면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2008.10.13. 청구법인에게 한 취득세 288,019,750원, 농어촌특별세 17,109,290원, 등록세 72,727,340원, 지방교육세 14,468,900원, 합계 392,325,280원(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구법인이 개발촉진지구로 지정된 OOO 일원에서 OOO리조트 조성사업(골프장업과 관광숙박업)을 추진하기 위하여 2005.6.3.과 2005.6.14. 및 2007.6.26. 세 차례에 걸쳐 취득한 OOO 170-9번지 외 22필지 토지 349,175㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)와 2007.1.23. 신축 취득한 그 지상건축물 158.84㎡(티하우스, 이하 “이 사건 건축물”이라 하고, 이 사건 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 지방세법 제277조 제2항의 규정에 의하여 개발촉진지구 안에서 사업시행자가 고시된 개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세 등을 면제하였고, 청구법인이 이 사건 토지상에 대중골프장을 조성(2006.11.16. 체육시설업 등록)함으로써 이 사건 토지의 지목이 전 또는 임야 등에서 체육시설용지로 사실상 변경됨에 따른 취득세 등도 위 규정에 의하여 면제하였다.
• 나. 그 후 처분청은 청구법인이 이 사건 부동산을 공동사업시행자인 OOO 주식회사OOO에 위탁하여 관리토록 하고 있음을 확인하고 청구법인이 이를 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 이 사건 부동산의 취득가액을과세표준(취득세 10,048,864,058원 - 부동산 취득가액 2,591,910,828원과지목변경 공사비 7,456,953,230원을 합한 금액임, 등록세 2,591,910,828원)으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 288,019,750원, 농어촌특별세 17,109,290원, 등록세 72,727,340원, 지방교육세 14,468,900원, 합계 392,325,280원(가산세 포함)을 2008.10.13. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.12.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 2005.2.5. 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률 제9조의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 청구법인은 체육시설과 숙박시설 조성을 사업내용으로 하는 OOO리조트 조성사업(이하 “개발사업”이라 한다)을 수행하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였고, 그 후 이 사건 부동산에 대중골프장 조성이 완공될 무렵인 2006.10.9. 개발사업 공동시행자인 OOO 주식회사와 대중골프장 운영에 관하여 “골프장 운영에 관한 주요 의사결정 등은 청구법인이, 골프장의 영업행위 및 유지·관리·보수업무 등은 OOO 주식회사가 수행하는 것”을 내용으로 하는 위탁관리운영계약을 체결하였는바, 지방세법 제277조 제2항 단서의 “그 사업에 직접 사용”하고 있는지 여부는 법문 그대로 그 부동산의 사용용도를 기준으로 판단하여야 하는 것이므로, 이러한 “직접 사용”을 제3자에게 위탁하거나 임대하여 같은 용도에 사용하는 경우도 포함하는 개념으로 보아야 할 것이지 당해 부동산을 자신이 직접 사용하여야 한다는 의미로 왜곡하여 해석할 수는 없다 할 것으로, 이 사건 부동산에 조성된 대중골프장을 OOO 주식회사에위탁하여 운영토록 하였다 하더라도 이 사건 부동산은 당초 개발사업의용도대로 사용되고 있을 뿐만 아니라 청구법인이 통제 및 관리감독의 권한을 보유하고 있으므로, 이를 청구법인이 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 할 것임에도 단지 OOO 주식회사로 하여금 위탁운영토록 하였다고 하여 면제된 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.

