비영리사업자인 종교단체가 취득·등기한 부동산을 그 사용일부터 2년 이내에 매각한 것으로 보아 기 비과세한 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부(경정)

[주 문]

1. 처분청이 2008.10.15. 청구인에게 한 등록세 1,948,140원, 지방교육세 363,200원, 합계 2,311,340원의 부과처분은 2005년도 시가표준액을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구인이 2005.4.13. OOOO OOO OOO OOO OOOOO 전 299㎡와 위 지상 건축물 176.06㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 증여 취득한 후, 2005.4.15. 취득세 등의 비과세를 신청함에 따라 이를 비과세하였으나, 2008.4.28.부터 2008.5.29.까지 실시한 행정안전부의 “지방세입분야 컨설팅 감사” 결과 이 건 부동산을 그 사용일부터 2년 이내인 2006.3.6. OOO에게 매각한 사실을 확인하고 86,345,940원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 2,550,010원, 농어촌특별세 190,150원, 합계 2,740,000원과 88,046,340원을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 1,948,140원, 지방교육세 363,200원, 합계 2,311,340원을 2008.10.15. 청구인에게 각각 부과고지 하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인의 주장 청구인 교회가 1997년 설립한 후 1998.3.16. 이 건 부동산을 취득할 당시 교회 재정이 매우 열악하여 이 건 부동산 매입에 따른 대출을 받을 수가 없어교회의 제직회의를 통하여 부득이 담임목사인 OOO의 명의로 취득하였고, 그 후 2005.4.13. 증여를 원인으로 하여 청구인 명의로 소유권을 이전하였지만,청구인은 당초부터 이 건 부동산의 실질적인 소유자이고 교회헌법에 따라 이 건 부동산을 청구인 교회의 당회가 관리하면서 종교목적에 직접 사용하여 왔으므로 이 건 부동산에 대한 취득세 등은 비과세 되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 등에서 종교를 목적으로하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대해서는 취득세·등록세를 부과하지 아니하지만, 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우에는 그 해당부분에 대하여 취득세·등록세 등을 부과하도록 규정하고 있는바, 이 건 부동산을 1998년부터 교회로 사용하였고 담임목사 OOO 명의로 소유권을 이전 등기한 것은 실질적인 권리자가 아니라 명의를 빌려준 것에 불과하다고 하더라도, 지방세법제105조 제1항의 부동산 취득이란 부동산의 취득자가 실질적인 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계 없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함한다 할 것(OO OOO OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO)이므로, 비록, 일련의 과정이 제직회의의 의결에 따라 이루어졌고, 처음부터 청구인이 이 건 부동산의 실질적인 소유자로 추정된다고 하더라도 이 건 부동산을 담임목사 OOO의 명의로 취득·등기한 이상 청구인이 이 건 부동산을 취득한 시점은 2005.4.13.이라 할 것이고, 2006.3.6. 이 건 부동산을 OOO에게 매도하여 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 매각한 사실이 입증되고 있으므로 처분청에서 이 건 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 비영리사업자인 종교단체가 취득·등기한 부동산을 그 사용일부터 2년 이내에 매각한 것으로 보아 기 비과세한 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 이 건 부동산을 2005.4.13. OOO로부터 증여 취득한 후, 그 사용목적을 교인들의 예배장소, 주차장 및 어린이집 등 종교용 부동산으로 하여 2005.4.15. 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받았으나, 처분청은 2006.3.6. 청구인이 이 건 부동산을 OOO에게 매각한 사실을 확인하고, 처분청에서 2008.10.15. 기 비과세한 취득세 등 5,051,500원을 추징한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

(2) 살피건대,지방세법제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의하면, 종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 당해 부동산을 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있는바,

(3) 이러한 규정의 입법목적이 비영리사업자가 취득한 부동산을 사용하지 아니하고 매각하는 것을 방지하고, 목적사업에 일정기간 이상 사용하는 것을 강제하기 위한 것에 있고, 취득세가 취득행위 자체를 과세객체로 하는 조세라는 점에 비추어 볼 때, 지방세법제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 단서 후단에서 “그 사용일부터 2년 이상”이라 함은 비영리사업자가 당해 부동산을 그 취득일부터 최소한 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하는 것을 의미한다 하겠고,

(4) 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용, 수익, 처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것(OOO OOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OO)이라 할 것이므로,

(5) 비록, 청구인이 청구인 교회의 담임목사 OOO가 1998.3.16. 취득하여 담임목사의 사택과 교회용도로 사용하던 이 건 부동산을 2005.4.13. 증여로 취득하여 그 후에도 계속하여 종교 목적에 사용하였고, 이 건 부동산의 실질적인 소유권이 1998.3.16.부터 청구인에게 있었다고 하더라도 청구인과 청구인의 담임목사는 그 인격을 달리하는 것으로서 청구인이 이 건 부동산을 1998.3.16.부터 당해 목적사업에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다 하겠으므로, 청구인의 담임목사 OOO가 이 건 부동산을 청구인에게 증여하기로 하고 청구인은 이를 승낙한다는 증여계약서를 작성한 날인 2005.4.13. 청구인은 이 건 부동산을 새로이 취득하였다고 보아야 할 것이다.

(6) 그렇다면, 청구인이 2005.4.13. 이 건 부동산을 취득·등기한 이후 그 사용일부터 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 2006.3.6. OOO에게 매각한 사실이 부동산매매계약서와 부동산등기부등본 등에서 확인되고 있는 이상, 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 것은 잘못이 없다고 보여진다.

(7) 다만, 처분청이 이 건 부동산에 대한 등록세 등을 추징하면서 등기 당시인 2005년도의 시가표준액 86,435,940원을 적용하여 등록세 등을 산출하여야 함에도 추징 당시인 2008년도 시가표준액 88,046,340원을 적용하여 등록세 등을 부과고지한 것은 잘못이므로 이에 대한 등록세 등은 경정하여야 할 것이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.