[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
- 가. 청구법인은 1994.1.24 서울특별시 OOOO OOO OO 4-3번지를 본점소재지로 하여 설립한 의료법인(OOOOOO, OOOO OOO)으로서 병원신축부지로 사용하기 위하여 2004.2.13 경기도 OOO OOOOOOO OOO 274-3번지 토지 795.2㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고 2004.2.17 처분청에 취득신고를 하면서 지방세법 제287조 제2항에서 규정하고 있는 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세와 등록세를 면제받았다. 나.청구법인은 2007.2.23 이 건 토지상에 건축물 5,583㎡(지하 2층 지상 8층,이하 “이 건 건축물”이라 하며, 토지와 건축물을 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축하고 2007.3.2 지방세법 제287조 제2항 규정에 의하여 취득세와 등록세를 과세면제 받았다. 다.2008.1.17 처분청 세무담당공무원(OOOOOO OOO O OO)이 이 건 부동산에 현지출장하여 확인한 결과, 이 건 부동산의 건축물 6층～8층(건물 2,180.38㎡, 부속토지 306.47㎡, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)을 의료업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 이 건쟁점 부동산의 취득가액 3,863,279,242원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 77,265,560원, 농어촌특별세 7,726,520원, 등록세 136,982,910원, 지방교육세 27,396,540원, 합계 249,371,530원(가산세 포함)을 2008.3.26 부과고지 하였다.
- 라. 청구법인은 이 건 취득세 등의 부과고지는 부당하다고 주장하며 2008.6.23 경기도지사에게 이의신청을 하였으나 2008.7.28 기각결정서를 수령한 후 2008.10.24 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 ⑴ 이 건 건축물 5,583.42㎡ 전체를 고유목적사업(의원시설)으로 사용할 예정이었으나 OOO OO 제1종 지구단위계획지침에서 상업지역 중 업무용지의 건물용도는 20%이상 정보·연구산업, 정보통신업·연구용역업을 권장용도로 사용하도록 함에 따라 건축허가를 받기 위하여 이 건 건축물의 6, 7, 8층의 건물용도를 지구단위 계획상의 해당 용도로 형식적인 요건을 갖추었을 뿐이며, 실질적으로는 청구법인의 의도와는 관계없이 OOO 지침에 의하여 용도가 제한되었기 때문에 고유목적에 직접 사용하지 못하였고, ⑵ 추후 건축물 용도제한이 해제되면 의원전용시설로 사용할 목적으로 7층을 제외한 6층, 8층은 타 용도로 사용하지 아니하고 공실상태로 비워두고 있는 것은 병원으로서의 사용용도가 제한되었기 때문에 사용하지 못한 것이므로 이는 지방세법 제287조 제2항에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당되며, ⑶ 더구나 OOO 지구단위계획에 의한 용도제한 범위 내에서 6층은 의원시설로 용도변경이 가능하다는 사실을 확인하고 2008.2.20 6층 전체를 업무시설(정보통신업, 연구용역업)에서 의원시설로 용도변경 신청 및 승인을 받아 2008.5.9 의원시설로 변경하여 고유목적사업에 직접 사용하고 있으므로 이는 1년의 유예기간 전에 용도변경신청을 하고 용도를 의원시설로 변경한 후 고유목적사업에 직접 사용하고 있으므로 이에 대한 취득세 등은 당연히 과세면제 되어야 한다.
- 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 부동산 취득당시부터 이미 건축물 전체를 의료업에 사용할 수 없는 지역이라는 사실을 알고 있었고, 취득이후 법령이 변경되거나 금지, 제한되어 사용할 수 없게 된 어쩔 수 없는 상황이 아니라 처음부터 그러한 사실을 알고 이 건 부동산을 취득한 것으로서 이는 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되지 않으므로 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 의료법인이 병원으로 사용하기 위하여 신축한 건축물 중 20%는 정보·연구산업 등의 용도로 사용하도록 해당 지방자치단체의 제1종 지구단위계획지침으로 제한하고 있어 병원용도로 사용하지 못한 경우 정당한 사유에 해당되는지 여부
- 나. 관련 법령 ⑴ 지방세법 제112조(세율)① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다 ⑵ 지방세법제131조(부동산 등기의 세율)① 부동산에 대한 등기를 받는 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
(1) 농지 부동산가액의 1,000분의 10
(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 20 ⑶지방세법 제287조(국민건강증진사업자 등에 대한 감면) ② 의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하기 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세와 등록세를 추징한다.
- 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 지방세법 제287조 제2항에서 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. ⑵ 의료법인이취득한 부동산을 그 고유의 목적사업에 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”의 판단기준은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 법인이 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 부득이 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함된다 할 것이고, 부동산의 취득 당시부터 이미 법령의 규정에 의하여 사용금지 또는 제한된 부동산을 취득하고 그 제한 또는 금지가 계속됨으로써 고유업무에 직접 사용하지 못하게 된 경우까지를 포함하는 규정으로 볼 수는 없다(OO OOO OOO OOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO OO)할 것이다. ⑶ 청구법인이 취득한 이 건 토지는 상업지역(업무)으로서 “OOOO 제1종 지구단위계획지침”에서 건물연면적의 20% 이상은 권장용도인 정보·통신분야 등에 사용하도록 되어 있었기 때문에 이미 이 건 토지 취득전부터 병원용 건축물을 신축하여도 건물연면적의 20% 이상은 병원용으로 사용할 수 없는 사실을 알고 취득하였다 할 것이고, 2004.2.3 이 건 병원용 건축물(지하 2층, 지상 8층)신축허가를 받으면서 6층, 7층, 8층의 용도를 정보통신산업, 연구용역업으로 하여 건축허가를 받아 신축한 후 2007.2.23 사용검사를 받은 사실이 제출한 건축물대장 등에서 입증되고 있다. ⑷ 청구인은 이 건 건축물을 취득한 후 2008.1.4 쟁점 부동산의 건축물 중 7층은 (주)이OOOOOO(OOOO OOO)에 임차(임차기간: 2008.1.4～2010.1.3)하고 있고, 6층과 8층은 이 건 병원용 건축물 사용검사필증 교부일인 2007.2.23부터 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 아니하고 공실상태로 존치하고 있었던 이상, 비록 6층 전체면적을 청구인의 목적사업인 병원용도로 변경(정보통신업, 연구용역업→의원)하였다고 하더라도 이 건 건축물의 사용승인일인 2007.7.23부터 1년이 경과한 2008.5.9에 용도변경 사용승인을 받은 이상, 이 건 건축물을 취득한 날부터 1년 이내에 청구법인의 고유목적사업인 병원용에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제81조에 의하여 주문과 같이 결정한다.