면제한 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부

[주 문]

1. 처분청이 2008.4.16 청구인 소유의 경상남도 OO시 OO면 O리 395-1번지외 33필지 토지 33,196㎡에 대하여 한 취득세 87,594,070원, 농어촌특별세 6,689,820원, 등록세 43,797,000원, 지방교육세 8,151,660원, 합계 146,232,050원의 부과처분중 토지 17,152㎡에 해당하는 부분은 이를 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 조선사업용 등의 각종 기자재 생산, 구매, 판매, 보관업, 중장비 임대 및 유지관리업, 창고운영업 등을 목적사업으로 2005.5.26 경상남도 OO시 OO면 O리 1608-2번지에 창업중소기업(법인)을 설립한 후 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 2005.11.5～2005.11.18까지 경상남도 OO시 OO면 O리 395-1 번지외 33필지 전·답 33,196㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 2005.11.10 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항 규정에 따라 취득세 60,816,600원, 농어촌특별세 6,081,660원, 등록세 30,408,300원, 지방교육세 6,081,660원, 합계 103,388,220원을 면제받았다.
• 나. 경상남도지사가 2008.1.21 이 건 토지를 고유목적에 사용하고 있는지 여부를 점검한 결과, 이 건 토지 중 16,044㎡는 2006.1.1 청구외 OOOO해양주식회사와 OOOO주식회사가 청구인으로부터 임차하여 사용하고 있고, 잔여토지 17,152㎡는 토지취득 후 2년이 경과하도록 청구인의 목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 2008.4.16 기면제한 취득세 87,594,070원, 농어촌특별세 6,689,820원, 등록세 43,797,000원, 지방교육세 8,151,660원, 합계 146,232,050원(가산세 포함)을 부과고지하자 2008.4.30 납부하였다.
• 다. 청구인은이에 불복하여 2008.6.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 ⑴이 건 토지를 취득한 후 부지조성공사를 완료하고 물류창고 신축을 위한 도급계약을 체결하는 등 목적사업에 사용하기 위한 준비를 하던 중 2006.OOOOO 구건설교통부고시(제OOOOOOOO호)에 의하여 이 건 토지가 OOOOOOOO개발계획변경지구 편입토지로 지정됨에 따라 건축물의 신축허가가 제한되어 조성된 부지위에 가설건축물을 물류창고로 사용하여 오던 중 OOOO산업단지 개발계획 추진으로 더 이상 취득목적대로 사용할수 없다고 판단하여 2008.1.17까지 사용승인을 받은 물류창고를 해체하고 2007.8월에 다른 곳으로 이전하였고,경상남도지사의 일제점검일인 2008.1.21 당시는 축조하여 사용하던 물류창고를 다른 곳으로 이전한 상태에서 현장확인을 한 후 물류창고가 없었다는 이유로이 건 토지를 취득한 후 2년 이내에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 정당한 사유를 고려하지 않은 부당한 처분이며, ⑵ OOOOOO개발계획 변경지구로 편입됨에 따라 부득이2006.1.1이 건 토지총 면적 33,196㎡중 16,044㎡는물류창고에 영향을 미치지 않는 범위내에서일시적(2006.12.31까지 1년간)으로 OOOO해양주식회사와 OOOO주식회사에임대한 것이므로 이 또한이 건 토지를 취득한 후 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는 것이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 및 경상남도지사의 의견 ⑴청구인은 이 건 토지를 취득한 후 당해 사업에 직접 사용하였다고 주장하고 있으나, 타인의 물품보관에 따른 수수료 또는 계약서 등에서 창고업을 영위했다는 입증자료가 없고, 청구외 OO면 O리 1592번지로 물류창고를 이전했다는 가설건축물 축조신고필증에는 공사용 임시창고로 되어 있는 점과, 이 건 토지를 취득하여 감면신청하면서 제출한 물류사업계획서의 배치도에는 내자창고와 블록, 시설재 등의 적치장으로 계획하고 있으며, 처분청에서 확인한 2008.1.21 당시에는 창고시설은 없이 OOOO해양주식회사 등이 생산한 선박블록 적치장으로 사용하고 있음이 처분청의 과세예고에서 확인되고 있고, 청구인의 2006년과 2007년 