종교단체가 취득한 부동산을 종교용에 사용하다가 2년 이내에 영유아보육시설로 사용하는 경우 비과세한 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 종교단체로서 2005.9.28. OOO OOOO OOO OOO 695번지 건물 459.19㎡(이하 “이 건 건물”이라 한다)를 신축·취득하고, 2005.11.2. 같은 곳 695 등 4필지 토지 291㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 증여를 원인으로 취득하였으며, 이 건 토지와 건물(이하 “이 건 부동산” 이라 한다)을 종교목적에 직접 사용하는 것으로 하여 처분청에 2005.10.5. 이 건 건물에 대해, 2005.11.2. 이 건 토지에 대해 각각 지방세법 제107조 및 제127조의 규정을 적용하여 취득세 및 등록세 비과세 신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 2007.6.18.부터 이 건 부동산을 영유아보육시설인 어린이집으로 사용함을 확인하고, 이 건 부동산의 취득가액 321,623,040을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 8,483,120원, 등록세 3,393,240원, 지방교육세 627,170원, 농어촌특별세 848,290원 합계 13,351,820원을 2008.9.4. 부과고지 하였다.
• 다. 청구인은 이 건 부동산을 종교용이 아닌 영유아보육시설로 사용하였지만 비영리사업에 사용하였으므로 이 건 취득세 등은 비과세 되어야 한다고 주장하면서 2009.11.27. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 이 건 부동산을 종교시설로 사용하다가 영유아보육시설로용도변경하였으나 비영리사업에 사용하였고, 지방세법 제272조제5항에서 영유아보육시설에 대하여도취득세 및 등록세를 면제하는것으로 규정되어 있으므로 입법취지를감안하여 비과세하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 이 건 부동산을 신축·취득하여 당초 종교집회장 등으로 사용하다가 약 1년 8개월 후에 영유아보육시설로 사용하여 법정기간인 2년 이상 종교용으로 사용하지 않아 지방세법 제107조 및 제127조에 의한 취득세 및 등록세를 비과세 할 수 없고, 취득일부터 1년 이내에 영유아보육시설로 사용하지 아니하였으므로 지방세법 제272조 제5항의 감면규정에도 적용되지 않아 청구인에게 취득세와 등록세를 부과함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교단체가 취득한 부동산을 종교용에 사용하다가 2년 이내에 영유아보육시설로 사용하는 경우 비과세한 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세】(2000.12.29 법률제6312호로 개정된 것) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조【용도구분에 의한 비과세】(2000.12.29 법률 제6312호로 개정된 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 제272조 【사회교육시설등에 대한 감면】(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되고 2005.12.31 법률 제7843호로 개정되기 전의 것)

⑤ 영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ도시계획세ㆍ공동시설세 및 사업소세를 면제한다. 다만, 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우(영유아보육법 제12조 및 유아교육법 제32조의규정에 의하여 당해 영유아보육시설 및 유치원이 폐쇄되는 경우를 포함한다) 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. (2)지방세법 시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되고 2006.12.30대통령령 19817호로 개정되기 전의 것) 제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제94조【비영리사업자의 범위등】① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서“대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 이 건 건물을 2005.9.28. 신축·취득하고, 이 건 토지를 2005.11.2. 증여를 원인으로 취득하여 교회 종교 집회장 등으로 사용하였음이 토지대장 및 건축물대장 등에 의해 확인되고 있고, 이 건 부동산을 2007.6.18. 제2종 근린생활시설(사무소, 종교집회장)에서 노유자시설(어린이집)로 용도변경하여 처분청의 확인일인 2008.5.18. 현재 사용하고 있음이 건축물관리대장, 사업자등록 및 현장사진 등에 의해 확인되며 이에 대하여는 청구인과 처분청간 다툼이 없다.

(2) 지방세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득ㆍ등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세한다고 규정하고 있는바, 비영리사업자의 부동산 취득ㆍ등기는 특단의 사정이 없는 한 “그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득ㆍ등기”로 보아야 하고, 위 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하는 것이며, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것으로(OOO OOOOOOOO OO, OOOOOOOOOOOOO OO), 종교단체인 비영리사업자가 부동산을 취득ㆍ등기함에 있어 취득세와 등록세의 비과세대상이 되는 것은 비영리사업자가 종교의식, 예배, 축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

(3) 이 건 부동산은 2005.9.28. 건물을 신축하여 종교집회장 등으로 사용해 오다가 약 1년 8개월 후인 2007.6.18. 영유아보육시설(어린이집)로 용도변경하여 사용하였으므로 영리사업 여부에 관계없이 취득 후 2년 이상 종교목적으로 직접 사용된 것으로 보기 어려워 지방세법 제107조 및 제127조에 의한 취득세와 등록세 비과세를 적용할 수 없으며, 또한, 청구인은 이 건 부동산 취득 후 1년 이내에 영유아보육시설로 사용하지 않아 지방세법 제272조 제5항에 의한 취득세 및 등록세 감면도 적용할 수 없다 할 것이다.

(4) 따라서, 종교단체인 청구인이 이 건 부동산을취득일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 종교목적에 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당하는 것으로 보아 처분청이 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.