조세심판원 심판청구

취득한 토지를 유예기간 3년 이내에 주택건설사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

사건번호 조심 2008지0624 선고일 2009-05-19 조세심판원

[요지] 대도시내에서 법인 설립후 5년 이내인 법인이 등록세 중과세 제외업종인 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 토지를 유예기간 내에 주택건설사업에 사용하지 못한 경우 등록세를 중과세함

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

  • 가. 청구인은 1999.5.27. 대도시내인 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOOO 201호를 본점소재지로 하여 설립된 법인으로서 법인설립일로부터 5년 이내인 2003.4.14. 등록세 중과세 제외업종인 주택건설용에 사용할 목적으로 OOO OOOO OOO 120-1번지외 9필지 토지 33,749㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고납부하였다.
  • 나. 처분청은 세무조사결과 청구인이 이 사건 토지를 유예기간 3년 이내에 정당한 사유없이 주택건설사업용에 사용하고 있지 아니하였으므로 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 이 사건 토지 중 공공사업용 토지로 수용된 면적 7,823㎡를 제외한 나머지 면적 25,926㎡의 취득가액 7,586,132,595원에 지방세법 제138조 제1항의 등록세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 546,201,520원, 지방교육세 100,136,930원, 합계 646,338,450원(가산세 포함)을 2008.5.19. 청구인에게 부과고지하였다.
  • 다. 청구인은 이러한 등록세 등 부과처분에 불복하여 2008.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 이 사건 토지에 대하여 2002.4.15. 매매계약을 체결하고 2003.4.11. 잔금을 지급하고 취득하였으며, 계약 당시에는 이 사건 토지가 도시지역내의 자연녹지지역으로서 독자적으로 일정 범위내의 건축물의 신축이 가능하였으며, 당시 처분청에서는 도시관리(재정비)계획을 변경하여 제2종 일반주거지역으로 입안하고 있음을 인지하고 주택건설사업을 추진할 수 있다고 보아 매매계약 체결이후 청구외 (주)OOOO건축사사무소 및 (주)OOOO공단과 건축설계용역, 문화재지표조사 등의 용역계약을 체결하여 2002.8.24. 용역계약에 따른 지구단위계획수립, 주택건설사업 과업수행계획서 등을 제출받았다.

(2) 처분청은 OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO(이하 “쟁점공고”라 한다)에서 지구단위계획 지구로 지정된 이 사건 토지가 위치하고 있는 지역을 개발행위 제한구역에 포함시키고 3년 동안 개발행위허가를 제한하였으며, 이러한 개발행위 제한으로 인하여 지구단위계획을 수립하지 아니하면 사업추진을 할 수 없는 상태가 되었고, 이 사건 토지에 대한 매매계약 체결당시에는 도시계획법과 건설교통부의 지구단위계획 수립 지침에 의하여 주민제안을 통하여 지구단위계획 수립이 가능하였으나 취득 직전에 관련법령이 국토의 계획 및 이용에 관한 법률로 변경되면서 지구단위계획 수립지침이 강화되어 주민 80%의 동의를 받아야 주민제안이 가능하게 되었다.

(3) 청구인은 그 후에도 계속 사업을 추진하고자 하였으나 이 사건 토지가 위치한 협동지구내의 토지 중 OOOO OOOO 종중과 (주)OO상사가 소유하는 면적이 전체 협동지구 면적의 65.9%를 차지하고 있어 이들이 소유하고 있는 토지를 취득하거나 동의를 받는 것이 사업추진에 필수적이었으나 종중의 내부문제와 (주)OO상사의 과도한 토지대금 요구로 인하여 토지매입과 지구단위계획에 대한 동의를 받지 못하였으며, 이러한 토지 매입과는 별개로 청구인은 2003.5.22. (주)OOOO개발 및 (주)OO건설과 이 사건 토지를 포함한 OOO OOOO OOO 124번지 일원(이하 “협동지구”라 한다)을 공동개발하기 위한 약정을 체결하고, 토지 매입 및 토지사용동의서를 얻기 위한 용역계약을 (주)OOOO개발과 체결하였으며, 그 후 지속적으로 공동사업지구내의 토지매입을 추진하였고, 수차례 OOOO OOOO 종중에게 토지 매도를 요청하는 문서를 발송하는 한편 (주)OO상사와 토지가격에 대한 협의를 하였다.

