토지분양에 대한 손익의 귀속시기를 공사 준공일이 아닌 사용승인일이 속하는 사업연도의 손익으로 보아 과세한 처분의 당부 및 지방자치단체로부터 받은 쟁점보조금에 대한 손익의 귀속시기를 보조금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도의 손익으로 보아 과세한 처분의 당부
토지분양에 대한 손익의 귀속시기를 공사 준공일이 아닌 사용승인일이 속하는 사업연도의 손익으로 보아 과세한 처분의 당부 및 지방자치단체로부터 받은 쟁점보조금에 대한 손익의 귀속시기를 보조금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도의 손익으로 보아 과세한 처분의 당부
○○○세무서장이 2008.1.9. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 3,817,001,500원, 2003사업연도 법인세 3,370,113,140원의 환급 및 2004사업연도 법인세 8,668,543,240원, 2005사업연도 법인세 5,521,532,740원, 2006사업연도 법인세 3,693,851,070원의 각 부과처분은
1. 기업회계와 세무회계와의 차이로 인하여 과소신고된 국고보조금에 대하여 일반과소신고가산세를 과세하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
○○○지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 처분청은 2008.1.9. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 8,668,543,240원, 2005사업연도 법인세 5,521,532,740원, 2006사업연도 법인세 3,693,851,070원을 각각 경정․고지하고, 2002사업연도 법인세 3,817,001,500원, 2003사업연도 법인세 3,370,113,140원을 환급하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.4. 이의신청을 거쳐, 2008.10.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 청구법인이 제공하는 분양대상 토지(택지 및 산업단지) 등은 개발계획에 따라 토지를 협의매수 또는 수용하고 이를 개발하여 공급하면서 간선시설이 완성되어야만 간선시설 설치로 인하여 혜택을 받게 되는 목적물이 완성되는 것이므로, 간선시설 설치가 완성되기 전에 분양되고 잔금청산 및 사용승낙이 이루어진 ‘미완성토지’와 관련하여 공사착공일부터 사업준공일까지 작업진행률 기준에 의하여 수익과 비용을 인식한 청구법인의 수익인식 방법은 세법상 타당한 수익인식 방법에 해당하므로 처분청이 사용승인일을 기준으로 수익을 인식하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인이 지방자치단체로부터 수령한 쟁점보조금은산업입지 및 개발에 관한 법률제28조 및 ‘공동사업협약서’의 규정에 의하여 지방자치단체가 부담하기로 되어 있는 ‘공공시설 설치 사업비’로서, 산업단지의 공공시설은 사업준공 후 지방자치단체로 무상 이관되는 대행사업에 해당하며, 청구법인의 실제투입원가에서 쟁점보조금을 차감하고 남은 잔액은 청구법인의 예수금에 해당하는 것으로 쟁점보조금은 무상으로 교부받은 보조금에 해당하지 아니하므로 처분청이 교부통지를 받은 날을 기준으로 수익을 인식하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
(3) 설사 쟁점보조금의 교부통지를 받은 시점에 익금산입하여 과세표준을 조정한다 하더라도 ○○○시장으로부터 2005사업연도에 수령한 보조금 9,056,000천원 중 2007사업연도에 반환한 7,000,000천원은 수령당시부터 무상으로 교부받은 자산이 아니므로 익금산입 대상에서 제외하여야 한다.
