[요지] 합병으로 인하여 소멸법인이 주택건설용으로 취득한 토지를 유예기간 3년 이내에 업무시설로 신축한 경우 등록세 중과세한 처분은 정당함
[요지] 합병으로 인하여 소멸법인이 주택건설용으로 취득한 토지를 유예기간 3년 이내에 업무시설로 신축한 경우 등록세 중과세한 처분은 정당함
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 소멸법인은 주택건설사업을 영위할 목적으로 2007.2.28. 이 사건 토지를 취득하였으나 사업추진과정에서 시공사로 선정되었던 (주)신O이 2007.6.13. 부도가 발생함에 따라 시공사의 사정으로 주택건설사업 추진에 어려움을 겪고 있던 상태에서, 청구인은 이 사건 토지를 포함한 서울특별시 OO OOO 88-1번지 외 68필지 토지상에 도시환경 정비사업을 추진하고 있었으므로 이 사건 토지의 효율성 증대와 기업경영합리화를 위하여 청구인이 소멸법인과 2007.12.5. 합병하였으며, 합병을 원인으로 이 사건 토지를 취득 등기하고 조세특례제한법 제119조제1항의 규정에 의하여 등록세를 과세면제받았다. (가) 2003년말 조세특례제한법 제119조 제1항이 개정되면서 소비성 사업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간의 합병의 경우에는 등록세 중과세 적용대상에서 제외하도록 규정하면서 별도로 추징규정을 두고 있지 아니하며, 이와 같이 별도의 추징규정이 없는 경우에는 이를 근거로 등록세 중과세 규정을 적용하여 면제한 등록세 등을 추징할 수 없다 하겠다(OO OOO OOOOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO)O (나) 또한 소멸법인은 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용할 목적으로 취득한 후 사업을 추진하다가 시공사인 (주)신O의 부도로 인하여 사업이 중단된 상태에서 청구인이 이를 흡수합병한 것으로서, 소멸법인이 시공사의 부도로 인하여 부득이 하게 청구인에게 흡수합병됨으로써 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용하지 못한 것은 정당한 사유가 있다고 하겠으므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) 소멸법인의 세무대리인이 2007.3.2. 구 행정자치부장관에게 청구인과 같은 사례의 경우에 등록세 중과세 대상이 되는지 여부를 질의하여 등록세 중과세 대상에 해당되지 않는다는 회신(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)을 받았고, 서울특별시장이 동O한 내용의 질의를 한 사항에 대하여 동O한 내용의 회신(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)을 하였으며, 행정안전부 발행 공무원교육교재에서 합병의 경우 정당한 사유가 있다는 사례가 등재되어 O선 세무담당공무원에게 교육을 하고 있음에도 이러한 질의회신 사례 등에 반하여 처분청이 이 사건 토지에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
(1) 청구인이 주장하는 부동산의 이용도 증대와 기업경영합리화를 위해 합병하게 되었으므로 주택건설사업용에 사용하지 못했다는 사유만으로는 그 사업에 사용하지 못한 정당한 사유라 할 수 없으며, 또한 청구인은 소멸법인이 이 사건 토지를 취득한 후 주택건설사업을 추진하였다고 하였으나 (주)신O(수급인)과 공사도급계약을 체결한 법인은 (O)OOOOOOOOOO사무소(도급인)로서 체결O자도 2006.4.20.인 사실이 청구인이 제출한 공사도급약정서에 기재되어 있는 등 소멸법인이 이 사건 토지 등기후 주택건설사업을 위해 직접 어떠한 조치를 행한 사실이 없는 등 주택건설용 토지로 사용하기 위한 정상적인 노력을 기울였다고도 볼 수 없으므로, 이 사건 토지를 취득O부터 3년이내에 주택건설에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 하겠다.
