공동주택건설사업을 완료한 후 사용승인을 받고, 소유권보존등기를 경료한 경우 건축물 취득 등기에 대한 취득세와 등록세를 과세한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 2008.4.1. 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이 2001년부터 2006년까지의 기간동안 OOO OOO OOO OOO OOOOO 외 32필지 토지 29,691㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하면서 매도인에게 총 6,510,215,625원(부과제척기간이 경과된 가액 954,478,145원 포함)을 지급하였음에도 그 취득가액을 85,545,000원으로 하여 산출한 취득세 등 4,961,610원을 2004.3.29.과 2004.5.14.에 각각 신고 납부한 사실과 2004.2.11.과 2004.3.31. 및 2004.6.16. 각각 임시사용승인을 받은 이 사건 토지상의 건축물 12,032.87㎡[아파트 4개동(OOOO, OOOO, OOOO OOOO) 및 상가동(제1·2종 근린생활시설), 이하 “이 사건 건축물”이라 하고, 이 사건 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다]에 대한 공사원가가 11,190,034,952원(부과제척기간이 경과된 가액 1,567,767,830원 포함)임에도 그 취득가액을 6,888,000,000원으로 하여 산출한 취득세 197,719,240원을 2004.3.12.과 2004.4.30. 및 2004.7.15. 각각 신고 납부한 사실을 확인하고, 그 누락된 가액(총 8,204,459,602원 ; 토지 5,470,192,480원·건축물 2,734,267,122원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 276,440,960원, 농어촌특별세 18,049,790원, 등록세 309,900,600원, 지방교육세 58,260,500원, 합계 662,651,850원(가산세 포함)을 2008.8.25. 청구법인에게 부과고지 하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2008.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 1999년경부터 OOO OOO OOO OOO OOOOO 일대 33필지(이하 “이 사건 사업부지”라 한다)를 매입하여 대규모 아파트 단지를 조성하고자 하였으나, 위 사업부지는 관련법상 공동주택 건설사업계획의 승인이 불가능한 지역에 위치하고 있어 청구법인과 그 외 OOO 등 22명 명의로 이 사건 사업부지를 매입한 후 청구법인과 그 외 OOO 등 22명이 각각 20세대 미만의 주택을 건설하는 것으로 2000.8.3. 건축허가를 받았고, 2001.5.15. 이 사건 사업부지에 대하여 위 23명 명의로 각 지분소유권이전등기를 마친 후 같은 날 주식회사 한국토지신탁을 수탁자로 한 신탁등기를 마쳤으며, 그 후 OOOO 주식회사(청구법인은 2002년 3월 이후 이 사건 사업부지의 실질적인 소유자이고, 이 사건 건축물을 포함한 일단의 공동주택에 대한 실질적 건축주이며, 당해 사업시행자라고 주장하고 있다)는 2002년 3월초 이 사건 사업부지 및 사업시행권 인수제의에 따라 건축허가 및 위 23명의 명의신탁관계를 승계하려고 하였으나 여의치 아니하여 위 23명을 도급인으로 하는 개별 공사도급계약을 체결하기에 앞서 2002.3.11. 이 사건 사업부지 및 건축허가 명의를 그대로 유지하는 것을 전제로 하는 공사도급 및 사업시행에 관한 내용을 담은 사업권양도약정을 체결하였고(청구법인은 위 약정에 따라 OOOO2 주식회사로부터 공사이행보증금 명목으로 2,000,000,000원을 수령하였다), OOOO 주식회사는 이 후 2002.4.23.부터 이 사건 건축물을 포함한 일단의 공동주택에 대한 신축공사를 개시하였고, 형식상 건축주인 위 23명 명의로 공동주택에 대한 분양을 시작하여 2002년 5월경 777세대에 대한 분양을 모두 완료하였는바, 이 사건 건축물을 포함한 일단의 공동주택은 2004.2.11.