매출원가 과소계상하여 당기순이익을 허위발생시킨 것으로 보아 재고자산 상당액을 손금산입할 수 있는지는 재조사해야 함

○○○세무서장이 2008.1.21. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 75,138,430원의 부과처분은 2003사업연도 원재료 기말재고로 계상된 351,165,154원이 공사수입금액으로 계상된 2,665,376,422원에 대응되는 당기공사원가로 계상될 원재료에 해당하는지 여부에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 경정처분으로 증액된 세액 75,138,430원의 범위내에서 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 토공 전문건설업 면허를 소지하고 건설업을 영위하는 법인사업자로서, 청구법인은 공사수입금액 2,665,376,422원, 당기공사원가 2,092,779,627원, 원재료 기말재고 351,165,154원(이하 “쟁점기말재고”라 한다)으로 하여 2003사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였으나, 처분청은 청구법인에 대한 법인세 통합조사 실시 결과, 2003사업연도에 매출누락 33,000천원, 공사진행율에 의한 공사수입금액 누락 147,128,960원, 가지급금 인정이자계산 6,664,932원, 합계 186,793,892원을 익금산입하고, 매출누락에 대한 대응원가 3,000천원을 손금산입하여 2008.1.21. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 75,138,430원을 경정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.15. 이의신청을 거쳐 2008.10.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 주로 ○○○ 등 대형건설회사의 도로토목공사와 관련하여 발주하는 ○○○ 등을 하도급받아 시공하는 법인사업자로서, ○○○의 특성상 현장에서 필요한 ○○○의 수량을 파악하여 ○○○을 생산하는 업체에게 주문서를 발송하여 주문하면, 생산업체에서 직접 공사현장으로 운송하여 청구법인이 시공하고 있어 창고나 하치장을 보유할 필요가 없으며, 보관과 관련한 임차료 및 제반경비 등을 지출한 사실이 없으며, ○○○의 특성상 보관에 상당한 공간이 필요하고 철근 등 값비싼 건축자재와 같이 투기수요를 노린 사재기 자재가 아니다. 공사현장별로 원재료 매입액을 정리하고 관련 매입세금계산서와 매입거래처가 보관하고 있는 거래(출고)명세서를 증빙으로 첨부한 별첨 2003.10.1.~ 2003.12.31.까지 ‘현장별 원재료 입고현황’을 보면, 매입거래처가 직접 공사현장에 원재료를 배송한 내역이 기재되어 있고, 한번 입고된 원재료는 특별한 이유없이(현장은 발주처에서 직접 관리·통제) 외부로 반출될 수 없어 거래(출고)명세서는 원재료가 현장에 투입되었고, 청구법인이 창고나 하치장에 원재료를 보관하지 않고 있다는 강력한 증거인 것이다. 처분청 의견대로 직접 시공하는 현장과 원재료를 매입하여 도매로 매출하는 사업을 구분하여 공사매출과 상품매출로 구분하여 기장하는 것이 원칙이나, 청구법인의 1년 수입금액이 20 ~ 30여억원 안팎의 토공 전문건설업 면허를 소지하고 있는 영세한 건설업체에 불과하여 외부에 기장대행을 맡기고 있는 관계로 기업회계기준이나 관련법에 의한 엄격한 회계처리를 하고 있지 못하는 실정이다. 분식회계를 하게 된 동기는, 청구법인은 1997.11.12. 철근콘크리트 공사업 및 1998.8.20. 토공사업 건설업으로 등록하였으며, 전문건설업의 등록기준이 되는 자본금을 규정하고 있는 건설산업기본법제10조의 면허기준을 유지하여야 하고, 그 자본금을 유지하지 못하는 경우 영업정지기간이 6개월로서 각종 공사입찰시 불이익을 받게 되고 은행대출시 기업신용등급을 받는 데 따르는 불이익으로 청구법인과 같은 영세한 단종면허 건설업 법인은 부도로 인한 도산을 피할 수 없는 상황이라 분식회계가 적법하지 아니함을 알면서도 부득이 분식회계를 하게 되었다. 처분청은 가공재고부분에 대하여 별도의 경정청구를 하여야 한다는 의견을 제시하고 있으나, 실질과세원칙에 비추어 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 할 것인 바, 장부상 과다계상된 수익·비용이 있을 경우 그 거래실적에 맞추어 손금산입 및 익금산입을 하여야 할 것이며(○○○, 1993.7.27. 외 다수 판례 및 ○○○ 2006.8.17. 참조), 또한, 처분청은 실지조사권을 가지고 있을 뿐만 아니라 경우에 따라서는 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 의무가 있으며, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임도 부담하고 있는 것이며, 처분청이 2003사업연도에 대하여 법인세를 경정하였으므로 청구법인이 주장하는 부분에 대하여 손금산입하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 조사내용에는 이의가 없으나, 청구법인의 사업특성상 ○○○을 매입시 매입처로부터 바로 공사현장에 출고되어, 실제로는 재고가 없음에도 불구하고 전문건설업 등록기준을 맞추기 위하여 2003사업연도에 원재료 기말재고 351백만원을 과다하게 계상하였고, 결과적으로 공사원가를 동 금액만큼 과소계상한 바, 이를 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인의 주장과 달리, 청구법인이 제시한 2003사업연도 현장별 원재료 입고현황을 보면, 본사 매입분이 417백만원으로 기재되어 있는 점, 이에 대하여 청구법인은 주식회사 ○○○ 등으로부터 대리점계약을 통하여 원재료를 매입하여 도매로 매출하였고, 이 또한 작업현장으로 직접 출고되었다고 주장하나 이에 대한 매출증빙을 제시하지 않고 있으며, 청구법인의 2003사업연도 손익계산서를 보면, 상품 매출 및 상품 매출원가를 달리 계상하지 아니한 점, 청구법인의 2003사업연도 법인세는 당초 신고에 의하여 확정되었고, 처분청의 청구법인에 대한 이 건 법인세 부과처분시 원재료 기말재고에 대하여 경정한 사실이 없는 점, 2003사업연도 기말재고에 대하여 경정청구한 사실이 없는 점 등을 종합하면, 청구법인이 제시한 2003사업연도 원재료 입고현황 등 증빙자료 및 원재료를 보관할 창고를 임차한 사실이 없다는 정황만으로 재고자산이 과다계상되었다고 보기 어려우므로 이 건 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 기말재고자산이 없는데도 불구하고 사실과 다른 회계처리로 인하여 재고자산이 있는 것으로 신고하였다며 재고자산이 없는 것으로 하여 경정해 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제15조【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제22조의2【경정 등의 효력】

① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. (2002.12.18. 신설)

② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. (2002.12.18. 신설) (2) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)

① (생 략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제66조【결정 및 경정】(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정된 것)

① (생 략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 2.·3. (생 략)

증권거래법 제186조 의 2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인ㆍ그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의하여 경정을 청구한 때 부 칙 (2003.12.30. 법률 제7005호) 제1조【시행일】 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조 제2항, 제29조 제1항 제2호, 제51조의2 제1항 제2호, 제62조 제1항, 제73조 제1항 내지 제3항, 제113조 제2항의 개정규정은 2004년 1월 5일부터, 제55조 제1항의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】 이 법은 이 법 시행후 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 제6조【사실과 다른 회계처리에 기인한 법인세액의 경정 등에 관한 적용례】 제58조의3ㆍ제59조 제1항 제4호ㆍ제66조 제2항 제4호 및 제72조의 2의 개정규정은 이 법 시행후 사실과 다른 회계처리를 하여 경고 또는 주의 등의 조치를 받는 분부터 적용한다. (3) 법인세법 시행령 제103조의2 【사실과 다른 회계처리로 인한 경고ㆍ주의 등의 조치】 (2003.12.30. 대통령령 제18174호로 신설된 것) 법 제66조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 증권거래법 제20조 ㆍ제186조의5 및 동법 시행령 제9조의3의 규정에 의한 임원해임권고, 일정기간 유가증권의 발행제한, 증권거래법 위반으로 인하여 조치를 받은 사실의 공표, 각서징구, 고발 또는 수사기관에의 통보，경고 또는 주의

