인 사실, ④ 새로이 개설한 ○○○계좌의 거래내역을 제시할 당시에는 ○○○ 대표자가 금전을 빌려 달라고 하여 다시 송금하였다고 진술한 뒤 번복한 것은 당시에는 음주를 하여 사실과 다르게 진술한 것이고 이번 진술이 맞다는 사실 등을 각각 진술한 것으로 확인된다.

(12) 먼저, 청구법인이 실물거래를 하였는지 여부에 대하여 본다. 우선 처분청은 쟁점거래처의 거래처원장과 청구법인이 제시한 거래명세표를 비교하여 거래처원장에 기재되지 아니한 거래는 가공거래로 보았으나, 청구법인이 제시한 거래명세표 중 2007년 제2기 중에는 일부 거래명세표에 공급받는 자가 구체적으로 기재되어 있지 아니하나 2008년 제1기 거래명세표에는 그러한 자료가 없으며, 거래명세표상 공급받는 자가 상세하게 기재된 것 중에도 쟁점거래처의 거래처원장에 기재되어 있지 아니한 내역이 있고, 쟁점거래처는 2008년에 거래처원장을 기장하지도 아니한 점 등을 고려하면, 쟁점거래처 거래처원장과 청구인이 제시한 거래명세표상 차이가 있다고 하더라도 실제 매입대금의 수수 여부 등을 확인하지 아니한 채 차이가 발생하는 거래를 모두 부인하는 것은 근거과세의 원칙에 위배된다고 보여진다. 또한, 처분청은 동절기에 시멘트를 구입하였으나 관련자재의 매입실적이 없으므로 가공거래로 보았으나, 청구법인은 이 건 과세기간 중 2008.1.7. 500포 2,150,000원의 시멘트를 구입하였을 뿐이고, 시멘트도 소규모로 다양하게 사용할 수 있으므로 콘크리트타설공사에만 투입할 목적으로 구입하였다는 전제하에 자갈 등 관련자재의 매입이 없다는 사유로 부인하는 것은 타당하지 아니하며, 청구법인이 이 건 과세기간 중 ○○○공장 신축공사, ○○○ 신축공사를 수행한 사실을 고려하면, 지나치게 많은 물량을 구입한 것으로 보이지 아니하고, ○○○세무서장이 쟁점거래처를 자료상혐의자 고발한 것에 대하여 관할검찰청에서 쟁점거래처의 대표자를 기소한 혐의내용에 전체세금계산서를 포함하지 아니한 것도 쟁점 거래분을 가공거래로 인정하지 아니한 사실을 뒷받침한다 하겠다. 그리고, 처분청은 청구법인이 2008.4.14. 쟁점거래처에 거래대금을 송금한 예금계좌가 신규로 개설된 것이고 쟁점거래처가 송금받은 거래대금을 사용한 내역이 불분명하므로 이를 실물거래로 위장하기 위한 것으로 보았으나, 청구법인이 제출한 거래명세표상 2008년 3월까지의 거래대금은 201,798,124원이고, 2008.4.10.까지 지급한 거래대금은 21,297,645원으로 차액인 180,500,479원은 외상매입금에 해당되고, 2008.4.14. 지급한 금액이 170,000천원으로서 외상매입금에 상당한 금액인 점을 감안하면 실물거래는 있었던 것으로 인정되며, 그 금액을 쟁점거래처의 대표자가 새로이 개설된 계좌로 수령하였다가 2일 후에 인출하였다 하더라도 당해 금액이 청구법인에게 다시 송금되었다는 등의 반증이 없어 거래 자체를 가공거래로 부인하기는 어렵다 하겠다.

(13) 위와 같이 전체세금계산서와 관련된 거래 중 쟁점거래분은 실물거래이지만 해당 세금계산서가 공급자가 사실과 다른 것인지 여부에 관하여 보면 다음과 같다. 쟁점거래처는 자료상으로 고발된 사업자이고, 세무조사한 내용에 2007년 제2기 매입금액 79,006천원의 89.8%가 가공매입금액이고, 2008년 제1기의 매입금액 455,699천원의 87.8%가 가공매입금액인 사실이 조사되어 있는 점 등을 감안하면, 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 전체세금계산서 중 쟁점거래분은 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보여지고, 청구법인이 거래증빙으로 제시한 거래명세표 중 일부에는 공급받는 자가 ○○○로만 기재되어 있고, 다른 일부에는 인수자가 기재되어 있지 아니하거나 ○○○로 기재되어 있어 다른 거래명세표의 인수자○○○와 다른 사실 등을 고려하면, 청구법인이 공급자가 사실과 다른 세금계산서를 수취하며 거래상대방이 자료상인지 여부에 대한 통상적인 주의의무를 다하였다고 보기도 어렵다.

(14) 따라서, 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 전체세금계산서중 쟁점거래분은 실물거래한 것으로는 보이나, 전체세금계산서 중 쟁점거래분은 사실과 다른 세금계산서이며 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수도 없으므로 해당 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.