(2) 설사 대중골프장 위탁운영이 직접 사용에 해당되지 아니하는 것으로 본다 하더라도, 지방세법 제277조 제2항 본문에서 사업시행자가 개발사업을 추진하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 하면서, 그 단서에서 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는바, 위 규정은 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률의 규정에 의한 사업시행자가 동법 소정의 개발사업을 시행하는 것을 조세적 측면에서 지원하기 위한 취지에서 입법된 것이고, 그 단서규정은 사후관리규정으로서 이러한 입법목적을 달성하기 위하여 사업시행자로 하여금 개발사업을 위하여 취득한 부동산을 당해 개발사업에 성실히 사용할 의무를 이행하는 것을 담보하기 위함에 그 취지가 있는 것일 뿐이므로 위 단서규정의 적용대상이 되는 부동산에는 사업시행자가 개발사업을 시행하여 그 결과로서 취득한 부동산은 포함되지 아니하는 것으로 해석함이 타당하다 하겠으므로, 사업시행자가 개발사업을 위하여 취득하였던 부동산을 모두 개발사업에 투입하여 그 개발사업을 완료한 이후에는 위 지방세법에서 취득세와 등록세를 감면받기 위한 모든 의무를 이행하였다고 보아야 하겠고, 그 단서규정의 입법취지 역시 모두 달성되었다고 보아야 하겠으므로, 이러한 단서규정을 적용하여 부과고지한 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 위 “직접 사용”에 대한 해석으로 학교법인이 구내식당 등 부대시설을 제3자로 하여금 위탁관리토록 한 부분에 대하여 취득세 등 감면대상 여부를 판단한 대법원 판례OOO 및 심사사례 등을 열거하며 이와 동일하게 해석하여야한다고 주장하고 있으나, 이는 학교법인이 수행해야 할 고유업무인 교육사업 영역이 아닌식당, 판매시설, 기숙사 등의 부대시설을 제3자에게 위탁운영토록한 것이고, 이러한 부대시설 이용자의 대다수가 학생과 교직원이라는 점에서 수익사업이 아닌 학교사업에 직접 사용하는 것으로보아야 한다는 것이므로 이를 청구법인에게 적용하기는 부적절하다고 할 수 있는 반면, 청구법인은 대중골프장업 운영에 대한 사업계획 승인을 받고 대중골프장업 운영자로 등록하였지만, 골프장 사용승인 직전인 2006.10.9. 개발사업의 공동시행자인 OOO 주식회사와 대중골프장 운영에 관한 위탁관리운영계약을 체결하여 그 대중골프장업 운영 전체를 OOO 주식회사에 일임하여 대중골프장 개장부터 현재까지 계속하여 위탁관리운영 방식으로 당해사업을 영위하고 있는 이상, 이는 청구법인이 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에해당된다 하겠으므로, 면제된 이 사건 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 개발촉진지구 내 사업시행자가 개발사업을 시행하기 위하여 부동산을 취득한 다음 골프장을 조성하였으나 그 후 당해 골프장을 개발사업 공동시행자에게 위탁하여 운영토록 한 경우 그 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제277조【관광단지개발 등에 대한 감면】② 지역균형개발 및 지방중소기업육성에 관한 법률 제9조의 규정에 의하여 개발촉진지구로 지정된 지역안에서 사업시행자로 지정된 자가 동법에 의하여 고시된 개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 5년간 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지역균형개발 및 지방중소기업육성에 관한 법률 제9조【개발촉진지구의 지정】① 국토해양부장관은 개발수준이 다른 지역에 비하여 현저하게 낮은 지역등의 개발을 촉진하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 직접 또는 광역시장 또는 도지사의 요청을 받아 개발촉진지구를 지정할 수 있다. 제16조【시행자】① 개발촉진지구안에서 시행되는 지역개발사업(이하 “지구개발사업”이라 한다)은 다른 법률의 규정에 불구하고 다음 각 호의 자가 이를 시행할 수 있다.

1. 국가, 지방자치단체

2. 대통령령이 정하는 정부투자기관

3. 지방공기업법에 의한 지방공사(이하 “지방공사”라 한다)

4. 제1호 내지 제3호에 규정된 자 외의 자로서 지구개발사업의 시행자로 지정받은 자

② 지구개발사업(국가 또는 지방자치단체가 직접 시행하는 경우를 제외한다)에 대하여는 관할시장ㆍ군수 또는 구청장이 다음 각 호의 사항을 고려하여 대통령령이 정하는 바에 따라 시행자를 지정하여야 한다. 이 경우 지구개발사업에 소요되는 재원의 조달 또는 개발기술의 활용을 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 2 이상의 시행자를 공동시행자로 지정할 수 있으며, 지구개발사업이 2 이상의 시ㆍ군ㆍ구에 걸치는 경우로서 시장ㆍ군수 또는 구청장간에 협의가 이루어지지 않는 때에는 광역시장 또는 도지사가 시행자를 지정할 수 있다.

