자금을 횡령한 과세자료를 통보한 것으로 확인되나 검찰청에서 처분청에 과세자료를 통보한 사실을 청구법인이 미리 알았다고 볼만한 증거가 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때,‘경정이 있을 것을 미리알고’ 수정신고를 한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단됨
자금을 횡령한 과세자료를 통보한 것으로 확인되나 검찰청에서 처분청에 과세자료를 통보한 사실을 청구법인이 미리 알았다고 볼만한 증거가 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때,‘경정이 있을 것을 미리알고’ 수정신고를 한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단됨
○○○세무서장이 2009.5.4. 청구법인에게 유○○에 대한 기타소득으로 소득처분하여 한 2004사업연도 555,672,000원, 2005사업연도 1,324,340,644원 2006사업연도 1,123,572,875원, 2007사업연도 208,380,600원 합계 3,211,966,119원의 소득금액변동통지는 이를 각각 취소한다.
가. 청구법인은 ○○○에서 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로서, 2008년 6월 ○○○지방검찰청이 청구법인을 비롯하여 ○○○주식회사, 주식회사 ○○○ 및 해외 합작회사로 구성된 @@그룹의 회장 유○○에 대한 비자금조성 및 횡령혐의를 수사하여, 2008.9.12. 유○○을 특정범죄가중처벌법위반(횡령) 등 혐의로 기소하고, 2008.10.31. 부외자금 조성에 따른 가공매입 및 무자료매출자료 3,211,966,119원(청구법인 관련 금액으로서, 이하 "쟁점금액"이라 한다)을 과세자료로 처분청에 통보하였다. 나. 청구법인은 2008.9.3.~2008.9.4.에 걸쳐 유○○으로부터 쟁점금액을 회수하고, 비자금조성과 관련된 매출누락 및 가공원가 계상액을 익금산입하여 사내유보로 처분하여 2008.10.29. 2004~2007사업연도 법인세를 수정신고·납부하였다. 다. ○○○지방검찰청으로부터 과세자료를 통보받은 처분청은 청구법인에 대해 2008.12.15.부터 2009.1.20.까지 법인세 부분조사를 실시하여, 청구법인이 유○○으로부터 회수한 쟁점금액을 익금산입하고 사내유보로 소득처분하여 각 사업연도 법인세를 수정신고한 것은 "경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우"에 해당한다고 하여 쟁점금액을 유래형에 대한 기타소득으로 소득처분하고, 유○○에 대한 가지급금인정이자 상당액 529,915,843원을 차감한 2,682,050,276원에 대하여 2009.5.4. 청구법인에게 각 귀속연도별 소득금액변동통지를 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.16. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때
3. 제1호 및 제2호외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)
② (1994.12.22. 삭제)
③ 과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관하여는 대통령령으로 정한다
○○○ (7) 2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 법인세법 시행령 제106조 (소득처분) 제4항 본문의 규정에서, ‘내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다’고 규정되어 있고, 국세기본법 제45조 (수정신고) 제1항에서는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다’고 규정되어 있는 바, 법인세법 시행령제106조(소득처분) 제4항 규정은 당초 2000.12.29.자 법인세법 시행령개정(대통령령 제17033호)시 신설하였다가, 2003.12.30.자 법인세법 시행령개정(대통령령 제18174호)시 삭제하였던 것을 2005.2.19.자 법인세법 시행령개정(대통령령 제18706호)시 다시 신설한 것으로, 위 규정을 다시 신설한 취지는 매출누락·가공경비의 계상 등의 방법으로 부당하게 사외유출된 금액에 대하여는 대표자에 대한 상여 등 소득처분의 기본원칙에 따라 귀속자에게 소득처분하여 법인세는 물론 소득세도 징수하는 것이 원칙이나, 당해 법인이 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 유보로 하여 과도한 세부담의 불이익이 없도록 하고, 당해 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 부여하는데 있다고 할 것이다(○○○, 2008.3.13. 참조). 한편, 2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 법인세법 시행령제106조(소득처분) 제4항 단서에서, ‘다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있는 바, 위 규정은 같은 항 본문의 규정에 의하여 당해 법인이 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 유보로 하여 과도한 세부담의 불이익이 없도록 하는 대신, 처분청으로부터 세무조사 통지를 받거나 과세자료에 대한 소명안내문을 받는 등 처분청의 경정이 있을 것이 충분히 예상되는 상황에서 당해 법인이 상여처분 등을 면할 목적으로 사외유출된 금액을 회수하고, 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 상여로 하여 소득세를 추가로 과세하겠다는 취지로 보인다(○○○, 2008.3.13. 참조). (8) 이상의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 ○○○지방검찰청장이 ○○○지방법원에 유○○을 ‘특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 및 사기죄’로 2008.9.12. 공소를 제기하기 전인 2008.9.3.부터 2008.9.4.까지 사외유출된 쟁점금액을 유○○으로부터 회수하고, 쟁점금액을 2004~2007사업연도의 익금에 산입하여 2008.10.29. 각 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 수정신고한 것으로 확인되고, 처분청은 검찰의 수사결과에 따라 청구법인이 쟁점금액을 회수하고 익금산입한 것이 법인세법 시행령제106조(소득처분) 제4항 단서의 ‘경정이 있을 것을 미리 알고’ 한 경우에 해당된다는 의견이나, 청구법인에 대한 검찰의 수사가 사실상 종결된 때(2008.9.12.)로부터 약 3개월 이후이고, 이 건에 대한 ○○○지방법원의 1심 판결이 있은 날(2008.11.11.)로부터 약 1개월 이후인 2008.12.15.에 청구법인에 대한 세무조사에 착수하였으며, 청구법인이 쟁점금액을 익금산입하여 2008.10.29. 수정신고하기 전까지는 청구법인에 대하여 세무조사통지나 과세자료에 대한 소명안내문 발송 등의 조치를 취한 사실이 없는 반면, ○○○지방검찰청장이 유○○에 대한 공소를 제기하면서 2008.10.31. 처분청에 유○○이 청구법인을 비롯한 @@그룹의 자금을 횡령한 과세자료를 통보한 것으로 확인되나 인천지방검찰청에서 처분청에 과세자료를 통보한 사실을 청구법인이 미리 알았다고 볼만한 증거가 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 ‘처분청의 경정이 있을 것을 미리알고’ 쟁점금액을 익금산입하여 각 사업연도 법인세 수정신고를 한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단된다○○○, 2008.3.13. 참조). 따라서, 쟁점금액에 대한 소득처분을 사내유보로 하여야 한다는 청구주장이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.