(2) 청구인이 2003년말 개정되기 전의 조세특례제한법 제119조 제1항 본문 및 제2호의 규정에 의하여 소멸법인을 흡수합병하면서 취득한 이 사건 토지에 대하여 등록세를 면제받았고, 당해 규정에서 면제한 등록세의 추징규정이 없으므로 이 사건 부과처분이 부당하다고 주장하지만, 지방세법 제138조 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호가 대도시내에서의 인구집중이나 공해를 방지하기 위하여 대도시내의 법인설립, 부동산 취득 등을 억제하기 위한 조세정책적인 이유에서 O정한 경우 등록세를 중과하면서 그 예외의 하나로 주택법에 의해 등록된 주택건설사업자에 대하여는 그 등록세의 중과를 배제하도록 규정하고 있는 바, 그 예외의 취지는 O정한 자격요건을 갖추고 연간 O정한 호수이상의 주택건설실적이 있는 자에 대하여 국토해양부에 등록을 하게 한 다음 그 등록된 주택건설사업자로 하여금 주택의 건설기준이나 규모, 주택의 공급조건, 방법 및 절차에 관하여 엄격한 기준을 설정하여 이를 준수하게 하는 규제를 함과 아울러 주택건설을 촉진함으로써 대도시내의 주택이 없는 국민의 주거생활의 안정을 도모하고 그 주거수준의 향상을 기하는 데 있다 할 것으로서(OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO), 소멸법인의 경우 주택건설용으로 2007.2.28. 이 사건 토지를 취득·등기하였으나 주택건설용으로 직접 사용하지 아니하다가 2007.12.5. 청구인이 이를 흡수합병하였고, 합병에 따른 등록세에 대해서는 조세특례제한법 제119조 제1항 제2호의 “소비성서비스업을 제외한 사업을 1년이상 계속하여 영위한 법인간의 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기”규정에 의해서 감면을 받은 사실이 있으며, 사실이 이와 같다면 청구인은 상법 제235조 및 지방세법 제15조의 규정에 의해 합병후 존속하는 회사로서 소멸된 회사의 권리의무를 승계하였다고 할 수 있으므로, 청구인은 이 사건 부동산을 본래의 목적인 주택건설사업용으로 사용해야 할 의무 역시 그대로 승계하였다고 판단되며(OO OO OOOOO OOOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO), 따라서 이 사건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 아니하고 2007.12.20. 업무시설용으로 도시환경정비사업시행인가를 받음으로써 이제 더 이상 주택건설용으로 사용할 수 없게 되어 등록세 중과세 추징사유가 발생되었다 할 것이고 이에 대한 청구인의 주장은 이유없다고 할 것이므로, 처분청의 이 건 부과처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 합병으로 인하여 소멸법인이 주택건설용으로 취득한 토지를 유예기간 3년 이내에 주택건설용에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부 및 합병 당시 조세특례제한법에 의하여 등록세를 면제받았고 당해 규정상 추징규정이 없으므로 등록세 중과세 처분을 할 수 없는 경우에 해당되는지 여부
(2) 신의성실의 원칙 위배 여부
(1) 쟁점 (1)과 관련된 법령 (가) 지방세법 제138조 (대도시 지역내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득O부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31O까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 3.대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (나)구 지방세법시행령(2008.2.29. 법률 제20708호로 개정되기 전의 것)제101조 (대도시내 법인 중과세의 예외) ① 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다. 5.해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득ㆍ등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)
② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록O로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 전기통신사업법 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다. (다) 지방세법시행령 제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ②법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 O체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 O체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 O체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등" 이라 함은행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. (라) 조세특례제한법 제119조(등록세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는등록세를 면제(제13호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다.이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
2. 제49조의 규정에 의한 합병 또는 영업의 전부 양도기타 대통령령이 정하는 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기 (마) 조세특례제한법시행령 제116조 (지방세면제) ①법 제119조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 합병"이라 함은 합병O 현재 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 합병O이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 "합병법인"이라 한다)간의 합병을 말한다. 이 경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 때에는 당해 합병을 포함한다.
