조세심판원 심판청구 부가가치세

법원의 판결에 따라 공급시기를 달리하여 부과제척기간의 특례를 적용한 처분의 당부

사건번호 조심-2008-중-3849 선고일 2009.03.20

대법원 판결결과 공급시기를 달리 본 동일사안에 대한 연결된 처분으로서 당초 잘못된 부과처분의 내용을 바로 잡은 것에 불과하다 할 것이므로, 새로운 처분을 한 것으로 보기는 어렵다 할 것임

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2000.5.17.부터 ‶경기도 파주시 ○○○ ○○○ 296-2″ 에서 건 축・토 목공사업을 영위하여 온 법인으로, 2002년 제1기에 공급가액 37억원 (당 초 47 억 7,200억원이었으나 법원의 판결 등을 통하여 최종적으로 문제된 금액은 37억원 이다. 이하󰡒쟁점매출”이라 한다)을 매출과세표준에 산입하여, 2002년 제1기 부 가가치세를 신고하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점매출의 공급시기를 2002년 제1기가 아닌 2001년 제2기로 보 아, 2004.10.1. 2002년 제1기 매출과세표준을 감액하고, 2001년 제2기의 매 출과세표준을 증액하여 각 해당기의 세액을 경정・고지하였으나, 환송심 재판 장이 쟁점매출의 공급시기는 2001년 제2기가 아니라 청구인이 당초 신고한 2002년 제1기라는 취지의 대법원 파기 환송 판결(대법원 2008.8.21. 선고 2008두5117 판결)에 따라 직권경정을 권고하자, 직권으로 쟁점매출을 2001년 제2기 매출과세표준에서 공제하고, 2002년 제1기 매출과세표준에 이를 가산하여, 2008.10.8. 청구인에게 2002년 제1기 부가가치세 135,933,120원을 재경정・고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.14. 심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 처분청이 대법원의 판결에 따라 하였다는 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분은국세기본법제26조의 2 제2항(이하󰡒부가제척기간의 특례”라고 한다)의 적용 대상에 해당하지 아니하여 이미 부과제척기간을 경과한 뒤 이루어진 처분이므로 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 이 건의 경우 납세자에게 불리한 새로운 처분이나 증액처분을 한 것이 아니라 판결에 따라 동일한 처분의 공급시기를 조정한 것에 불과하여 부과제척기간의 특례에 의한 처분이라 할 것이므로 청구인의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 공급시기가 2002년 제1기라는 법원 판결 취지에 따라 당초의 2001년 제1기 부가가치세를 취소하고, 5년의 부과제척기간이 지난 2008.10.8. 국세기본법 제26조의 2 제2항을 적용하여 2002년 제1기 부가가치세를 증액경정한 처분의 당부
  • 나. 관련법령 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정 ・ 판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청 ・ 심사청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

③ 제2항 제1호의 결정 또는 판결에서 명의대여 사실이 확인된 경우에는 제1항에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 명의대여자에 대한 부과처분을 취소하고 실제로 사업을 경영한자에게 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 대법원 판결서, 처분청의 직권경정검토서 및 국세통합전산망(TIS)자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 당초 청구인은 37억원의 쟁점매출을 2002년 제1기의 매출 과세표준에 산 입하여 부가가치세를 신고・납부하였는데, 처분청은 쟁점매출의 공급시기를 2001년 제2기로 보아, 쟁점매출을 2002년 제1기 매출과세표준에서 공제하고 2001년 제2기 매출과세표준에 산입하여, 2002년 제1기 부가가치세는 감액경정하고, 2001년 제2기 부가가치세는 증액경정하였다. (나) 청구인은 이에 불복하여 쟁점매출의 공급시기는 2002년 제1기라는 취지의 대법원 판결(파기환송)을 받아 내었고, 처분청은 위 판결취지에 따른 환송심 재 판장의 경정권고를 받아들여 직권으로 2008.10.8. 2001년 제2기 매출과세표 준 에서 쟁점매출을 공제하고, 2002년 제1기 매출과세표준에 이를 산입하여, 2001 년 제2기 부가가치세는 감액재경정하고, 2002년 제1기 부가가치세는 증액재경정하였다. (다) 2002년 제1기 부가가치세의 부과제척기간은 2007.7.25.까지이나, 처분청은 2002년 제1기 부가가치세 증액재경정처분을 대법원 판결에 따른 처분으로 보아 국세기본법 제26조 의 제2항을 적용하였다.

