대도시내 부동산등기 및 자본금 증자등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 1996.11.12. 상호를 (주)○○○으로, 본점 소재지를 서울특별시 송파구 문정동○○○번지 ○○○으로, 목적사업을 의류 수출입 판매, 가구 수출입 판매 등으로 하여 설립된 법인(이하 “종전법인”이라 한다)이 사업을 영위하다가 2003.1.1. 휴업신고(2003.7.1. 폐업신고) 후 휴면상태에 있다가 2003.7.3. 사업을 재개하면서 상호를 (주)○○○[2003.9.2. (주)○○○으로, 2004.1.29. (주)○○○으로, 2006.11.2. (주)○○○로 상호 변경등기, 이하 “청구인”이라 한다]으로, 목적사업을 종전 사업외에 주택건설업, 부동산매매ㆍ임대ㆍ분양업, 의료사업, 사회복지사업 등으로 변경 또는 추가하는 등기를 한 다음 2003.8.22. 서울특별시 성동구 마장동 ○○○외 1필지 토지 1,412.9㎡(이하 “제1토지”라 한다)에 대한 소유권이전등기를, 2004.4.14. 서울특별시 성동구 마장동 ○○○ 도로 61.94㎡(이하 “제2토지”라 한다)에 대한 소유권이전등기를, 2005.7.28. 서울특별시 마장동 ○○○번지외 1필지상에 집합건축물 6,492.66㎡(○○○, 이하 “이 사건 건축물”이라 하고 제1ㆍ2토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대한 소유권보존등기절차를 이행하면서 각각의 취득가액(제1토지 3,272,500,000원, 제2토지 30,000,000원, 건축물 4,029,308,820원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제131조 제1항 제3호 및 지방세법 제131조 제1항 제4호의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 165,173,510원을 신고납부하였고, 2004.3.4. 자본금 증자등기를 하면서 그 증자액(450,000,000원)에 구 지방세법 제137조 제1호 (2)목의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 2,160,000원을 신고납부하였다.
• 나. 그 후 처분청은 종전 법인이 사업을 재개하면서 청구인으로 변경등기를 한 날인 2003.7.3. 대도시내에서 새로운 법인의 설립등기가 된 것으로 보고 이로부터 5년 이내에 이루어진 대도시내 이 사건 부동산등기와 자본금 증자등기가 지방세법 제138조 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의한 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기 및 자본금 증자등기에 해당된다고 판단하여 이 사건 부동산 취득가액(7,331,808,820원)과 자본금 증자액(450,000,000원)을 합한 금액(7,781,808,820원)에 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 342,864,010원, 지방교육세 63,248,390원, 합계 406,112,400(가산세 포함)을 2008.7.10. 청구인에게 부과 고지하였다.
• 다. 청구인은 대도시내 설립 후 5년 경과법인의 부동산등기 및 자본금 증자등기에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다는 사유로 2008.10.6. 이 사건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인의 대표이사인 송○○는 종전 법인 설립 당시 “○○○”이란 상호의 기업체(사업내용은 종전 법인과 동일함)를 운영하면서 종전 법인은 자회사 형태로 운영하다가 그 후 2개의 기업체를 동시에 운영하지 못할 상태에 도달하게 되자 종전법인의 사업 확장을 위하여 대표이사로 취임하였고, 이와 동시에 사업 다변화 및 사옥신축을 위하여 상호, 목적사업, 임원 등을 모두 또는 변경한 후 이 사건 부동산을 취득하였는바, 법인등기부등본상 종전법인의 대표자는 유○○이었으나 실질적인 대표자는 현재 대표이사로 있는 송○○이었을 뿐만 아니라 사업내용도 동일하였음에도 단지 법인의 상호, 대표자 및 임원, 목적사업을 변경하였다 하여 변경등기한 날을 새로운 법인설립일로 보아 이로부터 5년 이내에 이루어진 이 사건 부동산등기 및 자본금 증자등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서의 “대도시 내에서의 법인의 설립”에서의 “설립”이 반드시 등기형식에 있어서의 “설립등기”만을 의미하는 것으로 볼 수는 없고, 설사 변경등기의 형식을 취하였다고 하더라도 이를 실질에 있어 설립등기와 같은 것으로 볼 수 있는 경우에는 위 조항의 “법인의 설립”으로 보는 것이 오히려 실질과세의 원칙에도 더 부합된다고 할 것이고, 이와 같이 회사 설립의 실질을 갖는 등기를 마친 경우만을 회사의 설립으로 보는 이상 위와 같은 해석이 위 조항의 문언의 해석 가능한 의미를 넘어선다고 할 수는 없으므로 이를 조세법률주의의 원칙에 위배된다고 할 수도 없다 할 것으로(서울고등법원 2007.12.4. 선고, 2007누12691 판결 참조), 청구인의 경우 폐업상태에 있는 종전 법인을 인수하여 법인의 상호, 대표자 및 임원, 본점소재지, 목적사업 등을 모두 변경하는 등기를 하였고, 본점 소재지에 업태를 서비스, 음식업, 부동산, 종목을 냉동창고업, 한식, 주차장업, 임대, 부동산관리업 등으로 하여 새로운 사업자등록을 하였으며, 청구인의 대표이사인 송○○가 종전법인의 실질적인 대표이사였음을 알 수 있는 아무런 증빙자료가 없고, 종전 법인의 물적설비나 인적체계, 재무재표 등을 인수한 사실도 전혀 나타나지 아니하고 있으므로 청구인은 변경등기일에 법인의 실체가 전면적으로 변경된 것으로 봄이 상당한바, 이는 실질과세원칙이나 지방세법 제138조의 입법취지 등에 비추어 새로운 법인이 설립된 것으로 보아야 하므로 청구인의 이 사건 부동산등기 및 자본금 증자등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된 지 5년이 경과되었으나 휴업 및 폐업신고 후 휴면상태에 있던 법인이 사업을 재개하면서 상호, 목적사업 등의 변경등기를 한 경우 그 변경등기일을 새로운 법인설립일로 보고 이로부터 5년 이내에 이루어진 대도시내 부동산등기 및 자본금 증자등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 30 구 지방세법 제137조【법인등기의 세율】① 법인이 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상사ㆍ회사 기타 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

