경감된 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 청구인이 2003.10.6. 경상남도 OOO OOO OOO OOOOO번지 답 2,733㎡외 1필지 합계 2,995㎡(이하 “이 사건 농지”라 한다)를 취득한데 대하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제261조제1항의 규정에 의하여 자경농민이 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지로 보아 취득세와 등록세를 50% 경감하였다가 그 후 이 사건 농지에 대한 2004년도 “논농업직불제 보조금 지급자료”에 수령인이 청구외 오OO로 기재되어 있고, 2006년도에는 “쌀소득등보전직접지불금” 지급 신청을 청구외 권OO이 하였음을 확인하고 청구인이 이 사건 농지 취득일부터 2년 내에 직접 경작하지 아니하였다고 보아 그 취득가액(390,000,000원)에 구 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 취득세 4,680,000원, 농어촌특별세 858,000원, 등록세 2,340,000원, 지방교육세 429,000원, 합계 8,307,000원(가산세 포함)을 2008.1.10. 청구인에게 부과 고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.14. 경상남도지사에게 이의신청을 하여 2008.4.7. 기각결정통보를 받은 후 2008.6.18. 이 사건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 2003.10.6. 이 사건 농지를 취득하였으나 그 해에는 종전 소유자로부터 임차하여 농사를 짓고 있던 청구외 배OO이 수확을 할 수 있도록 하였고, 2004년도에는 1월부터 직접 벼를 경작하였으며, 2005년도에는 미나리를 파종하였으나 수해를 입어 결실을 보지 못하였고, 2006년도부터는 미나리 재배에 경험이 많은 청구외 권OO과 공동으로 경작하고 있는바, 청구외 오OO은 2004년도 당시 현지에 거주하지도 아니하였고 직접 경작하지 아니하였을 뿐만 아니라 논농업직불제 신청은 관련법령에 의하여 관할지역 마을이장의 확인을 받아야 함에도 그러한 사실이 없다고 마을이장인 청구외 배OO과 OO마을 영농회 마을대표인 청구외 이OO가 확인하고 있고, 청구인은 논농업직불제 신청과 관련하여 아무런 안내가 없어 알지를 못하여 신청을 하지 못한 것일 뿐이므로 이러한 신청이 없었다고 하여 직접 경작하지 아니하였다고 할 수는 없음에도 사실관계를 명확히 확인하지 아니한 채 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 “쌀소득등보전직접지불금”은 쌀소득 등의 보전에 관한 법률의 규정에 의하면 농지소유자 본인, 임차인 여부에 불구하고 농지를 실제 경작하고 있는 자만이 직불금 지급대상자로 등록 신청이 가능하고, 관할 읍·면·동에서 이를 확인 후 실 경작 농업인에게만 지급하는 것으로, 2004.3월 김해시장과 OO마을 영농회가 체결한논의 공익기능 보전을 위한 관리협약에 OO마을영농회 마을대표인 청구외 이OO외 3명이 확인한 논농업직불 신청자명단에 청구외 오OO(경상남도지사의 이의신청 결정문의 “오OO”은 “오OO”의 오기로 보인다)이 경작하고 있는 것으로 되어 있고, 마을이장인 청구외 배OO외 2인이 작성한 영농확인서는 청구인이 영농에 90일 이상 종사하고 있다는 내용일 뿐 2004년부터 2006년까지 계속 경작을 하고 있었음을 확인한다는 것이 아니라 하겠으므로, 2004년도와 2006년도에 쌀농사 실경작자에게 지급한쌀소득등보전직접지불금수령자가 청구인이 아니라는 것을 근거로 청구인이 이 사건 농지 취득일부터 2년 내에 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 추징한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 자경농민이 농지를 취득하였으나 그 후 3년간 쌀소득등의보전에관한법률의 규정에 의한 “쌀소득등보전직접지불금” 지급대상자 등록신청을 하지 아니하거나 제3자가 한 경우 자경농민이 농지 취득후 2년 내에 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 경감된 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법 제261조【자경농민의 농지 등에 대한 감면】① 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업을 주업으로 하는 자로서 2년 이상 영농에 종사한 자, 후계농업경영인 또는 농업계열학교 또는 학과의 이수자 및 재학생(이하 이 조에서 “자경농민”이라 한다)이 대통령령이 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(전·답·과수원 및 목장용지를 말한다. 이하 이 절에서 같다) 및 관계법령의 규정에 의하여 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 2년 이상 경작하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 또는 농지 취득일부터 2년내에 직접 경작하지 아니하거나임야의 취득일부터 2년내에 농지의 조성을 개시하지 아니하는 경우그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 구 쌀소득등의보전에관한법률(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “농업인등”이라 함은 농업·농촌기본법 제3조제2호의 규정에 의한 농업인과 동법 제15조 및 제16조의 규정에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인을 말한다.

2. “논농업”이라 함은 지목과 상관없이 논으로 이용되는 농지에서 벼·연근·미나리·왕골 그 밖에 대통령령이 정하는 식물을 재배하는 농업을 말한다.

