산업단지내 가스공급시설의 수정신고납부지연을 이유로 가산세를 부과한 것이 적법한지 여부(경정)

[주 문] 청구인이 2003.7.28과 2004.6.18 처분청에 신고납부한 취득세 등 195,436,000원의 과오납환부청구에 대한 심판청구를 각하하고, 2007.11.15 처분청이 부과고지하여 납부한 수정신고지연 가산세 18,069,240원은 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구인은 1995.9.4 부산광역시 OOO OOO OOOOOO번지외 1필지의 토지 10,294.40㎡를 취득한 후 동 토지상에 가스공급용건축물 1,262.19㎡와 보안장치 등 구축물, 전기배선 등 시설물과 동 건축물내 가스관(이하 “이 건 가스공급시설”이라 한다)을 건축하여2003.6.27 임시사용승인을 받은 후가스공급용건축물의 취득가액2,794,397,199원에 부산광역시세감면조례 제17조〔지방공사등에 대한 감면〕규정에 의한 부산광역시 등 공적지분 36.72%에 대한 감면율을 적용한 과세표준 1,768,294,540원(2,794,397,199원×63.28%)에 지방세법 제112조제1항 규정을 적용하여 산출한 취득세 35,365,890원, 농어촌특별세 3,536,580원과 지방세법 제131조제1항제4호 규정을 적용하여 산출한 등록세 14,146,350원, 지방교육세 2,829,270원, 합계55,878,090원 및지방세법 제281조〔도시가스사업에 대한 감면,2003.12.30법률 제7013호로 개정되기 이전의 것〕규정에 의하여 과세면제된 이 건 가스공급시설 중가스관의 취득가액 12,909,849,814원에 대한 취득세액 258,196,990원에 대하여농어촌특별세법 제5조제1항제1호 규정에 의한 취득세액의 20%인 농어촌특별세 51,639,390원 등 총계 107,517,480원을 2003.7.24 신고납부하였으며,

• 나. 2004.6.18지방세법 제71조제1항제1호 및 같은 법시행령 제53조제1호 규정에 의하여 처분청에 이 건 가스공급시설에 대한 수정신고를 하면서가스공급용건축물과 보안장치 등 구축물, 전기배선 등 시설물에 대하여는 부산광역시세감면조례 제17조〔지방공사등에 대한 감면〕규정에 따라 청구인의 부산광역시 등 공적지분 36.73%에 대한 감면율을 적용한 과세표준 2,122,820,140원(3,355,176,450원×63.27%)에 지방세법 제112조제1항 규정을 적용하여 산출한 취득세42,456,400원, 농어촌특별세 4,245,640원과 지방세법 제131조제1항 제4호 규정을 적용하여 산출한 등록세 16,982,560원, 지방교육세 3,396,510원, 합계 67,081,110원 및 지방세법 제281조〔도시가스사업에 대한 감면,2003.12.30 법률 제7013호로 개정되기 이전의 것〕규정에 의하여 과세면제된 가스관의 취득가액 5,209,354,610원에 대한 취득세액 104,187,090원에 대하여 농어촌특별세법제5조제1항제1호 규정에 의한 취득세액의 20%인 농어촌특별세 20,837,410원 등 총계 87,918,520원을 2004.6.18 신고납부하였다. 다.2007.7.4 부산광역시에서 이 건 가스공급시설에 대한 세무조사시 이 건 가스공급시설의 건설공사비 정산보고서의 최종 정산분은 지방세법 제71조 규정에 의거 정산일인 2003.12.31부터 60일 이내인 2004.3.2까지 수정신고납부하여야 하나 96일이 경과된 2004.6.8 납부하였다는 사유로 2007.10.2 수정신고납부지연에 따른 가산세 과세를 예고통지하자 2007.10.19 부산광역시장에게 과세전적부심사를 청구하였으나 2007.10.30“불채택”결정됨에 따라 청구인은 신고납부 지연에 따른민간출자분과세표준2,122,820,140(3,355,176,450원×63.27%)에 대한 가산세 14,461,640원(취득세분 9,714,020원, 취득세분 농어촌특별세 424,560원,등록세분 3,885,600원,등록세분 지방교육세437,460원)과 가스관 및 건축물 등의 감면분에 대한 과세표준 6,442,174,750원〔수정신고과표 5,209,354,610원+건축물, 구축물, 기계장치의 수정신고과표 1,232,356,310원(3,355,176,450원×36.73%)+사무착오 463,832원〕에 대한 농어촌특별세 3,607,600원(취득세감면분 2,576,860원, 등록세감면분 1,030,740원) 합계18,069,240원에 대하여 2007.11.15 처분청으로부터 고지서를 수령한 후 2007.11.30 납부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.5. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 지방산업단지내 지원시설부지에 위치한 이 건 가스공급시설 취득에 대하여 지방세법 제276조(산업단지에 대한 감면)규정에 따라 취득세 등의 감면신청을 하여야 하나 착오로 부산광역시세감면조례 제17조(지방공사 등에 대한 감면)규정을 적용하여 감면신청하였으므로 감면신청을 하지 않은 것이 아니라 감면규정 적용을 잘못한 것이며, 설사 감면신청을 하지 않았더라도 부산광역시세감면조례 제33조(감면신청)의 단서조항에 따라 부산광역시장이 감면대상임을 알 수 있을 때는 직권으로 감면할 수 있으므로 당초 신고납부한 취득세 등 107,517,480원과 수정신고납부한 87,918,520원 등 합계 195,436,000원 중 정당하게 납부하여야 할 102,812,540원을 제외한 90,368,090원은 과오납한 것이므로 지방세법 제25조의2의 규정에 따라 직권으로 경정하여 환부하여야 하고, 이 건 가스공급시설은 지방세법 제276조 규정에 의한 면제대상에 해당됨에도 법률적 내용 확인없이 이 건 가스공급시설 취득 후 수정신고지연을 이유로 부과고지하여 납부한 가산세 18,069,240원은 지방세법 제25조의2의 규정에 따라 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1995.9.4 부산광역시 OOO OOO OOOOOO번지의 신평·장림지방산업단지 지원시설부지에 위치한 주식회사 부산도시가스 소유 토지를 취득하고 동 토지에 이 건 가스공급시설을 건축하여 2003.6.27 취득한 후 부산광역시 OOO OOO OO OOOOOOOOO에 천연가스를 공급하는 시설로 이용하고 있으므로 이 건 가스공급시설은 산업단지 지원시설로서의 입주업체의 생산·판매활동과 경영합리화를 위한 각종지원 및 연구시설과 근로자복지의 향상을 도모할 수 있는 시설로 볼 수 없으므로 지방세법 제276조 규정에 의한 감면대상이 되지 아니하여 이 건 가산세 부과는 정당하며,신고납부를 한 경우에는 신고납부한 때에 처분이 있었던 것으로 보도록 규정하고 있으므로 감면신청은 신고납부한 날로부터 정해진 기한 내(30일)에 하여야 함에도 감면신청한 사실이 없고, 신고납부일을 기준으로 90일 이내에 이의신청 및 심사청구를 제기한 사실이 없으므로 각하대상에 해당된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 ⑴ 산업단지내 가스공급시설을 취득하여 취득세 등을 신고납부한 후 이의신청 등의 청구기간 90일이 도과한 상태에서 과세면제 대상임을 이유로 과오납환부가 가능한지 여부 ⑵ 산업단지내 가스공급시설의 수정신고납부지연을 이유로 가산세를 부과한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 ⑴ 지방세법 제25조의2(부과취소 및 변경) 지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하거나 변경하여야 한다. ⑵ 지방세법 제71조(수정신고)①이 법에 의한 신고납부기한내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일이내에 수정신고를 할 수 있다.