에 1동에서 34동까지, 2004.6.9.에 35동에서 41동까지에 대한 임시사용승인을 받은 다음 2005.7.28.에 최종 사용승인을 받았다고는 하나, 이 사건 건축물에 대하여 청구법인 명의로 임시사용승인을 받았다는 이유로 2004.9.21.과 2004.11.25. 처분청이 부과한 개발부담금과 관련하여 청구법인은 2002.3.11. OOOO 주식회사에게 이 사건 사업부지에 대한 권리와 이 사건 건축물을 포함한 일단의 공동주택에 대한 건축허가상의 권리 및 당해 공동주택건설사업에 대한 시행권한을 양도하였으므로 당해 사업에서의 개발이익의 실질적 귀속자는 OOOO 주식회사라는 내용으로 소송을 제기한 후 2007.12.6. 서울고등법원으로부터 “OOOO 주식회사가 당해 공동주택건설사업의 실질적 시행자이므로 처분청이 청구법인에게 한 개발부담금의 부과처분은 취소한다”는 판결을 받았고, 처분청 또한 이를 수용함으로써 확정되었으므로, 이 사건 부동산에 대한 취득세 납세의무자는 실질적 건축주인 OOOO 주식회사라 할 것임에도 청구법인이 공동주택 신축사업을 양도한 시점 이후인 2003년도와 2004년도에 발생한 장부상 관련계정과 기존에 신고된 내용과의 차액분에 대하여 청구법인에게 취득세 등을 과세한 것은 지극히 행정편의주의적인 측면에서 기인한 부당한 처분에 해당된다 하겠고, 등록세 또한 별도의 등기행위가 발생한 것에 대한 과세라기보다는 기존의 신고내용에 대하여 추가적인 과세표준이 발견된 것에 대하여 납세의무를 부여하여 과세한 것으로, 이러한 납세의무는 실질적으로 당해 과세대상으로부터의 담세력을 소유한 실질적 건축주인 OOOO 주식회사가 부담하도록 과세하는 것이 응능과세의 원칙에 부합하는 것이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 첫째, 청구법인이 2002.3.11. OOOO 주식회사와 체결한 이 사건 건축물 신축공사와 관련한 “약정서”를 보면 청구법인이 주장하는 “사업권양수도계약서”로 볼 수 있는 내용이 기재되어 있지 아니한 반면, 청구법인은 각 건축주로부터 이 사건 건축물을 포함한 일단의 공동주택 신축공사와 관련한 제반문제를 위임받은 대표자로서 향후 공사도급계약시에 발생되는 건축주와 시공사 간에 분쟁 및 건축허가에서 준공시까지 발생되는 각 건축주에 대한 제반업무를 책임지고 처리한다고 기재되어 있으므로 이 사건 건축물에 대한 건축주로서의 지위는 청구법인에게 있다 할 것으로, 청구법인은 이 사건 건축물을 신축하기 위하여 2000년 8월경 건축허가를 받아 건축공사를 진행한 후 2004.2.11.과 2004.6.9. 임시사용승인을 받은 다음 2005.7.28. 최종 사용승인을 받았을 뿐만 아니라 청구법인의 법인장부에서 그 취득비용이 입증되고 있는 이상, 이 사건 건축물의 임시사용승인일에 적법하게 소유권을 취득하여 취득세 납세의무가 성립되었다 하겠고, 둘째, 구 지방세법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록을 받는 자에게 납세의무가 있다고 규정하고 있는바, 이 사건 부동산에 대한 소유권보존등기는 청구법인의 명의로 이루어졌음이 부동산등기부를 통하여 확인할 수 있으므로, 이 사건 취득세와 등록세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 공동주택건설사업을 완료한 후 사용승인을 받고, 소유권보존등기를 경료한 건축주인 청구법인에게 건축물 취득 등기에 대한 취득세와 등록세를 과세한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법 제29조【납세의무의 성립시기】① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세: 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 제104조【정의】취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