1. 개발계획에 의한 사업내용 및 규모

2. 소요재원의 조달능력

3. 지역개발사업 시행능력 및 경험

4. 다른 지역개발사업과의 연계성 등

④ 광역시장ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장(이하 “지정권자”라 한다)이 제2항의 규정에 의하여 시행자를 지정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다. 제17조【실시계획의 승인】① 시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 실시계획을 작성하여 지정권자의 승인을 얻어야 한다. 다만, 국가나 지방자치단체의 장이 직접 실시계획을 작성한 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장과의 협의를 거쳐야 하며, 이를 실시계획에 대한 승인으로 본다. 제26조【개발사업의 준공인가】① 시행자는 지구개발사업의 전부 또는 일부를 완료한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 제16조 제2항의 규정에 의한 지정권자의 준공인가를 받아야 한다. 다만, 국가나 지방자치단체의 장이 시행자인 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장과의 협의를 거쳐야 하며, 이를 준공인가로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 준공인가의 신청을 받은 지정권자는 준공을 위한 검사를 한 후 당해 지구개발사업이 제17조의 규정에 의한 실시계획대로 완료되었다고 인정하는 경우에는 준공인가필증을 시행자에게 교부하고 이를 공고하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2005.2.3. 처분청은 OOO개발촉진지구내 지구개발사업인 “OOO리조트 조성사업”에 대하여 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률 제16조 제2항 및 제3항, 같은 법 시행령 제21조의 규정에 의하여 청구법인과 OOO 주식회사를 개발촉진지구 개발사업 공동시행자로 지정한 후 이러한 사항을 청구법인에게 통보하였다OOO.

(2) 2005.2.5. 처분청은 개발촉진지구 개발사업 시행자 지정 고시OOO를 하였는데, 그 내용을 보면 사업시행자(공동시행)는 “청구법인과 OOO 주식회사”로, 사업의 명칭은 “OOO리조트 조성사업”으로, 사업시행지의 위치 및 면적은 “OOO 일원 824,200㎡”로, 사업의 개요는 “대중체육시설업(골프장, 부지면적 745,450㎡)과 관광숙박업(휴양콘도미니엄업, 부지면적 78,750㎡)”으로, 사업시행기간은 “2005년 2월부터 2006년 10월 30일”로 되어 있다.

(3) 2005.8.9. 처분청은 청구법인이 신청한 OOO개발촉진지구 개발사업OOO 실시계획에 대하여 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률 제17조 제1항 및 같은 법 시행령 제23조의 규정에 의하여 승인 고시한 후 이러한 사항을 통보OOO를 하였다.

