사업자가 당초 매출세금계산서를 발행교부하여 그 부가가치세액을 납부하였으나 추후 가공매출로 확인되는 경우 기 납부한 가공매출관련 부가가치세는 원인관계 없이 납부한 오납액 등에 해당하여 즉시 그 금액을 국세환급금으로 결정하여야 함
사업자가 당초 매출세금계산서를 발행교부하여 그 부가가치세액을 납부하였으나 추후 가공매출로 확인되는 경우 기 납부한 가공매출관련 부가가치세는 원인관계 없이 납부한 오납액 등에 해당하여 즉시 그 금액을 국세환급금으로 결정하여야 함
1. ◯세무서장이 청구법인의 2007.3.6. 2004년 2기분 부가가치세 9,900,000원, 2005년 1기분 부가가치세 7,740,000원, 2005년 2기분 부가가치세 20,746,630원, 2006년 1기분 부가가치세 7,200,000원, 합계 45,586,630원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 세무조사를 하여 2008.6.26 청구법인에게 2004년 2기분 부가가치세 16,200,000원, 2005년 1기분 부가가치세 7,740,000원, 2005년 2기분 부가가치세 47,746,630원, 2006년 1기분 부가가치세 6,182,790원, 합계 77,869,420원의 환급결정 결의를 하고서도 동 환급세액 77,869,420원을 환급하지 아니한 처분은 이를 취소한다.
2. ◯세무서장이 2008.9.1. 청구법인에게 한 2006년 법인세 5,799,420원의 부과처분에 대한 심판청구는 이를 각하한다.
청구법인은 2004.10.29. 설립하여 토목설계 및 감리 서비스업을 영위하는 법인으로 2004년 2기~2006년 1기 과세기간 중 ◯에 매출세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고한 공급가액 506,518,181원을 과세표준에서 차감함으로써 발생한 부가가치세 50,651,818원에서 매출처별세금계산서합계표불성실가산세 5,065,181원을 공제한 45,586,637원의 환급을 구하는 경정청구 및 2004사업연도와 2005사업연도 법인세 5,828,960원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 2004년 2기~2006년 1기 과세기간 중 ◯에 발행한 공급가액의 계산서 뿐만 아니라 ◯에 발행한 공급가액 300,000,000원의 매출세금계산서, ◯에 발행한 공급가액 70,000,000원의 매출세금계산서 합 876,518,181원을 가공매출세금계산서로 보아 부가가치세 과세표준에서 차감하고 2006년 1기에 수취한 공급가액 9,247,268원의 매입세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하는 등 2008.6.26. 부가가치세 77,869,433원(이하 쟁점환급액이라 한다)의 환급결정 결의를 하였으나 실제는 미환급하고 또한 위 매출세금계산서를 익금불산입함과 동시에 청구법인이 2004~2006사업연도에 명의상 대표자 이◯의 인건비로 계상한 54,000,000을 가공경비로 보아 손급불산입 및 실질대표자 강◯에게 상여처분하여 2008.6.26. 법인세 5,828,950원의 환급결정 및 2006사업연도 법인세 5,799,420원을 경정고지한다는 세무조사결과통지를 하였고 2008.9.1. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 5,799,420원을 경정고지하였다가 청구법인의 심판청구에 대한 답변과정에서 이월결손금을 공제하여 2006사업연도 법인세를 결정취소하고 9,879,030원을 환급하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.1. 심판청구를 제기하였다.
(1) 청구법인은 2007.3.6. 2004년 2기~2006년 1기 과세기간 중 ◯에 발행한 공급가액 506,518,181원의 매출세금계산서를 가공거래로 보아 이를 부가가치세 과세표준에서 차감하여 2007.3.6. 기납부한 부가가치세 45,586,637원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 위 ◯에 교부한 공급가액 506,50,181원과 추가로 ◯에 교부한 공급가액 300,000,000원 및 ◯에 교부한 공급가액 70,000,000원등 공급가액 합계 876,518,181원을 가공매출세금계산서로 보아 이를 부가가치세 과세표준에서 차감하여 부가가치세 77,869,433원을 환급결의한 세무조사결과를 통지하고서도 국세청예규에 따라 자료상과의 거래라고하여 동 세액을 환급하지 아니한 처분은 부당하다.
