종교단체가 취득한 부동산을 종교용이 아닌 영유아보육시설로 사용하는 경우 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은 종교단체로서 2005.12.27. 경기도 OOO OOO 33번지 지상에 교회시설 34.79㎡(이하 “이 건 건물”이라 한다)를 증축하고, 지방세법 제107조 및 제127조의 규정에 의해 이 건 건물을 종교용에 직접 사용하는 것으로 하여 2006.2.1. 처분청으로부터 이 건 건물 취득에 대한 취득세 및 등록세를 비과세 받았다.

• 나. 그 후 처분청은 2008년 2월 현지확인 과정에서 이 건 건물의 건축물대장상 용도가 증축당시 교회로 등재되어 있으나, 청구법인이 교회로 사용하지 아니하고 영유아보육시설(어린이집)로 사용하였으므로 2008.9.4. 이 건 건물의 시가표준액 17,986,430원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 530,460원, 등록세 212,580원, 지방교육세 39,620원, 농어촌특별세 39,490원, 합계 822,150원을 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이 건 건물을 종교시설이 아닌 영유아보육시설로 사용하였지만, 비영리사업에 사용하였으므로 취득세와 등록세가 면제되어야 한다며 2009.11.27. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 선교를 목적으로 하는 교회로서 이 건 건물에 대한 취득세 등비과세 신청을 하면서 지방세에 대한 무지 또는 착오로 감면사유에 종교 및 제사 목적으로 잘못 기재하였으며, 이 건 건물을 취득한목적은 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을설치ㆍ운영하기 위한 것이고 실제로 어린이집을 설치ㆍ운영하고 있어 지방세법제272조 제5항의 규정에 의하여 취득세와 등록세 면제대상에해당하므로 이 건 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 이 건 건물을 당초 교회로 증축 취득한 후, 2년 이상 종교용으로 직접 사용하지 아니하였으므로 지방세법제107조 및 제127조의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 비과세 할 수 없고, 비록 영유아보육시설로 사용하였더라도 이 건 건물 취득일부터 1년 이내에 당해 용도에 직접 사용하여야 하나, 이 건 건물 취득당시 보육시설인가증상 영유아보육시설 운영자는 청구법인이 아닌 청구인 소속교회의 담임목사 개인명의로 되어 있으므로 이 건 건물은 청구법인이 영유아보육시설에 직접 사용한 것으로 볼 수 없기 때문에 지방세법제272조 제5항에서 규정하고 있는 감면대상에도 해당되지 않아 이 건 취득세와 등록세 등을 부과함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교단체가 취득한 부동산을 종교용이 아닌 영유아보육시설로 사용하는 경우 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세】 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조【용도구분에 의한 비과세】

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 1.제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 제272조【사회교육시설등에 대한 감면】(2005.1.5 법률 제7332호로 개정되고 2005.12.31 법률 제7843호로 개정되기 전의 것)

⑤ 영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ도시계획세ㆍ공동시설세 및 사업소세를 면제한다. 다만, 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우(영유아보육법 제12조 및 유아교육법 제32조의 규정에 의하여 당해 영유아보육시설 및 유치원이 폐쇄되는 경우를 포함한다) 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인은 이 건 건물을 2005.12.27. 증축 취득하였고, 건축물관리대장상 교회로 등재되어 있었으나,취득 후 청구일 현재까지 종교용에 직접 사용하지 아니하고 청구법인 소속의 영유아보육시설로 사용하여왔음이 보육시설인가증,처분청의 현지확인서 등에 의해 확인되며 이에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 이 건 건물을 종교목적에 사용하는 부동산으로 하여 지방세법제107조와 제127조 제1항의 규정에 의해 취득세 등을 비과세 받은 후, 이 건 건물을 종교용에 직접 사용하지 않았다 하더라도 같은 법 제272조 제5항에서 영유아보육시설을 설치·운영하기 위하여 취득한 부동산은 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있으므로 취득후 심판청구일 현재까지 영유아보육시설로 사용하고 있는 이 건 건물에 대한 취득세 등은 면제되어야 한다고 주장하고 있다.

(3) 지방세법제272조 제5항의 규정에서 영유아보육법 제13조 제1항의 규정에 의한 영유아 보육시설을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득ㆍ등기한 부동산에 관하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 다만 취득ㆍ등기일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 동 규정에서 “직접 사용”이라 함은 부동산의 취득자가 영유아 보육시설의 운영자로서 그 취득한 부동산을 보육시설에 사용한다는 의미이고, 또한 영유아보육법 제13조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제5조 제1항의 규정에 따르면 보육시설을 설치ㆍ운영하는 자와 보육시설 종사자인 시설장으로 구분되는데 운영자는 보육시설을 설치ㆍ운영하기 위하여 그 명의로 신청한 자(‘보육시설 인가증’의 대표자)로서 부동산의 취득자와 ‘보육시설 인가증’의 대표자가 일치하여야 취득세 등의 면제대상이 된다 할 것이다.

(4) 이 건 건물의 취득당시(2005.12.27.) 소유자는 청구법인이나, 영유아보육시설 운영자는 청구법인이 아니라 청구법인 소속교회 담임목사인 김OO이었다가 2007.5.29.에청구법인으로, 다시 2008.6.5.에는 청구법인 대표 전OO로 변경되었음이 보육시설인가증 등에서 확인되는 바, 이 건 건물 취득 후 1년 이상 청구법인이 아닌 개인명의로 영유아보육시설을 운영한 사실이 확인되고 있어 청구법인이 영유아보육시설에 직접 사용하지 않은 것으로 보아야 하므로, 지방세법제272조 제5항의 규정에 의한 면제대상에 해당되지 않는 것으로 판단된다. 따라서, 처분청에서 청구법인이 취득한 이 건 건물에 대하여 취득세 및 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.