손익계산서를 보면 영업이익의 매출액은 장비임대수입과 용역대행수입으로, 영업외수익은 수입임대료 등으로 각각 구성되어 있는 점 등을 종합해볼 때, 감면신청사유인 창고업과는 무관하게 부동산임대를 주된사업으로 하였다 할 것이고, ⑵ 또한, 청구인은 이 건 토지를 취득한 후 OOOOOO개발계획 때문에 더 이상 취득목적대로 사용할 수 없었으므로 이는 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으나, 이 건 토지의 전소유자인 청구외 정OO은 OOOOOOOO개발계획사업시행자로서 이 건 토지를 수용하여야 할 청구외 OOOO주식회사의 대표이사이고, 2006.6.1부터 청구외 OOOO주식회사에게 이 건 토지 중 4,000평을 임대한 사실과 이 건 토지를 취득하기 시작한 2005.11.5 이후인 2006.6.21 청구외 OOOO주식회사는 구건설교통부장관에게 이 건 토지 편입을 내용으로 하는 OOOOOOOO지정(변경)승인 및 사업시행자 지정신청서를 경상남도지사를 통하여 제출한 사실을 볼 때, 이 건 토지가 산업단지로 편입된다는 사실을 알고 있었다 할 것이고, ⑶ 산업입지및개발에관한법률 제12조제1항에서 산업단지안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 물건을 쌓아놓는 행위 등 대통령령이 정하는 행위를 하고자 하는 자는 특별시장·광역시장·시장 또는 군수 등의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있음에도 건축허가 신청 등 창고업을 영위하기 위한 진지한 노력을 다했다고 인정할 만한 근거가 없으므로 이는 정당한 사유에 해당되지 않는다 할 것이며, ⑷ 2006.1.1 청구인과 OOOO해양주식회사간 체결한 부동산 임대차계약서에서 이 건 토지 중 1,000평을 2006.1.1～2006.12.31(1년)으로 하여 월임대료 6,000,000원을 매월말일 지급하도록 하고 있고, 같은 날 OOOO주식회사와 체결한 부동산 임대차계약서에서 이 건 토지 중 4,000평을 2006.1.1～2006.12.31(1년)으로 하여 월임대료 24,000,000원을 매월말일 지급하도록 하고 있는 것이 확인되고 있는 이상, 비록 물류창고 건축에 영향을 미치지 않는 범위내에서 일시적으로 임대하였다 하더라도 이는 이 건 토지를 청구인의 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청에서 기면제한 이 건 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 부동산을 취득하여 취득세 등을 면제받은 후 부지조성공사 및 가설건축물 등을 축조하여 사용하던 중 OOOOOO 개발사업지구에 편입되어 사용하지 못한 경우최초사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 ⑴ 조세특례제한법(2007. 12. 31 법률 제8827호로 개정되기 전의 것)제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 “엔지니어링사업”이라 한다), 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다), 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를 제외한다), 관광진흥법에 의한 관광숙박업ㆍ대통령령이 정하는 관광객이용시설업ㆍ국제회의업ㆍ유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업, 무역거래기반조성에관한법률에 의한 무역전시산업, 학원의설립·운영및과외교습에관한법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하는 중소기업으로 한다. ⑵ 조세특례제한법(2007. 12. 31.법률제8827호로 개정되기 전의 것) 제119조(등록세의 면제 등)③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 ⑶ 조세특례제한법(2007. 12. 31.법률제8827호로 개정되기 전의 것) 제120조 (취득세의 면제 등)③ 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. ⑷ 조세특례제한법시행령 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)⑧ 법 제6조제3항에서 "대통령령이 정하는 물류산업"이라 함은 운송업 중 화물운송업, 화물취급업, 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송주선업, 화물포장업, 화물검수서비스업, 화물형량서비스업 및 항만법에 의한 예선업과 기타 산업용 기계장비임대업 중 파렛트임대업(이하 "물류산업"이라 한다)을 말한다. ⑸ 중소기업창업지원법시행령 제2조 (창업의 범위) ② 제1항 각 호에 따른 같은 종류의 사업의 범위는 통계법 제22조제1항에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)상의 세분류를 기준으로 한다. ※ 한국표준산업분류 (통계청 고시 제2007-53호) ⑹ 보관 및 창고업: 수수료 또는 계약에 의하여 타인 또는 타 사업체의 기구, 자동차, 목재, 가스 및 석유, 화학물질, 섬유, 곡물, 냉동물, 식품 및 농산물 등 각종 물품의 보관설비를 운영하는 산업활동을 말한다. 