등록세를 3배 중과세 한 것이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2008.9.10. 청구인에게 한 등록세 101,751,200원, 지방교육세 18,846,240원, 합계 121,597,440원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구인은 1997.10.28. 목재, 합판제조 및 도·소매업 등을 목적사업으로 하고,본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOO번지로 하여 설립된청구외 OOOO 주식회사(이하 “청구외 종전법인”이라 한다)가 2003.12.3.상법 제520조의2제1항규정에 의하여 해산으로 말소등기 되었으나,2003.12.26.회사계속등기를 필하고, 같은 날 상호와목적사업을 부동산 임대업 등으로 변경등기한후,2007.8.21.주식회사에서 유한회사로 조직변경에 따른 법인설립등기(이하 “이 건 조직변경등기”라 한다)를 하면서, 같은 날일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 51,120,000원을 처분청에 신고납부 하였다. 나.처분청은 사실상 청구인의 설립일을 회사계속등기일인 2003.12.26.로 보고, 이로부터 5년 이내에 조직변경에 따른 법인설립등기를 한 것으로보아 청구인의 총자본금 10,650,000,000원을과세표준으로하고지방세법제138조제1항제1호의중과세율을적용하여산출한세액에서 기 신고납부한 등록세 등을 차감한등록세 102,751,200원,지방교육세18,846,240원 합계 121,597,440원(가산세 포함)을2007.9.10. 청구인에게 부과고지하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.30. 이의신청을 하여 2008.1.21. 이의신청 결정기관인 서울특별시장으로부터 기각결정을 받고,2008.4.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 해산간주 된 상태에 있던회사가 새로운 자본의 유입에 따라 인적·물적요소를 전면적으로 변경하여 영업활동을 하는 경우에도 종전의 회사와 변경된 회사 간에 동일성이 상실되었다고 볼 수는 없는 바,지방세법제138조제1항에서 규정하고 있는 법인의 설립은 상법에서 규정한 설립등기일로 보아야 하므로청구인의 법인설립일은 청구외 종전법인의 설립등기일인 1997.10.28.이며,2007.8.21. 청구인이 법인의 목적사업, 본점 및 임원 등에 대한 변경 없이단지 회사의형태만을 주식회사에서 유한회사로 변경한 것이므로 법인의 동일성이유지되었음에도 처분청이 이 건 조직변경 등기를 지방세법제138조제1항제1호에서 규정하고 있는 법인설립등기로보아 이 건 등록세 등을 중과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여해산 등기된 청구외 종전법인을2003.12.26.회사 계속등기를 하고 같은날상호와 본점, 목적사업, 임원 등을 변경한 사실 등을 볼때, 이는 청구외 종전법인과는 경제적 실질을 달리하고 있는 것으로서 회사계속 등기일이청구인이 실질적으로 설립된 날이라 할 것이므로 이로부터 5년 이내에 이루어진 이 건 조직변경등기는지방세법 제138조제1항제1호에서 등록세 중과세 대상으로 규정하고 있는법인설립등기에 해당하므로 이 건 등록세 등을 중과세 한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된 지 5년 이상 된 휴면법인을 인수한 후, 회사 계속등기 및 상호 등을 변경 등기한 주식회사가 회사계속등기일로부터 5년 이내에 유한회사로 조직변경 등기한 경우, 총자본금에 대하여 등록세를 3배 중과세 한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법 제124조(납세의무자)등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. (2)지방세법제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 (3)상법 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. (4)상법제434조(정관변경의 특별결의)제433조제1항의 결의는 출석한 주주의의결권의 3분의 2 이상의 수와발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써하여야 한다. (5)상법 제520조의2(휴면회사의 해산) ① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외 종전법인은 1997.10.28. 본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOO번지로, 목적사업을 목재, 합판 제조 및 도·소매업, 싱크대, 가구 제조 및 도·소매업, 건축자재 판매 및 유통업, 건설업, 부동산 매매 및 임대업, 환경사업, 폐기물 재활용사업, 폐기물 재활용기기 제작 및 판매업, 수출입업, 각호 부대사업으로 하여 설립되었고, 2003.12.3.상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산되었으며,2003.12.26. 회사 계속등기를 필하고, 같은 날 상호를 주식회사 OOOOOOOOOO로, 본점소재지를OOOOO OOO OOOO OOOOOOOO OO OOO호로, 목적사업을 부동산 임대업 및 부동산 관리, 운용업 등으로 변경하고, 대표이사 등 임원진 전부를 변경한 후, 2003.12.29. 사업개시일을 2003.12.26.로, 업종을 부동산관리, 임대업으로하여 사업자등록을 하였으며,2003.12.31. 및 2004.1.28. 각각 증자(2,100,000,000원 및 8,500,000,000원)등기를 하였고,2007.8.21. 주식회사 OOOOOOOOOO를 유한회사 OOOOOOOOOO로 조직변경하여 설립등기를 필하였고, 자본금이 10,650,000,000원으로 조직변경전과 동일한 사실을알 수 있다. (2)청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기 된청구외 종전법인을2003.12.26.회사계속등기를 하고, 같은날 상호,본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하고,2003.12.26.을사업개시일로 하여사업자등록을한 사실을볼 때,비록, 청구인이 회사설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써당초 청구외 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 청구외종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써청구외 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런차이를 찾을 수 없으므로청구외 종전법인의 회사계속 등기를 한 날인2003.12.26.청구인의 실질적인 설립행위가 있었다고판단된다.

(3) 지방세법 제138조제1항제1호에서대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을증가하는 경우를 포함한다)등기에대하여 등록세를 중과세 한다고 규정하고 있고, 이 건 조직변경 등기의 경우2007.8.21. 회사형태를 주식회사에서 유한회사로 변경하면서 법인설립등기의 형식을 갖추었으나, 이 건 조직변경등기는 변경전 법인의 본점, 목적사업, 임원 및 자본금 등의 변경 없이 단순히 회사의 형태만을 주식회사에서 유한회사로 변경한 것에 불과한 것으로 보여지는 바,청구인의 법인설립은청구외 종전법인을 회사계속등기 한2003.12.26.에 이루어졌다고 보아야하므로 이로부터 5년 이내에 자본금을 증가한 2003.12.31.의 증자(2,100,000,000원)등기와 2004.1.28.의 증자(8,500,000,000원)등기에 대한 등록세 등은중과세 대상이라하겠으나, 이 건 조직변경등기에 따른 법인설립은지방세법 제138조제1항제1호에서 등록세 중과세대상으로 규정하고 있는 대도시내에서의 법인의 설립에 해당되지 아니한다 할 것임에도 처분청에서 이 건 조직변경등기가청구인의 실질적 법인설립일인 회사계속등기일로부터 5년이내에 이루어졌다하여청구인의 총자본금10,650,000,000원에 대하여 등록세 등을 중과세한 것은 잘못이 있는 것으로판단된다. 따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 10월 27일