8. 취득: 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다. 제105조【납세의무자 등】① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다. 다만, 그 취득물건을 다른 도로 이전한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이전지를 관할하는 도에서 그 취득자에게 부과한다.

② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법·광업법·수산업법·선박법·산림법·건설기계관리법·자동차관리법 또는 항공법등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다. 제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1.·2. (생 략)

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 제124조【납세의무자】등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제130조【과세표준】① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조【취득의 시기 등】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 각 호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

③ 제1항·제2항 및 제5항의 규정에 의한 취득일전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다. 다만, 수입 또는 건조에 의하여 연부로 취득하는 선박에 대하여는 그러하지 아니하다.

④ 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 제82조3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용{소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다}을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2002.3.11. 청구법인(당시 상호명은 주식회사 OOOO건설이었다)과 시공자 OOOO 주식회사는 OOO OOO OOO OOO O OOOO 외 46필지 101,340㎡(변경후 95,407㎡)상의 아파트 25개동과 부대시설 1동 447세대(변경후 아파트 41개동, 부대시설 1개동, 총 777세대)에 대한 건축공사 도급약정을 체결하였는데, 그 내용을 보면 약정목적은 “청구법인과 OOOO 주식회사는 상기 아파트 신축공사의 원활한 수행을 위하여 본 약정을 체결하며, 추후 건축허가 변경후 공사도급계약을 체결하여 원만히 이행함을 목적으로 한다”라고, 공사비는 “본 약정후 체결되는 아파트 신축공사 도급계약에 대한 도급금액은 (총분양금액-토지대금-토지대 차입금이자-건축주에 대한 제세공과금)에 의하여 계산한 금액으로 정산하고, 토지대금총액 56,000,000,000원은 OOOO 주식회사가 선지급하되(차입금은 잔금으로 처리) 분양대금에서 우선 회수하며, 토지대금 차입금 37,800,000,000원에 대한 이자는 도급공사 체결일부터 OOOO 주식회사가 선지원하며 추후 분양대금에서 우선 회수한다”라고, 약정금은 “OOOO 주식회사는 본 약정체결과 동시에 청구법인에게 본 약정의 원만한 이행을 위하여 약정금으로 2,000,000,000원을 지급하기로 한다”라고, 청구법인의 이행의무로는 “약정체결 후 2002.3.30.까지 변경건축허가를 받아야 하며, 변경건축허가와 동시에 OOOO 주식회사를 시공자로 하는 건축공사 도급계약을 체결하여야 하고, 건축허가와 관련한 제반 허가조건의 이행책임을 지며, 각 건축주를 대신하여 청구법인의 비용과 책임하에 이를 이행하여야 하며, 변경건축허가 후 3개월 이내에 토지분할등 공부정리와 각 건축주명의로 토지 소유권이전절차를 완료하여야 하고, 각 건축주로부터 본공사와 관련한 제반문제를 위임받은 대표자로서 향후 공사도급계약시에 발생되는 건축주와 시공사간에 분쟁 및 건축허가에서 준공시까지 발생되는 각 건축주에 대한 제반업무를 책임지고 처리한다”라고 되어 있다.

(2) 2002.4.23. 청구법인과 OOOO 주식회사는 OOO OOO OOO OOO O OOOO 외 23필지상의 OOOOO 신축공사 13단지, 22단지, 31단지, 38단지에 대한 공사도급계약(도급금액 6,048,000,000원, 부가가치세 별도)과 OOO OOO OOO OOO O OOO 외 1필지상의 OOOOO 신축공사 42단지에 대한 공사도급계약(도급금액 924,000,000원, 부가가치세 포함)을 체결하였는데, 그 특약조건을 보면 청구법인은 “아파트의 건축·토목·조경 등 시공에 관한 업무, 공사진행중에 필요한 설계변경업무, 아파트에 대한 분양업무 일체, 분양대금에 관한 관리 및 처분에 관한 일체업무를 OOOO 주식회사에게 위임”하고, OOOO 주식회사는 “본 계약일로부터 청구법인의 차입금에 대하여 이자를 납부할 책임을 지며 추후 준공시까지 청구법인을 대리하여 차입금을 상환하고, 청구법인을 대리하여 아파트신축공사에 대한 시공, 분양 및 소유권이전업무 전체를 성실히 이행”하는 것으로 되어 있다.

(3) 처분청은 2004.2.11.에는 OOO OOO OOO OOO OOOOOO O 8필지상의 아파트 19세대(131동) 연면적 1,992.91㎡(허가일자 2000.8.4, 승인 2000-702호)와 OOO OOO OOO OOO OOOOO O 12필지상의 아파트 19세대(113동) 연면적 1,992.91㎡(허가일자 2000.8.4, 승인 2000-706호) 및 OOO OOO OOO OOO OOOOOO 외 11필지상의 아파트 19세대(122동) 연면적 1,992.91㎡(허가일자 2000.8.4, 승인 2000-725호)에 대한 임시사용승인(주택과-1453, 1467, 1476)을, 2004.3.31.에는 OOO OOO OOO OOO OOOOO 외 6필지상의 제1·2종 근린생활시설(상가동) 1동 연면적 4,034.98㎡에 대한 임시사용승인(건축과-8466)을, 2004.6.16.에는 OOO OOO OOO OOO OOOOO 외 1필지상의 아파트 19세대(138동) 연면적 2,019.165㎡(허가일자 2000.8.4, 승인 2000-716호)에 대한 임시사용승인(주택과-6422)을 각각 통보하였다.