(4) 또한 청구인이 소유하고 있는 토지 중 22,617㎡가 수용되거나 수용될 상황에 처하게 되어 더욱 사업추진에 어려움이 발생하여 사업추진이 지연되었던 것으로서 토지계약 당시 독자적으로 건축이 가능한 지역이었는데 1년 후에 경기도 도시계획심의위원회 심의결과에 따라 개발행위허가 제한 공고가 됨에 따라 사업추진을 장애가 발생함으로써 사업추진이 지연된 것은 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 보아야 할 것이므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 첫째, 청구인이 이 사건 토지에 대하여 “쟁점 공고” 1년여 전부터 이미 본격적으로 사업에 착수한 만큼 외부적인 장애요인이 발생하여 사업추진을 하지 못하였다고 주장하지만, 처분청에서는 “쟁점 공고”를 하기 이전에 충분한 도시계획 실태조사를 위해 OOOO 도시계획(재정비)안에 대한 주민의견 청취(OOOO OO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)를 공람·공고하여 의견을 수렴하였고, 제출된 의견을 바탕으로 OOO시 도시계획(재정비) 및 장기미집행 도시계획시설(안) 공람·공고(OOOO OO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)를 하는 등 청구인이 이 사건 토지에 대한 계약 및 계약금을 지급하기 수년전부터 처분청에서는 이미 “쟁점 공고” 구역 결정을 위해 일련의 제반 법적 규정과 절차를 통한 충분한 공람·공고를 통하여 주민의견을 수렴하였는 바, 따라서 대규모 주택건설 사업을 전문으로 하는 청구인으로서는 사전에 충분히 이러한 제반 여건 및 주택사업 추진에 대한 타당성 검토가 가능하였으리라 판단되며,

(2) 둘째, 이 사건 토지에 대하여 유예기간내에 주택건설 사업에 착공하지 못한 불가항력적이고 정당한 법령상·사실상의 장애 사유가 있었는지 여부에 대하여 보면,정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 있었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인 바(OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO), 비록 청구인이 이 사건 토지에 대한건축물 신축을 위하여 일련의 건축공사 준비과정을 순차적으로 계속하여 추진하여 왔으며,일련의 토지 매입 및 주택건설 관련 용역추진을 위해 관련 당사자에게 수차례 공문을 발송 하였음에도 주택건설 사업용 토지에 대한 지주들의 과도한 매매가 제시 및 종중 내부문제에 따른 매입 대상 토지에 대한 협상 결렬 등으로 부득이 사업추진에 불가항력적인 사유가 있다고 주장하고 있으나, 이러한 사정은 대규모 주택건설 사업을 전문으로 하는 청구인이 사전에 문제점 파악 및 해결책 마련을 위한 검토가 가능하였으리라 판단되고, 또한 이 사건 토지 중 일부 면적이 공공사업용으로 수용되었다고는 하나 상기와 같은 사유가 법령에 의한 금지 및 제한 등 청구인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 해당하는 “정당한 사유”라고 볼 수 없는 바, 청구인의 주장은 설득력이 없으므로 처분청에서 이 사건 토지에 대한 등록세 등을 중과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 대도시내에서 법인 설립후 5년 이내인 법인이 등록세 중과세 제외업종인 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 토지를 유예기간 3년 이내에 주택건설사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 구지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법시행령 제101조 (대도시내 법인 중과세의 예외) ① 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

5. 해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득ㆍ등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 전기통신사업법 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 이 사건 토지에 대하여 2002.4.15. 이OO 외 1인과 매매대금을 13,271,739,000원으로 하여 매매계약을 체결한 후 2003.4.11. 소유권 이전등기를 하였다.

(2) 청구인과 (주)OO건설은 공동으로 2002.5.7. (주)OOOO건축사사무소 및 (주)OOOOOOOO건축사사무소와 OOO OO, OOOO 지구단위계획 및 주택건설사업 승인 용역계약을 체결하였으며, 계약내용을 보면 OO, OO 지구단위계획구역내 현황측량, 문화재 지표조사, 지구단위계획, 교통영향평가, 환경성 검토 등에 대한 용역을 실시하는 것으로 약정하고 있다.

(3) 처분청은 청구인이 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하기 이전인 2001.5.15. OOOO 도시계획 재정비(안) 공람 공고(OOOO OO OOOOOOOOOO)하면서 이 사건 토지 일대를 자연녹지지역에서 제2종일반주거지역으로 변경하고 이 사건 토지 일원을 협동지구라는 명칭의 지구단위계획구역으로 지정할 예정이라는 내용의 공고를 하였고, 2001.8.29. OOOO 도시계획(재정비) 및 장기미집행 도시계획시설(안) 공람·공고(OOOOOO OOOOOOOOOO)를 하여 같은 내용의 주민열람공고를 하였다.

(3) 처분청은 2003.3.28. OOOOOO OOOOOOOOOO로 개발행위제한공고를 하였으며, 그 주요내용은 다음과 같다.

