본점 사업용 부동산으로 사용하다가 임차사용한 것으로 볼 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 청구법인이 2008.3.28. 처분청에 신고납부한 취득세 8,985,380원, 농어촌특별세 849,020원, 합계 9,834,400원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2007.5.18. OOOOO OOO OOO 261-38 토지 269.8㎡(이하 “제1토지”라 한다)를 취득하고 같은 날 그 취득가액(655,000,000원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 13,100,000원, 농어촌특별세 1,310,000원, 합계 14,410,000원을, 2007.6.20. OOOOO OOO OOO 261-39 토지 191.1㎡(이하 “제2토지”라 하고, 제1토지를 포함하여 이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물(주택) 164.76㎡를 취득하고 같은 날 그 취득가액(669,700,000원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율 및 같은 법 제273조의2의 규정을 적용하여 산출한 취득세 6,697,000원, 농어촌특별세 2,009,100원, 합계 8,706,100원을 각각 신고납부하였다.
• 나. 청구법인은 2008.1.11. 이 건 토지상에 건축물 753.29㎡(근린생활시설 및 다세대주택, 이하 “이 건 건축물”이라 하고 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축 취득한 후 2008.2.5. 그 취득가액(1,004,170,006원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 20,083,400원, 농어촌특별세 477,970원, 합계 20,561,370원을 신고납부하였다.
• 다. 그 후 청구법인은 처분청으로부터 이 건 부동산 중 101호 건축물 85.16㎡(근린생활시설, 부속토지 46.09㎡를 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)가 대도시내 본점 사업용 부동산에 해당되어 취득세 중과대상이라는 안내를 받고 2008.3.28. 이 건 부동산 취득가액 중 쟁점 부동산에 해당하는 금액(261,699,885원)을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제3항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 8,985,380원, 농어촌특별세 849,020원, 합계 9,834,400원을 신고납부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2008.6.18. OOOOOO에게 이의신청을 하고, 2008.8.25. 기각결정통보를 받은 후, 2008.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2008.1.11. 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받은 후 2008.2.27. 이에 대한 소유권보존등기절차를 이행하면서 쟁점 부동산 소재지로 본점이전등기도 같이 경료하였다고는 하지만, 그 이전인 2008.2.11. 쟁점 부동산의 매수인인 OOO이 매매계약을 체결하면서 쟁점 부동산을 청구법인이 임차하여 사용할 것을 요구하여 이를 이행하는 것을 특약사항(보증금 70,000,000원, 월 임대료 1,700,000원, 임대기간 5년)으로 하였기 때문에 단지 법무사 비용과 시간을 줄일 목적으로 실제 본점을 이전하지 아니한 상태에서 본점이전등기를 경료한 것으로, 이는 쟁점 부동산 매각이 완료된 이후 이를 임차하여 사용하고자 한 것일 뿐 청구법인이 소유하고 있는 상태에서 본점 사업용으로 사용하다가 매각한 것은 아니라고 보아야 할 것임에도, 처분청은 쟁점 부동산을 청구법인이 2008.2.27.부터 2008.3.14.까지 본점 사업용으로 사용하였다는 증빙자료를 제출하지 아니한 채 단지 매수인 OOO 명의로 소유권이전등기절차가 완료되기 이전에 본점이전등기를 경료하였다는 사유로 쟁점 부동산을 취득세 중과대상으로 판단하여 청구법인으로 하여금 이 건 취득세 등을 신고납부토록 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제112조 제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 신축 취득하여 사용하는 경우 취득세를 중과하도록 규정하고 있으므로, 청구법인이 쟁점 부동산 소재지로 본점이전등기를 경료하기 전에 임차사용을 조건으로 분양계약을 체결하였는지 여부와 본점이전등기 경료 후 분양예정자와 임대차계약 작성 및 소유권이 이전된 사항은 취득세 중과대상에 해당되는지 여부를 판단하는데 아무런 영향을 미칠 수 없는 것이라 할 것으로, 청구법인은 2008.2.27. 쟁점 부동산 소재지로 본점이전등기를 한 사실이 법인등기부에 의하여 확인되고 있는 반면, 이때부터 매수인 OOO 명의로 소유권이전등기절차가 완료된 2008.3.14.까지 본점으로 사용하지 아니하였다는 사실이 객관적 자료에 의하여 입증되고 있지 아니한 이상, 쟁점 부동산은 취득세 중과대상에 해당된다고 보아야 하므로 이 건 취득세 등의 부과처분(신고납부)은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내 법인이 신축 취득한 부동산 일부에 대하여 제3자와 매매계약을 체결한 다음 그 특약조건에 따라 제3자 명의로 소유권이전등기절차가 완료된 이후 당해 법인이 이를 임차하는 것으로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였으나 그 과정에서 먼저 본점이전등기를 경료한 경우 이를 본점 사업용 부동산으로 사용하다가 임차사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제112조【세율】① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

