종교단체가 종교용에 직접 사용한 부동산으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 처분청은 종교단체인 청구인이 2004.8.16.부터 2004.12.22.까지 서울특별시 OOO구 OOO동 332-7번지외 3필지 토지 139㎡(332-7번지 대지 15㎡, 332-9번지 대지 78㎡, 332-11번지 대지 6㎡, 330-416번지 대지 40㎡, 이하 “제1토지”라 한다)를 취득·등기한 다음 2005.11.4. 제1토지와 1998년도부터 소유하고 있던 서울특별시 OOO구 OOO동 332-1번지 대지 619㎡(이하 “제2토지”라 하고, 제1토지를 포함하여 이하 “이 사건 토지”라 한다)상에 건축물 1,423.6㎡(지하1층·지상4층, 이하 “이 사건 건축물”이라 하고 이 사건 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 신축 취득·등기한데 대하여 제1토지 및 이 사건 건축물에 대하여는 종교용에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산으로 보아 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 각각 비과세하였고, 또한 이 사건 부동산에 대하여는 청구인이 2007년도 재산세 과세기준일(6.1) 현재 이를 종교용에 직접 사용하고 있는 것으로 보아 지방세법 제186조 제1호의 규정에 의하여 재산세(토지분·건물분)를 각각 비과세하였다.
• 나. 그 후 처분청은 2007.7.6. 현지확인 결과 청구인이 2006.6.20. 재단법인 OOO유지재단(이하 “서울OOO”라 한다)과 “OOO문화원 운영 위·수탁협약”을 체결하였고, 이러한 협약에 따라 서울OOO가 2006.7.1.부터 이 사건 부동산 중 지하 1층부터 지상 3층까지의 건축물 1,173.08㎡(이하 “쟁점 건축물”이라 한다)를 English School 및 Arts Room 등의 용도로 사용하고 있으므로 청구인이 이를 종교용이 아닌 다른 용도에 사용하고 있는 것으로 보아, 쟁점 건축물과 제1토지 중 110.7㎡(OOO동 332-7번지 대지 15㎡ 중 11.94㎡, 330-416번지 대지 40㎡ 중 31.86㎡, 332-9번지 대지 78㎡ 중 62.13㎡, 332-11번지 대지 6㎡ 중 4.77㎡, 이하 “쟁점 제1토지”라 한다)에 대하여는 이 사건 건축물과 제1토지 각각의 취득가액에서 그 부분에 대하여 안분계산한 가액(1,008,073,486원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 27,012,320원, 농어촌특별세 2,217,750원, 등록세 15,427,370원, 지방교육세 2,855,160원, 합계 47,512,600원(가산세 포함)을,
• 다. 쟁점 건축물과 이 사건 토지 중 753.7㎡(OOO동 332-1번지 대지 619㎡ 중 493.2㎡, 330-416번지 대지 40㎡ 중 31.9㎡, 332-7번지 대지 15㎡ 중 11.9㎡, 332-9번지 대지 272㎡ 중 216.7㎡, 이하 “쟁점 제2토지”라 하고, 쟁점 건축물을 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)에 대하여는 2007년도 재산세 과세기준일(6.1) 현재 청구인이 종교용에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아, 쟁점 건축물에 대하여는 그 시가표준액(815,777,160원)에 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정된 것, 이하 같다) 부칙 제5조제1호의 적용비율(60%)를 곱하여 산정한 가액(489,449,009원)에 지방세법 제188조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 재산세(건물분) 1,223,620원, 도시계획세 734,170원, 공동시설세 1,217,160원, 지방교육세 244,720원, 합계 3,419,670원을, 쟁점 제2토지에 대하여는 그 시가표준액(1,411,491,000원)에 구 지방세법 부칙 제5조 제1호의 적용비율(60%)를 곱한 가액(846,894,600원)에 지방세법 제188조 제1항 제1호 가목의 세율을 적용하여 산출한 재산세(토지분) 2,340,680원, 도시계획세 1,270,340원, 지방교육세 468,130원, 합계 4,079,150원을 2007.11.13. 청구인에게 각각 부과고지 하였다.
