등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구인은 2006.1.10. 경기도 부천시 오정구 OO동 48-213번지외 2필지 토지 1,984㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 동 지상건축물 1,429.92㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 구 지방세법(2006.12.30.법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 단서및 같은 법 시행령 제101조 제1항에서 대도시내 등록세 중과세제외 대상으로 규정하고 있는 도시형공장을 영위하기 위한 업종으로하여 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 처분청에 신고납부하였다. 나.처분청은 2007년도 12월 세무조사결과,청구인이 2006.5.26. 이 건 부동산을 매도한 사실을 확인하고이 건 부동산의 취득가액 1,860,000,000원을과세표준으로하고지방세법제138조제1항의중과세율을적용하여산출한세액에서기 신고납부한 등록세 등을 차감한등록세 104,100,480원,지방교육세19,322,090원, 합계 123,432,570원(가산세 포함)을 2008.4.15.청구인에게 부과고지하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.6.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 1)청구인은이 건 부동산 중 건축물을 증·개축하여 청구인의 목적사업에사용하는 것을 전제로 이 건 부동산을 취득하여 취득즉시 증개축 절차에착수하여 처분청으로부터 정당하게 건축허가를 받고 증축설계도에따라 증축공사를 하는 등 이 건 부동산을 목적사업에 사용하기 위하여모든노력을 다하던 중, 하수관로 매설불가라는 예상치 못한 장애요인이발생하였으나 하수관로를 매설하기 위하여 타인소유의 토지를 파헤칠 수도 없었을 뿐만 아니라 기존의 건축물을 철거하여하수관을 매설하거나,타인의 토지를 우회하여 하수관을 매설할경제적여력도 없어 더 이상 증축공사를 진행하지 못하여 부득이하게 이 건 부동산을주식회사 OOOO(이하 “이 건 쟁점법인”이라 한다)에게 매도한 것이다. 2)대도시내 지역의 부동산등기 등록세 중과규정의 목적이 인구와 경제력의 대도시 집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선함과 동시에 지역간의 균형발전 내지는 지역경제 활성화 도모에 있다(헌법재판소 94헌바42, ‘96.3.28)면 청구인이 부득이하게 이 건 부동산을 매도한즉시 이 건 부동산의 인근에 소재한부동산을 취득하여 새로이공장용건축물을 신축하여 등록세 중과세 제외대상인 청구인의 목적사업에사용하고 있으므로 청구인의 대도시지역 전입은 인구 등의 대도시 집중을 초래하지 아니하는 등 중과세 목적 어디에도 해당되지 아니함에도 처분청에서 이 건 건축물에 대한 건축허가에 대하여는 전혀 책임을 지지아니하고 청구인이 이 건 부동산을 매도한 사실만으로 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하므로취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제138조 제1항 제3호 단서에서 등록세 중과세 예외의 경우로규정하고있는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하고, 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라개별적으로 판단하여야 하겠는 바(같은 취지의 대법원 판결 2001두229, 2002.9.4.선고)청구인의 경우, 이 건 부동산 취득 시 증축에 따른 하수관 매설공사에대하여사전에 청구인의 책임 하에 면밀히 검토하여 추진하였어야함에도 이를 소홀히 한 것은 그 책임이 청구인에게 있는 것이므로청구인에게 지방세법 제138조 제1항 제3호의등록세 중과세율을적용하여산출한 등록세 등을 부과고지 한 처분은 잘 못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 등록세 중과세 제외대상인 도시형업종을 영위하기 위하여 취득등기한 부동산을 2년 이상 당해 업종에 직접사용하지 아니하고 매각한 경우등록세 등을중과세한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 (1)구 지방세법(2006.12.30.법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제138조(대도시 지역내 법인등기 등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (2)구지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제101조(대도시내 법인중과세의 예외)

① 법 제138조제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

19. 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화사업으로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제34조제1호의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. 제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의설치및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.8.12. 본점소재지를 경기도 부천시 오정구 OO동 203-6번지로, 목적사업을 금형제조업 등으로 하여 설립되었고, 2006.1.10. 이 건 부동산을 취득하여 일반세율로 산출한 등록세 등을 신고납부한 후 등기를 필하였으며, 2006.2.15. 처분청으로부터 이 건부동산에 대한 증축허가(OOOOOO-OOOO, 2006.2.15)를 받았고, 2006.5.26.이 건 부동산을 이 건 쟁점법인에게 매각하였으며, 2006.9.13.경기도 부천시 오정구 OO동 203-6번지 공장용지 1,209.1㎡를 취득하여,2007.5.9. 동 지상에 공장용 건축물 1,800㎡를 신축한 후, 처분청으로부터 사용승인을 받았고,2007.4.30. 이 건 쟁점법인은 이 건 토지상에 공장용 건축물 5,225.22㎡(이하 “이 건 공장용 건축물”이라 한다)를 신축하여 처분청으로부터 사용승인을 받은 사실을 알 수있다.

(2) 구지방세법 제138조 제1항 및 같은 법 시행령 제101조 제1항제19호에서중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한협동화사업으로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제34조 제1호의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업에대하여는 등록세 중과세 제외업종으로 하되, 같은 법 시행령 제2항에서정당한 사유 없이 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지아니하고 매각하는 경우는 등록세를 중과세한다고 규정하고 있다.

(3) 동 규정에서 “정당한 사유”라 함은법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야할 것(같은 취지의 대법원 2001두229, 2002.9.4.선고)으로판단된다. (4)청구인의 경우,2001.8.12. 법인을 설립한 후, 그로부터 5년 이내인2006.1.10. 이 건 부동산을 취득하여 구 지방세법 시행령제101조 제1항 제19호에서 규정하고 있는 도시형공장으로 하여 일반세율로 산출한 등록세를 신고납부 하였으나, 이 건 부동산을 당해사업에2년 이상 직접사용하지 아니하고2006.5.26. 이 건 쟁점법인에매각한 사실이이 건 부동산의 등기부등본 등에서 입증되고,이 건 쟁점법인이 이 건 부동산을 청구인으로부터 매수하여2007.4.30. 이 건 공장용건축물을 신축하여 사용승인을 받은 사실 등을 미루어 보면 이 건 건축물의 건축(증축)허가에 대하여 처분청의 귀책사유가 있었다고 보기 어려울 뿐만 아니라 청구인이 이 건 건축물의 증축공사를 계속하지 못하고 매각한 것은 법령상의 제한 등의 불가항력적인 외부요인에 의한 것이 아니라 공사를 계속할 경우 자금사정 등과 같은 청구인의 내부적인 사정에 기인한 것으로 보여지는 바, 이러한 사정을 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어려우므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고판단된다. 따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.