조세심판원 심판청구

등록세 중과세대상에 해당되지 아니한 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

사건번호 조심 2008지1089 선고일 2009-03-30 조세심판원

[요지] 주택법에 의하여 등록된 주택건설사업자가 아닌 대도시내 법인이 설립 후 5년이 경과되지 아니한 상태에서 주택건설용 부동산을 취득 등기하는 경우 등록세 중과세대상에 해당함

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

  • 가. 청구인은 2003.8.25. 취득한 서울특별시 OO구 OO동 920-35번지 토지 578.9㎡상에 건축물 2,125.36㎡(아파트 18세대, 이하 “이 사건공동주택”이라 한다)를 2004.8.24. 신축 취득한 후 2004.9.23. 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기절차를 이행하면서 그 취득가액(2,170,497,663원)에 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 20,836,770원을 신고하고 납부하였다.
  • 나. 그 후 처분청은 2008년 5월경 등록세 수납내역 자체 점검결과 청구인의 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기가 대도시내 법인설립 후 5년이 경과하기 전에 이루어진 것이므로 등록세 중과세대상에 해당된다고 판단하여 이 사건 공동주택 취득가액에 구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 56,759,370원, 지방교육세 10,657,300원, 합계 67,416,670원(가산세 포함)을 2008.9.10. 청구인에게 부과 고지하였다.
  • 다. 청구인은 세무담당공무원이 발급한 일반세율의 등록세 납부서에 의하여 등록세를 납부하였음에도 추후 중과세율로 등록세를 추징하면서 가산세를 가산한 것은 부당하다는 등의 사유로 2008.12.5. 이 사건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 청구인은 2004.8.24. 신축 취득한 이 사건 공동주택에 대한 등록세 등의 신고납부에 대하여 법무사(김OO)에게 위임하여 처리하였다가, 2008년 6월경 이 사건 공동주택에 대한 등록세 중과에 대한 과세예고통지를 받고 그 당시 법무사에게 문의한 결과 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기가 등록세 중과세대상임에도 처분청 세무담당공무원이 등록세 납부서를 발부하면서 청구인이 주택건설업 면허를 가지고 있는 것으로 오인하여 일반세율을 적용함으로써 비롯된 것으로, 청구인이 가산세를 부담하는 것은 세무담당공무원의 업무과실을 납세의무자에게 전가시키는 부당한 처분에 해당된다는 소명자료를 받게 되었는바, 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기가 등록세 중과세대상에 해당되는지 여부는 별론으로 한다 하더라도 본세 이외의 가산세는 부당하므로 취소되어야 한다.
  • 나. 처분청 의견 첫째, 구 지방세법 제138조 제1항 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 대도시내 법인 설립 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세한다고 규정하고 있으므로, 등록세 중과세대상인 대도시내 법인 설립 이후에 취득하는 부동산 등기라 함은 설립 이후 5년 이내에 취득하는 고정자산 또는 상품용 자산으로서의 사업용 부동산 등기뿐만 아니라 비업무용 또는 비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다(같은 취지의 구 행정자치부 심사결정 제2006-OOO호, 2006.OOOO. 참조) 할 것인바, 청구인은 2000.11.30. 대도시내에서 설립된 법인으로서 2004.9.23. 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기 당시 5년이 경과하지 아니하였을 뿐만 아니라 주택법 규정에 의한 건설교통부에 등록된 주택건설사업자에도 해당하지 아니하므로, 청구인의 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기는 등록세 중과세대상에 해당된다 하겠고, 둘째, 등록세는 신고납부방식의 조세로서 납세의무자가 과세표준·세액 등을 정하여 신고하는 것이며, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 1999.OOOO 선고 98두OOOOO ; 1999.OOOOO. 선고 98두OOOO 판결 등 참조), 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수는 없다(대법원 1993.OOOOO.선고 93누OOOOO ; 1997.OOOO. 선고 96누OOOOO 판결 등 참조) 할 것으로, 청구인이 이 사건 공동주택에 관한 소유권보존등기를 경료함에 있어 처분청 세무담당공무원으로부터 일반세율을 적용한 등록세 납부서를 교부받았다는 사유만으로는 통지기관이 등록세를 중과세하지 아니하겠다는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 없고, 수년이 지난 후에 누락세원을 발굴 추징하였다 하여 달리 볼 것은 아니라 하겠으므로 가산세 부과처분 또한 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점

