자동차정비사업조합으로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분

○○세무서장이 2008.9.16. 청구인에게 한 부가가치세 2005년 제1기분 49,114,170원, 2005년 제2기분 50,789,600원, 2006년 제1기분 50,570,520원, 2006년 제2기분 51,561,710원, 2007년 제1기분 54,207,100원, 2007년 제2기분 65,316,390원의 부과처분은 청구인이 2005년 제1기부터 2007년 제2기까지 ○○시자동차부분정비사업조합 등으로부터 교부받은 세금계산서의 공급가액 2,328,705,000원중 2,252,241,994원[명세:별지]에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 각각의 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 카센타 등으로부터 폐윤활유를 수집하여 정제한 후 제조․판매하는 법인으로, ○○시자동차부분정비사업조합 외 4개조합(이하 “자동차정비사업조합”이라 한다)과 폐윤활유를 수집하고 일정대금을 지급하기로 약정한 후 2005년부터 2007년까지 공급가액 2,328,705천원(2005년 제1기 326,866천원, 2005년 제2기 353,975천원, 2006년 제1기, 356,248천원, 2006년 제2기 378,900천원, 2007년 제1기 405,150천원, 2007년 제2기 507,566천원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 자동차정비사업조합에 지급하고 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 청구인이 2005년 제1기부터 2007년 제2기 부가가치세 과세기간중 수취한 쟁점세금계산서는 정제유의 원료인 폐유 등을 자동차정비사업조합에 속한 조합원(카센타 등, 이하 “부분정비사업자”라 한다)으로부터 수거한 후 자동차정비사업조합으로부터 수취한 사실과 다른 세금계산서라는 과세자료를 통보받고 2008.9.16. 청구인에게 부가가치세 2005년 제1기분 49,114,170원, 2005년 제2기분 50,789,600원, 2006년 제1기분 50,570,520원, 2006년 제2기분 51,561,710원, 2007년 제1기분 54,207,100원, 2007년 제2기분 65,316,390원을 경정결정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 정제연료유 제조용 원재료로 사용․소비되는 폐유 및 지정폐기물은 환경법에 저촉되는 물질로 부분정비사업자가 배출한 폐유 및 고상폐기물 처리권한을 위임받은 자동차정비사업조합과 연간단위로 폐유회수 및 처리계약 또는 폐유 위탁처리계약을 체결하고 약정에 따라 폐유수거대가로 쟁점금액을 자동차정비사업조합에 지급하고 쟁점세금계산서를 적법하게 수취한 것임에도 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 부분정비사업자가 배출한 폐유 및 고상폐기물 등을 수거하고 폐유 수거에 따른 대금을 폐유 배출량과 비례관계없이 일정액을 자동차정비사업조합에 지급하기로 폐기물공동처리용역계약을 체결하였고, 자동차정비사업조합은 위 약정을 근거로 이를 수령하여 조합활동비에 사용함으로써 실질적으로 부분정비사업자가 부담할 조합비가 인상되지 않는 효과 및 다른 고상폐기물을 무상처리하는 혜택을 보고 있는 점 등으로 볼 때 쟁점세금계산서는 실질공급자(카센타 등 조합원)와 발행자가 다른 세금계산서에 해당하므로 처분청이 쟁점세금계산서에 해당하는 매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

