조세심판원 심판청구 법인세

휴면법인을 인수한 후 부동산을 취득 등기한 경우, 회사계속 등기일을 법인설립일로 보아 그 후 취득 등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부(기각)

사건번호 조심 2008지0788 선고일 2008-11-03 조세심판원

[요지] 휴면법인을 인수하여 회사계속등기, 대표이사, 상호 등 변경등기를 하고 부동산을 취득 등기한 경우 인수일을 법인설립일로 보아 등록세를 중과세한 것은 적법함

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 개요

  • 가. 청구인은 1997.4.21. 의류 제조업, 판매업, 디자인업, 수출입업 등을 목적사업으로 하고, 본점소재지를 OOOOO OOOO OOOO OOOOOO번지로 하여 설립된 청구외 주식회사 OOOO(이하 “청구외 종전법인”이라 한다)이2002.12.3.상법 제520조의2제1항규정에 의하여 해산하고2002.12.5.해산등기 하였으며2004.2.16.회사계속등기를 필하였으나, 2005.3.11. 청구외 종전법인의 주식을 취득하고 2005.3.15. 상호를 OOOO 주식회사로 변경등기 하였으며,목적사업을 부동산 임대업, 부동산 중계업, 경영자문업 등으로 변경등기한후,2005.3.18.OOOOO OOOOOOO OOOO번지외 5필지(토지 1,913.6㎡,건축물 15,954.78㎡,이하“이 건부동산”이라 한다)를 매매로 28,500,000,000원에 취득하고 같은 날 등록세 570,000,000원, 지방교육세 114,000,000원, 합계 684,000,000원을 신고·납부하고, 같은 날 증자액 344,145,000원에 대한 등록세 1,376,580원, 지방교육세 275,310원 합계 1,651,890원을 신고·납부하고, 과표누락분 55,805,000원에 대한 등록세1,357,060원, 지방교육세 249,080원, 합계 1,606,140원을 2005.5.30. 납부하였으며, 2005.12.19. 건축물신축분 103,566,929원에 대한 등록세 828,530원, 지방교육세 165,700원, 합계 994,230원을 신고·납부하였다. 나.처분청은 청구외 종전법인이 1997.4.21. 설립등기, 2002.12.3. 해산등기,2004.2.16. 회사계속등기를 한 것에 대하여 청구인이2005.3.11. 주식을 인수한 후2005.3.15. 목적사업 및 법인의 상호, 소재지, 임원 등을 변경등기 하였으므로 청구인의 법인설립일을2005.3.15.로 보아 이로부터 5년 이내에 취득·등기한 이 건 부동산을 대도시내에서 법인설립일로부터 5년 이내에취득·등기한 부동산으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 및 증자액 29,003,516,928원을 과세표준으로 하고지방세법제138조제1항제1호 및 제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세1,729,456,730원, 지방교육세 322,958,470원, 합계 2,052,415,200원(가산세 포함)을 청구인에게 2008.1.14. 부과고지 하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.10. 이의신청을 하여 2008.6.10.이의신청 결정기관인 서울특별시장으로부터 기각결정을 받고,2008.9.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 (1)지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제102조제2항에서 법인설립과 관련하여 지방세법상 특별한 규정이 없는 이상 상법의 개념을 따라야 하고, 상법의 규정에 의하면 법인설립이라 함은 설립등기 를 말하는 것이며, 설립등기를 한 회사는 상법의 기본원칙 중의 하나인 기업유지의 원칙 에 따라 일정한 절차를 거치지 아니하고는 법인격이 소멸되지 않도록 하고 있으며, 상법 제520조의2 제3항에 의하면 해산간주된 회사라도 3년 이내에는 주주총회 특별결의에 의하여 회사를 계속할 수 있도록 규정하고 있고, 해산(또는 해산간주)후 회사의 계속 전의 회사는 법인격이 소멸하는 것이 아니라 회사의 실체가 동일한 상태로 유지된다는 것이 상법의 통설이며, 기존 판례(대법원 1997.4.22. 선고 97다3408 판결)의 입장이므로 상법 소정의 법인격 상실 절차를 거치지 않은 이상 청구외 종전법인은 계속 존속한다고 보아야 하고 당초 설립 등기일인 1997.4.21.부터 5년이 경과한 이후에 이 건 부동산을 취득하였으므로 등록세 중과세 요건에 해당하지 아니한다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 세법은 문언에 따라 해석 적용하여야 하나지방세법에 특별한 규정이 없음에도 실질과세의 원칙을 내세워 상법규정과 다르게 법인설립 개념을 해석하는 것은 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙에 반하고 납세의무자의 예측가능성을 심히 침해하는 것이며, 청구인과 같은 사례에 대하여 행정자치부 유권해석에서 등록세 중과세 대상이 되지 아니한다고 회신한 바 있고, 청구인은 이러한 유권해석을 신뢰하고 일반세율을 적용하여 등록세 등을 신고·납부한 것으로 신뢰보호의 원칙 및 소급과세금지의 원칙상 청구인이 등록세를 신고·납부한 이후에 나온 판례나 해석사례들을 근거로 소급하여 등록세 등을 중과세할 수 없다.