4. “고정직접지불금”이라 함은 농작물의 생산량 및 가격의 변동과 상관없이 논농업에 종사하는 농업인등에게 지급하는 보조금을 말한다.

5. “변동직접지불금”이라 함은 논농업으로 이용되는 농지에서 쌀을 생산하는 농업인등에게 당해연도에 생산한 쌀의 수확기 평균가격이 목표가격에 미달하는 경우에 지급하는 보조금을 말한다. 구 쌀소득등의보전에관한법률 제4조【쌀소득 등의 보전을 위한 직접지불금】① 농림부장관은 세계무역기구 설립을 위한 마라케쉬협정에 의한 국내보조 감축약속 면제기준과 범위 안에서 농업인등의 소득안정을 위하여 농업인등에게 소득보조금(이하 “쌀소득등보전직접지불금”이라 한다)을 지급하여야 한다. 구 쌀소득등의보전에관한법률 제5조【쌀소득등보전직접지불금 지급대상 농지】쌀소득등보전직접지불금 지급대상이 되는 농지는 1998년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지 논농업에 이용된 농지(농지법에 의한 농지를 말한다. 이하 같다)로 한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 농지를 제외한다. 구 쌀소득등의보전에관한법률제6조【쌀소득등보전직접지불금 지급대상자】쌀소득등보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있는 자는 제5조의 규정에 의한 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상 농지에서 논농업에 종사(휴경하는 경우를 포함한다)하는 농업인등으로 한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 그러하지 아니하다.

1. 논농업에 이용하는 농지면적이 1천제곱미터 미만인 자 2.농지법 제11조제1항의 규정에 의하여 농지처분명령을 받은 자 구 쌀소득등의보전에관한법률 제7조【쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록】① 쌀소득등보전직접지불금을 지급받고자 하는 자는 농림부령이 정하는 바에 따라 주소지 관할 읍장·면장 또는 동장(이하 “읍·면장”이라 한다)에게 매년 2월말까지 등록하여야 한다.

② 읍·면장은 제1항의 규정에 의하여 등록신청을 받은 때에는 현지조사 등 필요한 조사를 하고, 그 조사결과를 첨부하여 농림부장관에게 제출하여야 한다.

③ 농림부장관은 제2항의 규정에 의한 조사결과를 바탕으로 등록신청인이 제6조의 규정에 의한 지급대상자로 인정되는 경우에는 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자로 등록하고 신청인에게 등록증을 교부하여야 한다.

④ 제2항의 규정에 의한 조사의 항목·방법 및 등록증 교부 등에 관하여 필요한 사항은 농림부령으로 정한다. 구 쌀소득등의보전에관한법률 제13조【쌀소득등보전직접지불금의 감액지급 또는 등록제한】① 농림부장관은 쌀소득등직불금등록자가다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 고정직접지불금 또는 변동직접지불금의 전부 또는 일부를 지급하지 아니하되, 제1호에 해당하는자에 대하여는 고정직접지불금 및 변동직접지불금의 전부를 지급하지 아니하며 이미 지급한 금액이 있는 때에는 이를 회수하여야 한다.

1. 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 등록을 한 경우

2. 제6조의 규정에 의한 지급대상자의 요건을 갖추지 못한 경우

3. 제9조제1항 또는 제11조제1항의 규정에 의한 지급기준을 갖추지 못한 경우

② 농림부장관은 제1항 각호의 어느 하나에 해당하여 고정직접지불금 및 변동직접지불금의 전부를 지급하지 아니하게 된 자에 대하여는 3년 이내의 범위에서 제7조의 규정에 의한 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자의 등록을 제한할 수 있다.

(3) 구 쌀소득등의보전에관한법률시행규칙(2008.3.3. 농림수산식품부령 제1호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조【쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록신청 등】① 쌀소득등의 보전에 관한 법률(이하 “법”이라 한다) 제7조제1항의 규정에 의하여 쌀소득등보전직접지불금을 지급받고자 하는 자는 별지 제1호서식에 의한 쌀소득등보전직접지불금 등록신청서(이하 “등록신청서”라 한다)를 읍장·면장 또는 동장(이하 “읍·면장”이라 한다)에게 제출하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 등록신청서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 읍·면장이 농지원부 또는 토지대장등본에 의하여 이를 확인할 수 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 농지가 법 제5조의 규정에 의한 1998년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지 논농업에 이용된 농지임을 증명하는 서류

2. 신청인이 해당 농지의 경작자임을 증명하는 서류

③ 읍·면장은 제1항의 규정에 의하여 농업인등으로부터 등록신청을 받은 때에는 등록신청서 및 첨부서류의 내용이 사실과 일치하는 지의 여부를 현지조사 등의 방법으로 확인하고, 그 확인결과를 첨부하여 시장·군수 또는 자치구의 구청장(이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록신청서를 제출하여야 한다.