물품보관과 관련된 분류, 선별 등 물류업무를 수행 할 수도 있다. (제외: 주차시설 운영, 수화물 임시보관소)

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 청구인은 청구인의 목적사업인 기계장비 임대와 보관 및 창고업에 사용하기 위하여2005.11.5부터 2005.11.8까지 이 건 토지를 취득한 후 물류센터(창고)시설부지 조성을 위하여 2005.8.24 처분청으로부터 개발행위허가(OOO OOOO과-OOOO)를 받으면서 2005.9.7～2005.10.31까지를 공사기간으로 하고 계약금액을 6억원으로 하여 OOOO주식회사와 부지조성공사계약을 체결한 후 공사가 완료됨에 따라 2005.9.30과 2005.11.5 2차례에 걸쳐 이에 대한 공사대금 699,710,000원(부가가치세 포함)을 지급한 사실이 OOOO주식회사에서 발행한 세금계산서에서 확인되고 있으므로 사실상 물류부지를 조성한 사실이 인정되고 있고, ⑵ 이 건 심판청구를 하면서 제출한거래명세서 및 납부내역서 등에 입·출고 확인서명이되어 있는 청구인 소속 근로자 4명(박OO 7OOOOO,정OO 8OOOOO 외 2명, 이하 “근로자”라 한다)이 이 건 토지상의 가설건축물 내에서 조선기자재 등 물류의 입·출고 관리를 하였는지 여부를 확인하기 위하여 OO세무서장에게 자료협조 요청(조세심판원 조사관-OOOO,OOOOOOOOOO)에 대한 회신(세원관리과-OOOO, OOOOOOOOOO)에서 ⑶ 동근로자중 박OO는 2006.1.1～2006.12.31까지,박OO은 2006.6.8～2006.12.31까지, 김OO은 2006.10.10～2006.12.31까지, 정OO은 2007.5.7～2007.12.31까지 청구인으로부터 급료를 지급받고 근로소득세를 원천징수한 것으로 확인되고 있고, 청구인이 제출한 이 건 근로자에 대한 경력증명서를 보면, 박OO는 2005.12.19～현재,박OO은 2006.6.8～현재, 김OO은 2006.10.10～현재, 정OO은 2007.5.7～현재까지 근무하고 있다고 제출한 경력증명서와 일치되는 것으로 미루어 보아 청구인은이 건 토지를 취득한 후 물류부지조성공사를 완료한 다음 가설건축물을 신축하여 물류업을 영위하고 있었다 할 것이며, ⑷ 또한, 이 건 토지는 기존에 지정되어 있던 OOOOOOOO 개발계획 면적에 포함되어 있지 않았으나 2006.OOOOO 면적변경 과 함께 개발기간을 2006.12.31부터 2007.10.31까지로 하는 변경고시(구건설교통부 제2006-OOO호, 2006.OOOOO)가 되면서 이 건 토지33,197㎡ 전체가 OOOOOOOO개발사업시행면적에 포함됨에 따라 물류부지조성공사가 완료된 이 건 토지상에 2007.1.25 신축한 창고 2동을 2007.8월 해체하고 경남 OO시 OO면 O리 1592번지로 이전하여 임시창고 1,838.31㎡를 축조한 후 조선기자재 등의 물류를보관·관리하는 업무를 계속 하고 있는 것을 보면, 이 건 토지를 취득한 후 고유목적에 사용하다가 OOOOOO내에 편입됨에 따라 고유목적사업에 사용하지 못하는 것으로 보아야 하기 때문에 이는 조세특례제한법 제119조 및 제120조에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당된다고 판단된다. ⑸ 다만,2006.1.1이 건 토지중 2006.1.1부터 2006.12.31 까지 1년간OOOO해양주식회사와OOOO주식회사에 16,044㎡를임대하면서 평당 5,000원을 받기로 하는 임대계약서가 있고, 청구인도 이를 인정하고 있는 점 등을 볼 때,이 건 토지총 면적 33,197㎡중 OOOO해양주식회사와 OOOO주식회사에 임대한16,044㎡는취득한 후 2년 이내에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용한 것으로 보아야 할 것이므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장에 일부 이유가 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.