1. 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결등에 의하여 변경되거나 확정된 경우

2. 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우

② 제1항의 규정에 의한 수정신고로 인하여 추가납부세액이 발생한 경우에는 그 수정신고를 한 자는 수정신고와 동시에 이를 납부하여야 하며, 초과납부세액이 발생한 경우에는 당해 지방자치단체의 장은 이를 즉시 환부하여야 한다. 이 경우 과소신고납부로 인한 가산세와 제46조의 규정에 의한 환부이자를 적용하지 아니한다.

③ 수정신고납부절차등 필요한 사항은 행정자치부령으로 정한다. ⑶ 지방세법 제73조(이의신청) ① 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세{도세중 공동시설세및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다}에 있어서는 도지사에게, 시·군세{도세중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다}에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다. ⑷ 지방세법 제73조(심사청구 및 심판청구) ③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있을 것은 안날(처분통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세〔도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세·도시계획세·공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다〕에 있어서는 조세심판원장에게 심판청구를, 시·군세〔도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세·도시계획세·공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다〕에 있어서는 도지사에게 심사청구를 하거나 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다. ⑸ 지방세법 제77조(결정등) ① 제73조 및 제74조의 규정에 의한 이의신청 또는 심사청구를 받은 지방자치단체의 장은 그 신청·청구를 받은 날부터 90일이내에 지방세심의위원회의 의결에 따라 다음 각호의 1에 해당하는 결정을 하고 신청인 또는 청구인에게 이유를 함께 기재한 결정서를 송달하여야 한다.

1. 신청·청구기간이 경과하였거나 보정기간내에 필요한 보정을 하지 아니한 때는 그 신청·청구를 각하하는 결정

⑤ 제72조제1항에 따른 심판청구에 관하여 이 법에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법제7장제3절의 규정을 준용한다. ⑹ 지방세법 제276조 (산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 "공장용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 공장용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.(2005.1.5 법률 7332호로 개정되기 이전의 것)

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다. ⑺ 지방세법시행규칙 제115조 (대도시외로의 이전공장의 범위와 적용기준)① 법 제275조제2항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정한 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 종업원의 후생복지시설등 각종 부대시설을 포함한다. ⑻ 지방세법 제281조(도시가스사업에 대한 감면)① 한국가스공사법에 의하여 설립된 한국가스공사가 도시가스사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 가스관에 대하여는 취득세 및 재산세를 면제한다. (2003.12.30 법률 제7023호로 개정되기 이전의 것) ⑼부산광역시세 감면조례 제17조(지방공사 등에 대한 감면)①지방공기업법에 따라 설립된 지방공사(공단을 포함한다)가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 궤도차량(지방세법제112조제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 부동산 또는 민간출자분이 있는 경우에는 그 해당 부분을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기에 대하여는 등록세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 도시계획세와 공동시설세를 면제한다.

