신축공장이 대도시외의 지역으로 공장을 이전한 후 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산에 해당되어 취득세와 등록세가 면제되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.처분청은 청구인이 2007.7.16. 취득하여 소유하고 있던 경기도 OO시 OO면 OO리 224-16 토지(임야) 3,769㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 지상에 2008.3.5. 공장건축물 1,585.74㎡(이하 “이 건 신공장건축물”이라 한다)를 신축하고 2008.3.18. 공장의 지방이전에 따른 감면신청을 하였으나, 2008.3.25. 처분청에서 이 건 신공장건축물은 대도시외의 지역으로 공장을 이전하여 사업을개시한 후에 취득하였으므로 감면대상이 아니라고 통보하자, 이건 신공장건축물의 취득가액 1,505,807,227원 및 이 건 토지의 지목변경(임야→공장용지) 증가가액 380,210,000원을포함한1,886,017,227원을 과세표준으로 하고지방세법제112조 제1항의세율을 적용하여 산출한 취득세 37,720,340원, 농어촌특별세 3,772,030원과이건 신공장건축물의 취득가액 1,505,807,227원을 과세표준으로하고지방세법제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세12,046,450원, 지방교육세 2,409,290원, 합계 55,948,110원을 2008.3.31. 신고하고 2008.4.3. 납부하였다. 나.청구인은 지방세법 제275조 제1항의 규정에 의하여 공장의 지방이전에 따른 지방세 면제대상에 해당하므로 이 건 신공장건축물 등의 취득·등기에 대한 취득세 및 등록세가 면제되어야 한다고 주장하면서2008.6.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 지방세법 제275조 제1항에서 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있기 때문에 동규정은 대도시에서 대도시외의 지역으로 이전한 후 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하는 것으로 해석하여야 하므로, 대도시내 공장을 대도시외의 지역으로 이전하기 위하여 공장용건축물을 신축하는 동안 일시적으로 대도시외 지역에 소재하는 공장을 임차하여 사업을 영위하였다고 하더라도 이전할 공장용건축물을 신축한 후 임차한 공장을 신축한 공장으로 이전하였기 때문에 이는 대도시내의 공장을 대도시외로 이전한 것으로 보아야 하고, 더구나 대도시외로 공장을 먼저 이전하고 부동산을 취득한 경우에도 취득세 등이 과세면제 된다는 구 행정자치부장관의 질의회신(지방세정팀-OOOO, 2007.OOOOO)을 따라서도 이 건 취득세 및 등록세는 과세면제 되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 광학기기용품 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 2002.4.2. 설립된 법인으로서 사업장소재지를 서울특별시 OO구 OO동 234-12로 하여 같은 날 사업자등록을 필하고 광학기기용품 제조업 등을 영위하다가 2007.7.25. 경기도 OO시 OO면 OO리 501-3 소재 공장(이하 “이 건 임차공장”이라 한다)을 임차하여 대도시내에서 대도시외로 공장을 이전하여 사업을 영위하던 중 2008.3.5. 이 건 신공장건축물을 신축·취득 하였으므로, 이 건 신공장건축물은 지방세법 시행규칙 제115조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 이전한 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산에 해당하지 아니하여 과세면제 대상이 되는 공장용부동산의 요건을 갖추지 못하였으므로 취득세와 등록세는 면제되지 아니한다.
• 다. 경기도지사 의견 청구인이 이 건 신공장건축물을 신축하는 동안에 임차하여 사용한 임차공장의 경우 임대차기간이 2007.7.1.부터 2007.11.30.까지 비교적 단기간이고 2007.6.30. 기존 대도시내 공장 폐쇄 후 이 건 신공장건축물의준공일인 2008.3.5. 전에 임차기간이 종료되었으며, 청구인이 사업장 이전하기 위하여 2008.1.25. 처분청에 임차공장 등록취소를 신청하여 수리되었고 이 건 신공장건축물의 준공 후 공장설립 등의 완료신고 절차가 2008.5.8. 접수되었으므로, 이 건 임차공장은 청구인이 대도시내 공장을 이 건 신공장건축물로 이전하는 과정에서 일시적으로 사용한 것으로 보아야 하고, 이 건 신공장건축물은 청구인이 대도시내 공장을 이전하여 당해 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 공장용부동산에 해당하므로 취득세 및 등록세를 면제하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내 기존공장을 폐쇄하고 대도시외의 건축물을 임차하여 공장을 이전한 후 사업을 개시하여 공장을 신축하였을 경우 그 신축공장이 대도시외의 지역으로 공장을 이전한 후 사업을 개시하기 이전에취득한 부동산에 해당되어 취득세와 등록세가 면제되는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제275조【공장의 지방이전에 따른 감면】

① 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로서 공장설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

② 제1항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 지방세법시행규칙 제115조【대도시외로의 이전공장의 범위와 적용기준】

① 법 제275조 제2항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표3에 규정한 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설을 포함한다.

② 법 제275조 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 공장용부동산은 다음 각호의 요건을 갖춘 것이어야 한다.

