대도시내 휴면법인의 법인설립일 판단 및 등록세중과세여부(경정)

[주 문] 처분청이 2007.9.10. 청구인에게한 등록세 335,924,740원, 지방교육세 61,849,250원, 합계 397,773,990원의 각 부과처분 중 등록세 290,978,000원 지방교육세 53,573,820원 합계 344,551,820원을 초과하는 부분은 이를 취소합니다. [별지 1 참조]

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인은 1993.3.29. OOOOO OO OOOOO OOOOOOOO O점 소재지로 하고 화장품 도·소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다가 2001.12.4. 상법 제520조의2제1항 규정에 의하여 해산된 청구외 주식회사 OOOO(이하 “청구외 종전 법인”이라 한다)에 대하여 2003.6.9. 회사 계속등기를 하고, 같은 날 상호를 주식회사 OOOOO스트 (2006.10.29. OOOOO홀로 변경)로, 본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOOOOOO OOOOO로, 목적사업을 부동산임대 및 분양업 등으로 변경 등기하였다.
• 나. 2003.6.27. OOOOO OOO OOO OOOOOOOO 토지 769.7㎡(이하 “이 사건 부동산”이라고 한다.)를3,600,000,000원에 취득하고 같은 날 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제137조 제1항 제1호 (2)의 세율을 적용하여 산출한 등록세 108,000,000원, 지방교육세 21,600,000원 합계 129,600,000원을 신고 납부하고 소유권 이전등기를 하였다.
• 다. 2004.10.26. 이 사건 토지상에 건축물 3,838.55㎡(이하 “이사건 건축물”이라하고, 이 사건 토지를 포함하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축한 후, 2004.11.6. 그 취득가액 3,174,012,122원을 과세표준으로 하고 구 지방세법 제137조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 25,392,080원, 지방교육세 5,078,410원, 합계 30,470,490원을 신고납부하고 소유권보존등기를 하였다.
• 라. 처분청은 청구인의 경우 이미 해산 등기된 청구 외 종전법인에 대하여 회사 계속등기를 한 후, 상호와 목적사업 등을 변경하였으므로 청구인과 청구외 종전 법인은 동일성이 없는 별개의 법인으로 보아 회사 계속 등기일인 2003.6.9.을 청구인의 법인 설립일로 판단하고 이로부터 5년 이내에 취득·등기한 이 사건 부동산을 등록세 중과세 대상으로 보아 그 취득가액에 구 지방세법 제138조제1항제3호에서 규정한 등록세 중과세율(토지 1,000분의90 / 건축물 1,000분의 24)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 335,924,740원, 지방교육세 61,849,250원, 합계 397,773,990원(가산세 포함)을 2007.9.10. 청구인에게 부과고지 하였다. 마.청구인은 이에 불복하여2008.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 조세법률 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때법인의 설립일은 법인설립 등기일을 의미하는 것이고, 지방세법 규정에서 회사 계속등기 후 5년 이내에 등기하는 부동산에대하여등록세를 중과세 한다는 규정이 없음에도 처분청이 이를 등록세중과세 대상으로 보는 것은 처분청의 자의적인 해석으로 조세법률주의에위배되며추가적으로 이 사건 부동산이 대도시내에서 법인 설립 후 5년이내에 취득·등기한 부동산에 해당된다고 하더라도 이 사건 부동산은 지방세법시행령 제101조 제1항 제16호에서 규정한『공연법』에 의한 공연장 등문화예술시설운영사업에 제공되는 부동산이므로 대도시 내 법인 등록세 중과세 제외 대상에 해당된다.
• 나. 처분청 및 서울특별시장 의견 처분청은 청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기된 청구외 종전법인을 2003.6.9. 계속등기한 후, 상호,본점소재지,대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하였음을 볼 때, 이는청구외 종전법인과는 전혀 관계없는 사실상 법인을 새로이 설립한 것으로 보아야하므로회사계속등기일인2003.6.9.을 청구인의 법인 설립일로 보아 이로부터 5년 이내에 취득·등기한이 사건 부동산 중 대도시 내 법인 등록세 중과세 대상이 아닌『공연법』에 의한공연장 면적 520.99㎡(연면적의 13.38%)를 제외한 나머지 부분에 대하여구지방세법 제138조제1항제3호의등록세 중과세율을적용하여산출한세액에서 이미 납부한 세액을차감한등록세 등을 부과 고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 (1)대도시내에서 설립된 지 5년 이상 된 휴면법인을 인수한 후 회사 계속 등기및 상호등을 변경 등기하고 부동산을 취득 등기한경우, 회사계속 등기일을법인설립일로 보아 그 후 취득 등기한부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부 (2)대도시 법인 등록세 중과세 제외 대상인『공연법』에 의한공연장 등문화예술시설 운영사업의 범위
• 나. 관련법령

(1) 지방세법 제124조【납세의무자】등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한당해 세율의 100분의 300으로 한다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 생략

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (2)지방세법시행령 제101조【대도시내 법인 중과세의 예외】① 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음각 호에 해당하는 업종을 말한다.