(4) 2006.10.9. 청구법인은 개발사업 공동시행자인 OOO 주식회사와 대중골프장에 대한 위탁관리운영계약을 체결하였는데, 그내용을 보면 위탁관리대상은 “OOO 482-1 외 11필지에위치하고 있는 9홀의 대중골프장OOO”으로, 위탁관리운영기간은 “대중골프장의 개장일로부터 청구법인이 대중골프장의 등록 사업자의 지위를 유지하는 것이 불가능하게 되거나 대중골프장의 사업권을 OOO 주식회사에게 양도하는 때까지”로, 청구법인의 업무범위는 “대중골프장 관련 토지, 시설물, 구축물 등 소유자로서 각종 재산에 부과되는 제세공과금의 납부OOO, 대중골프장의 소유에 필요한 각종 보험의 가입 및 보험료의 납부OOO, 관련 행정기관에 대한 행정업무, 대중골프장의 운영에 관한 주요 의사결정 및 OOO 주식회사의 업무 감독”으로, OOO 주식회사의 업무범위는 “영업행위(그린피 매출, 카트 대여료, 기타 매출을 포함하되 이에 한정되지 아니함), 대중골프장 시설물·구축물 등의 유지·관리 및 보수, 클럽하우스·주차장·코스관리 등 본건 대중골프장의 유지관리를 위해 필수적인 기타시설자산 소유자로서 이의 유지·관리 및 보수, 업무를 수행하기 위하여 필요한 직원의 고용, 대중골프장의 관리운영에 대한 보고 및 감독”으로, OOO 주식회사는 위탁관리수수료로 “대중골프장의 운영으로 발생하는 일체의 매출에 따른 대가를 취득하되, 대중골프장 개장 후 30일 이내에 대중골프장에 대한 수탁보증금으로 5,000,000,000원을, 수탁보증금 외에 대중골프장의 수탁대가로 연 9,900,000원을, 대중골프장의 연간 매출에 따라 아래와 같은 수탁대가를 추가로 청구법인에게 지급”하는 것으로 되어 있다. 연 매출액 추가되는 연 수탁대가 육십억원 미만 없 음 육십억원 이상 칠십억원 미만 5,000,000원 칠십억원 이상 팔십억원 미만 8,000,000원 팔십억원 이상 10,000,000원

(5) 2006.11.16. 경상남도지사는 청구법인이 제출한 등록체육시설업(일반대중 골프장업) 등록신청에 대하여 체육시설의 설치·이용에 관한 법률 제21조 및 같은 법 시행령 제20조, 제21조의 규정에 의하여 조건부 등록 수리를 한 후 이러한 사항을 통보하였는데OOO, 그 등록사항을 보면 상호는 “OOO골프클럽”으로, 업종은 “일반대중 골프장업”으로, 위치는 “OOO 482-1번지”로, 홀수는 “9홀(36파 3,358m)”로 되어 있다.

(6) 2007.12.14. 처분청은 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률 제26조 제1항 및 제2항, 같은 법 시행령 제28조 및 제29조의 규정에 의하여 OOO개발촉진지구 개발사업OOO 준공인가 공고OOO를 하였는데, 그 내용을 보면 사업의 명칭은 “OOO리조트 조성사업”으로, 시행자(공동시행)는 “청구법인과 OOO 주식회사”로, 사업시행지역의 위치 및 면적은 “OOO 일원 833,799㎡”로 되어 있다.

(7) 지방세법 제277조 제2항 본문에서 개발촉진지구내 사업시행자가 고시된 개발사업을 시행하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제한다고 하면서, 그 단서에서 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는바, 위 단서 규정은 개발촉진지구내 개발사업 시행자가 고시된 개발사업을 시행할 목적으로 취득한 부동산을 유예기간 내에 당초 취득목적대로 개발사업에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우 면제된 취득세 등을 추징할 수 있다는 것으로 해석함이 타당하다 하겠으므로, 개발촉진지구로 지정된 지역안에서 사업시행자로 지정된 자가 고시된 개발사업을 시행하기 위하여 일단의 부동산을 취득한 다음 당초 목적대로 개발사업을 완료하면 그 취득목적을 달성하였다고 보아야 하겠고, 일단 개발사업이 완료된 이후에는 사업시행자가 이를 직접 사용하는 것 뿐만 아니라 제3자에게 위탁 또는 임대하는 것도 허용된다고 봄이 타당하다OOO 할 것으로, 청구법인의 경우 2005.2.3. 대중체육시설(골프장)과 관광숙박시설(휴양콘도미니엄) 조성을 내용으로 하는 개발사업인 OOO리조트 조성사업의 공동시행자로 지정(이에 대한 고시는 2005.2.5. 이루어졌다)된 후 이러한 개발사업을 시행하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 다음 일련의 절차를 진행하여 개발사업의 하나인 골프장 조성사업을 완료한 다음 2006.11.16. 체육시설업(일반대중 골프장업) 등록절차를 마친 이상, 골프장 조성 이후 이를 사업공동시행자인 OOO 주식회사로 하여금 위탁운영토록 하였다고 하여 면제된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.