주무관청에 등록된 종교단체에 해당하지 않아 이자소득에 대한 납세의무 있음

• 가. ○○○○교회(이하 “청구교회”라 한다)는 2009.3.27. 청구교회의 이자소득금액 ○○백만원에 대하여 금융기관이 원천징수한 법인세 ○○백만원을 환급해 달라는 취지의 20××사업연도분 법인세과세표준 및 세액신고서를 제출하였다.
• 나. 처분청은 청구교회가 구 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항에서 규정하고 있는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 해당하지 않는다는 이유로 2009.9.7. 청구법인에게 법인세 환급 거부처분을 하였다.
• 다. 청구교회는 이에 불복하여 2009.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구교회는 처분청으로부터 법인으로 보는 단체의 고유번호(○○○-○○-○○○○○)를 발급받는 비영리법인으로서 19××년×월×일 설립된 재단법인 ○○○○○○회 총회유지재단 산하에 있는 교회임이 법인등기부등본, 법인설립허가증(문화관광부장관), 소속증명서에 나타나므로 이자소득에 대한 법인세를 환급해야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법제29조 제1항에서 “비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 ”고유목적사업 등“이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 이자소득금액 등을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”는 취지로 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제56조 제1항에는 “법 제29조 제1항 본문 중 ‘대통령령이 정하는 단체’라 함은 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체”라고 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제366조 제1항 제1호 마목에는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”라고 규정되어 있다. 그러나, 청구교회는 설립허가를 받아 종교단체로 등록한 재단법인 ○○○○○○회 총회 유지재단의 소속 교회이나 동 재단과 별개로 설립되어 자신의 계산과 명의로 수입과 재산을 독립적으로 관리하고 있을 뿐 아니라 주무관청인 문화체육관광부에 종교단체로 등록되지 않아 고유목적사업준비금 설정대상이 아니므로 법인세를 환급하지 않은 처분은 정당하다(국심 2006서3170, 2006.9.2. 외 같은 뜻).

• 가. 쟁점 청구교회가 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 해당하지 않아 처분청이 이자소득에 대한 법인세 환급을 거부한 이 건 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 법인세세법 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리 내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금으로 산입한다..

1. 소득세법제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2) 법인세법 시행령 제56조 (고유목적사업준비금의 손금산입) ① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

(3) 구 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제36조(지정기부금의 범위 등) ① 법 제24조 제1항 각 호외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금

• 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체 (4) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 후의 것) 제36조(지정기부금의 범위 등) ① 법 제24조 제1항의 각 호외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금

• 마. 종교의 보급, 그 밖에 교회를 목적으로 민법제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구교회는 재단법인 ○○○○○○회 총회 유지재단의 소속 교회로서 19××.×.×. 예배, 선교, 친교 등을 목적으로 설립되어 2006.11.13. 처분청으로부터 국세기본법제13조 제2항의 규정에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 것으로 심리자료에 나타난다.

(2) 청구교회는 재단법인 ○○○○○○회 총회 유지재단과는 별개로 설립되어 자신의 계산과 명의로 수입과 재산을 독립적으로 관리하고 있는 것으로 심리자료에 나타나고, 주무관청인 문화체육관광부에 종교단체로 등록된 사실을 입증하지 못하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구교회는 이자소득에 대한 법인세를 환급하여야 한다고 주장하나, 법인세법제29조 제1항에서 “비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 ”고유목적사업 등“이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 이자소득금액 등을 합한 금액의 범위안에서 손금으로 계상한 경우에는 이자소득금액 등을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”는 취지로 규정되어 이고, 같은 법 시행령 제56조 제1항에는 “법 제29조 제1항 본문 중 ‘대통령령이 정하는 단체’라 함은 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체”라고 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목에는 “공교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”라고 규정되어 있다. 그러나, 청구교회는 설립허가를 받아 종교단체로 등록한 재단법인 ○○○○○○회 총회 유지재단의 소속 교회이기는 하나 동 재단과 별개로 설립되어 자신의 계산과 명의로 수입과 재산을 독립적으로 관리하고 있고, 주무관청인 문화체육관광부에 종교단체로 등록하지 않아 고유목적사업준비금 설정대상이 아니므로 법인세를 환급하지 않는 처분은 정당한 것(국심 2006서3170, 2006.9.2. 외 같은 뜻)으로 보인다. 따라서 청구교회의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.