등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 1995.2.10. 상호를 (주)○○○로, 본점 소재지를 서울특별시 종로구 동승동 ○○○으로, 목적사업을 그래픽 디자인으로 하여 설립된 법인(이하 “종전법인”이라 한다)이 사업을 영위하다가 2000.9.8. 폐업신고를 하고 휴면상태에 있다가 2003.3.13. 사업을 재개한 후 2003.4.4. 상호를 (주)○○○[2007.5.2. (주)○○○과의 흡수합병으로 소멸되었다, 이하 “합병후 소멸법인”이라 한다]로, 목적사업을 부동산 개발, 매매, 임대 및 부동산과 관련되는 기타업무(2004.10.6. 기업의 컨설팅을 위한 용역사업, 기업에 대한 재무자문서비스, 국내외 기업간 합작ㆍ외자유치ㆍ해외진출 등을 위한 자문 용역사업, 국내외 조합자금의 관리ㆍ운용 및 자문용역 등을 추가)로 변경하는 등기를 한 후 2003.4.30. 서울특별시 강남구 청담동 ○○○외 2필지 토지 1,065㎡ 및 건축물 6,473.03㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 다음 같은 날 그 취득가액 13,000,000,000원을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 390,000,000원, 지방교육세 78,000,000원, 합계 468,000,000원을 신고납부하였으며, 그 후 2007.5.2. (주)○○○(이하 “청구인”이라 한다)과의 합병으로 소멸하였다.
• 나. 그 후 처분청은 종전법인이 사업을 재개하면서 합병후 소멸법인으로 변경등기를 한 날인 2003.4.4. 대도시내에서 새로운 법인의 설립등기가 된 것으로 보고 이로부터 5년 이내에 이루어진 대도시내 이 사건 부동산등기가 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에 의한 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당된다고 판단하여 당초 신고가액에 누락된 금액(133,996,720원)을 합한 금액인 13,133,996,720원을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 945,647,760원, 지방교육세 173,368,750원, 합계 1,119,016,510원(가산세 포함)을 합병으로 인하여 합병후 소멸법인의 납세의무를 승계한 청구인에게 2008.2.11. 부과 고지하였다.
• 다. 청구인은 대도시내 설립 후 5년 경과법인의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다는 사유로 2008.5.7. 서울특별시장에게 이의신청을 하고, 2008.6.23. 기각결정통보를 받은 후 2008.9.5. 이 사건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 1995.2.10. 서울특별시에서 설립등기를 하고 사업을 영위하다가 2000.9.8. 폐업신고를 하였고, 그 후 2003.3.13. 사업을 재개한 다음 2003.4.30. 이 사건 부동산을 취득하고 소유권이전등기를 완료하였는바, 지방세법에서 회사설립이라는 개념을 따로 두고 있지 아니하므로 회사설립에 관한 일반적 규정을 두고 있는 상법에 의하면 주식회사는 그 설립등기를 마침으로써 성립하고 회사로서의 법인격을 취득하는 것으로, 회사 등의 영리법인이 영업활동을 하지 않는다 하더라도 법인격 자체가 소멸하지 아니하는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일이 되는 것이고, 폐업한 법인이 영업을 재개하여 활동하는 경우에도 새롭게 법인이 설립되었다고 보는 것은 무리이고, 조세법률주의 원칙상 과세를 하기 위해서는 구체적인 법률규정이 필요함에도 지방세법에는 등록세를 중과하기 위한 요건인 회사의 설립에 관한 개별적이고 구체적인 규정이 없으며, 휴면법인인 상태에서 5년이 경과하여 취득하는 부동산에 대하여 등록세 중과세대상이 아니라는 입장을 유지하다가 특정 사건을 계기로 회사의 동일성이 인정되지 아니한다는 이유로 등록세를 중과세하는 것은 과세의 형평성 및 일관성에도 어긋나는 것이라 하겠으므로, 처분청이 청구인에게 이 사건 등록세 등을 부과 고지한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 회사의 “설립”을 기준으로 등록세 등의 중과여부를 판단하도록 규정하고 있으나, 그 규정 형식이나 특히 “설립에 따른 부동산등기”와 관련한 해석, 법 제138조의 입법취지 등을 고려하면 이러한 “설립”에는 설립등기 없이 “실질적인 설립행위”만이 있는 경우도 포함된다고 해석함이 상당하다(서울고등법원 2007.12.4. 선고, 2007누12691 판결, ; 구 행정자치부 심사결정 제2008-49호, 2008.1.28. 참조) 할 것으로, 합병후 소멸법인의 경우 1995.2.10. 이미 설립등기절차를 완료한 법인을 인수한 후 2003.4.4. 