기 과세 면제한 취득세 등을 추징한 것이 적법한 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2008.8.11. 청구인에게 한 취득세 58,608,000원, 농어촌특별세 4,400,000원, 등록세 58,608,000원, 지방교육세 10,921,600원, 합계 132,537,600원의 부과처분은 이를 취득세 11,284,900원, 농어촌특별세 885,270원, 등록세 11,284,900원, 지방교육세 2,096,000원, 합계 25,551,070원으로 경정하고, 2008.7.22. 청구인에게 한 2006년도 재산세 975,550원, 지방교육세 195,100원, 합계 1,170,650원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 철판소재 절곡 가공업 및 제조업 등을 목적사업으로 하여 2006.1.9. 법인을 설립한 후, 2006.2.2. 부산광역시 OOO OOO 1581-4번지의 대지 2,961.1㎡와 동 지상 건축물 2,384.8㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 주식회사 우OOO(이하 “전 소유자”라 한다)로부터 2,000,000,000원에 취득한 다음 구 조세특례제한법(2006.8.5. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다) 제119조 제1호 및 구 같은 법 제120조 제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 취득·등기하는 사업용재산으로 하여 취득세 및 등록세를 과세면제 받았고, 2006년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 부동산을 당해 사업에 직접 사용하는 사업용 재산으로 보아 2006년도 재산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 처분청으로부터 감면받았다.
• 나. 그 후,처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 직접 사용하지 아니하고 임대하고 있다는 사유로 그 취득가액 2,000,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 제3호 2목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 58,608,000원, 농어촌특별세 4,400,000원, 등록세 58,608,000원, 지방교육세 10,921,600원, 합계 132,537,600원(가산세 포함)을 2008.8.11. 부과고지 하였으며, 기 감면한 세액의 100분의 50에 상당하는 재산세 975,550원, 지방교육세 195,100원, 합계 1,170,650원을 2008.7.22. 부과고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 전 소유자로부터 이 건 부동산을 2006.2.2. 취득한 후, 전 소유자가 이전할 신축공장이 완공되지 아니하여 부득이 이전할 공장의 완공예정일인 2006.6.30.까지 전 소유자의 기계장비 일부를 이 건 부동산에 일시적으로 보관하기 위하여2006.2.2. 전 소유자와 부동산임대차계약을 체결하였으나, 이는 추후 발생할 지도 모르는 명도지연사태 등을 대비하기 위한 가계약에 불과하였고, 이와 관련하여 임대차 보증금이나 임대료 및 지연이자상당액 등 어떠한 금전을 지급 받은 사실이 없으므로청구법인과 전 소유자간에 체결한 부동산임대차계약서 제6조에 의하여임대차계약은 당연무효에 해당함에도 처분청에서 이 건 부동산을 전 소유자에게 임대한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.

(2) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 전 소유자로부터 명도 받지 않았다고 주장하나,청구법인은 전 소유자가 기계 등을 보관하고 있던 공장의 일부 건축물 365㎡를 제외한 나머지 건축물을 이 건 부동산의 취득과 동시에 인수하여 청구법인의 사업장으로 점유 사용하고 있으며, 2006.2.2. OOO세무서장에게 사업자등록을 필한 후 청구법인의 종업원에 대한 갑종근로소득세 및 주민세, 산재보험료 등을 계속하여 납부하고 있으며, 사업장 수선, 기계설치, 원자재구매 등 창업기업으로의 준비작업이 이행되었으며 2006.5월부터는 매출이 발생하여 전 소유자가 보관 중이던 기계 등을 완전히 이전한 2006.9.11.부터는 청구법인이 이 건 부동산을 그 고유목적에 직접 사용하고 있으므로 구 조세특례제한법의 규정에 의하여 취득세 등의 감면대상에 해당한다.