• 라. 청구인은 쟁점 부동산을 종교용에 직접 사용하였으므로 비과세한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하면서 2008.2.11. 이 사건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 대법원 판례나 감사원 심사결정례 등에서 임대료 등의 명목으로 금원을 받았다 하더라도 실비로 제공하여 수익성이 있다거나 임대수익을 목적으로 한 것이 아니라면 수익사업으로 사용한 것으로 볼 수 없다고 하고 있을 뿐만 아니라 지방세법 제107조 및 제127조 제1항 각 본문에서 정하고 있는 유예기간 동안 비영리사업자가 그의 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 사용하거나 전혀 사용하지 않고 있는 상태라 하여도 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다고 하고 있는바, 이 사건 건축물 신축 취득 후 주일은 예배장소로 사용하고, 평일은 예배 및 기도와 서울OOO의 지역주민 선교활동을 위한 프로그램 운영장소로 사용케 하고 있으나 그 사용용도를 지역사회의 문화, 선교, 복지 및 건강증진사업 등으로만 제한하고 있어 그 주된 사용은 종교용이라 하겠고, 또한, 서울OOO가 이 사건 건축물을 운영하면서 일부 수강료를 받았다고는 하나 이는 관리비에도 미치지 못하는 소액으로 수익사업에 사용한 것으로 볼 수 없다 할 것이며, 설사 서울OOO가 위·수탁협약을 체결하고 실제 사용한 기간(2006.6.20.～2007.12.31)까지 청구인이 종교용에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 하더라도 청구인은 유예기간이 경과하기 전인 2007.12.31. 서울OOO와의 위·수탁협약을 해제하고 예배 및 기도장소로만 사용하고 있어 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조 제1항 각 본문 단서에서 규정하고 있는 추징요건이 성립되지 아니하였다 하겠으므로 쟁점 부동산에 대하여 비과세한 취득세와 등록세 및 재산세 등을 추징한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 서울OOO는 2006.6.20. 건축주인 청구인과 “OOO문화원 운영 위·수탁협약”을 체결한 후 2006.7.1.부터 쟁점 건축물을 English School(원어민 영어교실, 월 6만원) 및 Arts Room(미술놀이, 월 1.5만원), Playhouse(태권도, 월 5만원), Preschool & Afterschool(영어유치원, 월 27만원), Theater(인라인, 월 2만원) 등의 용도로 사용하고 있음이 처분청 직원의 출장복명서, 현장사진, OOO 종합프로그램 안내 및 서울OOO의 수강생 모집 인쇄물 등에서 확인되고 있는 이상, 서울OOO가 쟁점 부동산을 무상으로 사용하고 있다거나 청구인이 일요일에는 예배 및 기도장소로 사용하였다 하더라도 이는 종교단체인 청구인이 그 목적에 직접 사용하고 있는 것이라기 보다는 서울OOO가 OOO프로그램센터 운영장소로 사용한 것으로 보아야 하겠으므로 이 사건 취득세와 등록세 및 재산세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 취득·등기 또는 보유하고 있는 부동산에 대하여 제3자가 위·수탁협약을 체결한 후 영어학원 등의 장소로 사용한 경우 이를 종교단체가 종교용에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 지방세법 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 지방세법 제186조【용도구분에 의한 비과세】다음 각 호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것을 본다.