(4) 처분청이 쟁점보조금에 대하여 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 익금산입하여 과소신고가산세를 부과하더라도 그 차이가 발생하는 사유는 기업회계와 세무회계와의 차이에 대하여 익금산입한 금액이므로 일반과소신고가산세를 적용하여야 함에도 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
- 나. 처분청 의견
(1) 현행법인세법은 완성토지의 경우 그 대금을 청산한 날, 소유권 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다고 규정하고 있고, 미완성토지의 경우 작업진행률을 기준으로 한다고 규정하고 있으나, 청구법인의 주택용지 등의 분양계약 내용을 보면, 다수의 주택건설업체와 계약하고 있으며, 계약일 등이 서로 상이함을 알 수 있어, 청구법인이 일괄적으로 개별토지에 대한 각각의 계약을 사업지구 전체의 단일계약으로 볼 수 없어, 청구법인의 수익인식 방식과 달리 각 사업지구내 분양된 개별토지에 대하여 사용승낙이 이루어진 경우 이를 완성토지의 양도로 보아 사용승낙일이 속하는 사업연도의 분양수익으로 인식하고 이에 대응하는 원가를 인정하여 각 사업연도 익금산입 및 손금불산입하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 지방자치단체로부터 받는 쟁점보조금은 그 정책적 목적에 따라 산업단지의 전체적인 택지 분양가를 낮추어 저렴하게 공급함으로써 기업의 공장설립을 용이하게 하기 위하여 지방자치단체에서 보조하는 것으로 지방자치단체에 기부채납하는 부분만을 위하여 지원하는 보조금으로 볼 수 없고, 청구법인이 쟁점보조금에 대하여 전체 투입원가에서 일괄적으로 차감하는 형태로 회계처리한 점 등으로 미루어 쟁점보조금 수령이 공공시설 조성을 위한 대행사업의 성격이라는 청구법인의 주장은 사실과 다르며, 법인세법제40조(손익의 귀속사업연도) 및 법인세법 기본통칙 40-71…7(국고보조금의 귀속시기)에서 국고보조금의 손익 귀속시기는 보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 한다고 되어 있으므로, 쟁점보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 익금산입하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 정당하다.
(3) 청구법인의 경우 쟁점보조금 수령시 반환의무가 주어진 것이 아니고 2007년 사후 변경에 의하여 반환한 것으로 2005사업연도 보조금 수령시 익금산입함이 타당하고, 설여 반환의무가 있는 국고보조금의 경우라도 교부통지를 받은 날에 익금산입함이 타당(○○○, 2005.9.20.)한 것이며, 2007사업연도에 손금산입한 보조금 12,107,328천원 중에 반환금액 7,000,000천원이 기 포함되어 있다고 보아야 할 것이다.
(4) 쟁점보조금은 법인세법 시행령제118조(과소신고금액의 계산 등) 제4항 제4호 단서 규정에 의한 세무조정에 의하여 익금산입한 것이 아니라, 쟁점보조금을 교부통지를 받은 날에 익금에 산입하지 않음에 따라 법인세법 시행령제118조(과소신고금액의 계산 등) 제4항 제4호 본문 규정에 의한 손익의 귀속사업연도를 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액에 해당하는 것으로 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.
① 토지분양에 대한 손익의 귀속시기를 공사 준공일이 아닌 사용승인일이 속하는 사업연도의 손익으로 보아 과세한 처분의 당부
② 지방자치단체로부터 받은 쟁점보조금에 대한 손익의 귀속시기를 보조금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도의 손익으로 보아 과세한 처분의 당부
③ 쟁점보조금중 2005사업연도 ○○○시장으로부터 수령한 70억원을 2007사업연도에 반환하였으므로, 2005사업연도 익금산입한 금액에서 제외하여야 한다는 주장의 당부(예비적 청구)
④ 쟁점보조금에 대한 익금산입액에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다는 주장의 당부(예비적 청구)
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제76조 (가산세) ① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (단서 생략)
2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액
1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매: 그 상품 등을 인도한 날
2. 상품 등의 시용판매: 상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.
3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.
4. 자산의 위탁매매: 수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날 제69조 (용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.
③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. 제118조 (과소신고금액의 계산 등) ① 법 제76조 제1항 제2호(가목 단서를 제외한다)의 규정을 적용함에 있어서 법인이 결손신고를 한 경우에는 과소신고금액은 그 결손이 없는 것으로 보아 계산한다. 다만, 동호 가목 본문의 규정은 그 결손금을 포함하여 계산한 과소신고금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 부당과소신고금액이 50억원을 초과하는 경우에 이를 적용한다.
② 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다.
③ 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우 법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다.
④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 부당과소신고금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.