(2) 처분청은 명의상 대표이사 이◯가 수령을 부인한 쟁점급여 54,000천원을 손금불산입하여 실질 대표자 강◯에게 상여처분하였으나 쟁점급여를 실제 수령한 강◯의 급여로 보아 손금에 산입하여야 한다.
(1) 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급함이 없이 세금계산서만을 가공으로 교부하는 자료상행위자가 가공세금계산서에 의하여 신고 납부한 부가가치세는 환급받을 수 없는 것이므로 청구법인에 대한 부가가치세 조사시 가공매출세금계산서로 확인된 공급가액에 대한 부가가치세를 환급하지 아니한 당초처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 쟁점급여를 실질 대표자 강◯의 급여로 보아 손금에 산입하여야 한다고 주장하나 쟁점급여를 강◯이 수령하였는지에 대한 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 청구주장은 부당하다.
(1) 처분청이 가공세금계산서를 발행하여 과다하게 신고납부한 부가가치세를 감액경정결의하고도 쟁점환급세액을 환급하지 아니한 처분의 당부
(2) 실제 근무하지 아니한 명의대표자에게 지급한 쟁점급여를 실질대표자에 대한 인건비로 보아 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인은 아래와 같이 2004년 2기부터 2006년 1기까지 ◯에 교부한 공급가액 506,58천원의 매출세금계산서를 가공거래로 보아 부가가치세 45,596,630원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고 처분청은 ◯ 외에 ◯에 교부한 공급가액 876,518,181원의 매출세금계산서를 가공매출로 조사하여 부가가치세 77,869,420원의 환급결정결의를 하고서도 자료상행위자의 거래라고 하여 동 부가가치세를 실제 청구법인에게 환급하지 아니한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. 또한, 처분청은 아래와 같이 위 가공매출액 876,518,181원을 익금불산입하고 대표자에게 지급한 쟁점급여를 손금불산입하여 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세 5,828,950원을 환급결의하여 환급(충당)하고 2006사업연도 법인세 5,799,420원을 결정고지하였다가 심판청구시 이월결손금을 차감하여 2006사업연도 법인세 9,879,030원을 환급한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.
(2) 처분청이 과세근거로 제시하는 청구법인에 대한 자료상혐의자 조사종결보고서(2008.6.)의 사업자 조사내용에 의하면, 청구법인의 대표이사 이◯는 자신은 명의상 대표이사일 뿐 실제 대표자는 강◯으로 가공 매출세금계산서도 강◯이 직접 발행하였다고 진술하였고 주주인 강◯은 ◯에 근무할 당시 청구법인을 설립하였으나 법인의 대표자를 맡을 수 없어 장인인 이◯를 명의상 대표이사로 등기하였다고 진술하였으며 이◯는 ◯에 소속되어 2005년 11월부터 2008년 3월경까지 아파트경비원으로 근무하고 있는 것으로 보아 명의상 대표자로 판단되고 강◯은 청구법인의 발행주식 52%를 소유한 과점주주로서 청구법인의 실제 대표자로 판단된다는 내용이 나타난다. 매출처에 대한 조사내용에 의하면 청구법인이 ◯에 발행한 매출세금계산서의 공급가액 539,336천원중 2004년 2기 110,000천원, 2005년 1기 86,000천원, 2005년 2기 230,518천원, 2006년 1기 80,000천원, 합계 506,518천원은 실물거래없이 세금계산서만 발행하였음을 ◯으로부터 모두 확인하였고 청구법인이 ◯에 발행한 2005년 2기 매출세금계산서의 공급가액 300,000천원에 대해 금융거래내역을 조사한 바 ◯에서 공급대가 330,000천원을 청구법인의 은행계좌로 무통장 입금시킨 후 청구법인으로부터 수표로 회수하여 ◯의 계열회사인 ◯와 ◯의 계좌로 재입금하는 방법으로 금융거래를 조작한 사실이 확인되어 가공거래로 확정하였으며 청구법인이 ◯에게 발행한 2004년 2기 매출세금계산서의 공급가액 70,000천원에 대해 금융거래내역을 조사한 바 ◯에서 2004.12.22. 공급대가 77,000천원을 청구법인의 은행계좌로 무통장 입금시킨 후 청구법인으로부터 수표로 회수하여 ◯의 최◯(대표이사 처의 친척)과 강◯(주주)의 계좌에 재입금하는 방법으로 금융거래를 조작한 사실이 확인되어 가공거래로 확정한다는 내용이 나타난다.
