휴면법인을 인수한 후 부동산을 취득 등기한 경우, 회사계속 등기일을 법인설립일로 보아 그 후 취득 등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 2004.8.21. 서울특별시 OOO OOO OOOOOOOO OOOO(OOOO) OOOO OO OOOO, OOOO OO OOOO, OOOO(OO OOO호의 각 3분의1 지분, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 매매로 취득한 다음, 그 취득가액 1,318,289,330원을 과세표준으로 하고, 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 이전의 것) 제131조제1항제3호(2)의 일반세율(1,000분의 30)을 적용하여 산출한 등록세 39,548,670원, 지방교육세 7,909,730원 합계 47,458,400원을 2004.8.21. 신고하고 2004.8.23. 이를 납부한 다음, 소유권이전등기를 경료하였다. 나.그 후, 처분청은 위 취득 등기는 대도시내에서 법인설립일로부터 5년 이내에 부동산을 취득·등기한 것으로 보아 이 건 부동산의 취득가액에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부세액을 차감한 등록세 122,039,300원, 지방교육세 22,825,900원 합계 144,865,200원(가산세 49,948,380원 포함)을 2007.10.10. 청구인에게 부과고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2008.1.2. 서울특별시장에게 이의신청을 하고, 서울특별시장은 2008.3.17. 이를 기각하는 결정을 한 다음, 2008.3.18.그 결정서를 청구인에게 송달하였다. 라.청구인은 이에 불복하여 2008.6.13. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 당초 “OOOOO 주식회사”라는 상호로 서울특별시 OOO OOO OOOOO번지에 본점을 두고, 자본금을 5,000만원으로, 대표이사를 이OO으로, 목적을 가정용구 및 생활용품 유통업 등으로 하여 1996.7.19. 설립하였으나, 설립 후 1년여 만에 자금사정 악화로 더 이상 사업을 영위할 수 없어 휴면상태가 되었고, 이후 상법 제520조의2의 규정에 따라 2001.12.4. 법원의 직권에 의하여 해산등기 처리되었다.

(2) 2003년 말 청구외 안OO은 평소 알고 지내던 청구인 설립당시 대주주인 청구외 최OO의 주선으로 2003.10.28. 청구인의 주식 100%를 양수한 다음, 상호를 (주)OOOOOOOOOOO(2006.12.27. 현재의 상호로 변경)로, 대표이사를 안OO으로, 본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOOOOOO OOOOOO O층으로 각각 변경하고,기존의 목적사업에 “부동산분양 및 임대업”을 추가한 후, 2004.8.21. 이 건 부동산을 취득하고 2004.8.23. 그 취득가액에 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 및 지방교육세를 신고납부하고 소유권이전등기를 경료하였다. (3)그런데, 지방세법 제138조제1항제3호 및 지방세법시행령 제102조제2항에서는 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여 중과세율을 적용하는 것으로 규정하고 있고, 위 규정에서 법인의 설립시기에관하여 따로 규정하고 있지 않으나, 행정자치부 예규(세정13407-2941995.3.24., 세정-1494 2004.6.8., 세정-2485 2005.9.5., 세정-3783 2005.11.16.)에서는 “법인의 설립일”은 “법인설립 등기일”을 의미하고,휴면법인을 인수한 경우라도 법인의 설립일은 법인설립 등기일을 기준으로 판단한다고 일관되게 유권해석을 하였으므로 이는 해당 납세자에게 매우 구체적이고 실질적인 행정규범이 되었다. (4)지방세법 제138조의 규정은 수도권의 인구와 경제집중을 억제하기 위한 정책적 목적으로 입법된 것으로 법인의 설립시기에 관하여 조세법률주의와 법적 안정성을 기하려 하였다면, 위 규정이 입법된 이래 구체적으로 보완할 수 있는 충분한 시간이 있었음에도 현재까지 명확히 규정하지 않은 점을 감안할 때 상법에서 정한 회사의 성립시기와 법인격 상실규정을 준용하여 회사의 동일성 여부를 판단하여야 하고, 그 동안 행정자치부의 유권해석에 근거하여 우발채무와 거래위험이 없는 휴먼법인을 인수해서 부동산을 취득하는 것이 이윤추구가 최대목적인 기업으로서는 합법적인 절세기법으로 일반적으로 활용되는 불가피한 현실이 있었으므로 2006.5.23. 휴면법인의 인수일을 변경법인의 실질적인 법인인수일로 본다는 취지의 예규변경이 있기 이전에는 이를 조세회피의 목적이 있었다고 판단할 수 없다 할 것이고,위 유권해석의 변경이 법적 강제성이 없다 하더라도 새로이 납세자에게 불리한 과세정책으로 변경하려면 발효된 이후부터 적용하는 것이 납세자에 대한 최소한의 배려라고 할 것임에도 이제 와서 등록세를 중과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되고, 조세징수에 치우친 과세행정이라 할 것이므로 이 건 등록세 등의 중과세분을 취소되어야 한다.