① 제한목적 “선계획 후개발”을 유도하기 위하여 제2종 일반주거지역으로 지정되었으나, 7층 이하의 고도지구로 지정절차를 이행하도록 경기도 도시계획위원회에서 조건부 의결된 지역과 지구단위계획구역으로 지정된 지역에 대하여 무질서한 개발을 방지하고 계획적인 개발로 인한 도시의 건전한 발전을 도모함

② 제한기간 도보게재일로부터 3년동안(단 제한기간 이내에 지구단위계획이 수립되거나, 7층 이하의 고도지구가 지정되면 제한기간은 만료됨)

③ 제한대상 건축물의 건축과 이에 필요한 범위안에서의 토지의 형질변경, 공작물의 설치와 이에 필요한 범위안에서의 토지의 형질변경

④ 개발행위허가 제한 제외대상

• 제2종 일반주거지역내 7층 이하의 고도지구 지정대상지역(7층 이하의 건축물에 한함)

• 지구단위계획구역으로 지정된 지역(단독주택, 제1종근린생활시설, 문화 및 집회시설)

(4) 청구인은 2003.5.22. (주)OOOO개발, (주)OO건설과 OOO OOOO OOO 124번지 일대 124,188평을 공동개발하기 위한 공동개발약정을 체결하였고, 이러한 공동개발약정에 따라 사업예정부지 매입에 대하여 (주)OOOO개발과 토지매입에 대한 용역계약을 체결하였다.

(5) 청구인은 지구단위계획 주민제안을 위하여 공동사업부지내의 토지 중 OOOO OOOO 종중 및 (주)OO상사, (주)OO건설산업과 토지 매수 협의를 하여 (주)OOOO산업 소유부지에 대하여는 2003.7.8. 매매계약을 체결하였으나, 종중 및 (주)OO상사 소유 토지에 대하여는 각각 5차례 및 2차례에 걸쳐 매수 협조요청을 하였지만 매수하지 못한 상태이다.

(6) 2000. 8월 구 건설교통부장관의 지구단위계획 수립지침상 지구단위계획지구의 경우 지구단위계획 수립에 대하여 주민제안을 하기 위해서는 “지구단위계획의 입안을 제안하는 주민은 당해 구역의 주민의 의견이 충분히 반영될 수 있도록 제안내용에 대하여 사전에 설문조사를 실시하거나 주민의 동의를 얻도록 하는 등 적극적인 조치를 취하여야 한다”라고 되어 있었으나, 2003.1.2.자로 지구단위계획 수립지침이 변경되면서 주민제안을 위해서는 “제안한 지역의 대상토지 면적(국공유지를 제외한다)의 80% 이상에 해당하는 토지소유자의 동의가 있어야 한다”는 요건이 추가되었다.

(7) 구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 지방세법시행령 제101조 제1항 제5호, 제2항의 각 규정에 의하면, 법인이 대도시 내에서 설립 또는 지점설치 등 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기는 등록세 중과대상이 되지만, 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록된 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산을 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하면 등록세 중과대상에서 제외되며, 그 유예기간 내에 착공하지 못하였다 하더라도 거기에 정당한 사유가 있으면 역시 중과대상에서 제외되는 것이고, 이들 경우에 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단하는 데에는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.(OO OO OOO OOOOO OO OOO OO OOOOOOO OO)

(8) 청구인의 경우에 있어서 청구인이 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하기 이전에 이미 처분청에서는 이 사건 토지를 포함한 인근의 지역을 지구단위계획지구로 지정할 예정임을 수차례에 걸쳐 공고하고 있었고, 이러한 계획에 따라 청구인이 이 사건 토지를 취득하기 이전에 쟁점공고를 하면서 지구단위계획이 수립될 때까지 건축을 제한하도록 하였으며, 2003.3.28.에 지구단위계획 지구로 지정고시하였고, 청구인이 2002.5.7. (주)OOOO건축사사무소 및 (주)OOOOOOOO건축사사무소와 OOO OO, OOOO 지구단위계획 및 주택건설사업 승인 용역계약을 체결한 사실에서 청구인도 사전에 이러한 지구단위계획 수립으로 인하여 청구인이 독자적으로 사업을 추진할 수 없는 제한이 있다는 사실을 알고 있었다고 보여진다.

(9) 결국 청구인은 지구단위계획수립지구내의 토지인 이 사건 토지를 주택건설사업용에 사용하기 위하여 2003.5.22. (주)OOOO개발, (주)OO건설과 OOO OOOO OOO 124번지 일대 124,188평을 공동개발하기 위한 공동개발약정을 체결하였고, 이러한 공동개발약정에 따라 사업예정부지 매입에 대하여 (주)OOOO개발과 토지매입에 대한 용역계약을 체결하는 등 사업추진을 위한 노력을 한 사실은 인정되지만 토지 취득이 정상적으로 이루어지지 아니하여 유예기간내에 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용하지 못한 것은 토지 취득 이전에 이미 예견할 수 있었던 장애사유로 인한 것으로서 청구인에게 그 귀책사유가 있다고 보여진다.

(10) 따라서 처분청이 이 사건 토지에 대하여 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 이 사건 부과처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)