  • 나. 처분청 의견 청구인은 청구외 종전법인이 1997.4.21.설립등기 후 2002.12.3. 해산등기를 하고, 2004.2.16.회사계속등기를 한법인에 대하여2005.3.15. 목적사업, 회사 상호, 소재지 및 임원 등을 변경등기 함으로써 청구외 종전법인의 동일성을찾을 수 없을 정도로법인이 변경되었다고 볼 수 있고, 법인인수 후 변경등기의 형태를취하였다 하더라도 새로운 법인이 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이를찾을 수 없어 이 건에서는 청구인의 상호, 본점소재지, 목적사업 및 대표이사 등 임원을 변경한 2005.3.15. 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것이고, 이는 청구외 종전법인과 동일성을 인정할 수 없을 뿐만 아니라승계하였다고도볼 수 없다 하겠으며, 또한 과세관청에서 해산법인이 회사계속등기하고 승계하였다는 법인에 대하여 등록세를 중과세하지 않겠다는 의사표시를한 사실이 없었을뿐만 아니라 조세는 관계법령을 종합적으로 검토하여 과세여부를 결정하는 것이므로,그에따라 청구인이 실질적인 법인설립 후 5년 이내에 이 건 부동산 취득ㆍ등기 및 자본금을 변경등기한 것은 지방세법제138조제1항제1호 및 제3호와 같은 법 시행령 제102조제2항의 법인설립 후 5년 이내 등기를 한 것에 해당하는 것이므로 처분청에서 이 건 등록세 등을 중과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된 지 5년 이상 되고회사계속등기가 된 휴면법인을인수한 후 상호 및 임원등을 변경등기하고 부동산을 취득 등기한경우, 법인의 실질적인 변경일을 법인설립일로 보아 이로부터 5년 이내취득 등기한부동산 및 증자에 대하여 등록세를 중과세(일반세율의 3배)한 처분이 적법한지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다 제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (2)지방세법시행령 제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의설치및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 상 법 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 제434조(정관변경의 특별결의) 제433조제1항의 결의는 출석한 주주의의결권의 3분의 2 이상의 수와발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써하여야 한다. 제520조의2(휴면회사의 해산)

① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다.그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997.4.21. 의류 제조업, 판매업, 디자인업, 수출입업 등을 목적사업으로 하고, 본점소재지를 OOOOO OOOO OOOO OOOOOO번지로 하여 설립된 청구외 주식회사 OOOO이2002.12.3.상법 제520조의2제1항규정에 의하여 해산하여2002.12.5.해산등기 되고2004.2.16.회사계속등기를 필하였으나,청구인이2005.3.11.주식을 인수한 후2005.3.15.상호를 OOOO 주식회사로 하고 대표이사를태국인 OOOOOOOO, 이사는 미합중국인 OOOOOO, 캐나다국인 OOOO 등으로 하고, 감사는 OOO으로 하였으며 본점소재지는 OOOOO OO OOOOO OOOO OOOO O층으로 하고, 목적사업은부동산 임대업, 부동산중개업, 경영자문업 등으로변경등기한 후,2005.3.18.OOOOO OOOOOOO OOOO번지외 5필지(토지 1,913.6㎡,건축물 15,954.78㎡)를 매매로 취득하고, 같은 날자본의 총액을10,000주 50,000,000원에서 78,829주 394,145,000원으로 344,145,000원 증자한 후, 같은날 등록세 등을 일반세율로 하여 신고·납부하였음이 제출된 증빙자료에서 알 수 있다. (2)지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 “대도시내에서의 법인의 설립”이란설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는법인의 실질적인 설립행위를 포함하는 것으로 해석할 수 있고, 같은 항제2호에서도 대도시 내로의법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다는법인의 실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연스럽다할 것이다. (3)지방세법 제138조에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의2제2항제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는사업장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바, 위 규정은부동산 취득 등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는사업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에없다고 할 것이고, 세법의 규율대상인 경제현상이 다양하고 끊임없이 변화함에 비추어 입법기술상 어느 정도 다의적인 개념의 사용과 그에 대한 해석행위는 과세에 불가피한 것이며, 법 제138조의 입법취지를 고려하면 위 설립에는 설립등기 없이 실질적인 설립행위만이 있는 경우도 포함된다고 해석함이 상당하고, 위와 같은 해석이 조세법률주의에 위반되는 확장해석 내지 유추해석이라고는 보이지 아니하는 것(서울고등법원 2007.12.4. 선고 2007누12691 판결)으로 판단된다. (4)청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기되고 2004.2.16.회사계속등기한 법인을2005.3.8. 사업자등록을 하고2005.3.15. 상호, 본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경한 사실을볼 때,비록, 청구인이 회사 설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써당초 청구외 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 청구외종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써청구외 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런차이를 찾을 수 없으므로 청구외 종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업 및 대표이사 등 임원을 변경등기한 2005.3.15. 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인바,이 날부터5년 이내인2005.3.18.청구인이 이 건 부동산의 소유권이전등기를 필하고자본의 총액을10,000주 50,000,000원에서 78,829주 394,145,000원으로 344,145,000원 증자한것은지방세법 제138조제1항제1호 및 제3호와 같은 법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을등기한 것과자본을 증가하는 경우에 해당하므로 등록세 중과세 대상임에도 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고·납부하였으므로, 그 부족한 신고납부세액에 대하여 처분청에서 지방세법 제151조의 규정을 적용하여 산출한 가산세를 포함하여 이 건 등록세 등을 중과세한 처분은 적법하다. (5)또한, 청구인은 구행정자치부 유권해석에서 등록세 중과세 대상이 되지 아니한다고 회신한 바 있고, 청구인은 이러한 유권해석을 신뢰하고 일반세율을 적용하고 신고·납부한 것으로 신뢰보호의 원칙이 적용되어야 한다고주장하나, 등록세 중과대상 여부는그 사실관계에 따라 다른 결정이 내려질 수 있는 것이고 처분청이 청구인에게 이 건과 관련하여등록세 중과대상이 아니라는공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청에서청구인(법인)의 실질적인 변경일인 2005.3.15.을 청구인의 법인설립일로 보고 그 날부터 5년 내에 취득·등기한 이 건 부동산 및 증자에 대하여 지방세법 제138조제1항제1호 및 제3호의 규정을 적용하여 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장에 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 11월 3일

원본 출처 (국세법령정보시스템)