1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
2. 법 제26조(동조 제4호를 제외한다)ㆍ법 제27조 및 법 제28조 제1항 제1호ㆍ제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
3. 법 또는 조세특례제한법에 의한 준비금ㆍ충당금의 손금산입, 비과세 또는 소득공제의 적용대상이 되지 아니하는 법인이 이를 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 손금산입한도액을 초과하는 금액을 제외한다. 3의2. (삭제, 2006. 2. 9.)
4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는 조세특례제한법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만，기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다.
5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액
6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액 (3) 법인세법 기본통칙 40-71…7 (국고보조금의 귀속시기) 법인이 가격안정을 위하여 정부로부터 교부받은 국고보조금의 귀속시기는 동 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 한다. (4) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제28조 (비용의 부담) ① 산업단지개발사업에 필요한 비용은 사업시행자가 부담한다. 다만, 국가 또는 지방자치단체는 대통령령이 정하는 바에 의하여 산업단지개발사업에 필요한 비용의 일부를 보조할 수 있다.
② 제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 보조할 수 있는 비용의 종목과 비율에 관하여는 대통령령으로 정한다.
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 2007년 11월 ○○○지방국세청 조사공무원이 작성한 청구법인에 대한 조사서를 보면, 각 사업지구내 분양된 각각의 개별토지에 대하여 사용승낙이 이루어진 경우 이를 완성토지로 보아 사용승낙일이 속하는 사업연도에 분양수익을 인식하고 이에 대응하는 원가를 손금에 산입하는 것으로 되어 있고, 각 사업연도별 수입금액 및 원가를 조정한 내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 각 사업연도별 수입금액 및 원가 조정내역
○○○ (나) 이에 대하여 청구법인은 ○○○ 등의 택지 및 산업단지의 건설공급과 관련된 수익을 인식함에 있어서, 사업지구 전체를 하나의 수익인식단위로 보아 각 사업지구단위별로 공사착공일부터 사업준공일까지의 기간동안에 걸쳐 4～5년 이상 장기간이 소요되므로, 유상공급하는 토지는 사업지구 전체가 준공되기 전이라도 조기에 토지사용을 승낙함으로써 토지를 분양받은 자가 건축을 할 수 있도록 하고 있으나, 청구법인이 토지사용을 승낙한 후에도 도로, 공원 등 공공시설용지 및 상․하수도, 전기, 통신 등 간선시설에 대한 공사를 진행하고 있어, 청구법인이 각 사업지구단위의 예정원가에서 실제 건설에 투입된 원가비율로 산정된 작업진행률에 의하여 각 사업연도의 수익을 인식한 것은 정당한 것이라 주장한다. (다)법인세법제40조(손익의 귀속사업연도) 및 같은 법 시행령 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것으로 되어 있고, 이를 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도로 하며, 건설 등의 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 하여 익금과 손금에 산입하는 것으로 되어 있다. (라) 살피건대, 청구법인이 제공하는 분양대상 택지 및 산업단지 등은 건설업자 등이 주택 등을 건설할 것을 전제로 하여 매도한 것이고, 건설업자 등은 지방자치단체로부터 건축승인을 받은 후 곧바로 청구법인으로부터 분양받은 토지 위에 주택 등을 건설할 수 있는 것으로 되어 있으며, 청구법인이 건설업자 등에게 토지사용 승낙을 하는 것은 수분양자로부터 토지대금을 완납 받은 후에 승낙을 하는 것이어서 청구법인이 제공하는 분양대상 택지 및 산업단지 등에 대한 토지사용 승낙일에는 분양토지에 대한 대금 청산 및 자산의 인도가 있었던 것으로 볼 수 있고, 청구법인이 사업지구내 도로 등 간선시설에 대한 공사는 택지 및 산업단지개발사업의 시행자로서 설치하는 것일 뿐 택지 및 산업단지 등을 매수한 건설업자 등에게 공급되는 것은 아니므로, 택지 및 산업단지의 분양계약과 관련된 수익은 분양대금의 청산, 택지 및 산업단지의 인도로 이미 확정되었다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 택지 및 산업단지의 건설공급과 관련된 수익을 인식함에 있어 그 귀속시기를 청구법인이 건설업자 등에게 택지 및 산업단지의 토지사용승낙일이 속하는 사업연도로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다○○○.