(3) 청구법인은 이 건 부동산의 매매계약서상 명도예정일인 2006.6.30.까지 전 소유자가 이 건 부동산을 명도하지 아니하자 2006.7.25. 부동산의 명도를 독촉하는 내용증명을 보냈으며 이후에도 수차례에 거쳐 명도를 독촉하는 등 부단한 노력을 다하였을 뿐만 아니라,이 건 부동산을 전 소유자에게 사실상 임대한 사실이 없으며 이 건 부동산의 매매계약서상의 명도 조건에 의하여 이 건 부동산의 일부에 전 소유자 소유의 기계 5대를 보관하고 있었던 것이므로이는 구 조세특례제한법의 규정에 의한 “정당한 사유”에 해당하는 함에도 불구하고 처분청에서 청구법인이 이 건 부동산 전체를전 소유자에게 임대한 것으로 보아 기 과세 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인이 사업하는데 필요한 콤프레샤, 자동대패, 트럭, 크레인, 책상, 냉난방기 등을 2006.9.27.에서 같은 해 11.27.사이에 취득한 사실에 비추어 2006.2.2. 이 건 부동산을 취득 후 같은 해 9월까지이 건 부동산을 전 소유자에게 전부 임대하였음을 알 수 있고,청구법인의 2006년도 당기 총 제조활동비(노무비+경비) 약 16억원 중에서 외주가공비가 약 14억원(87.5%)으로서 대부분 외주가공을 통하여 제조되었던 사실에서청구법인은 임대차기간 동안 이 건 부동산에서 제조활동을 한 것이 아니라 외부업체에 외주가공을 통하여 매출이 발생하였음을 알 수 있는바,비록, 청구법인이 이 건 부동산의 취득조건의 일부로 전 소유자와 임대차계약을 체결하면서도 그와 관련된 임대차보증금이나 월임대료 및 지연이자 상당액 등 어떠한 금전도 받은 사실이 없었다 하더라도, 민법 제618조의 규정상 임대차는 당사자일방이 상대방에게 목적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 발생하는 낙성계약이라 할 것이고 사실상 보증금이나 차임 등을 현실적으로 지급할 것을 그 요건으로 하지 아니하는 점에 비추어, 청구법인의 이러한 사정은 개인적인 사정으로서 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 곧 바로 당해 사업에 직접 사용하지 못한 데에 달리 법령상의 장애나 행정관청의 귀책사유가 있었다고 보기도 어려운 이상, 이는 정상적으로 노력을 다하여도 해결할 수 없는 특별한 사정이 있는 것으로는 보기 어렵다고 할 것이므로,청구법인의 이 건 부동산은 창업중소기업의 사업용 재산으로 취득하여 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 임대한 경우에 해당된다 하겠으므로처분청의 이 건 취득세·등록세 등을 과세한 처분은 적법하다 할 것이고, 2006년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 이 건 부동산을 전 소유자에게 임대 하여 목적사업에 직접 사용하지 않았음이 명백한 이상 처분청의 이 건 재산세 등의 부과고지 또한 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업중소기업이 취득한 사업용 부동산을 전 소유자에게 임대한 것으로 보아 기 과세 면제한 취득세 등을 추징한 것이 적법한 지 여부
• 나. 관련 법령 구 조세특례제한법(2006.8.5. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 같다.)제119조 (등록세의 면제 등) ③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 1.창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 구 조세특례제한법 제120조 (취득세의 면제 등) ③창업중소기업,창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 구 조세특례제한법 제121조 (재산세의 감면)창업중소기업,창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업에 직접 사용하는 사업용재산(건축물 부속토지의 경우에는 대통령령이 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령이 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분에 한한다)에 대하여는 창업일부터 5연간 재산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 스테인레스, 철판소재, 벤딩, 절곡가공업 및 제조업 등을 목적으로2006.1.9. 설립된 창업중소기업으로서 같은 날 스테인레스 절단 절곡 제조업 등을 사업의 종류로 하여 OOO세무서장으로부터 사업자등록증을 교부받았다.

(2) 청구법인은 2005.12.20. 전 소유자인 주식회사 우OOO(OOOO OOO)와 이 건 부동산에 대한 매매계약을 체결하여 2006.2.2. 이 건 부동산을 취득한 다음, 같은 날 구 조세특례제한법 제119조 및 제120조의 규정에 의한 창업중소기업이 취득·등기하는 사업용 재산으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 과세면제 받았으며, 전 소유자와의 부동산 매매계약 내용은 다음과 같다.

• 가) 매매대금은 20억원으로 하고, 계약금 5억원은 계약당일인 2005.12.20.에 지급하고, 잔금은 15억원으로 하며 2006.2.2. 이 건 부동산의 소유권 이전등기 신청과 상환으로 지급하기로 한다.(제2조) 나)명도기간은 전 소유자 소유의 공장 신축 완료예정일인 2006.6.30.로 하되 공사지연으로 인하여 기간이 연장될 시에는 청구법인은 이에 합의한다.(제3조) 다)전 소유자는 청구법인에게 잔금지급일인 2006.2.3.부터 공장 명도완료시까지 청구법인이 전 소유자에게 지불한 20억원에 대하여 은행이자 연(공란)%를 일일계산으로 지불한다.(제4조)
• 라) 토지외 건물 6억원에 대한 부가세는 잔금지급과 동시에 지불한다.(제5조) (3)청구법인은 2006.2.2.이 건 부동산을 취득한 후 같은 날전 소유자와 이 건 부동산에 대한 임대차계약을 체결하였으며, 그 계약의 주요내용은 다음과 같다. 가)전세보증금은 300,000,000원으로 하고 월세금(매월 1일 지불)은 9,500,000원으로 하며 계약금 300,000,000원은 계약시 지불한다. 나)임대인은 이 건 부동산을 임대차 목적대로 사용 수익할 수 있는 상태로 하여 2006.2.2.까지 임차인에게 명도한다.
• 다) 임대차 기한은 임차인에게 부동산을 명도한 날로부터 6개월로 하되 임차인과 임대인 협의후 임대기간은 6개월 이내로 조정할 수도 있다.
• 라) 특약사항:부동산 명도일자는 2006.5.31.이다.