(2) 지방세법 시행령 제78조의2【수익사업의 범위】① 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법인세법제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다. 지방세법 시행령 제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 지방세법 시행령 제93조의2【수익사업의 범위】법 제127조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다. 지방세법 시행령 제94조【비영리사업자의 범위 등】① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다. 지방세법 시행령 제136조【수익사업의 범위 등】① 법 제186조 각 호외의 부분 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

② 법 제186조 제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

(3) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

(4) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 각 호의 사업을 제외한다.

7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 부가가치세법 제12조 제1항 제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

(5) 법인세법 시행규칙 제1조【수익사업의 범위】법인세법 시행령(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업 외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당횟수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다.

(6) 부가가치세법 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

(7) 부가가치세법 시행령 제37조【종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청이 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역

(8) 부가가치세법 시행규칙 제11조의5【종교·자선·학술·구호단체 등의 범위】① 영 제37조 제1호에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종교단체인 청구인은 2004.8.16.부터 2004.12.22.까지에 걸쳐 제1토지를 취득하였고, 2005.11.4. 제1토지와 제2토지상에 지하 1층·지상 4층 규모의 이 사건 건축물을 신축 취득하였다.

(2) 그 후 청구인은 2006.6.20. 서울OOO과 쟁점 건축물(지하 1층～지상 3층, 연면적 1173.08㎡) 운영에 관한 “OOO문화원 운영 위·수탁협약”를 체결하였는바, 이러한 위·수탁협약서에는 “지역주민의 문화, 선교, 복지 및 건강증진에 기여할 수 있도록 책임과 의무를 다하며 지역주민의 문화·복지·선교 및 건강증진사업·평생교육·생활체육활동·OOO 회원확대운동·기타 부수사업을 수행하고, 위탁운영기간은 2006.7.1.부터 2008.6.30.까지 2년간으로 하며, 비용부담에 있어서는 재산세는 청구인이 부담하되, 위탁시설물 운영에 따라 부과되는 제세금과 공과금은 서울OOO가 부담하며, 사업운영 수익은 청구인과 서울OOO가 협의하여 사용하고, 서울OOO는 OOO의 명칭을 서울OOO OOO프로그램센터로 사용할 수 있으며, 일요일에는 청구인이 종교활동 등을 위해 사용하고, 일요일에 서울OOO가 프로그램센터를 일시 사용하고자 하는 경우 청구인의 협조를 받도록 하며, 청구인이 일요일 외의 날에 프로그램센터를 일시 사용하고자 하는 경우는 사업운영에 지장이 없는 범위 내에서 서울OOO의 협조를 받아야 한다.”라고 기재되어 있다.

(3) 서울OOO는 유아 및 어린이를 대상으로 하는 평생교육 및 사회체육 프로그램인 인라인, 밸리댄스, 발레, 음악줄넘기, 태권도, 오감각 미술놀이 등을, 중·고등학생과 성인을 대상으로 하는 평생교육 및 사회체육 프로그램인 밸리댄스, 요가, 시창작 교실 등을, 6～7세 어린이를 대상으로 하는 영어유치원 프로그램인 OOO Preschool을, 초등학생을 대상으로 하는 프로그램인 OOO 원어민 영어교실을, 지역주민과 청소년을 대상으로 하는 프로그램인 OOO여성합창단, OOO 어린이 가족 동요부르기 등을 내용으로 하는 OOO프로그램센터를운영하면서, 쟁점 부동산 중 지하 1층은 English School(월 6만원) 및 Arts Room(월 15,000원)으로, 지상 1층은 Playhouse(월 5만원)로, 지상 2층은 Preschool & Afterschool(월 27만원)로, 지상 3층은 Theater(월 2만원)로 사용하고 있음은 OOO 종합프로그램 안내 및 청구외 서울OOO의 수강생 모집 인쇄물, 2007.7.6. 처분청 세무담당 공무원(지방세무주사보 문OOO, 채OOO)의 출장 복명서에 의하여 확인되고 있다.

(4) 2007.6.26. 서울특별시 OOO구 OOO가 소재 아파트에 주소를 두고 있던 함OOO은 쟁점 부동산 2층을 사업장으로 하고, 명칭은 “OOO어학원”으로 하는 내용의 학원설립·운영등록 신청서를 서울특별시OOO교육청교육장에게 제출하였고, 2007.7.6. 서울특별시OOO교육청교육장은 2007.7.6. 이를 수리한 사실은 서울특별시OOO교육청교육장이 처분청에 제출한 문서(평생교육체육과-OOO, 2009.OOO)에 의하여 알 수 있다.

(5) 청구인은 이 사건 심판청구 과정에서 서울OOO가 받은 수강료는 프로그램 운영비와 관리비로 전액 충당되었으므로, OOO문화원 운영 위·수탁협약서에 의한 수익금 배분은 없었다는 자료를 제출하였고, 한편 청구인은 2007.12.18. 서울OOO에게 OOO문화원운영 위·수탁협약에 대한 해지 통보를 한 후 2007.12.31.자로 해지하였다.