③ 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 2003년 12월 31일까지 취득하는 사업용 과세물건(동법에 의한 외국인투자비율에 해당하는 과세물건에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 제112조의2【세율적용】① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우에는 당해 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다. 다만, 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업의 공장 신설용 또는 증설용 부동산(동법에 의한 외국인투자비율에 해당하는 부동산에 한한다)이 된 때에는 그러하지 아니하다.

2. 제112조 제3항 본문의 규정에 의한 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)

(2) 지방세법 시행령 제84조의2【본점 또는 주사무소의 사업용 부동산】③ 법 제112조 제3항에서 “대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산”이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소·사택·연수시설·체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2001.5.14. 본점 소재지를 OOOOO OOO OOO 55-9로 하고, 목적사업을 주택건설, 일반건축, 부동산 임대업, 부동산 매매업 등으로 하여 설립등기절차를 완료하였다.

(2) 청구법인은 2007.5.18. 제1토지를, 2007.6.20. 제2토지(지상 건축물 포함)를, 2008.1.11. 이 건 토지상에 이 건 건축물(근린생활시설 및 다세대주택)을 신축 취득하였는데, 이 건 부동산등기부상 지하층에는 주차장과 펌프실 및 방제실이, 지상 1층에는 소매점 2개호(101호, 102호)가, 지상 2층부터 지상 5층까지는 다세대주택 8세대(각 층별 2세대: 201호, 202호, 301호, 302호, 401호, 402호, 501호, 502호)가 있는 것으로 등재되어 있다.

(3) 2008.2.11. 청구법인은 쟁점 부동산에 대하여 OOO과 매매계약을 체결하였는데, 그 매매계약서를 보면 매매대금은 360,000,000원으로, 중도금 지급일은 2008.3.11.로, 잔금 지급일은 2008.3.14.로 기재되어 있고, 특약사항으로 “청구법인이 임대 보증금 70,000,000원에 월 임대료 1,700,000원 및 부가가치세 별도로 입주한다는 조건으로 분양매매가계약을 체결한다. 2. 잔금 중 150,000,000원은 은행 융자로 잔금 처리하기로 하며, 융자부분은 청구법인에서 알선해 주기로 한다. 3. 확정일자는 잔금지급 후 하기로 한다.”라고 되어 있다.

(4) 2008.2.27. 청구법인은 이 건 건축물에 대한 소유권보존등기를 경료하였고, 같은 날 본점 소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOO 803호에서 쟁점 부동산 소재지로 변경하는 내용의 본점이전등기를 경료하였다.

(5) 2008.3.4. 청구법인은 OOO과 쟁점 부동산에 대한 임대차계약을 체결하였는데, 그 임대차계약서에 임대인과 임차인은 각각 OOO과 청구법인으로, 임대보증금은 70,000,000원으로, 매월 임대료는 1,700,000원으로, 임대기간은 2008.3.15.부터 2013.3.15.까지 5년간으로, 임대인은 쟁점 부동산을 임대차 목적대로 사용 수익할 수 있는 상태로 하여 2008.3.15.까지 임차인에게 인도하는 것으로 되어 있다.

(6) 2008.3.14. 쟁점 부동산은 OOO 명의로 소유권이전등기절차가 완료되었는데, 그 등기원인은 2008.3.4. 매매로 되어 있다.

(7) 2009.6.11. OO세무서장이 교부한 청구법인의 사업자등록증에 본점 소재지 및 사업장 소재지가 쟁점 부동산 소재지로, 개업년월일은 2006.5.15.이라고 되어 있으나 쟁점 부동산 소재지에서의 사업개시일은 기재되어 있지 아니하다.

(8) 주식회사 OOO(OOOOO)가 2009.9.22. 발급한 청구법인의 가입전화(OOOOOOOOOOO) 가입원부 등록사항에 2008.2.23. OOOOO OOO OOO에서 쟁점 부동산 소재지로 이전 설치한 것으로 되어 있는데, 당시 위 전화는 청구법인의 전 대표이사인 OOO명의로 가입된 상태에 있다가 2008.7.23. 가입자 명의가 청구법인으로 변경된 것으로 되어 있다.

