휴면법인을 인수한 후 부동산을 취득 등기한 경우, 회사계속 등기일을 법인설립일로 보아 그 후 취득 등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구인은 1996.5.4. 교육용 및 게임용 소프트웨어 개발업 등을 목적사업으로 하고, 본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOO번지로 하여 설립된 청구외 주식회사 OOOOOOOOO(이하 “청구외 종전법인”이라 한다)가 2001.12.5. 상법 제520조의2제1항 규정에 의하여 해산등기 되었으나, 2003.1.15. 회사계속등기를 필하고, 2003.5.29. 상호, 본점소재지, 목적사업 및 임원 등을 변경한 후, 2003.10.24. OOOOO OOOO OOO OOOOOO번지외 12필지 토지 1,820.1㎡(동 지상건축물 1,526.4㎡를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 처분청에 신고납부 하였다. 나.처분청은 사실상 청구인의 설립일을 변경등기일인 2003.5.29.로 보고, 이로부터 5년 이내에 취득·등기한 이 건 부동산을 대도시내에서 법인설립일로부터 5년 이내에취득·등기한 부동산으로 보아 이 건 부동산의 취득가액 27,058,000,000원을과세표준으로하고지방세법제138조제1항제3호의중과세율을적용하여산출한세액에서 기 신고납부 한 등록세등을 차감한등록세 1,948,176,000원,지방교육세357,165,600원합계 2,305,341,600원(가산세 포함)을2007.11.10. 청구인에게 부과고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2008.2.11. 이의신청을 하였으나 2008.3.21. 이의신청 결정기관인 서울특별시장으로부터 기각결정을 받고,2008.6.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 1)휴면법인이 영업활동을 하지 아니하였다 하더라도 당해 법인의 법인격자체가 소멸하는 것은 아니므로 당초 설립등기일을 기준으로 등록세 중과세여부를 판단하여야 하며, 주식회사는 법률의 규정에 따라 주식의 양도·양수가 자유로이 허용되고, 주주총회 등을 통하여 회사의 정관, 목적사업, 자본금 등의 변경이 가능하므로 이러한 인적·물적변경이 이루어졌다 하여 회사의 동일성이 상실되었다고 볼 수 없다. 2)과세를 하여야 할 공익적 필요성이 있다하여 행정편의적으로 법률해석을 하는 것은 조세법률주의의 원칙에 어긋날 뿐만 아니라 법적안정성을 해치는 것이고,구 행정자치부 유권해석에서도 청산법인이라 하더라도 소멸되지 아니하고 휴면법인인 상태에서 5년이 경과하여취득하는 부동산의 경우 등록세 중과세대상이 아니라고 하였음에도 처분청이 등록세 등을 중과세하는 것은 신의성실의 원칙에도 위배되므로 이 건 등록세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여해산 등기된 청구외 종전법인을2001.12.5.회사 계속등기를 한 후,2003.5.29.상호와 본점, 목적사업, 임원 등을 변경한 사실을 볼 때,이는 청구외 종전법인과는 경제적 실질을 달리하고 있는 것으로서 변경등기일인2003.5.29.이청구인이 실질적으로 설립된 날이라 할 것이므로 이로부터 5년 이내에 취득한 이 건 부동산에 대하여지방세법 제138조제1항제3호의등록세 중과세율을적용하여산출한 등록세 등을 부과고지 한 처분은 잘 못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된지 5년 이상된 휴면법인을 인수한 후 회사계속등기 및 상호 등을 변경 등기하고 부동산을 취득 등기한 경우, 회사계속등기일을 법인설립일로 보아 이로부터 5년 이내 취득·등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세(일반세율의 3배)하는 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법 제124조(납세의무자)등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. (2)지방세법제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (3)지방세법 시행령제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의설치및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. (4)상법 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. (5)상법제434조(정관변경의 특별결의)제433조제1항의 결의는 출석한 주주의의결권의 3분의 2 이상의 수와발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써하여야 한다. (6)상법 제520조의2(휴면회사의 해산) ① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외 종전법인은 1996.5.4. 본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOO번지로, 목적사업을 교육용 및 게임용 소프트웨어 개발업 등으로 하여 설립되었고, 2001.12.5.상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산되었으며,2003.1.15. 회사 계속등기 및 임원변경 등기를 필하고, 2003.5.29. 상호를 주식회사 OOOOOOOO로, 본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOOOO OOOO O층으로, 목적사업을정보처리기술에 관한 전문직 컨설팅 및 교육훈련서비스업 등으로 변경하고, 대표이사 등 임원진 전부를 변경한 후, 2003.6.23. 같은 날을개업년월일로, 업태를 부동산, 건설로 하는사업자등록을 하였으며,2003.10.24.에 이 건부동산을취득한 사실을 알 수있다. (2)지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시내에서의 법인의 설립”이란설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는법인의 실질적인 설립행위를 포함하는 것으로 해석할 수 있고, 같은 항제2호에서도 대도시 내로의법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다법인의 실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연스럽다 판단된다. (3)지방세법 제138조에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의2제2항제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는사업장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바, 위 규정은부동산 취득·등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는사업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에없다고 할 것이고, 세법의 규율대상인 경제현상이 다양하고 끊임없이 변화함에 비추어 입법기술상 어느 정도 다의적인 개념의 사용과 그에 대한 해석행위는 과세에 불가피 한 것이며, 법 제138조의 입법취지를 고려하면 위 설립에는 설립등기 없이 실질적인 설립행위만이 있는 경우도 포함된다고 해석함이 상당하고, 위와 같은 해석이 조세법률주의에 위반되는 확장해석 내지 유추해석이라고는 보이지 아니하는 것(서울고등법원 2007.12.4.선고 2007누12691 참조)으로판단된다. (4)청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기된청구외 종전법인을2003.1.15.회사계속등기를 하고,2003.5.29.상호, 본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하고,2003.6.23.같은 날을 사업개시일로 사업자등록을한 사실을볼 때,비록, 청구인이 회사 설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써당초 청구외 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 청구외종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써청구외 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런차이를 찾을 수 없으므로 청구외 종전법인의 변경등기를 한 날인2003.5.29.청구인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바, 이날부터5년 이내인2003.10.24.에청구인이 이 건 부동산을 취득하여 소유권이전등기를 필한 것은지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을등기한 것에 해당하므로 등록세 중과세 대상임에도 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고하고 납부하였으므로 그 부족한 신고납부세액에 대하여 처분청이 지방세법 제151조의 규정을 적용하여 산출한 가산세를 포함하여 이 건 등록세 등을 중과세한 처분은 적법한 것으로판단된다.

(5) 구행정자치부 유권해석은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 발할 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심판기관 등에 의하여 달리 내려질 수 있는 것일 뿐만 아니라 구 행정자치부장관과 처분청이 청구인에게 이에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로 신의성실의 원칙에 위배된다는청구인의 주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다. 따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 10월 27일