(2) 쟁점② 및 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구법인이 ○○○시장(이하 “관련 지방자치단체장”이라 한다)으로부터 쟁점보조금을 수령한 것으로 나타나며, 그 내용은 다음 <표2>과 같다. <표2> 청구법인이 수령한 쟁점보조금 내역
○○○ (나) 청구법인은 쟁점보조금에 대하여 관련 지방자치단체장과 체결한 ‘공동사업협약서’의 규정에 따라 지방자치단체가 부담하기로 되어 있는 공공시설 설치사업비로서, 택지 및 산업단지 준공 후에 지방자치단체에 무상으로 소유권이 이전되는 공공시설용지의 조성사업비인 쟁점보조금은 지방자치단체로부터 무상으로 교부받은 자산이 아니므로 익금산입대상에서 제외되어야 하고, 2005년도에 ○○○시장으로부터 수령한 시도보조금 중 2007년도에 반환한 70억원은 예수금에 해당하므로 2005사업연도 익금산입대상에서 제외되어야 한다고 주장한다. (다) 청구법인과 ○○○ 사이에 체결된 ○○○산업단지 ‘공동사업시행협약서’ 제5조(사업비의 부담) 제2항을 보면, 산업단지내 기반시설 건설비용 중 도․시비 부담액은 ○○○시장이 반드시 조달하는 것으로 되어 있고, 제6조(사업지원비 납부시기 및 방법) 제1항을 보면, ○○○시장은 2005년부터 사업 준공시까지 국․도․시비의 보조금을 연차적으로 지원하는 것을 원칙으로 하는 것으로 되어 있다. (라) 청구법인이 쟁점보조금을 수령하여 회계처리한 내용을 ○○○산업단지 2003년 수령액 1,260,000천원을 기준으로 살펴보면, 기초미완토지 22,805,661천원 + 당기실제투입원가 18,760,053천원 - 시도보조금 1,260,000천원 - 타계정대체 8,000,000천원 = 기말미완토지 32,305,714천원으로 하고 있어, 공공시설비를 선집행한 당기실제투입원가에서 시도보조금 수령액을 차감한 금액을 당기투입원가로 계산하여 기말미완토지를 계산하고 있는 것으로 나타나고, 각 사업연도말 결산시 미완토지에 작업진행률를 곱하여 산출된 금액을 매출원가(완성토지)로 대체하고 있는 것으로 나타난다. (마) 한편, 처분청은 쟁점보조금의 사업연도별 수익의 귀속시기를 쟁점보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도의 수익으로 인식하여 청구법인이 작업진행률에 따라 계산한 매출원가에 상당하는 금액을 차감하여 익금에 산입하고, 이에 대응한 사업연도별 손금산입액은 쟁점보조금에 수익으로 인식한 각 개별토지(사용승낙이 이루어진 토지)의 면적 합계가 택지 및 산업단지별 처분가능면적에서 차지하는 비율을 곱하여 산정하였으며, 각 사업연도별 쟁점보조금의 익금산입 및 손금산입한 내역은 다음 <표3>과 같다. <표3> 쟁점보조금 익금산입 및 손금산입 조정내역
○○○ (바) 2007.10.22. ○○○시장이 청구법인에게 보낸 ‘○○○산업단지 공공시설 설치보조금 지급 통보’와 관련된 공문○○○) 내용 중, ○○○가 청구법인 사이에 체결된 ‘공동사업시행협약서’ 제5조 및 제16조의 규정에 따라 동․북부 지역 특화발전사업비 100억원 중 70억원을 반환하라는 내용이 포함되어 있고, 2007.11.6. 청구법인의 지출결의서○○○를 보면 청구법인의 ○○○ 보통예금 계좌○○○에서 70억원을 선수금 상환한 것으로 되어 있다. (사) 살피건대, 청구법인이 관련 지방자치단체장으로부터 수령한 쟁점보조금은산업입지 및 개발에 관한 법률제28조(비용의 부담)의 규정 및 관련 지방자치단체장과의 ‘공동협약서’에 근거하여 수령한 것으로 판단되고, 청구법인은 쟁점보조금 수령시에는 부채(예수금)로 계상한 후 택지 및 산업단지 등의 작업진행률에 따라 미완성토지 매출원가에서 차감하는 형식으로 회계처리를 하고 있고, 처분청은 쟁점보조금 수령시에 이를 익금에 산입한 후 택지 및 산업단지 사용승인일이 속하는 연도의 토지매출에 대응되는 쟁점보조금 상당액을 손금에 산입하고 있는 바, 법인세법제40조(손익의 귀속사업연도) 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것으로 규정하고 있어, 청구법인의 택지 및 산업단지개발 사업과 관련하여 관련 공공시설용지 및 간선시설에 필요한 비용의 일부를 쟁점보조금으로 수령하여 청구법인의 미완성토지 매출원가에서 차감하는 경우 쟁점보조금은 그 수령한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다○○○. 