(2) 쟁점 (2)와 관련된 법령 (가) 국세기본법 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이향함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. (나) 국세기본법 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 O반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(1) 쟁점 (1)에 관하여 본다. (가) 청구인은 2000.3.17. 건축설계업, 주택건설업 및 분양업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2007.12.5. 소멸법인을 흡수합병하였으며, 흡수합병 후 본점을 서울특별시 OOO OOO OOOOOOOO OOOOOO 402호로 이전하였다. (나) 소멸법인은 2006.10.10. 서울특별시 OOO OOO OOOOOOOO OOOOOO 402호를 본점주소지로 하고, 주택건설업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2006.12.15. 주택법 제9조의 규정에 의하여 주택건설사업자로 등록하였으며, 2007.2.28. 이 사건 토지를 최병억 등으로부터 25,304,720,000원에 취득한 것으로 취득신고를 하고 취득세 등을 납부하였으며, 이 사건 토지는 OOOO OOOO 도시환경정비구역(이하 “이 사건 지구”라 한다)내에 속한 토지이다. (다) 소멸법인은 이 사건 토지를 취득한 후 2006.4.20. 이 사건 지구내의 토지상에 주상복합건축물(공동주택 276세대, 근린생활시설, 운동시설)을 신축하기 위하여 (주)신O과 공사도급약정을 체결하였으나 실제 건축공사는 이루어지지 아니하였다. (라) 청구인은 이 사건 지구내의 68필지 토지 중 소멸법인인 취득한 이 사건 토지를 제외한 45필지 토지 5,553.05㎡를 2007.2.28.에 취득하였고, 2007.12.5. 합병으로 인하여 소멸법인이 소유한 이 사건 토지를 승계 취득하였으며, 2007.12.20. 처분청으로부터 주된 용도가 업무시설인 건축물을 신축한다는 내용으로 사업시행인가를 받았고, 시행인가 이전인 2008.12.1.에 신축 건축물 용도를 “ 업무시설, 근린생활시설, 문화집회시설”로 하여 착공신고를 하였다. (마) 이 사건 지구는 건설부 고시 OOOOOOOOOO(OOOOOOOOO)로 재개발구역 지정이 되고, 건설부 고시 OOOOOOOOOO(OOOOOOOOOO)로 사업계획 결정된 도시환경정비구역으로서, 2007.4.12. 서울특별시장은 고시 OOOOOOOOO로 변경지정을 하면서 당초 주된 용도가 정하여져 있지 아니하였다가 토지이용변경을 이유로 주된 용도를 주거 및 근생으로 지정되었다가 2007.5.17. 서울특별시 고시 OOOOOOOOOO로 다시 변경지정을 하면서 건축계획상 주용도가 주거로 변경되었다가, 2007.8.16. 다시 서울특별시 고시 OOOOOOOOOO로 변경지정을 하면서 건축계획상 주용도를 업무시설로 변경하였다. (바) 청구인은 이 사건 토지를 합병을 원인으로 취득하였고, 합병의 경우 조세특례제한법상 등록세 과세면제후 이를 추징하는 규정이 없으므로 이 사건 토지에 대하여 등록세를 중과세할 수 없다는 주장에 대하여 보면, 청구인은 이 사건 토지를 합병을 원인으로 취득하였지만 처분청이 과세대상으로 본 것은 합병에 따른 부동산 등기가 아니라 소멸법인이 당초 2007.2.28. 주택건설용으로 이 사건 토지를 취득하여 소유권 이전등기를 한 사실에 대하여 이를 등록세 중과세대상으로 보아 부과고지한 것이기 때문에 합병에 따른 부동산 등기에 대하여 과세면제후 추징규정이 없다는 주장은 타당하지 않은 것으로 보여진다. (사) 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 주장에 대하여 보면, 이 사건 토지를 포함한 OOOO OOOO 도시환경정비지구내의 O단의 토지에 대하여 소멸법인은 그 중 O부만을 취득하였으므로 취득 시점부터 단독으로는 건축이 사실상 불가능하다고 보여지고, 이러한 토지를 청구인과 공동으로 개발하고자 하였다면 공동사업자가 되어 사업을 추진할 적극적인 조치를 취하였어야 할 것인데도, 2006.4.20. 청구인이 이 사건 토지를 포함한 이 사건 지구내의 토지상에 주상복합건축물을 신축하기로 공사도급계약을 체결하였다가 시공사의 사정으로 인하여 공사를 포기하고 청구인이 소멸법인을 흡수합병후 2007.12.20. 사업시행인가를 받으면서 업무시설을 신축하기로 한 것은 정당한 사유로 인정하기 어렵다고 하겠다.
(2) 쟁점 (2)에 대하여 본다. (가) O반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다.(OOOO OOO OOOOO OO OO OO OOOOOOOO) (나) 청구인의 경우에 있어서 청구인이 인용한 사례는 청구인이 직접적으로 질의회신을 한 사례도 아니며, 당해 질의회신의 내용상으로도 합병으로 인하여 부동산을 취득 등기하면서 종전 소멸법인이 주택건설용으로 취득 등기하였던 토지에 대하여 합병시점에서 등록세 중과세 대상이 되는 지 여부에 관한 것으로서, 합병 당시 정당한 사유가 있다는 회신만으로 합병 이후 당초 유예기간내에 주택건설용으로 토지를 사용하지 아니하는 경우까지 등록세를 중과세하지 아니하는 정당한 사유가 있다는 의미로 해석한 것으로는 보여지지 아니하므로 당해 질의회신만으로 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배된 처분으로 볼 수는 없다 하겠다.
(3) 따라서 처분청이 이 사건 토지에 대하여 유예기간내에 주택건설용으로 사용하지 아니하고 업무시설을 신축하기로 확정되었으며, 토지의 사용 용도를 변경한 데에 정당한 사유가 있다고도 볼 수 없다고 보아 등록세를 중과세한 처분은 정당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.