[요지] 쟁점부동산은 지방세법상 고급주택에 해당하여 감면대상에서 제외되므로 처분청이 이 건 제1토지에 대하여 취득세 등을 추징하면서 중과세율을 적용하여 과세한 것은 적법하다고 판단되며 제 2토지는 대도시내 등록세 중과세 제외대상토지에 해당되는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 토지에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이라고 판단됨
[요지] 쟁점부동산은 지방세법상 고급주택에 해당하여 감면대상에서 제외되므로 처분청이 이 건 제1토지에 대하여 취득세 등을 추징하면서 중과세율을 적용하여 과세한 것은 적법하다고 판단되며 제 2토지는 대도시내 등록세 중과세 제외대상토지에 해당되는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 토지에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이라고 판단됨
[주 문] 1.처분청이 2008.9.10. 청구법인에게 한 등록세 20,573,290원, 지방교육세 3,849,550원의 부과처분은 OOO OOO OO OOOOO는 등록세 과세대상에서 제외하고, 같은 동 354는 등록세율을 일반세율로 적용하여 그 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
② 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 부동산 등을 취득하는 경우(별장 등을 구분하여 그 일부를 취득하는 경우를 포함한다)의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다. 이 경우 골프장은 그 시설을 갖추어체육시설의설치·이용에 관한 법률의 규정에 의하여 체육시설업의등록(시설을 증설하여 변경등록 하는 경우를 포함한다)을 하는 경우 뿐만 아니라 등록을 하지 아니하더라도 사실상 골프장으로 사용하는 경우에도 적용하며, 별장·고급오락장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 그 부속토지로 본다. 3.고급주택: 주거용 건축물 또는 그 부속토지의 연면적과 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하거나 당해 건축물에 67제곱미터 이상의 풀장등 대통령령이 정하는 부대시설을 설치한 주거용 건축물과 그 부속토지.다만, 주거용 건축물을 취득한 날부터 30일 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기위하여 용도변경공사에 착공하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제112조의2(세율적용) ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우에는 다음 각호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.(단서 생략) 1.제112조 제2항의 규정에 의한 별장·골프장·고급주택 또는 고급오락장 제131조(부동산 등기의 세율) ① 부동산에 대한 등기를 받는때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 10
(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20 제138조(대도시내 법인등기 등의 중과세)(2002.12.30. 법률 제6842호로 개정된 것) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.(이하 생략)
3. 대도시내에서의 법인의 설립과지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 제288조(사회단체 등에 대한 감면)(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된 것) ② 정부로부터 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. (이하 생략)
⑤ 공익법인의설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용부동산(당해 부동산임대수입금 중 100분의 70이상의 금액을 장학금으로 지출하는 경우에 한한다)에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세의 100분의 50을 경감한다.(조항 신설) 제288조(사회단체 등에 대한 감면) (2005.12.31. 법률 제7843호로 개정된 것) ⑤공익법인의설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용부동산에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 그 용도에 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 경감받은 취득세와 등록세를 추징한다. 제291조(사치성 재산의 감면 제외) 이 장의 감면규정을 적용함에 있어 제112조 제2항 각호에 규정된 부동산 등은 감면대상에서 제외한다. ⑵지방세법 시행령 제84조의3(별장 등의 범위와 적용기준)(2007.12.31. 대통령령 제20517호로 개정되기 이전의 것) ③ 법 제112조 제2항 제3호에 따라 고급주택으로 보는 “주거용 건축물 또는 그 부속토지의 면적과 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하거나 당해 건축물에 67제곱미터 이상의 풀장 등 대통령령이 정하는 부대시설을 설치한 주거용 건축물과 그 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당되는 것을 말한다.
2. 1구의 건물의 대지면적이 662제곱미터를 초과하는 것으로서 그 건물가액이 9,000만원을 초과하는 주거용 건물과 그 부속토지 제101조(대도시내 법인중과세 예외) ① 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.