• 나. 서울특별시장의견 (1)구 지방세법 제131조제1항의 규정에 의하여 등록세를 중과세하는 취지는 인구와 경제력의 대도시집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 정책목표를 달성하기 위하여 인구와 경제력의 집중효과를 초래하는 법인에 대하여 대도시내에서의 신설을 억제하려는 데 그 목적이 있다 할 것(같은 취지 헌법재판소 1998.2.27. 선고 97헌바79 판결 참조)이고, 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서의 ‘대도시내에서의 법인의 설립’에서의 ‘설립’을 반드시 등기형식에 있어서 ‘설립등기’가 있는 경우에만 한정하지 않고 청구인의 경우와 같이 비록 ‘변경등기’의 형식을 취하였지만 ‘회사의 설립등기와 같은 것으로 볼 수 있는 등기’가 있는 경우도 포함하는 것으로 본다고 하여 이를 실질과세의 원칙에 위배된다고 할 수는 없다(같은 취지 서울행정법원 2007.4.26. 선고, 2006구합37271 판결)할 것이다. (2)외형상 법인의 형식을 갖추고 있으나 법인의 형태를 빌리는 것에 불과하고 그 실질에 있어서는 완전히 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인기업에 불과하거나 그것이 배후자에 대한 법률적용을 회피할 수단으로 함부로 쓰여지는 경우 즉, 법인격을 남용하는 경우라면 이는 신의성실의 원칙에 위반되는 법인격의 남용으로서 심히 정의와 형평에 반하여 허용될 수 없다(대법원판례 2001.1.19. 선고 97다21604 판결) 할 것이며, 법인의 인수와 그 이후의 완전한 인적, 물적 조직변경을 실질적인 설립행위로 파악하는 것은 지방세법 제138조제1항의 문리해석상 가능한 것으로서 그와 같은 해석이 조세법률주의에 위반되지 않는다고 할 것이다(서울고등법원 2007.12.4. 선고 2007누12691 판결). (4)청구인은 해산으로 말소등기 되고, 휴면상태에 있던 종전법인을 2004.1.9. 계속등기한 후, 법인명 변경등기를 하고, 새로운 목적사업을 추가하고, 그 외 본점소재지, 대표이사를 포함한 임원 등을 모두 변경한 사실이 있고, 2004.3.1.을 개업연월일로 하는 사업자등록을 한 사실 등으로 보아, 청구인은 종전법인의 법인격이 부인되는 것으로 종전법인과 동일성을 인정할 수 없을 뿐만 아니라 신의성실의 원칙에 위반되는 법인격의 남용으로서 종전법인을 승계하였다고 볼 수 없다 하겠고, 해산등기가 경료되어 사실상 휴면상태에 있던 종전법인에 대하여 그 공부상의 법인격만을 승계하였을 뿐 종전법인과는 경제적 실질을 달리하고 있다 할 것으로서회사계속등기일인 2004.1.9. 실질적으로 새로운 법인이 설립된 것이라 할 것이므로 처분청이청구인을회사계속등기일에새로운 법인이 신설된 것으로 보아 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된지 5년 이상 된 법인을 인수하여 회사계속등기, 대표이사, 상호 등 변경등기를 하고 부동산을 취득 등기한 경우, 인수일을 법인설립일로 보아 이로부터 5년 이내 취득 등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세(일반세율의 3배)하는 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법 제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제138조(대도시 지역내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.(단서 생략)

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (2)지방세법시행령 제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며,"그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. (3)상법 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 제517조(해산사유) 주식회사는 다음의 사유로 해산한다.

