종교단체가 취득한 부동산을 2년 이상 고유목적 사업에 사용하지 아니하고 매각한 경우 취득세 등의 비과세대상에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.처분청은청구인이 2006.5.16. OOOOO OOO OOO 156-2번지외 2필지토지 1,350㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한데 대하여지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한종교용부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였다. 나.청구인은 이 건 토지를 종교용에 2년 이상 직접 사용하지 아니하고매각한 후, 이 건 토지의 취득가액 1,667,000,000원을과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한취득세 33,340,000원, 농어촌특별세 3,334,000원, 등록세33,340,000원, 지방교육세 6,668,000원, 합계 76,682,000원(가산세 포함)을 2008.5.19. 처분청에 신고하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2008.6.27. 이의신청을 하였으나,2008.8.29.이의신청 결정기관인 OOOOOO으로부터 기각결정 통보를받고2008.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 2006.4.12. 청구인 소유의 OOOOO OOO OOO 131-2번지 토지 746㎡와 동 지상건축물 및같은 동 131-6번지 연립주택 등(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을주식회사 OO개발(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 아파트 신축부지용으로매매계약을체결하고, 이 건 부동산의 매매계약금 및 중도금으로 이 건 토지를 취득한 후, 매장문화재분포확인 조사를 실시하고, 교회건축물 신축허가를 득하는등 교회건축을 위하여 최선의 준비를 다하였으나,이 건 법인이 아파트 신축사업 포기로 인하여 이 건 부동산을매입할 수 없게 되자 기 체결한 이 건 부동산의 매매계약의 특약사항에 따라기 지급한 이 건 부동산의 매매계약금과 중도금의 반환을 요청하자 자금의 여력이 없었던 청구인은 불가피하게이 건 토지의 처분권을 이 건 법인에 대물로주기로 하는 약정을다시 체결하였고, 2008.5.15. 이 건 토지를 제3자에게매각한 후, 동 매각대금을 이 건 법인이 수령한 것이므로청구인은 이 건 법인과의 약속을 믿고 교회건축을 위하여 모든준비를 다한 상태에서이 건 법인이일방적으로 아파트 신축사업을포기함에 따라 이 건 토지를 매각할수밖에 없었던것임에도 처분청에서 이러한 사실을 고려하지 아니하고 청구인이이 건 토지를 2년 이상 목적사업에 사용하지 아니하고 매각하였다는 사유로 기 비과세 하였던 이 건 취득세 등을 신고하도록 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 건 토지의 취득 및 매각경위 등 일련의 과정을 종합적으로보면, 청구인이 이 건 토지를 당초의 교회신축에 직접 사용 하지못하고 매각한 사유가 행정청의 건축제한과 같은 외부적 사유나 정상적인 노력을 다하였으나 특수한 사정으로 인한 시간부족 등과 같은 정당한 사유가 있었다기보다는 청구인은 이 건 쟁점부동산의 매매계약에 의하여 언제든지 계약금과 중도금을 반환하여 계약을 해제할 수 있었음에도 이러한 제반사정을 세심하게 고려하지 아니하고 무리하게 이 건 토지를 취득하여 고유목적에 사용하지 아니하고매각하였으므로 그 귀책사유가 청구인에게 있다 할 것이고, 이 건토지 취득 후 교회를 신축하여 목적사업에 사용하는데 아무런장애도 없었음에도 경제적 사정만으로 2년 이상 종교목적에 사용하지 아니하고 매각하였는 바, 청구인의 경우는 정당한 사유에해당되지 않는다고 하겠으므로 청구인이 이 건 취득세 등을 신고한 것은적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교단체가 취득한 부동산을 2년 이상 고유목적 사업에 사용하지 아니하고 매각한 경우 취득세 등의비과세대상에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법 제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는대통령령으로 정하는비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 (2)지방세법 시행령 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006.4.12. 이 건 법인과 이 건 부동산에 대한 매매계약을 체결하였고,2006.5.16. 이 건 토지를 취득하였으며, 2006.6.2.이 건 토지상에 교회 건축허가(OOOOOOOOOOOOOOOOOOO)를처분청으로부터득하였으며,2007.5.10. 처분청의 세무담당공무원(OOOOOOO OOOO OO)이이 건 토지에 대한 현황조사를 하여나대지상태로있는 사실을확인하였고, 2008.5.15. 청구인이 이 건 토지를 매각한사실은 제출된 관련자료에서 알 수 있다. (2)지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항에서는 종교를목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한부동산을 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

(3) 비록,이 건 법인이 아파트 신축사업 포기로 인하여 이 건 부동산을매입할 수 없게 됨에 따라 자금의 여력이 없는 청구인이 기 체결한 이 건 부동산의 매매계약의 특약사항에 따라 매매계약금등을 이 건 법인에 반환하기 위하여 이 건 토지를 매각하였다하더라도 청구인은 이 건 토지를 취득하여 교회건축을 위한 준비작업만 하다가나대지 상태로 매각한 사실이 이 건 토지에 대한 처분청세무담당공무원의 현지확인서(OOOOOOO OOO O OO, OOOOOOOOOO)등의 관련자료에서 확인되고있는 이상 청구인은 이 건 토지를 2년 이상 종교용에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당하므로 청구인이 이 건 토지에 대한 취득세 등을 처분청에 신고한 것은 별다른 잘못이 없어 보이므로청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고할 것이다. 따라서, 청구인이 처분청에 이 건 취득세 등을 신고한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.