쟁점부동산의 양도를 토지만의 양도로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.1.1. 청구인의 어머니 차○○, 형제인 김두○․김동○․김천○과 공동으로 상속받은 ○○시 ○○구 ○○동 1가 - 대지 513.7㎡와 주택 304.95㎡ 및 미등기건물 201.6㎡(청구인의 지분은 100분의 18이며, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2005.6.29. ○○구역 제4-1지구정비사업시행(○○시 ○○구 고시 제2005-78호)과 관련하여 (주)○○홀딩스(--***)(이하 “○○홀딩스”라 한다) 에게 양도하고 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 2005.8.12. 양도소득세 6,732,920원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 국세청장이 2008년 3월경 ○○세무서에 대한 업무감사를 실시하는 과정에서 ‘쟁점부동산은 등기부상 대지 513.7㎡, 건물(주택) 304.95㎡로 되어 있으나, 건물(이하 “쟁점주택”이라 한다) 중 실시 주거용으로 사용한 면적은 160.46㎡이고, 나머지 144.49㎡와 미등기건물 201.6㎡는 창고 및 임시수박장소 등으로 사용 하였으며, 쟁점부동산의 양도가액(77억7천만원)을 기준시가에 의하여 안분하여 보면 주거용으로 사용한 건물면적(160.46㎡)과 그 부수토지의 양도가액이 24억 2,800만원으로 계산되어 쟁점부동산 중 주거용으로 사용한 부분은 소득세법제89조 제3호의 고가주택에 해당되므로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산 하였어야 함에도 청구인이 기준시가에 의하여 양도차익을 신고하였는데도 처분청이 아무런 조치를 취하지 아니하여 그 만큼의 양도소득세를 부족하게 징수하였다’고 지적함에 따라 쟁점부동산 중 주거용으로 사용한 부분에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 재계산하여 2008.9.10. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 146,957,110원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 주택이란 매매 쌍방이 상시 주거용으로 사용할 수 있거나 사용할 것을 예정하여야 할 것인데, 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 쟁점주택은 신축한지 55년이 경과되었을 뿐만 아니라 장기간 거주하지 아니하여 주택으로서의 기능을 상실한 폐가의 상태이었고, 2004.5.18. 작성된 ‘쟁점부동산 매매계약서’ 및 2005년에 작성된 ‘토지매매잔금지급연장합의서’의 부동산 표시란을 보면 건물란에는 아무런 표시가 없는 반면, 토지란에만 지목과 면적이 기재되어 있으며, 쟁점부동산의 매매대금 77억 7,700만원은 토지 155.4평에 평당 5,000만원을 곱하여 산정한 토지만의 대금이며, 쟁점부동산을 매입한 ○○홀딩스도 쟁점부동산 중 토지만을 매입하였고 지상물 일체는 철거하여야 할 대상이므로 값은 산정하지 아니하였다고 확인하였고, 쟁점부동산 매매계약서상에 “지상물 일체” 또는 “지상권 일체”라고 기재한 것은 ○○홀딩스가 건물을 철거할 때 자유롭게 철거하기 위한 것으로 청구인은 쟁점부동산 중 건물을 양도한 것이 아니라 토지만을 양도하였음에도 처분청은 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2004.5.18. 작성된 쟁점부동산매매계약서에 의하면 매매목적물은 쟁점부동산 소재지 지상물 일체와 대지 513.7㎡로 기재되어 있고 계약금은 7억 7,700만원이고 잔금 69억9,300만원은 2004.9.18. 지불하기로 약정되어 있으며, 2005년(일자 미상)에 작성된 토지매매잔금의 지급연장 합의서에는 매매목적물이 대지 513.7㎡와 지상권 일체로 표시되어 있어 쟁점부동산의 양도를 토지만의 양도로 볼 수 없고 토지와 건물을 함께 양도한 것이고, 쟁점부동산의 양도가액을 주택과 기타건물의 기준시가로 안분하여 산정된 쟁점주택의 양도가액이 24억2,800만원이므로 그 가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당함으로써 쟁점주택의 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 이 건 양도소득세를 고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 양도를 토지만의 양도로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다. (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법 제96조 【양도가액 】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우 (3) 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위 】

① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산 소재지 일대는 1979년 11월 국토해양부장관에 의하여 재개발정비 구역(○○구역 제4-1지구)으로 지정된 곳으로 ○○홀딩스가 청구인 등으로부터 일대 부지를 매입하여 2006년 11월에 착공하여 지상 30층, 지하 7층의 복합건물을 신축하고 있다.

