농지 취득 후 직접 경작하지 않은 상태에서 개발행위제한지역으로 고시되었으나 경작자체가 금지되지 아니한 경우, 비사업용 토지 해당여부

• 가. 청구인은 2005.9.9. ○○○전 1,326㎡(이하 "쟁점토지"라 한다) 및 같은 동 358-11 임야 182㎡, 합계 1,508㎡(이하 "전체토지"라 한다)를 취득하여 2008.1.17. ○○○공사에 전체토지를 양도하고 2008.1.31. 양도가액을 실지거래가액인 124,704,660원, 취득가액을 환산가액인 59,491,900원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 청구인이 직접 경작한 토지가 아니라고 보아 2008.10.10. 비사업용 토지에 대한 세율을 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 22,121,600원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 2008.12.6. 전체토지에 대한 실지취득가액이 확인되므로 양도차익을 재산정하고, 쟁점토지 취득 후 토지사용 제한이 있었으므로 사업용 토지로 보아야 한다는 이유로 경정청구를 하였으며, 처분청은 2009.2.6. 경정청구 거부처분을 하였다가 2009.3.17. 전체토지의 실지취득가액이 확인되는 것으로 보아 양도소득세를 8,817,050원으로 경정하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 취득하여 건물을 신축하고자 하였으나, 취득 후 법률상 사용제한으로 건물을 신축하지 못한 상태에서 타인에게 임대하여 경작하게 하다가 2008.1.17. ○○○공사에 양도하였으며, 국세청장의 다수 해석사례○○○를 보면, 재촌자경하지 아니한 경우에도 토지의 취득 후 개발행위허가제한지역으로 고시되어 법령에 의하여 사용이 제한된 경우, 그 사용제한 기간은 사업용 토지에 해당하는 것으로 해석하였다가, 2008.2.25.부터 법령상 사용이 제한된 경우라 하더라도 농지 본래의 용도인 경작 자체가 금지 또는 제한되지 아니한 때에는 비사업용 토지로 보아야 한다고 회신함으로써 종전과 다른 해석을 하였는바, 쟁점토지는 종전의 해석에 따라 토지사용이 제한된 2005.12.2.부터 양도일인 2008.1.17.까지의 기간을 사업용으로 사용한 것으로 보아 비사업용 토지에서 제외하여야 함에도 새로운 세법해석을 적용하여 양도소득세를 과세한 것은 소급과세금지원칙을 위반한 것이므로 쟁점토지에 대한 양도소득세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 쟁점토지 취득 후국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 개발행위허가제한지역으로 고시되어 그 사용이 제한된 사실이 있으나, 이는 건축행위 등의 제한에 국한되어 있음이 확인되고, 소득세법 시행령제168조의14 제1항에 대한 국세청장의 질의회신 사례 중 청구인이 제시한 사례 외의 것에서 법령에 따른 사용제한이란 사실상의 제한이 있는 경우에 한하여 사업용 토지로 봄이 타당하다고 해석하고 있는바, 청구인의 쟁점토지에 대한 건축허가 신청사항 및 지장물 보상내역을 보면, 건축허가 신청 사실이 없었고, 쟁점토지가 육림을 목적으로 한 농지로 사용된 사실이 확인되어국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 사실상의 제한에 해당되지 아니하고, 당해 묘목의 재배와 관련하여 청구인이 직접 경작하지 아니하였으므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 농지 취득 후 직접 경작하지 않은 상태에서 개발행위제한지역으로 고시되었으나 경작자체가 금지되지 아니한 경우, 비사업용 토지 해당여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

(2) 소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (3) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간.

• 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 전체토지 수용확인원○○○을 보면, 전체토지가 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제6조 및 동법 시행령 제4조에 의거 건설교통부고시 ○○○로 고시된 ○○○에 편입되었으며, 사업시행자인 ○○○공사가 보상액 124,704,666원으로 수용한 것으로 되어 있다.

(2) 처분청의 경정청구 검토복명서(2009.1.22.)를 보면, 다음과 같이 되어 있다. (가) 쟁점토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률제63조에 의거 2005.12.2.부터 2008.10.31.까지 개발행위제한지역으로 지정된 사실이 확인되나, ○○○에 의거 확인한바, 건축허가 및 건축신고, 용도변경 제한 등 건축허가 관련사항에 대하여만 제한하고 있다. (나) 쟁점토지의 건축허가 신청 여부와 관련하여 ○○○ 건축과에 확인한바○○○, 건축허가 신청 및 허가사실이 없으며, ○○○의 지장물 보상내역을 보면, 쟁점토지에 소나무 묘목 9,100주, 회양목 6,000주 등이 식재된 사실이 확인되는 등 농지로 사용되었음이 확인된다. (다) 직접 경작여부와 관련하여 ○○○공사에 확인한바, 토지보상금은 청구인에게 지급되고, 영농 및 지장물 보상은 2008.6.24. 염○○○에게 10,938천원이 지급된 것으로 확인된다.

(3) 쟁점토지의 토지이용계획 내용을 보면, 쟁점토지는국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 지역·지구 등에 편입되어 개발행위허가제한지역(제한기간: 2005.12.2.~2008.10.31.)으로 되어 있다.

(4) 쟁점토지에 대한 건축허가 제한 공고와 관련하여 ○○○공고 ○○○에 따른 건축허가 제한 내용을 보면, 제한기간이 공고일로부터 2년, 제한내용은 "건축법제8조 및 제9조의 규정에 의한 건축허가 및 건축신고,건축법제14조의 규정에 의한 용도변경"으로 되어 있고, 제한대상 제외사항으로 "농림, 어업용 비닐하우스의 설치(단, 비닐하우스 안에 설치하는 육상 어류양식장은 제외)" 등으로 되어 있다.

(5) 쟁점토지에 대한 지장물 보상 물건조서 및 수급자○○○ 내역을 보면, 물건조서는 아래와 같고, 수급자는 염○○○으로 되어 있다. <쟁점토지 지장물 보상 물건조서> 소재지 종류 구조 및 규격 수량․단위 보상금 전주시 ○○○동 소나무(묘목) 4년(723제곱미터) 9,100주 10,938,000원 회양목(묘목) 4년(460제곱미터) 6,000주

(6) 처분청이 ○○○청장에게 요청한 전체토지상의 건축허가 신청 등 현황과 관련하여 2009.1.22. 통보○○○받은 자료에서 전체토지상에 건축허가 신청 및 허가사항이 없는 것으로 되어 있다.

(7) 청구인이 제출한 국세청 ○○○의 질의회신 내용을 보면, 농지를 취득한 후 재촌자경하지 아니하였으나 개발제한구역으로 지정되는 경우 비사업용 토지 여부의 질의에 대하여 "토지를 취득 후 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 및 기타 관계 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우에는소득세법제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안은 사업용 토지에 해당하는 것으로 보아소득세법제104조의3 제1항의 규정에 따른 비사업용 토지 해당여부를 판단하는 것"이라고 회신한 것으로 되어 있다.

(8) 살피건대,소득세법제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14에서 비사업용 토지 판정시 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지는 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있도록 규정하고 있고, 이 때 농지의 경우 농지 본래의 용도인 경작 자체가 금지 또는 제한되지 아니한 것은 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당되지 않는 것으로 동 규정의 시행(2006.1.1.) 이후부터 판단하여 왔는바○○○, 청구인은 쟁점농지를 직접 경작하지 아니한 상태에서 양도하였고, ○○○에서 영농행위 자체에 대하여 제한을 한 것은 아니라 하겠으므로, 처분청이 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.