(2) 이에 대하여 청구인은, 부과제척기간의 특례 규정은 국세부과 제척기간으로 인하여 오히려 납세자가 유리한 판결을 이행받지 못하는 불합리한 결과를 방지하기 위한 것이므로, 만약 법인세법 또는 소득세법상의 손익귀속시기나 부가가치세법의 과세시기와 관련하여서도 이를 동일하게 적용한다면 국세부과 제척기간이 영구히 늘어나 규정의 원래 취지에 반하는 문제점이 있고, 부과제척기간의 특례의 적용범위에 대하여 대법원이 양면적용설의 입장을 취하고 있기는 하나 이는 하나의 과세단위로서 동일성을 유지하는 경우에 한정되는 것이므로 이 건과 같이 과세기간이 달라 동일성을 상실하는 경우에는 원천적으로 적용여지가 없는 것이므로, 처분청이 이 건 2002년 제1기 부가가치세 부과처분에 부과제척기간의 특례를 적용함은 부당하다고 주장한다.

(3) 반면, 처분청은 부과제척기간의 특례의 적용범위에 대한 대법원의 입장은 양면적용설인 바, 이 건의 경우 처분근거인 대법원 판결의 쟁점이 처음부터 부가가치세의 공급시기를 어떻게 볼 것인가의 문제였으므로, 그 결과에 따라 이루어진 이 건 과세처분은 동일사안에 대한 연결된 처분이라 할 것이어서 이를 납세자에게 불리한 새로운 처분이나 증액경정에 해당한다고 할 수 없고, 만약 이 건과 같은 경우에 부과제척기간의 특례 적용을 부정할 경우, 처분청은 향후 유사사건의 처리시 납세자의 불복청구가 있으면 증액처분만 하고, 감액처분은 최종결과를 기다렸다 할 수 있게 되어 더욱더 불합리한 결과가 발생할 수 있다는 의견이다.

(4) 살피건대, 국세기본법제26조의2 제2항은 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있다는 것은 아니라 할 것(대법원 1994.8.26. 선고 94다3667 판결 참조)이고, 과세권자는 판결이나 심판결정 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하더라도 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 당해 판결 등을 받은 자로서 그 판결 등이 최소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐 그 취소나 변경의 대상이 된 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 재처분을 할 수 있는 것은 아니라고 할 것(대법원 2005.3.24. 선고 2003두9473 판결 참조)이나, 그렇다고 하여 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 근거는 없다고 할 것(대법원 1966.5.10. 선고 93누4885 판결 참조)이다.

(5) 그렇다면 이 건의 경우, 처분의 근거가 된 대법원 판결 자체가 쟁점매출의 공급시기를 어떻게 볼 것인가의 문제를 쟁점으로 하여 심리가 진행되어 왔고, 판결의 결과 역시 쟁점매출의 공급시기는 2001년 제2기가 아니라 2002년 제1기라는 것이며, 이러한 판결의 취지에 따라 처분청이 쟁점매출의 공급시기를 조정하여 제1과세기간의 매출과세표준을 감액하고 1과세기간의 매출과세표준을 증액함으로써 이 건 과세처분이 이우어진 것인 바, 이는 동일사안에 대한 연결된 처분으로서 당초 잘못된 부과처분의 내용을 바로 잡은 것에 불과하다 할 것이므로, 이 건 2002년 제1기 부가가치세 부과처분(증액재경정)은 대법원 판결의 취지에 따른 처분에 해당하는 것으로 봄이 타당하고, 이를 두고 청구인의 합리적인 예측가능성을 벗어나 새로운 처분을 한 것으로 보기는 어렵다 할 것이어서, 결국 처분청이국세기본법제26조의2 제2항을 적용하여 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)