(4) 청구법인은 2004.3.11.에는 이 사건 건축물 중 아파트 131동(OOO OOO OOO OOO OOOOOO O OOOOO OOO), 아파트 113동(OOO OOO OOO OOOOO O OOOOOO OOO), 아파트 122동(OOO OOO OOO OOOOOO O OOOOOO OOO)에 대한 취득세 등을, 2004.4.28.에는 이 사건 건축물 중 상가동(OOO OOO OOO OOO OOO O OOOOO OOO)에 대한 취득세 등을, 2004.7.7.에는 이 사건 건축물 중 아파트 138동(OOO OOO OOOOOO OOO O OOOOO OOO)에 대한 취득세 등을 각각 신고하였다.

(5) 처분청은 2005.1.5.에는 이 사건 건축물 중 상가동에 대한 사용승인(건축과-333)을, 2005.7.28.에는 이 사건 건축물 중 아파트 113동, 131동, 138동, 122동에 대한 사용승인(주택과-10293, 10303, 10313, 10322)을 청구법인에게 각각 통보하였다.

(6) 청구법인은 2006.1.26. 이 사건 건축물에 대하여 청구법인 명의로 소유권보존등기절차를 완료하였다.

(7) 처분청이 청구법인과 OOO 등 23명에 대하여 부과한 개발부담금과 관련한 다툼에서 서울고등법원(OOOO OOOOOOOOOO OOOOOOOOOOO)은 2007.12.6. “이 사건 사업지의 소유명의나 건축허가의 명의 등은 청구법인과 OOO 등 23명으로 되어 있으나, 실제로 주택단지조성사업을 추진하고 그 개발이익을 누리게 될 주체는 원래의 명의신탁자인 청구법인이라 할 것인데, 위 청구법인이 개발사업을 완료하기 전인 2002.3.11. 사업시행자의 지위를 OOOO 주식회사에게 양도함으로써 그 사업주체가 새로이 그 지위를 승계하여 실질적으로 사업을 시행하고 완료한 OOOO 주식회사로 변경되었으므로, 비록 그 사업이 청구법인과 OOO 등의 명의로 계속 진행되었음에도 불구하고 각 개발부담금의 납부의무자는 개발이익환수법 제6조 제1항 제3호의 규정에 따라 실질적으로 개발이익이 귀속되는 OOOO 주식회사가 된다”고 판결하였다.

(8) 조세의무의 성립과 그 내용·범위는 오로지 조세법규에 의하여야 하고, 조세의무는 각 세법에서 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하는 것으로, 구 지방세법 제29조 제1항 제1호 및 제2호에서 취득세는 취득세 과세물건을 취득하는 때에, 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 각각 납세의무가 성립한다고 규정하고 있는 이상, 개발부담금 부과처분과 관련하여 실질적 납부의무는 OOOO 주식회사에게 있다는 법원판결이 있었다 하더라도 취득세와 등록세는 그 과세객체인 취득행위와 등기 또는 등록행위를 한 자에게 그 납세의무가 있다고 보아야 할 것이다. 한편, 취득세의 납세의무를 규정한 구 지방세법 제105조 제1항에서 말하는 부동산의 취득이란 부동산의 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산취득의 모든 경우를 포함한다고 해석함이 상당하므로 명의신탁에 의한 부동산의 취득도 이에 해당된다 하겠고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 이를 담세력의 표현으로 보고 지방자치단체의 재정수입을 위하여 부과하는 조세이므로 일단 위와 같은 등기 또는 등록행위가 있으면 그 과세요건이 충족되는 것이라 할 것으로, 청구법인은 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상에 공동주택(아파트) 및 근린생활시설을 신축하기 위하여 건축주를 청구법인으로 하여 건축허가를 받아 공사를 진행한 후 2004.2.11.과 2004.3.31. 및 2004.6.16. 임시사용승인을, 2005.1.5.과 2005.7.28. 최종 사용승인을 받았고, 이 사건 토지 및 건축물 취득과 관련하여 그 비용을 지급한 후 이러한 사항을 청구법인의 법인장부에 기장하였으며, 2006.1.26. 이 사건 건축물에 대하여 청구법인 명의로 소유권보전등기절차를 완료한 이상, 이 사건 부동산에 대한 취득세와 등록세의 납세의무는 청구법인에게 있다고 보아야 하겠고, 설사 청구법인과 OOOO 주식회사 사이에 이 사건 부동산에 대한 명의신탁약정이 있었다 하더라도 달리 볼 것은 아니라 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.