④ 시장·군수·구청장은 제3항의 규정에 의하여 등록신청서를 제출받은 때에는 그 신청내용을 검토한 후 흠이 없는 경우에는 별지 제2호서식에 의한 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록대장(이하 “등록대장”이라 한다)에 등록하고, 읍·면장을 거쳐 신청인에게 별지 제3호서식에 의한 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록증(이하 “등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003.10.6. 지목이 답인 이 사건 농지를 취득하였으나, 1998.1.1.부터 2000.12.31.까지 논농업(벼·연근·미나리·왕골 재배)에 이용된 농지를 실제로 경작하고 있거나 경영하는 농업인 등에게 지급하는 쌀소득등보전직접지불금과 관련하여 2004년도에는 청구외 오OO이 수령하였고, 2006년도에는 청구외 권OO이 지급신청을 한 사실은 처분청이 제출한 논농업직불제보조금 지급자료와 농지정보조회자료 등에 의하여 알 수 있다.

(2) 2004.3월경 처분청과 OO마을 영농회(마을대표인 청구외 이종회외 3인)가 작성하고 날인한 논의 공익기능 보전을 위한 관리협약서의 내용을 보면 OO마을 영농회의 구성원 자격은 논농업직접지불을 신청한 농업인으로 한다고 되어 있고, 마을대표는 본 마을(영농회)를 대표하며, 논농업직접지불제와 관련하여 신청, 이행여부의 점검, 교육 등 마을의 제반사항을 총괄하며 논농업직불제와 관련된 처분청의 업무에 적극 협조하여야 한다고 되어 있으며, OO마을 영농회 구성원 명단에 청구외 오OO이 포함되어 있다.

(3) 한편, 청구외 배병욱외 2인이 2007.12.27. 작성한 영농확인서와 청구외 권OO이 2008.6.6. 작성한 확인서를 보면 청구인은 90일 이상 영농에 종사하면서 이 사건 농지를 직접 경작하였다고 되어 있고, 청구외 배OO이 2008.6.10. 작성한 확인서와 청구외 이OO가 2008.6.13. 작성한 확인서를 보면 청구인은 2004년도부터 이 사건 농지를 직접 경작하였고, 이 사건 농지에 대한 논농업직불제 신청과 관련하여 청구외 오OO에게 아무런 확인을 해준 적이 없을 뿐만 아니라 청구외오OO은 다른 지역에 거주하고 있어 농사를 할 수 없었다고 되어 있다.

(4) 구 쌀소득등의보전에관한법령에서 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자를 지급대상 농지(1998.1.1.부터 2000.12.31.까지 논농업에 이용된 농지)에서 실제 논농업에 종사(휴경하는 경우 포함)하는 농업인등으로 한정하고 있고, 쌀소득등보전직접지불금을 지급받고자 하는 자는 해당 농지의 경작자임을 증명하는 서류 등을 첨부하여 쌀소득등보전직접지불금 등록신청서를 읍·면장에게 제출하고, 읍·면장은 농업인등으로부터 등록신청을 받은 때에는 등록신청서 및 첨부서류의 내용이 사실과 일치하는 지의 여부를 현지조사 등의 방법으로 확인하여 그 결과를 첨부하여 시장·군수·구청장에게 등록신청서를 제출하여야 하며, 쌀소득등직불금 등록자가 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 등록을 한 경우에는 쌀소득등보전직접지불금을 감액지급 또는 회수하거나 등록제한 등의 조치를 취하도록 규정하고 있는바, 이 사건의 경우 2003.10.6. 청구인이 이 사건 농지를 취득한 이후인 2004.3월 처분청과 OO마을 영농회(마을대표 이OO외 3명)가 체결한 “논의 공익기능 보전을 위한 관리협약”에서 OO마을 영농회 구성원은 논농업직접지불을 신청한 농업인으로 한다고 하면서, 그 명단에 청구외 오OO이 포함되어 있을 뿐만 아니라 처분청의 2004년도 “논농업직불제보조금 지급자료”에 수령인이 청구외 오OO로 기재되어 있고, 2005년도에는 논농업직불제보조금에 대한 지급신청 내역이 없으며, 처분청의 2006년도 농지정보조회 자료에 “쌀소득보전직불제” 지급 신청인이 청구외 권OO으로 기재되어 있는 반면, 2004년도 논농업직불제보조금을 청구외 오OO이 수령한 것과 2006년도에 쌀소득보전직접지불금 지급 신청을 청구외 권OO이 한 것에 대하여 책임있는 행정기관에서 감액지급하거나 회수 또는 등록제한 등의 조치를 취하였다는 사실이 나타나고 있지 아니한 이상, 실제 이 사건 농지를 경작한 자는 청구외 권OO, 오OO이라고 봄이 타당하다 하겠고, 2005년도에는 쌀소득보전직접지불금 지급신청조차 하지 아니하였으므로, 청구외 권OO, 배OO, 김OO, 조OO, 이OO 등의 진술을 받아들여 청구인이 이 사건 농지 취득 후 2년 내에 직접 경작하였다고 인정하기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 사건 취득세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 9월 18일