1. 이전한 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산일 것. 2.공장시설(제조장 단위별로 독립된 시설을 말한다. 이하 같다)을 이전하기 위하여 대도시내에 있는 공장의 조업을 중단한 날까지 6월(임차공장의 경우는 2년)이상 계속하여 조업한 실적이 있을 것, 이 경우수질환경보존법및대기환경보존법의 규정에 의하여 배출시설이나 오염물질배출시설의 개선명령·이전명령 또는 조업정지의 처분을 받아 조업을 중단한 때의 그 조업 중지기간은 이를 조업한 기간으로 본다. 3.대도시외에서 그 사업을 개시한 날부터 6월(시운전 기간을 제외한다)내에 대도시내에 있는 당해 공장시설을 완전히 철거하거나 폐쇄할 것. 4.토지를 취득한 때에는 그 취득일부터 6월 이내에 공장용 건축물을 착공하여야 하며, 건축물을 취득하거나 토지와 건축물을 동시에 취득한 때에는 그 취득일부터 6월내에 사업을 개시할 것. 다만, 정당한 사유가 있을 때에는 그러하지 아니하다.

③ 제2항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 공장용부동산의 가액의 합계액이 이전전 공장의 부동산 가액을 초과하는 경우 그 초과액에 대하여는 취득세와 등록세를 과세한다. 이 경우에는 초과액의 산정기준은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 이전공장용 부동산 가액과 이전전 공장용 부동산 가액이 각각 법 제111조 제5항의 규정에 의한 법인장부 등에 의하여 입증되는 경우에는 그 차액 2.제1호외의 경우에는 법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 의한 이전 공장용 부동산가액과 이전전 공장용 부동산가액의 차액

④ 제3항의 규정에 의한 부동산의 초과액에 대하여 과세하는 때에는 이전 공장용 토지와 건축물 가액의 비율로 안분하여 계산한 후 각 과세한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인은 청구인 소유의 서울특별시 OO구 OO동 234-12 외 1필지의 토지 1,513㎡와 동지상 공장용건축물 2,588.55㎡에서 2002.4.2.부터 광학기기용품 제조업을 영위하다가 대도시외지역으로 이전하기 위하여 2007.4.30. (주)오OOO(대표이사 허OO)과 구공장 매매계약을 체결한 후 2007.6.30. 청구인이 운영하던 공장을 폐쇄한 다음 2007.7.1. 잔금을 수령하고, 같은 날 경기도 OO시 OO면 OO리 501-3 소재 부동산(토지 12,282㎡, 건축물 2,163.6㎡)을 임차(임차기간: 2007.7.1.～2007.11.30. 임차료 15,500,000원)하고,2007.7.19. 신공장건축물 신축에 필요한 부속토지 3,769㎡를 취득한다음 2007.7.25. 경기도 OO시장에게 임차공장등록(지역경제과-OOOOO)을 필한 후 광학기기용품 제조업을 영위하면서2007.7.16.취득한 토지를 부속토지로 하여 2007.10.8. 공장용건축물1,585.74㎡를 신축허가를 받고, 2008.1.28. 사용승인을 받은 다음2008.3.5. 임차공장을 폐쇄하고 2008.5.8. 신공장건축물로 이전하여 사업을 영위하고 있는 사실이 제출된 증빙자료에서 알 수 있다. (2)지방세법 제275조 제1항에서 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로서 공장설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다라고 규정하고, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다라고 규정하고 있으며,지방세법 시행규칙 제115조 제2항 제1호에서 지방세법 제275조 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 공장용부동산은 이전한 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산일 것이라고 명백히 규정하고 있으므로, 청구인은 2007.7.3. 사업자등록증상의 사업장소재지를 서울특별시 OO구 OO동 234-12에서 경기도 OO시 OO면 OO리 501-3으로 사업장을 정정하고 2007.7.25. 경기도 OO시 OO면 OO리 501-3 소재 공장을 임차하여 대도시내에서 대도시외로 공장을 이전한 후 같은 날 임차공장등록을 하고 사업을 개시하여 2008.1.28. 임차공장등록을 취소하기 전까지 사업을 영위한 사실이 공장등록증 등에서 입증되고 있는 이상 2008.3.5. 사용승인을 받은 이 건 신공장건축물은 지방세법 시행규칙 제115조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 대도시내에서 대도시외로 이전한 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산에 해당되지 아니하고 대도시외의 공장을 대도시외 지역으로 이전하기 위하여 취득·등기한 부동산에 해당되는 것으로 보아야 하는 것이다.

(3) 청구인은 대도시외로 공장을 먼저 이전하고 부동산을 취득한 경우에도 취득세 등이 과세면제 된다는 구 행정자치부장관의 질의회신을 받았다고 주장하나, 구 행정자치부장관의 질의회신(지방세정팀-OOOO, 2007.OOOOO) 내용은 지방세법 제275조 제1항 및 지방세법 시행규칙 제115조 제2항의 규정에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 부동산의 범위에 당해 사업을 계속하기 위하여 공장시설을 이전하기 전에 취득한 부동산도 포함된다고 봄이 타당하다고 하면서 지방세법 시행규칙 제115조 제2항 각호의 요건에 부합되는지 여부는 과세권자가 사실판단할 사항이라고 하였으므로, 이는 청구인이 취득한 이 건 신공장건축물에 대하여 취득세와 등록세가 면제된다고 통보하였다고 볼 수 없고 청구인의 경우 상기에 서술한 바와 같이 지방세법 시행규칙 제115조 제2항 제1호의 요건을 갖추지 못한 것이 분명하므로 청구인이 취득한 이 건 신공장건축물은 취득세와 등록세의 과세면제대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다. 따라서,처분청에서 청구인이 취득·등기한이 건 신공장건축물에 대하여 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로서 공장설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하지 아니하는것으로 보아 취득세 및 등록세 등을 부과한 처분은잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.