(3) 처분청이 제시하는 부가가치세 경정결의서에 의하면 아래와 같이 청구법인의 가공매출액을 각 과세기간의 과세표준에서 차감하여 감액경정결의를 하였으나 동 환급발생액을 청구법인에게 환급하지 아니한 사실이 확인된다.
(4) 청구법인이 과세근거로 제시하는 국세청예규에 의하면 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급함이 없이 세금계산서만을 가공으로 교부하는 자료상행위자가 가공세금계산서에 의하여 신고납부한 부가가치세는 환급받을 수 없다는 내용이 나타나고 처분청이 청구법인을 자료상행위자로 분당경철서장에게 고발한 사실이 고발서에 의하여 확인된다.
(5) 먼저 쟁점1에 대하여 살펴보면 사업자가 당초 매출세금계산서를 발행교부하여 그 부가가치세액을 납부하였으나 추후 동 세금계산서가 가공매출로 확인되는 경우 기 납부한 가공매출관련 부가가치세는 원인관계 없이 납부한 오납액 등에 해당되는 것이고 국세기본법 제51조 의 규정에 의하면 세무서장은 오납액 등이 있는 경우 즉시 그 오납액 등을 국세환급금으로 결정하여 그 결정일로부터 30일내에 납세자에게 지급한다고 규정하고 있는 점 등을 감안할 때 처분청이 자료상 행위자가 가공세금계산서를 수수하고 이에 근거하여 신고납부한 부가가치세는 환급할 수 없다는 국세청 예규에 따라 가공매출 관련 부가가치세를 환급결의하고서도 실제 이를 청구법인에게 환급하지 아니한 것은 국세기본법 제51조 의 규정을 위반한 해석이라고 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인의 가공세금계산서 관련 매출액을 부가가치세 과세표준에서 차감하여 부가가치세를 환급결의하고서도 실제 이를 청구법인에게 지급하지 아니한 것은 잘못이므로 위 부가가치세를 청구법인에게 환급하는 것이 타당하다고 판단된다.
(6) 다음으로 쟁점2에 대하여 살펴보면 과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분을 한 경우에는 위 감액경정처분은 처음의 과세표준에서 결정된 과세표준과 세액의 일부를 취소하는데 지나지 아니하는 것이므로 처음의 과세처분이 감액된 범위내에서 존속하게 되고 이 처분만이 쟁송의 대상이 되며 경정처분 자체는 불복의 대상이 될 수 없다고 할 것인바 이 전의 경우 앞의 사실관계에서 살펴본 바와 같이 처분청이 청구법인의 2004~2006 사업연도 법인세과세표준을 청구법인의 당초신고 및 경정청구한 금액보다 추가로 조사한 가공매출액을 익금불산입(손금산입)함으로써 더 많은 금액을 감액하여 법인세를 환급한 사실이 확인되고 있으므로 그 자체로는 불이익 처분이 아니기 때문에 불복청의 대상이 될 수 없다고 할 것이다. 따라서 쟁점급여를 손금에 산입하여야 한다는 청구주장은 본안 심리대상이 아니라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부는 이유있고 일부는 부적법하다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.