창업중소기업이 사업용 부동산을 취득후 사업에 2년간 사용하지 아니하고 매각한 경우 기 과세면제 한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2008.9.10. 청구인에게 한 취득세 3,720,000원, 농어촌특별세 341,000원, 등록세 5,580,000원, 지방교육세 1,023,000원, 합계 10,664,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구인은2004.11.16. OOOO OOO OOO OO OOOOO번지소재 공장용 건축물 344㎡(부속토지 941㎡를 포함하여, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득·등기한데 대하여구 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 및 같은 법 제120조에서 규정하고 있는창업중소기업의 사업용 재산으로 하여 취득세 등을 과세면제 받았다.

• 나. 처분청은 2007년도 세무조사결과, 청구인이 이 건 부동산을 정당한 사유 없이 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 2006.11.27. 매각한 사실을 확인하고, 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항의 규정에 의하여 이 건 부동산의 취득가액 155,000,000원을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,720,000원, 농어촌특별세 341,000원, 등록세 5,580,000원, 지방교육세 1,023,000원, 합계 10,664,000원(가산세 포함)을 2007.9.10. 청구인에게 부과고지 하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2007.11.26. 이의신청을 하였으나, 2008.2.20. 이의신청 결정기관인 경상북도지사로부터 기각결정을 받고,2008.3.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 2004.9.16. 자동차부품 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 본점을 이 건 부동산 소재지로 하여 2004.10.6. 경주세무서장에게 사업자 등록을 하고, 2004.11.16. 이 건 부동산을 취득한 다음, 같은 날 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의하여 이 건 취득세 등을 과세면제 받고, 목적사업을 영위하였으나, 계속되는 경기불황과 입찰실패 등의 사유로 가동율이 점차 하락함에 따라 영업을 계속할 수 없어 폐업을 준비하던 중 광통신분야의 제품을 조립하여 생산할 수 있는 기회가 생겨 통신부품이 밀집한 OOO OOO OOO OOOOOOO OOOO OOO로 사업장을 이전함에 따라 2006.11.27. 이 건 부동산을 매각하게 된 것임에도처분청에서는 취득일로부터 2년 이상 공장용으로 사용하지 아니하고 전력사용량에서 확인되는 1년 9개월만 공장으로 사용하였다는 사유로 기 과세면제 한 이 건 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 구 조세특례제한법 제109조제3항 및 제120조제3항에서 창업중소기업용 부동산은 취득일로부터 2년 이상 당해사업에 직접사용 하도록 규정하고 있지만, 청구인은 이 건 부동산 취득일로부터 1년 9개월 사용 후, 공장가동을 중단한 사실을 한국전력공사의 청구인 월별전력사용량 회신공문등에서 알 수 있으며, 수주처와 입찰실패 및 부품개발 지연 등은 청구인의 내부사정에 불과한 바,청구인이 이 건 부동산을 2년간당해사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고도 볼 수 없으므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업중소기업이 사업용 부동산을 취득하여 당해사업에 2년간 사용하지 아니하고 매각한 경우 기 과세면제 한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 (1)구 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것) 제119조 (등록세의 면제 등) ③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 제120조 (취득세의 면제 등)

③ 창업중소기업, 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은세액을 추징한다. (2)조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호) 제119조 (등록세의 면제 등) ③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 제120조 (취득세의 면제 등)

③ 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 부 칙 제33조(일반적 적용례) ⑥ 이 법중등록세·취득세·재산세 및 종합토지세에 관한 개정규정은이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은청구인이 2004.9.16.OOOO OOO OOO OOOOOOOO번지를본점소재지로 하고, 자동차부품의 제조업, 고무 및 플라스틱제품등을목적사업으로 하여 설립한 후, 2004.10.6. 사업자등록을 하고,2004.11.16. 이 건 부동산을 취득·등기한 후, 공장용부동산으로 사용하다가 2006.11.27. 매각함에 따라 2007.9.10. 기 과세면제 한 이 건취득세 등을 부과고지 한 사실을 알 수 있다. (2)처분청에서는 청구인이 이 건 부동산을 취득하여 취득·등기일로부터 2년간 당해사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항의 단서에서 규정하고 있는 취득세 등의 추징사유에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등을 부과고지 하였으나, 2004.12.31.까지 적용된 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득·등기하는 사업용재산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고,2005.1.1.부터 시행된 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호) 제119조제3항 및 제120조제3항에서는 구 조세특례제한법 같은 조에서 정하고 있는 추징규정 이외에 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우도 면제받은 취득세 등의 세액을 추징한다는 내용을 추가하면서 같은 법 부칙 제33조제6항에서 이 법 중 등록세·취득세 등에 관한 개정규정은 이 법 시행후최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. (3)청구인의 경우 이 건 부동산을 2004.11.16. 취득하여 취득일로부터 2년 이내에 당해사업에 직접 사용한 사실을 청구인의 월별(’04.9～’07.3월분) 전력사용량 공문〔영천지(요) 82214-457호, ’07.7.13〕, 법인장부 등에서 미루어 알 수 있으므로구 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항의 단서규정에서 취득세 등의 추징대상으로 규정하고 있는2년 이내에 당해재산을 당해사업에 직접사용하지 아니한 경우에 해당하지 아니하고, 이 건 부동산을 다른 목적으로 사용한 사실도 입증되지 아니할 뿐만 아니라2004.11.16.이 건 부동산을취득하여 2년이 경과한2006.11.27.매도하였으므로 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항에서 규정하고 있는 기 과세면제 받은세액을 추징하여야 하는 경우에 해당하지 아니함에도 처분청에서이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 10월 30일