2. 주주총회의 의결 제519조 (회사의 계속) 회사가 존립기간의 만료 기타 정관에 정한 사유의 발생 또는 주주총회의 결의에 의하여 해산한 경우에는 제434조의 규정에 의한 결의로 회사를 계속할 수 있다. 제520조의2 (휴면회사의 해산) ①법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로써 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외 OOOOO 주식회사는 1996.7.19. 본점은 서울특별시 OOO OOO OOOOOOO(OOOO)로 설립된 후, 2001.12.5. 상법 제520조의2제1항의 규정에 의하여 해산등기되고, 1997.9.10. 폐업(사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO, 개업일 1996.7.25.) 되었으나, 2004.1.9. 회사계속 등기를 하고, 상호를 주식회사 OOOOOOOOOOO(2005.11.17. ‘주식회사 OOOOOOOO’, 2007.1.3. ‘주식회사 OOOOOOO’로 변경)로, 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOOOOOO OOOOOO O층으로, 대표이사를 이OO으로, 이사를 안OO으로, 감사를 김OO로 하여 취임등기를 하고, 목적사업을 가정용공구 및 생활용품 수출입업 및 도매업에서 부동산 임대 및 분양업, 주택건설업, 공동주택 관리업 등으로 하는 변경등기를 하였다.

(2) 청구인은 2004.3.10. 사업자등록(대표자: 안OO, 사업장소재지: 서울특별시 OOO OO OOOOOOO OOOO OOOO, 개업일: 2004.3.1., 업태: 부동산업, 도매, 종목: 임대, 중장비, 무역)을 한 다음, 2004.8.21. 이 건 부동산을 매매로 취득등기하면서 일반세율에 의한 등록세를 신고납부하고 2004.8.23. 소유권이전등기를 경료하였다. (3)이에 대하여 처분청은 청구인이 2001.12.5. 해산등기되어 휴면상태에 있던 종전법인을 인수하여 법인의 대표자, 임원, 상호, 본점소재지 등을 모두 변경하였으므로 이는 실질적으로 대도시내에서 법인이 신설된 것으로 보아 이 건 등록세 등의 부과처분을 한 사실을 제출된 관련 증빙자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점에 대하여 본다. (가)지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시내에서의 법인의 설립”이란 설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는 법인의 실질적인 설립행위를 포함하는 것으로 해석할 수 있고, 지방세법 제138조제1항제2호에서도 대도시 외의 법인이 대도시 내로의 법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고 규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다 법인의 실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연스럽다 할 것이다. (나)지방세법 제138조에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의2제2항제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는바, 위 규정은 부동산 취득·등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는 사업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를 판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에 없다고 할 것이고, 세법의 규율대상인 경제현상이 다양하고 끊임없이 변화함에 비추어 입법기술상 어느 정도 다의적인 개념의 사용과 그에 대한 해석행위는 과세에 불가피한 것이며, 법 제138조의 입법취지를 고려하면 위 설립에는 설립등기 없이 실질적인 설립행위만이 있는 경우도 포함된다고 해석함이 상당하고, 위와 같은 해석이 조세법률주의에 위반되는 확장해석 내지 유추해석이라고는 보이지 아니하는 것(서울고등법원 2007.12.4. 선고 2007누12691 참조)으로 보아야 할 것이다. (다) 그런데,청구인은 2004.1.9. 종전법인을 인수하여 상호, 본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 변경하고, 개업연월일을 2004.3.1.로 하여 사업자등록을 한 사실을 볼 때, 청구인이 회사 설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써 종전법인과 청구인 사이에는 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고, 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이를 찾을 수 없으므로 종전법인의 변경등기를 한 날인 2004.1.9. 청구인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바, 청구인이 이날부터 5년 이내인 2004.8.21. 이 건 부동산을 취득하여 소유권이전등기를 필한 것은 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을 등기한 것에 해당한다 할 것이다. (라)구 행정자치부 유권해석은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 발할 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심판기관 등에 의하여 달리 내려질 수 있는 것일 뿐만 아니라 구 행정자치부장관과 처분청이 청구인에게 이에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로 이를 조세법률주의의 원칙에 어긋날 뿐만 아니라 법적 안정성과 거래의 안전을 해치는 것이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다할 것이다.

(3) 따라서, 처분청이 이 건 부동산의 취득등기를 지방세법 제138제1항 소정의 등기에 해당되는 것으로 보아 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 10월 15일