② 지방자치단체가 출자(출연을 포함한다)한 법인 또는 단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다.사실관계 및 판단 ⑴ 우선, 쟁점⑴의 산업단지내 가스공급시설을 취득하여 취득세 등을 신고납부한 후 이의신청 등의 청구기간 90일이 도과한 상태에서 과세면제 대상임을 이유로 과오납환부가 가능한지 여부에 대하여 본다. (가) 지방세법 제74조제3항, 지방세법 제77조제5항, 국세기본법 제65조 및 국세기본법 제81조에서 지방세법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 조세심판원장에게 심판청구를 하고자 하는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있고, 동 청구기간을 경과하여 심판청구를 한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있다. (나) 청구인은 이 건 가스공급시설을 취득한 후2003.7.28 처분청에 취득세와 등록세를 신고납부하였고, 2004.6.18 이 건 가스공급시설에 대한 수정신고납부한 날 부터 90일 이내에 이의신청이나 심판청구 등을 제기하여야 하나 무려 4년7개월과 3년8개월이 각각 경과한 2008.2.5 이 건 심판청구를 제기한 것이므로 2003.7.28 당초신고납부분 취득세 등 107,517,480원과 2004.6.18 수정신고납부분 취득세 등 87,918,520원 등 합계 195,436,000원에 대한 과오납환부요구는 각하대상에 해당되는 것으로 판단된다. ⑵ 다음으로 쟁점(2)의 산업단지내 가스공급시설의 수정신고납부지연을 이유로 가산세를 부과한 것이 적법한지 여부에 대하여 보면, (가) 지방세법 제276조 (산업단지 등에 대한 감면, 2005.1.5 법률 7332호로 개정되기 이전의 것)제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 "공장용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 공장용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 조제4항에서 제1항 및 제2항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정한 다음 같은 법 시행규칙 제116조에서 법 제276조제4항의 규정에 의한 공장의 범위에 관하여는 제115조제1항의 규정을 준용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제115조제1항에서 공장의 범위는 별표3에 규정한 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 200㎡이상인 것을 말하되, 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종부대시설을 포함한다고 규정하고 있다. (나) 지방세법 제276조제4항의 규정에 의한 공장의 범위에 관하여는 지방세법시행규칙 제115조제1항의 규정을 준용한다고 규정하고 같은 법 시행규칙 제115조제1항에서 공장의 범위는〔별표3〕에 규정한 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 200㎡이상인 것을 말한다고 규정한 다음〔별표3〕‘24 전기, 가스 및 증기업’ 중 코드번호 ‘4020 가스제조 및 공급업’은 지방세법 제276조제제1항 규정에 의한 공장에 해당되는 것으로 구분하고 있으므로 청구인의 이 건 가스공급시설도 동 규정에 의한 취득세 등의 면제대상이 된다 할 것이다. (다) 위의 지방세법령을 종합해 볼 때, 청구인의 이 건 가스공급시설은 지방세법 제276조제1항 규정에 의한 산업단지내 공장시설로서 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 하겠다. (라) 한편,가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유없이 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재로서, 개별세법에 의하여 산출한 본세에 가산세를 가산한 금액을 본세의 명목으로 징수한다 하더라도 이는 징수절차의 편의상 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐 세법이 정하는 바에 의하여 성립·확정되는 본세와는 그 성질이 다른 것이므로 본세의 산출세액이 없는 경우에는 가산세도 부과·징수하지 아니한다는 등의 특별한 규정이 없는 한, 본세의 산출세액이 없다하더라도 가산세만 독립하여 부과·징수할 수 있다 할 것(대법원 2007.3.15 선고 2005두12725 판결)으로서 처분청이이 건 가스공급시설의 건설공사비 정산보고서의 최종 정산일부터 96일이 경과된 2004.6.8 납부하였다는 사유로2007.11.15 처분청에서 수정신고지연 가산세 18,069,240원을 부과고지 하였는 바, 청구인은 부과고지서 수령일(2007.11.15)로부터 90일 이내인 2008.2.5 적법하게이 건 심판청구를 제기하였고, 앞에서 설시한 바와 같이 이 건 가스공급시설이 지방세법 제276조제1항 규정에 따른 취득세 등의 과세면제대상인 이상 이 건 가스공급시설에 대한 가산세 부과처분은 본세 과세와 관련한 이 건 심판청구의 각하여부와 관계없이 부당하다고 할 것이므로 취소하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장중 일부는 청구기간을 도과하여 부적법한 청구이고 나머지는 이유있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제1호·제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 8월 29일