(1) 주택법에 의하여 등록된 주택건설사업자가 아닌 대도시내 법인이 설립 후 5년이 경과되지 아니한 상태에서주택건설용 부동산을 취득 등기하는 경우 등록세 중과세대상에 해당되지 아니한 것으로 볼 수 있는지 여부

(2) 등록세 중과세대상인 부동산 등기에 대하여 납세의무자가 일반세율로 신고하였고, 세무담당공무원 또한 일반세율의 등록세 납부서를 발부하였다가 이후 등록세 중과세대상임을 확인하고 이를 추징하는 경우 가산세를 과세할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 쟁점(1) 관련법령 (가) 구 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

4. 소유권의 보존: 부동산가액의 1,000분의 8 구 지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다. (나) 구 지방세법 시행령 제101조【대도시내 법인 중과세의 예외】① 법 제138조제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

5. 해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다) 구 지방세법 시행령 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. (다) 구 주택법(2005.1.8. 법률 제7334호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조【주택건설사업 등의 등록】① 연간 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자 또는 연간 대통령령이 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하고자 하는 자는 건설교통부장관에게 등록하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 사업주체의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 국가·지방자치단체

2. 대한주택공사·한국토지공사

3. 지방공사

4. 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제4조의 규정에 의하여 주택건설사업을 목적으로 설립된 공익법인(이하 “공익법인”이라 한다)

5. 제32조의 규정에 의하여 설립된 주택조합(제10조 제2항의 규정에의하여 등록사업자와 공동으로 주택건설사업을 하는 경우에 한한다)

6. 근로자를 고용하는 자(제10조 제3항의 규정에 의하여 등록사업자와 공동으로 주택건설사업을 시행하는 경우에 한하며, 이하 “고용자”라 한다)

② 제1항의 규정에 의하여 등록하여야 할 사업자의 등록기준·절차 및 방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 쟁점(2) 관련법령 (가) 구 지방세법 제150조의2【신고 및 납부】① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 구 지방세법 제151조【부족세액의 추징 및 가산세】등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세 2.제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세 (나) 구 지방세법 시행령 제104조의2【신고 및 납부기한 등】① 법 제150조의2 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지”라 함은 등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지를 말한다.

③ 법 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 등록세를 신고하고자 하는 자는 행정자치부령이 정하는 등록세 신고서에 의하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.

④ 법 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 등록세를 납부하고자 하는 자는 행정자치부령이 정하는 납부서에 의하여 납세지 관할 시·군금고에 납부하여야 한다. (다) 구 지방세법 시행규칙(200OOOO1. 행정자치부령 제266호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의3【신고 및 납부】① 영 제104조의2 제3항의 규정에 의한 등록세 신고서는 별지 제53호의4서식에 의한다.