16. 공연법에 의한 공연장 등 문화예술시설운영사업

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. (단서 생략) 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의설치및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 상법 제172조【회사의 성립】 회사는 본점소재지에서 설립등기를함으로써 성립한다. 제434조【정관변경의 특별결의】제433조 제1항의 결의는 출석한 주주의의결권의 3분의 2 이상의 수와발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써하여야 한다. 제520조의2【휴면회사의 해산】 ① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다. (4)공연법 제9조【공연장의 등록】① 공연장을 설치하여 운영하고자 하는 자(국가와 지방자치단체를 포함한다. 이하 "공연장운영자"라 한다)는 문화체육관광부령이 정하는 시설기준을 갖추어 공연장 소재지를 관할하는 시장·군수 또는 구청장에게등록하여야 한다. 다만, 객석수(객석이 구분되지 아니하여 그 수를 셀 수 없는 경우에는 객석으로 사용되는 바닥의 연면적)가 대통령령이 정하는 기준에 미달하는 공연장은 이를 등록하지 아니한다.

(5) 공연법시행규칙 제6조【공연장 등록신청서 등】① 법 제9조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 공연장의 등록을 하고자하거나 등록증의 기재사항의 변경을 사유로 변경등록을 하고자 하는자는 별지 제10호서식의 공연장등록(변경등록)신청서에 다음 각호의서류를 첨부하여 시장·군수 또는 구청장에게 제출(정보통신망에 의한제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 변경등록을 하고자 하는 경우에는 다음 각호의서류중 변경사항과 관련되는 서류에 한한다.

1. 시설설치내역서

2. 시설의 평면도 및 배치도

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1993.3.29. OOOOO OO OOOOO OOOOOOO를 본점 소재지로 하고 화장품 도·소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다가 2001.12.4. 상법 제520조의2 제1항 규정에 의하여 해산된 청구외 종전법인에 대하여 2003.6.9. 회사 계속등기를 하고, 같은 날 상호를 주식회사 OOOOOOO (2006.10.29. OOOOOO로 변경)로, 본점소재지를 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOOOOOO 1510호로, 목적사업을 부동산임대 및 분양업 등으로 변경 등기하였다.

(2) 2003.6.27. OOOOO OOO OOO OOOOOOOO 토지 769.7㎡(이하 “이 사건 부동산”이라고 한다.)를3,600,000,000원에 취득하고 같은 날 일반세율로 산출한 등록세 등 129,600,000원을 신고 납부하고 소유권 이전등기를 하였다.

(3) 2004.10.26. 이 사건 토지상에 건축물 3,838.55㎡(이하 “이사건 건축물”이라하고, 이 사건 토지를 포함하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축한 후,2004.11.6. 그 취득가액 3,174,012,122원을 과세표준으로 하고 등록세 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등30,470,490원을 신고납부하고소유권보존등기를 하였다.

(4) 청구인은 지방세법에회사 계속등기 후 5년 이내에 등기하는 부동산에대하여 등록세를 중과세 한다는 규정이 없음에도 처분청이 이를 등록세중과세 대상으로 보아 등록세를 중과세하는 것은 처분청의 자의적인 해석으로 조세법률주의에 위배된다고 주장하고 있으나 (5)지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시내에서의 법인의 설립”이란설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는법인의 실질적인 설립행위를 포함하는것으로 해석할 수 있고 같은 항제2호에서도 대도시 내로의법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다 법인의실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연스럽다 할 것이며

(6) 지방세법 제138조에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의2 제2항 제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는사업장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바 위 규정은부동산 취득 등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는 사업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에없다고 할 것이므로 (서울고등법원 2007.12.4.선고 2007누12691 참조)

(7) 청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기된 청구외 종전법인을 2003.6.9. 계속등기한 후, 상호, 본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하였음을볼 때, (8)비록, 청구인이 회사 설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써당초 청구외 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 청구외종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써청구외 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런차이를 찾을 수 없으므로 청구외 종전법인의 상호 등을 변경 등기한2003.6.9. 청구인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바,

(9) 이날부터5년 이내 청구인이 이 사건 부동산을 취득하고 등기를한 것은 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법시행령 제102조 제2항에서 규정하는법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을 등기한 것에 해당한다고할 것이므로처분청이 이 사건 부동산 중지방세법 시행령 제101조제1항제16호에서규정한공연장 등에 해당되지 아니하는사무실 등에대하여등록세 등을중과세 한 것은 적법한 것으로 판단되나, (10)지방세법시행령101조 제1항 제16호에서공연법에 의한 공연장 등 문화예술시설운영사업은 대도시 내 등록세 중과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있으므로

(11) 이 사건 부동산의 건축물 중 303호·402호 520.99㎡(건축물 연면적 대비 13.38%)는 건축물대장상 그 용도가 음악당이고, 2004.11.6. 이 사건 건축물의 소유권보존등기를 한 후 『공연법』에 의한 공연장(이하 “이 사건 음악당”이라 한다)으로 등록하기 위하여 공연법시행규칙 제6조제1항제1호에서 규정한 시설설치내역에 맞게 음향·조명장비 등을 설치하는 공사를 하고, 2005.2.23. 무대·객석 등(332㎡)과 함께 음향·조명 장비 등도 공연법 제8조 및 같은 법시행령 제9조에 의하여 공연장으로 등록(제22-33호)한 사실을 볼 때, (12)청구인은 이 사건 건축물의 소유권 보존등기일부터 1년 이내에 이 사건음악당을『공연법』에의한 공연장으로 등록하고현재까지 음악당으로 사용하고 있는 이상, 이 사건 음악당은지방세법시행령101조 제1항 제16호에서 규정한 대도시 내 법인 중과세예외 대상에 해당된다고 할 것이므로 이에 대한 등록세 중과세는 취소되어야 한다고 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고판단되므로 지방세법 제77조제5항, 국세기본법 제81조 및 같은 법 제65조제1항제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.