(6) 서울OOO의 법인등기부등본상 목적란에는 “본 법인의 목적을 달성하기 위하여 교파, 정당, 신앙, 인종을 초월하여 선교, 교양, 사회개발, 시민문화, 사회복지, 청소년지도육성, 농촌, 사회교육, 평생교육시설운영, 사회체육, 수련시설 및 야외활동, 국제친선, 출판, 환경운동, 자연보존(조림, 육림 등), 영상매체 활동, 관광, 협동조합, 현충기념 및 기타 필요한 사업을 추진하며 이러한 목적을 지원하기 위하여 호텔사업, 서울 OOO회관(지회회관) 임대사업, 기타 제사업 등의 수익사업을 겸행한다.”라고 되어 있다.

(7) 지방세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호 및 제186조 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호와 제94조 제1항 및 제136조 제2항에서 종교 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산 또는 재산세 과세기준일(6.1) 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세 및 재산세를 비과세한다고 규정하고 있고, 종교 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자의 부동산 취득·등기는 특단의 사정이 없는 한 “그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기”로 보아야 하므로, 위 규정에서 이러한 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하며, 특히 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 “그 사업에 사용”한다 함은 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 사용하거나 종교활동을 위해 반드시 있어야만 하는 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 사람의 주거용으로 사용하는 등 종교목적으로 직접 사용하는 경우를 의미한다고 보아야 하겠고(대법원 2008.OOO. 선고 2008두OOO 판결, 대법원 2002.OOO 선고 2001두OOO 판결 참조), 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조 제1항 각 본문 단서를 종합하여 보면, 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 취득 또는 등기한 부동산을 그 취득 일 또는 등기일부터 3년 이내에 직접 사용하였으나 그 사용기간이 2년이 되지 않은 상태에서 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 추징사유에 해당된다 하겠으므로, 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 취득 또는 등기한 부동산에 대하여 그 취득 또는 등기목적에 따른 유예기간이 경과하기 전에 당해 부동산에 대한 당초의 취득 또는 등기목적을 포기하고 이를 다른 용도로 사용함으로써 그 취득 또는 등기목적을 전환한 경우에는 더 이상 당초의 취득 또는 등기목적에 따른 3년이란 유예기간을 적용할 수 없다고 보아야 할 것으로(같은 취지의 대법원 2006.OOO. 선고 2005두OOO 판결, 대법원 2002.OOO. 선고 2000두OOO 판결 참조), 청구인은 2006.6.20. 서울OOO와 “OOO문화원 운영 위·수탁협약”을 체결하여 쟁점 부동산을 지역주민의 문화, 복지, 선교 및 건강증진사업, 평생교육, 생활체육활동, OOO 회원확대운동, 기타 부수사업 등의 용도로 사용토록 그 운영을 위탁한 점, 이러한 협약에 따라 서울OOO는 2006.7.1.부터 2007.12.31.까지 쟁점 부동산을 English School, Arts Room, Playhouse, Preschool & Afterschool, Theater 용도로 사용하고 있었던 점, 서울OOO가 운영하는 프로그램 등이 청구인의 목적사업을 수행하는데 있어 필수적인 종교교육에 해당된다거나 종교의식, 예배, 축전, 선교 등 종교활동의 부수적인 목적으로 운영되고 있는 것으로 보기는 어려운 점 등으로 미루어 볼 때, 이는 청구인이 쟁점 부동산을 서울OOO에 위탁하여 청구인의 부수적인 목적이 아닌 다른 용도로 사용한 것으로 보아야 하겠고, 청구인이 일요일에 쟁점 부동산을 예배 및 기도장소로 사용하였다고 하여 달리 볼 수 있다거나 청구인이 유예기간이 경과하기 전에 서울OOO와의 위·수탁협약을 해지하고 이를 종교용에 직접 사용하였다 하더라도 이미 성립한 조세채권이 소급하여 소멸된다고 볼 수는 없다 할 것이며, 또한, 지방세법 제186조 본문 단서에서 당해 부동산을 과세기준일(매년 6.1) 현재 종교용에 직접 사용되지 아니하는 경우 재산세 비과세대상에서 제외토록 규정하고 있는바, 위 사실관계로 미루어 볼 때 청구인이 2007년도 재산세 과세기준일(6.1) 현재 쟁점 부동산을 종교용에 직접 사용하였다고 인정하기도 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 이 사건 취득세와 등록세 및 재산세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.