(9) (주)OOOOOO(OOOOO OOO OOO OOOO OOOOOOO OOOOO, OOOO OOO)가 2009.9.22. 작성한 프린터렌탈확인서에 청구법인은 2008년 2월까지는 OOOOO OOO OOO OOO OOOOO 1동 908호에서, 2008년 3월부터는 쟁점 부동산 소재지에서 프린터를 렌탈하고 있는 것으로 되어 있다.

(10) 청구법인은 2008.3.3. 이 건 건축물 2층 다세대주택(202호)에 대하여 OOOOOOO과 매매계약을 체결하였는데, 그 매매계약서상 특약사항란에 “현재 분양사무실에 설치되어 있는 커텐, TV, TV받침대는 매수인에게 양도한다.”라고 되어 있다.

(11) 2008.3.26. 처분청 담당공무원(OOOOOOO OOO)이 현지확인한 후 보고한 복명서에는 “쟁점 부동산은 청구법인의 본점용 부동산으로 사용되어지고 있다.”라고 되어 있다.

(12) 청구법인과 수분양자간 이 건 부동산에 대한 분양계약 체결현황은 아래 표와 같다.

(13) 지방세법 제112조 제3항에서 대도시내에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세를 중과한다고 하면서, 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우에 한한다(부속토지 포함)고 규정하고 있으므로, 취득세 중과대상이 되는 대도시내 본점 사업용 부동산인지 여부는 법인의 본점으로서 기능을 수행하는 장소로 사용되는지 여부를 기준으로 판단하여야 하고, 기존 건축물을 승계취득 또는 임차하여 이를 본점 사업용으로 사용하는 경우에는 취득세 중과대상에서 제외되는 것임을 볼 때, 단지 본점등기 여부를 기준으로 판단하는 것이 아니라 법인이 대도시내의 부동산을 소유하고 있는 상태에서 이를 본점 사업용으로 사용하는 것을 요건으로 하고 있는 것으로 보아야 할 것으로, 비록 청구법인의 사업자등록증(2009.6.11. 교부)에 본점 소재지와 사업장 소재지가 쟁점 부동산 소재지로 등재되어 있고, 청구법인의 가입전화(OOOOOOOOOOO)도 2008.2.23. 쟁점 부동산 소재지로 이전 설치된 것으로 확인되고 있으며, 2008.3.26. 처분청 담당공무원이 작성한 복명서에 청구법인이 쟁점 부동산을 본점용 부동산으로 사용하고 있는 것으로 되어 있지만, 청구법인은 2008.2.27. 쟁점 부동산 소재지로 본점이전등기를 하기 전인 2008.2.11. OOO과 쟁점 부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 청구법인이 쟁점 부동산에 입주하는 것을 특약사항으로 하였고, 그 후 청구법인은 위 계약조건에 따라 2008.3.4. OOO과 쟁점 부동산에 대한 임대차계약을 체결하였는데 그 계약서에 2008.3.15.까지 인도하기로 되어 있는 점, 청구법인은 본점이전등기를 한 2008.2.27.부터 OOO 명의로 소유권이전등기가 된 2008.3.14.까지 이 건 부동산 중 다세대주택 8채 중 5채(201호, 202호, 302호, 401호, 402호)에 대한 매매계약을 체결하였다고는 하지만 부동산 중개업자를 통하여 매매계약이 이루어진 것으로 되어 있는 점,2008.3.3. 청구법인과 OOOOOOO(공동 매수인)이 체결한 건축물2층 다세대주택(202호)에 대한 매매계약서상 특약사항란에 “현재분양사무실에 설치되어 있는 커텐, TV, TV받침대는 매수인에게양도한다.”라고 되어 있는 점, (주)OOOOOO의 프린터렌탈확인서에쟁점 부동산 소재지에서는 2008년 3월부터 렌탈한 것으로 되어 있는 점, 쟁점 부동산에 대한 처분청 담당공무원의 조사가 OOO에게 매각된 이후에 이루어져 청구법인이 매각 이전에 이를 본점 사업용으로 사용하였다고 인정할 수 있는 특별한 증빙자료라고 보기는 어려운 점 등으로 볼 때, 청구법인이 쟁점 부동산을 소유하고 있는 상태에서 분양사무실 등 본점 사업용으로 사용하다가 OOO에게 매각하였다거나 또는 그러할 의도가 있었던 것이 아니라 쟁점 부동산을 OOO에게 매각한 이후에 이를 임차하여 본점 사업용으로 사용하였다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구법인이 이 건 취득세 등을 중과세율을 적용하여 신고납부한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.