② 영 제104조의2 제4항의 규정에 의한 등록세 납부서는 별지 제53호서식 또는 제53호의2서식에 의한다. (라) 구 지방세법 시행규칙 별지 제53호의4서식(등록세 신고서)은 등록세 납세의무자가 성명, 주소, 주민등록번호, 과세대상, 과세표준, 세액 등을 기재하고 이에 서명 또는 날인한 후 등기·등록하기 전까지 납세지 지방자치단체의 장에게 제출하도록 되어 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구인은 2000.11.30. 목적사업을 토목·건축공사업, 주택건설사업, 부동산임대사업 등으로 하고, 본점 소재지를 경기도 OO시 OO구 OO동 909-3번지로 하여 법인설립등기를 하였다. (나) 그 후 청구인은 2004.8.24. 이 사건 공동주택을 신축 취득한 다음 2004.9.23. 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기절차를 완료하였으나, 등기 당시 구 주택법 제9조의 규정에 의하여 구 건설교통부장관에게 등록된 주택건설사업자로서의 요건을 갖추고 있지는 못한 상태에 있었다. (다) 구 지방세법 제138조 제1항 본문 및 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과하도록 하면서, 같은 법 제138조 제1항 본문 단서 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호에서 구 주택법 제9조의 규정에 의하여 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한함)에 대하여는 등록세 중과세에서 제외토록 규정하고 있고, 구 주택법 제9조 제1항에서 연간 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자는 건설교통부장관에게 등록하여야 한다고 규정하고 있는바, 등록된 주택건설사업자에 대하여 등록세 중과의 예외를 규정한 취지는 일정한 자격요건을 갖추고 연간 일정한 호수 이상의 주택건설실적이 있는 자에 대하여 등록을 하게 한 다음 그 등록된 주택건설사업자로 하여금 주택의 건설기준이나 규모, 주택의 공급조건, 방법 및 절차에 관하여 엄격한 기준을 설정하여 이를 준수하게 하는 등의 규제를 함과 아울러 주택건설을 촉진함으로써 대도시 내의 무주택 국민의주거생활의 안정을 도모하고 그 주거수준의 향상을 기하는 데 있다 하겠고, 일단 법령에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 그 법령을 적용하여야 하는 것이 원칙이며, 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치 여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수는 없다 할 것으로, 청구인은 2000.11.30. 대도시내에서 설립된 법인으로서 이로부터 5년 이내인 2004.9.23. 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기절차를 완료하였고, 등기 당시 구 주택법 제9조의 규정에 의하여 구 건설교통부장관에게 등록된 주택건설사업자에 해당되지도 아니한 이상, 청구인의 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기는 등록세 중과세대상으로 보아야 할 것이다(조세심판원 심판결정 조심 2008지OO, 2008.OOOO. ; 2008지OOO, 2008.OOOOO. 참조).

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 청구인은 2004.9.23. 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기절차를 이행하면서 구 지방세법 제131조 제1항의 규정에 의한 일반세율을 적용하여 산출한 세액으로 기재되어 있는 등록세 신고서와 함께 이 사건 공동주택 사용승인서, 공사내역서, 공사변경 하도급 계약서, 건축물의 설계계약서, 사업자등록증(법인사업자) 등을 처분청에 제출하였다. (나) 구 지방세법 제150조의2 제1항, 제151조, 같은 법 시행령 제104조의2 제3항, 같은 법 시행규칙 제55조의3 제1항 및 제2항에서 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 일정 서식에 의하여 과세대상과 과세표준, 세액 등을 기재하여 신고하고 납부토록 규정하고 있고, 이러한 신고 납부의무를 이행하지 아니하거나 산출세액에 미달하게 신고하고 납부한 경우에는 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 가산하여 징수토록 규정하고 있는바, 신고납세방식의 조세인 등록세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하여야 하는 것이고, 지방세법에 의한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 규정된 신고납부의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 또는 과실은 고려하지 아니한다 할 것이며, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이나, 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다거나 정당세액에 부족하게 신고납부하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다 할 것으로, 청구인은 2004.9.23. 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기절차를 이행하는 과정에서 일반세율을 적용하여 산출한 세액으로 하여 등록세 등을 신고한 사실이 처분청에 제출한 등록세 신고서에 의하여 확인되고 있는 이상, 처분청 세무담당공무원이 업무미숙으로 이 사건 공동주택에 대한 소유권보존등기가 등록세 중과세대상이 아니라고 판단하여 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 납부서를 발부하였다 하더라도 이에 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정하기는 어렵다 하겠고(대법원 1997.OOOO. 선고 96누OOOOO 판결 ; 구 행정자치부 심사결정 제2005-OOO호, 2005.OOOO 참조), 청구인이 등록세 신고서 외에 이 사건 공동주택 신축과 관련된 기타 증빙자료 등을 함께 제출하였다고 하여 달리 볼 것도 아니라 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 등록세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)