○ 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업ㅇ를 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록된 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 폐기물관리법제18조 제5항 폐기물관리법 시행규칙 제21조 에 의하면, 환경부령으로 정하는 둘 이상의 사업장폐기물배출자는 각각의 사업장에서 발생하는 폐기물을 공동으로 수집․운반 또는 처리할 수 있고, 이 경우 사업장폐기물배출자는 공동 운영기구를 설치하고 그 중 1명을 공동 운영기구의 대표자로 선정하여 폐기물처리시설을 공동으로 설치․운영할 수 있으며, 공동 운영기구의 대표자는 공동처리대상 사업장에 대한 사업장폐기물배출자의 신고, 사업장 폐기물의 배출 및 처리실적보고업무를 대행할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(2) 자동차정비사업조합에 속한 자동차부분정비사업자는 위 폐기물관리법등에 근거하여 자동차정비사업조합(비영리법인)을 설립하고 본인의 사업장에서 발생된 폐기물처리에 관한 권한을 조합측에 위임하였으며, 자동차정비사업조합은 이들이 배출한 폐유 및 고상폐기물에 대해 회수․처리업체를 선정하여 그 수거내용을 관할관청에 공동처리대표자로 일괄보고하도록 하고 있으며, 청구인은 자동차정비사업조합에 속한 부분정비사업자가 배출한 폐유 및 지정폐기물을 독점적으로 회수․처리하는 권한을 자동차정비사업조합으로부터 부여받는 조건으로 자동차정비사업조합과 산하 지회에 각 지회의 회원수, 폐유배출량 및 협회의 특성에 따라 일정기준의 금액을 월정액으로 지급하도록 위 조합과 약정한 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 2005년부터 2007년까지 자동차정비사업조합 소속 조합원(카센타 등)인 부분정비사업자로부터 정제유의 원료인 폐유 등을 수집하고 아래의 지급기준에 따른 대가를 자동차정비사업조합에 지급하고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 나타난다. ≪ 각 조합별 월정액 지급기준 ≫ 조합명칭 계약일 지급기준

① ○○시 자동차 부분정비사업조합 2005.2.1.

• ○○지회 월정액 170만원+고상폐기물처리비

• ○○ 월정액 130만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 월정액 120만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 월정액 220만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 월정액 190만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 월정액 170만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 월정액 400만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 월정액 230만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 월정액 200만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 월정액 280만원+고상폐기물처리비,

• ○○ 22,000/드럼, ○○22,000원/드럼

② ○○시 자동차 정비업협동조합 2005.3.1. 폐유 드럼당 5,000원, 고상폐기물보조금 매월 2,000천원

③ ○○도 자동차 정비사업조합 2005.1.1.

• ○○조합 월정액 80만원,

• ○○ 월정액 270만원,

• ○○ 월정액 300만원,

• ○○ 월정액 25만원,

• ○○ 월정액 30만원,

• ○○ 월정액 40만원

④ ○○남도 자동차 정비사업조합 2006.11.15. 월정액 180만원~200만원

⑤ ○○북부 자동차 정비사업조합 2007.1.1.

○○ 월정액 300만원, ○○ 월정액 70만원

(4) ○○지방국세청장의 청구인에 대한 조사결과를 보면, 자동차정비사업조합은 청구인으로부터 지급받은 금액을 조합 및 지회의 운영비로 사용하고 조합 정기총회시 운영비 사용내역을 회원들에게 공지하였고, 자동차정비사업조합에 지급한 금액 중 평균단가를 초과하여 지급한 공급가액 76,463천원(○○시 자동차부분정비사업조합 63,263천원, ○○남도 자동차부분정비사업조합 13,200천원, 별지 참고)을 접대성 경비로 조사하여 청구인의 소득금액계산시 손금불산입한 것으로 조사복명서에 나타난다.

(5) 위 사실을 종합하여 살피건대, 부분정비사업자들은 폐기물관리법에 근거하여 자동차정비사업조합을 설립 및 본인의 사업장에서 발생된 폐기물처리에 관한 권한을 조합에 위임하였고, 청구인은 위 자동차정비사업조합에 속한 부분정비사업자가 배출한 폐유 및 지정폐기물을 독점적으로 회수․처리하는 권한을 자동차정비사업조합으로부터 부여받는 조건으로 자동차정비사업조합과 산하 지회에 약정금액을 월정액으로 지급하기로 약정 및 관련 금액을 지급한 점 등으로 볼 때 청구인이 폐유 등의 회수에 대한 대가를 권한을 위임받은 자동차정비사업조합에 지급하고 수취한 쟁점세금계산서는 적법한 것(조심 2008구1724, 2008.6.27. 같은 뜻임)으로 보이므로, 자동차정비사업조합으로부터 청구인이 교부받은 공급가액 2,328,705,000원의 쟁점세금계산서 중 접대성 경비인 공급가액 76,463천원을 제외한 나머지 2,252,242천원을 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.