당초 법인의 상호ㆍ목적ㆍ임원 등을 변경하여 등기한 이상 당초 법인과의 동일성을 찾을 수 없을 정도로 법인이 변경되었다고 볼 수 있어 이때 법인의 실질적인 설립행위가 있었다고 하겠으므로, 합병후 소멸법인 설립 후 5년 이내에 이루어진 이 사건 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된 지 5년이 경과되었으나 폐업신고 후 휴면상태에 있던 법인이 사업을 재개하면서 상호, 목적사업 등의 변경등기를 한 경우 그 변경등기일을 새로운 법인설립일로 보고 이로부터 5년 이내에 이루어진 대도시내 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타 부동산가액의 1,000분의 30 구 지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 구 지방세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 제15조【법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계】법인이 합병한 때에 합병 후 존속하는 법인과 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금을 납부 또는 납입할 의무를 진다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종전법인인 (주)○○○는 본점 소재지를 서울특별시 종로구 동승동 ○○○으로 하고, 목적사업을 그래픽 디자인으로 하여 1995.2.10. 설립등기를 한 후 사업을 영위하다가 2000.9.8. 폐업신고를 하였다.

(2) 그 후 종전법인은 2003.3.13. 사업을 재개한 다음 2003.4.4. 상호를 (주)○○○로, 목적사업을 부동산 개발, 매매, 임대 및 부동산과 관련되는 기타업무(2004.10.6. 기업의 컨설팅을 위한 용역사업, 기업에 대한 재무자문서비스, 국내외 기업간 합작, 외자유치, 해외진출 등을 위한 자문 용역사업, 국내외 조합자금의 관리, 운용 및 자문용역 추가등기)로, 본점 소재지를 서울특별시 중구 순화동 ○○○로, 종전법인의 대표이사와 이사 및 감사를 김○○과 원○○ 및 최○○로 하는 변경등기를 한 다음 2003.4.30. 이 사건 부동산 취득에 따른 소유권이전등기를 하였고, 한편 2007.5.2. 합병후 소멸법인은 (주)○○○과의 합병으로 소멸되었다.

(3) 구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 말하는 대도시내에서의 법인의 설립에서의 설립이 반드시 등기형식에 있어서의 설립등기만을 의미하는 것으로 볼 수는 없고, 설사 변경등기의 형식을 취하였다고 하더라도 이를 실질에 있어 설립등기와 같은 것으로 볼 수 있는 경우에는 위 조항의 법인의 설립으로 보는 것이 오히려 실질과세의 원칙에도 더 부합된다는 점, 비록 법인설립등기는 없었지만 법인격이 계속 유지된 것을 제외하면 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경됨으로서 새로운 법인이 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이가 없다는 점에서 중과세 취지에 따라 이러한 인수행위 및 조직변경에 관하여 등록세를 중과세함이 합당하다는 점(서울고등법원 2007.12.4. 선고, 2007누12691 판결 참조)에 비추어 볼 때, 휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우의 법인설립일을 기존 휴면법인설립일로 보지 않고 인수하여 법인등기부등본상 제반사항을 변경한 경우에는 그 변경등기일을 법인설립일로 보는 것이 실질과세의 원칙상 타당하다 할 것으로, 2000.9.8. 폐업신고를 한 후 휴면상태에 있던 종전법인이 2003.3.13. 사업을 재개한 다음 2003.4.4. 상호, 목적사업, 본점소재지, 대표이사와 임원을 모두 변경하는 등기를 한 사실로 볼 때, 합병후 소멸법인이 회사설립등기를 하지 않고 종전법인의 주식을 인수함으로써 당초 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 종전법인의 상호, 본점 소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경한 이상 종전법인과 합병후 소멸법인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다 하겠고, 그렇다면 종전법인이 합병후 소멸법인으로 변경하는 등기를 한 날인 2003.4.4. 대도시내에서 실질적인 법인설립행위가 있었다고 보아야 하겠으므로, 이로부터 5년 이내인 2003.4.30. 이루어진 합병후 소멸법인의 이 사건 부동산등기는 대도시내 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당되어 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세대상이라 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 등록세 등을 합병후 소멸법인과의 합병으로 납세의무를 승계한 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.