(2) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 현지확인복명서(2005년 12월)와 청구인과 함께 쟁점부동산을 공동으로 상속하였던 상속인 중 김천○이 국세청장에게 제기한 심사청구에 대한 심사결정문(국세청 심사양도2006-74, 2006.6.26.) 등에 의하면, 처분청은 당초 쟁점부동산의 실지 용도를 아래 <표>와 같이 조사한 것으로 나타난다. <표> 쟁점부동산의 실지 용도 및 과세구분 등기부상용도 건물면적(㎡) 실지용도 과세구분 양도가액 주택(석조) 240.69 2층 80.23 주 택 고가주택 실지거래가액 1층 80.23 주 택 지하 80.23 공장용도 비주거용 기준시가 주택(연와조) 64.26 2층 32.13 창고 및 임시숙박장소 1층 32.13 미등기건물 201.60 단층 201.60 합 계 506.55 506.55 (가) 즉, 양도 물건 중 1950년에 신축된 2층 석조주택(240.69㎡)의 1층과 2층은 주거용 건물의 형태를 갖추고 있었으나 지하부분(80.23㎡)은 공장용도로 사용되었음이 확인되었고, 나머지 1985년 신축된 2층 연와조 주택(64.26㎡)의 1층과 2층 및 미등기건물(201.60㎡)은 1997년경부터 ○○ 제4-1지구 도심재개발사업이 추진되어 왔던 지역으로 건물의 구조는 주택으로 되어 있으나 주방시설이 없는 점, 동 건물 소재지에 1980년부터 ○○의류(--, 무역의류), ○○통상(--, 외의), ○○마케팅(--, 화장품), ○○상사(--, 외의) 등이 사업자등록을 하고 사업을 영위한 사실이 사업장 소재지별 사업자내역 조회(TA60)에 의하여 확인되는 점 등으로 보아 의류부자재 공장의 창고 및 남대문시장 일대에서 거래되는 보따리장사의 물품보관장소(창고), 임시숙박장소 등으로 사용한 것으로 판단되므로 쟁점부동산의 건물 중 비거주용으로 사용된 것으로 판단되는 주택외부분(346.09㎡)에 대하여는 기준시가를 적용하여 양도가액을 산정하고, 주거용으로 사용된 것으로 판단되는 주택부분(160.46㎡)에 대하여는 실지거래가액을 적용하여 양도가액을 산정할 필요가 있다고 조사한 내역이 나타나고, (나) 쟁점부동산의 양도일까지 쟁점주택에는 기본요금 이상의 전화요금, 상하수도 사용료 및 전기사용료가 부과되었고, 2005.4.30. 공시된 쟁점주택의 공시가격은 10억원으로 확인되었다고 조사한 내역이 나타난다.

(3) 한편, 국세청장의 처분청에 대한 종합감사결과 처분지시서(감사담당관실-991, 2008.6.16.)에 의하면, 청구인외 공동상속인 4인이 2005.6.29. ○○홀딩스에게 양도한 쟁점부동산 중 일부가 주택이고, 주택으로 사용한 부분의 양도가액이 6억원을 초과하므로 주택 부분은 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하였어야 함에도 기준시가에 의하여 양도차액을 계산함으로써 주택 부분에 대한 양도소득세를 부족하게 징수하였다는 취지의 감사내용이 기재되어 있다.

(4) 이에 대하여 청구인은 쟁점부동산 중 주택으로 등기된 부분은 모두 노후화되어 실지 주택으로 사용하지 아니하였다고 주장하면서 그 근거로 쟁점부동산의 매매계약서 등을 제시하였으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 2004.5.18. 작성된 부동산매매계약서에 의하면, 쟁점부동산의 공동상속인 중 김동○이 ○○홀딩스에게 쟁점부동산을 77억 7,000만원에 양도하는 계약을 체결하면서, 동 계약서상 1.부동산의 표시의 소재지란에 ‘○○시 ○○구 ○○동 1가 **-*번지 지상물일체’로 기재하였고 토지란에 대지 513.7㎡만 기재하였으며, 2005년(일자 미상)에 작성된 토지매매잔금지급 연장 합의서에 의하면, 쟁점부동산의 소재지 하단에 (면적: 513.7㎡, 155.4평 지상권 일체)로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (나) 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 쟁점부동산의 공동상속인인 청구인외 4인은 쟁점부동산을 2004.5.18. 매매를 원인으로 2004.6.29. ○○홀딩스 명의로 소유권을 이전하였고, 같은 날 (주)한국토지신탁에 신탁등기되었음이 쟁점부동산의 등기부등본에 나타난다.

(5) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구인이 쟁점부동산 중 토지 뿐만 아니라 건물을 대상으로 2005년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고 그 중 청구인 지분에 해당하는 양도차익을 계산하여 양도소득세를 신고․납부한 사실이 확인되는 점, 2005.6.29. 쟁점부동산 중 미등기건물을 제외한 나머지에 대하여 매매계약을 원인으로

○○홀딩스의 명의의 소유권이전등기가 경료된 점, 2004.5.18. 작성된 부동산매매계약서상에는 매매목적물이 토지와 그 지상물 일체로 기재되어 있을 뿐만 아니라 ‘매도자는 임차인에게 건물을 명도받아 잔금완불 전 매수자에게 명도하여 주도록’ 명시되어 있으며, 김동○과 ○○홀딩스 사이에 잔금지급일을 2005.6.30.로 연장하기로 약 정한 토지매매잔금지급연장합의서상에도 매매목적물이 토지와 지상권 일체로 표시되어 있는 점, 쟁점부동산의 양도일 이후까지 쟁점주택에 대하여 기본요금 이상의 상하수도요금 및 전기사용료가 부과되어 왔고 엘피지가스의 사용이 가능한 상태였으며

○○홀딩스가 쟁점부동산의 양도일 이후 건물의 내부를 정리하여 3~4개월 정도 사무실로 사용한 점, 또한, 건축물대장 등 공부상으로도 쟁점건물은 그 용도가 주택으로 되어 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점부동산 중 주거용으로 사용한 부분에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 재계산하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.