(4) 한편, 전 소유자는 이 건 부동산을 매각한 후 이 건 부동산에 기계형상 가공장비[머시닝센터(MCT)] 등 기계장비를 제외한 일체의 공장을 2006.2.20. 부산광역시 OOO OO동 1461-1번지의 공장(OOO OOO)을 임차하여 이전하였으며, 그 후 2006.9.9. 전 소유자 소유의 부산광역시 OOO OOO 1173-4번지의 신축공장이 사용승인됨에 따라 이 건 부동산에 있던 기계장비와 부산광역시 OOO OOO 1461-4번지의 공장을 신축공장으로 전부 이전하였다.

(5) 청구법인은 전 소유자가 이 건 부동산의 명도를 완료함에 따라 2008.8.31. 이 건 부동산 중 일부인 480㎡(공장 397㎡, 2층 사무실 83㎡)를 아OOO(주)에게 임대하고, 임대 면적을 제외한 잔여 공장을 청구법인이 사용하면서 2007.1.25. 공장등록을 필하였다.

(6) 또한, 청구법인과 전 소유자의 결산보고서상 대차대조표 및 계정별원장 등에 의하면 이 건 부동산의 임대차와 관련하여 임대차보증금, 월임대차료 자금 등의 내용이 거래된 사실이 없는 것으로 확인되고 있다.

(7) 살피건대, 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항 및 제121조에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 등록세와 취득세를 면제하고, 창업일부터 5연간 재산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하고, 등기(취득)일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있는바,

(8) 청구법인의 경우, 이 건 부동산에서의 전 소유자 (주)우OOO 소유 공장을 이 건 부동산 취득일(2006.2.2.) 이전인 2006.1.24.에 폐쇄한 사실이 기존 공장 폐쇄확인서에 의하여 확인되고 있고, 2006.2.20. 전 소유자가 이 건 부동산에서 인근의 OOO 1461-1번지 소재의 공장으로 이전한 사실이 공장 임대차계약서 등에 의하여 확인되고 있는 점, 청구법인이 2006.2.2. 이 건 부동산을 취득한 후 같은 날 임대차기한을 이 건 부동산을 명도한 날로부터 6개월로 하고, 전세보증금 300,000,000원, 월세금을 매월 1일 9,500,000원 지급하는 조건으로 이 건 부동산을 전 소유자에게 임대하는 조건으로 임대차계약을 체결하였으나, 청구법인과 전소유자의 2006년도 결산보고서 및 계정별원장 등 그 어디에도 이 건 부동산의 임대차와 관련한 거래내역을 확인할 수 없는 점, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후에도 전 소유자가 사용 중이던 기계형상 가공장비[머시닝센터(MCT)] 등의 기계장비 일부를 이전하지 아니함에 따라 사업용 재산으로의 사용이 지연되었지만, 이는 전소유자와의 공장 매매계약서 제3조 “명도기간은 갑의 소유 공장 신축완료 예정일인 2006.6.30.로 하되 공사지연으로 인하여 기간이 연장될 시에는 을은 이에 합의한다”는 약정에 의한 것으로 보여 지는 점, 청구법인이 이 건 부동산을 납세지로 하여 2006년 5월분부터 종업원의 갑종근로소득세, 주민세(특별징수), 고용보험료 및 산재보험료 등을 계속하여 납부하고 있는 점, 청구법인이 전 소유자가 이 건 부동산을 명도한 2006.9.9. 이후 2007.1.25. 공장등록을 필하고 당해 사업에 직접 사용하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때,

(9) 청구법인이 이 건 부동산을 전 소유자에게 임대하였다고 하기 보다는 청구법인과 전 소유자간 매매계약서 특약사항에 의한 명도지연으로 보아야 할 것임에도 처분청에서 청구법인이 이 건 부동산을 전 소유자에게 임대한 것으로 보아 기 과세 면제한 취득세, 등록세, 재산세 등을 추징한 것은 잘못으로 판단된다.

(10) 다만, 청구법인이 2006.8.31. 이 건 부동산 중 일부인 480㎡를 2006.9.1.부터 24개월을 그 계약기간으로 하여 아OOO 주식회사에 임대한 사실은 처분청과 청구법인 사이에 이견이 없으므로 이에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과 고지는 적법하다 할 것이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.