(2) 자본증가 및 출자증가 불입한 금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4 구 지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

4. 소유권의 보존 부동산가액의 1,000분의 8 지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

(4) 지방세법시행령 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종전법인인 (주)○○○은 본점 소재지를 서울특별시 송파구 문정동 ○○○으로 하고, 목적사업을 의류 수출입 판매, 가구 수출입 판매 등으로 하여 1996.11.12. 설립등기를 한 다음 사업을 영위하다가 2003.1.1. 휴업신고 후 휴면상태에 있다가 2003.7.1. 폐업신고를 하였다.

(2) 그 후 종전법인은 2003.7.3. 사업을 재개하면서 상호를 (주)○○○(2003.9.2. 주식회사 ○○○으로, 2004.1.29. 주식회사 ○○○으로, 2006.11.2. 주식회사 ○○○로 변경등기)으로, 목적사업을 기존 사업에 주택건설업, 부동산 매매ㆍ임대ㆍ분양업, 의료사업(병원운영, 가족계획, 모자보건, 의료 및 보건학교 설립 등 의료사업), 사회복지사업, 장애인 편의시설물 설치 및 유지보수, 주택조합 용역대행업, 무역 및 여행사업, 일반유통업 등을 추가하고, 본점 소재지를 서울특별시 성동구 마장동 ○○○번지로, 종전법인의 대표이사와 이사 및 감사를 송○○와 송○○ 및 송○○로 하는 변경등기를 한 다음 2003.8.22. 제1토지 취득에 따른 소유권이전등기를, 2004.4.14. 제2토지 취득에 따른 소유권이전등기를, 2005.7.28. 건축물 신축 취득에 따른 소유권보존등기를, 2004.3.4. 자본금(450,000,000원) 증자에 관한 등기를 하였다.

(3) 지방세법 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 말하는 대도시내에서의 법인의 설립에서의 설립이 반드시 등기형식에 있어서의 설립등기만을 의미하는 것으로 볼 수는 없고, 설사 변경등기의 형식을 취하였다고 하더라도 이를 실질에 있어 설립등기와 같은 것으로 볼 수 있는 경우에는 위 조항의 법인의 설립으로 보는 것이 오히려 실질과세의 원칙에도 더 부합된다는 점, 비록 법인설립등기는 없었지만 법인격이 계속 유지된 것을 제외하면 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경됨으로서 새로운 법인이 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이가 없다는 점에서 중과세 취지에 따라 이러한 인수행위 및 조직변경에 관하여 등록세를 중과세함이 합당하다는 점(서울고등법원 2007.12.4. 선고, 2007누12691 판결 참조)에 비추어 볼 때, 휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우의 법인설립일을 기존 휴면법인설립일로 보지 않고 인수하여 법인등기부등본상 제반사항을 변경한 경우에는 그 변경등기일을 법인설립일로 보는 것이 실질과세의 원칙상 타당하다 할 것으로, 2003.1.1. 휴업신고 후 휴면상태에 있던 종전법인이 2003.7.3. 사업을 재개하면서 상호, 본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하였고, 청구인의 대표이사인 송○○가 종전법인의 실질적인 대표자였다고 볼 수 있는 아무런 자료가 없는 사실로 볼 때, 청구인이 회사설립등기를 하지 않고 종전법인의 주식을 인수함으로써 당초 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 종전법인의 상호, 본점 소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경한 이상, 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다 하겠고, 그렇다면 종전법인의 상호, 본점 소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경등기를 한 날인 2003.7.3. 대도시내에서 실질적인 법인설립행위가 있었다고 봄이 타당하다 하겠으므로, 이로부터 5년 이내에 이루어진 청구인의 이 사건 부동산등기 및 자본금 증자등기는 대도시내 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기 및 자본금 증자등기에 해당되어 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세대상이라 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 등록세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.