한편, 청구법인은 2005년도에 ○○○시장으로부터 수령한 시도보조금 중 2007년도에 반환한 70억원은 예수금에 해당하므로 2005사업연도 익금산입대상에서 제외되어야 한다는 주장이나, 청구법인이 공공시설용지 및 간선시설에 필요한 비용으로 쟁점보조금을 사용하지 아니함으로써 이미 익금에 산입한 쟁점보조금을 ○○○시장에 반환하는 경우, 그 반환한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산시 손금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단되므로, 2005사업연도 익금산입대상에서 제외되어야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
(3) 쟁점④에 대하여 본다. (가) 처분청은 쟁점보조금에 대하여 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도의 수익으로 인식하여 청구법인이 작업진행률에 따라 계산한 매출원가에 상당하는 금액을 차감하여 <표3>과 같이 각 사업연도 소득금액 조정시 익금에 산입하였으며, 과소신고소득금액 계산시 부당과소신고금액으로 하여 각 사업연도 과세표준 및 세액 산정시 부당과소신고가산세 를 적용하여 이 건 부과처분을 한 사실이 나타난다. 부당과소신고가산세 ： 2003사업연도 70,863천원, 2004사업연도 11,234천원, 2005사업연도 1,970,878천원, 2006사업연도 143,421천원 (나) 청구법인의 쟁점보조금에 대한 회계처리 내용은 전술한 (2)-(라)의 내용과 같다. (다) 살피건대,법인세법제76조(가산세) 제1항 제2호에서 법인세 과세표준을 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우, 대통령령이 정하는 부당과소신고금액에 대하여는 그 미달신고한 금액에 해당하는 산출세액의 20％(부당과소신고금액이 50억원을 초과하는경우 30%)를 과소신고가산세로 부과하고, 그 외의 일반과소신고금액에 대하여는 미달신고한 금액에 해당하는 산출세액의 10％를 과소신고가산세로 부과하는 것이며, 부당과소신고금액에 대하여는 같은 법 시행령 제118조(과소신고금액의 계산 등) 제4항 제1호 내지 제6호에서 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 택지 및 산업단지의 건설공급과 관련하여 공공시설용지 등에 대하여 청구법인의 공공시설비를 선집행하고, 관련 지방자치단체장으로부터 쟁점보조금을 수령하면 미완성토지 원가에서 차감하여, 작업진행률에 따라 계산된 금액을 매출원가로 대체하고 있는 점으로 볼 때, 청구법인이 쟁점보조금에 상당하는 금액에 대하여 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상한 것이라고 보기는 어렵다고 할 것이다. 또한, 청구법인의 2002사업연도 소득조정금액 내용을 보면, 국고보조금 5,683,584천원을 익금에 산입하여 2002사업연도 법인세 과세표준과 세액을 신고하고 있는 점 및 처분청이 이를 인정하여 2002사업연도 법인세 과세표준을 경정하고 있는 점에 비추어, 쟁점보조금의 익금산입은 손익의 귀속연도를 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 것이라기보다는 청구법인이 쟁점보조금에 대하여 회계처리한 방법과 처분청이 쟁점보조금의 수익인식 차이에 따른 조정에 의하여 익금에 산입한 것으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점보조금을 익금에 산입하여 과소신고소득금액을 계산하면서 이를 부당과소신고금액으로 하고 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.