31. 법 제288조 제2항 규정에 의한 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업
(1) 쟁점⑴에 대하여 본다. (가) 청구법인은2005.5.30.이 건 제1·2토지를 OOO으로부터 출연받은 후 이 건 제1토지를 부속토지로 하여 OOO명의로 건축허가 받아 건축중이던 이 건 주택의 건축주 명의를 2008.6.30. 청구법인 명의로 변경하였다. (나)이 건 주택의사용승인일인 2008.9.12. 이전인 2007.7.19.부터 OOO이 이 건 주택을 사용하고 있었음이 처분청의 개발제한구역 위법행위에 대한 시정명령 문서(OOO OOOOOOOO)에서 확인되고 있으며,2007.10.17., 2008.4.1. 및 2008.6.10. 3차례에 걸쳐 처분청의세무담당공무원(OOOO OO OOO O OO)이 이 건 주택을 현지 확인한 결과, 이 건 주택의 부속토지를 이 건 제1토지 뿐만 아니라 이 건 제1토지와 연접되어 있는 OOO 소유 농지 일부를 이 건 주택의 부속토지로 사용하면서 1층은 관리인 OOO이 거주하고 있는 것으로 출장복명하고 있다. (다) 살피건대,이 건 주택이 고급주택에 해당되는지를 보면, OOOOOO OOOOO 전(田) 767㎡ 중 405.76㎡는 이 건 주택의 부속토지인 대지 354 오른쪽과 연접해 있고, 353 토지의 가장자리를 경계로 하여 붉은 벽돌로 약 1.8미터 정도의 담장이 축조되어 있으며, 담장과 주택의 사이 마당에는 잔디가 심어져 있고, 잔디 사이에는 32개의 징검다리식 디딤돌과 약 2.5미터 정도의 잘 가공된 석조물, 돌로 깎아서 만든 둥근벤치 및 두꺼비상 등이 설치되어 있고, 주택정면 앞 부분에는 가로 약 7미터 세로 약 2.5미터 정도의 풀장이 설치되어 있으며, 풀장 앞 오른쪽으로 사람들의 통행을 위한 또 다른 징검다리식의 디딤돌이 잘 정비되어 있고, 풀장 앞 정면으로는 약 20년 이상된 것으로 보이는 여러그루의 소나무와 향나무 및 작은 회양목, 연산홍 등이 심어진 사이로 여러개의 조경석이 설치되어 있고, 식재된 조경수 사이 바닥이에는 잔디를 심어 잘 정비되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 토지 중 353 767㎡ 중 405.76㎡는 공부상 지목이 전(田)으로 등재되어 있으나 이 건 주택의 정원으로 사용되고 있는 것으로 보이므로 이 건 주택의 부속토지는 이동 353(田) 767㎡ 중 405.76㎡와 청구법인 소유 이 건 제1토지 대지 526㎡의 합계면적인 931.76㎡로 판단된다. 따라서 청구인과 처분청간 다툼이 없는 이 건 주택의 주택가격은 162,000,000원으로 주택가격이 9,000만원을 초과하고, 이 건 주택의 부속토지가 931.76㎡로서 대지면적이 662㎡를 초과하는 이상, 이 건 주택은지방세법 시행령제84조의3 제2호 규정에 의한 고급주택에 해당되며, 이 건 주택의 부속토지로 공여되고 있는 이 건 제1토지는 취득일부터 5년 이내인 2007.7.19.에 고급주택의 부속토지에 해당되어 비록 청구법인이 이 건 제1토지에 대하여 취득 당시 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용부동산으로 하여 감면을 받았다 하더라도지방세법제291조에서 감면규정을 적용함에 있어 동 법 제112조 제2항에 따른 부동산 등은 감면대상에서 제외한다고 규정하고 있으므로 처분청이 이 건 제1토지에 대하여 취득세 등을 추징하면서 중과세율을 적용하여 과세한 것은 적법하다고 판단된다.
(2) 쟁점⑵에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2000.6.23. 서울특별시 교육감으로부터민법제32조 및 공익법인의 설립·운영에 관한 법률제4조에 의거 법인설립허가(제652호)를 받은 후 2000.6.28. 목적사업을 장학금, 학자금지급 등으로 하고 목적사업을 위한 자금을 마련하기 위하여 부동산 임대업 등의 수익사업을 영위하는 것으로 하여 장학법인을 설립한 후 2002년부터 2009년까지 매년 국내외 총 4,406명(2002년 506명, 2003년 657명, 2004년 724명, 2005년 736명, 2006년 447명, 2007년 471명, 2008년 421명, 2009년 444명)의 학생에게 장학금 586억원을 지급한 사실이 청구법인의 “관정 장학금 지급내역서”에서 확인되고 있다. (나) 2008.4.24.이 건 제1·2토지에 대하여 임대보증금 5,000,000원에 임차기간은 2년(2008.4.24.부터 2010.4.24.까지)으로 하여 임대차계약을 체결하는 등 장학재단의 임대용 부동산으로 사용하고 있고, OOO명의로 건축허가받아 신축중이던 이 건 주택이 2008.9.12. 사용승인되자 사용승인 당일 청구법인으로부터 장학금을 지급받았거나 지급받고 있는 국내외 수혜자들의 세미나, 교육 등 연수원으로 사용하기전에 이 건 주택의 관리를 위하여 주택에 대한 임대차계약을 다시 체결하였다. (다) 살피건대, 지방세법에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 장학단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업용 부동산 등기에 대해서는 대도시내 법인 등록세 중과세대상에서 제외하고 있는바, 청구법인은 장학법인으로서 장학기금의 마련을 위하여 이 건 제1토지와 제2토지를 취득한 후 임대하고 있는 점, 청구법인이 설립이후 지속적으로 학생들에게 장학금을 지급하고 있는 점 등을 볼 때 이 건 토지는 청구법인이 장학사업을 목적으로 취득한 임대용부동산으로 보이고, 장학법인이 장학기금 마련을 위하여 취득하는 임대용부동산은 장학법인의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당(OOOOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO OO O)되는 것인 점 등을 종합적으로 고려할 때 이 건 제1토지와 제2토지는 지방세법 시행령제101조 제1항 제31호에서 규정한 대도시내 등록세 중과세 제외대상토지에 해당되는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 토지에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이라고 판단되며, 이 건 제2토지의 경우 위에서 설시한 바와 같이 이 건 제2토지는 청구법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득한 임대용부동산에 해당되어 구지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 이전의 것) 제288조 제5항에 따라 등록세가 감면되는 것이고, 다만, 이 건 제1토지의 경우 이 건 제1토지가 취득세 중과세대상인 고급주택의 부속토지에 공여되고 있는 이상 지방세법제291조에 따라 감면대상에서 제외되는 것이므로 기감면분에 대한 등록세를 일반세율로 추징하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로지방세법제77조 제5항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.