법인전환에 대한 양도소득세 이월과세

• 가. 청구인은 ○○○에서 1995.11.25 ~ 2005.6.30. 기간 중 ○○○이라는 상호로 선박건조 및 구성품 제조업을 운영하다가 2005.7.1. ○○○라는 상호의 법인사업자로 전환하면서 사업용 고정자산인 위 같은 리 1142 공장용지 6,621.4㎡ 및 그 지상 공장·사무실 2,905.46㎡, 근린생활시설 212.52㎡, 같은 리 1143 공장용지 4,356.6㎡ 그 지상 공장·사무실 687.76㎡ 및 같은 리 1146 공장용지 3,019.7㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2005.9.21.자로 감정평가가액 16억 2,732만원에 현물출자하는 방법으로 양도한 후, 양도소득 과세표준 확정신고기한까지 양도소득세를 신고하지 아니하고 쟁점부동산을 법인으로 현물출자에 따른 이월과세신청서를 제출하지 아니하였다.
• 나. 2009년 3월 처분청은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 조사결과, 청구인이 양도소득 과세표준 확정신고기한까지 양도소득세 이월과세신청서를 제출하지 아니하였다 하여 쟁점부동산의 양도에 대하여 실지거래가액(양도가액 15억 3,885만원, 취득가액 14억 227만원, 필요경비 3,272만원)으로 양도차익을 산정하여 2009.7.1. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 33,314,580원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.9.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세감면의 신청과 관련된 대법원 판례 등을 보면, 구조세감면규제법제55조의 자경농지에 대한 양도소득세의 면제를 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하도록 되어 있는 규정에서 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고, 면제신청이 있어야만 면제되는 것이 아니며 그 면제신청은 협력의무에 불과하다는 입장(○○○ 1997.10.24.)이고, 같은 법 제62조의 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면의 경우 주택건설등록업자가 감면신청을 한 경우에 한하여 이를 적용하도록 되어 있는 규정에 대하여 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 면제신청을 하지 아니한 경우는 양도소득세 등을 면제받을 수 없다는 입장(○○○, 1997.7.8.)이다. 이와 같이 감면신청이 조세감면의 필수적 요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과하다고 하여 감면을 허용(당연감면)하고 있고, 조세특례제한법제32조 제3항 및 같은 법 시행령 제29조 제3항에서 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함)시 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 처분청은 위 규정을 근거로 청구인이 이월과세적용신청서를 제출하지 아니하였다 하여 쟁점부동산에 대하여 양도소득세 이월과세를 적용하지 아니하고 무신고로 양도소득세를 고지하였으나, 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 위의 규정에서 이월과세적용신청서 제출을 필수요건으로 명시하지 않고 있지 않은 이상 신고하지 않은 것을 이월과세를 배제하는 이유로 삼아서는 안되므로 이월과세를 적용하지 아니한 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세감면의 경우 납세자가 변경되지 아니하지만 이월과세의 경우 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기 때문에 납세자의 명확한 의사표시가 요구된다 할 것이므로 양도소득 과세표준 확정신고기한까지 이월과세적용신청을 하지 아니한 경우에는 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 없는 것으로 판단되는 바, 청구인의 경우 쟁점부동산을 법인에 현물출자한 후 이월과세적용신청서를 확정신고기한까지 제출하지 아니하고 양도소득세를 신고한 사실도 없으므로 이월과세를 배제한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 개인사업자의 법인사업자 전환에 따른 양도소득세 이월과세적용신청서를 양도소득 과세표준 확정신고기한까지 제출하지 아니한 경우에도 이월과세를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 설립되는 법인에 대하여는 제31조 제4항 내지 제6항의 규정을 준용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계

(1) 청구인이 법인사업자로 전환하면서 현물출자한 쟁점부동산의 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점부동산의 내역 (2) 조세특례제한법 제32조 제1항 에서 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제29조 제3항은 법 32조 제1항에 의하여 양도소득세 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 않더라도 감면대상이 되는 것으로 해석함으로써 위와 같은 기한 내의 제출규정을 단순한 협력의무에 불과한 것으로 보고 있으나(○○○, 2003.5.16. 같은 뜻임), 이 건의 경우는 조세감면이 아니라 이월과세에 관한 것이고, 조세감면의 경우는 납세자가 변경되지 않지만 이월과세의 경우는 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기 때문에 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 이월과세적용신청서의 기한(당해 과세연도의 양도소득 과세표준확정 신고)내의 제출규정을 납세자의 단순한 협력의무로 보기보다는 최소한 당해 과세연도 양도소득 과세표준확정신고기한까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다(○○○, 2006.6.26. 같은 뜻임).

(4) 따라서, 청구인이 현물출자한 쟁점부동산에 대하여 양도소득 과세표준 확정신고기한까지 양도소득세 이월과세 적용신청서를 제출하지 아니한 데 대하여 처분청이 이월과세 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.