2. 증권거래법 제206조의11 제4항 의 규정에 의한 과징금의 부과

3. 증권거래법 제207조의3 제2호 및 제211조 제2호의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고

4. 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제16조 제1항의 규정에 의한 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사의 등록취소 및 업무ㆍ직무의 정지건의, 특정 회사에 대한 감사업무의 제한

5. 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제16조 제2항의 규정에 의한 주주총회에 대한 임원의 해임권고 또는 유가증권의 발행제한

6. 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제20조의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고 (4) 건설산업기본법 제10조 【건설업의 등록기준】 제9조 제1항에 따른 건설업의 등록기준이 되는 기술능력·자본금(개인인 경우에는 자산평가액을 말한다. 이하 같다)·시설 및 장비와 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 건설산업기본법 시행령 제13조 【건설업의 등록기준】

① 법 제10조에 따른 건설업의 등록기준은 다음 각 호와 같다.

1. 별표2의 규정에 의한 기술능력·자본금(개인인 경우에는 건설업에 제공되는 자산평가액을 말한다. 이하 같다)·시설 및 장비를 갖출 것 1의2. 국토해양부장관이 지정하는 금융기관 등(이하 “금융기관등”이라 한다)이 다음 각 목의 기준에 따라 발급하는 보증가능금액확인서[제1호의 규정에 의한 자본금의 기준금액 이상의 금액에 대하여 법 제56조 제1항 제1호에 규정된 보증(입찰보증을 제외한다)을 할 수 있음을 확인한 것을 말한다. 이하 같다]을 제출할 것. 이 경우 금융기관 등은 국토해양부장관이 정하여 고시하는 재무상태, 신용상태 등의 평가 및 담보제공, 현금예치 등 보증가능금액확인서의 발급 및 해지에 관한 기준에 따라 그에 관한 세부기준을 정하여 공시하여야 한다.

• 가. 금융기관 등은 보증가능금액확인서의 발급을 신청하는 자의 재무상태·신용상태 등을 평가하여야 하며, 그 평가결과에 따라 제1호의 규정에 의한 업종별 자본금의 100분의 20 내지 100분의 50의 범위안에서 담보를 제공받거나 현금을 예치받을 것
• 나. 삭 제(2007.12.28.)
• 다. 금융기관 등은 보증가능금액확인서의 발급을 받는 자의 제1호의 규정에 의한 자본금의 기준금액 이상의 금액에 대한 보증의무를 부담한다는 내용을 보증가능금액확인서에 기재할 것
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2003사업연도 법인세 신고시에 원재료 기말재고 351,165,154원으로 하여 신고하였으나, 처분청은 청구법인에 대한 법인세 통합조사 결과, 매출누락, 공사진행율에 의한 공사수입금액 누락 등 기말재고자산 이외의 사유로 청구법인에게 이 건 경정·고지하였으나, 청구법인은 사실은 기말재고가 없는데 쟁점기말재고 351,165,154원이 있는 것으로 사실과 다르게 회계처리하였다며 쟁점기말재고를 손금으로 계상한다면 납부할 법인세가 없다고 하여 이 건 심판청구를 한 것으로 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 2003사업연도 재무제표에 계상되어 있는 쟁점기말재고를 당기공사원가로 계상하지 않고 기말재고로 계상한 이유는 사실대로 회계처리했을 경우 결손이 발생되어 이로 인하여 은행대출시 기업신용등급을 받는 데 따르는 불이익을 받아 부도로 인한 도산을 피할 수 없는 상황 등 분식회계가 적법하지 아니함을 알면서도 부득이 분식회계를 하였다며 거래흐름도(도매 경우 및 직접시공 경우 관련거래증빙 첨부), 현장별 원재료 입고현황(2003.10.1.~ 2003.12.31. 최종 3개월분) 및 자재발주요청서(2003.1.1. ~ 2003.12.31. 1년분)를 증빙으로 제시하고 있어 이에 대하여 본다. (가) 자재납품계약, 발주요청서, 입금표, 세금계산서, 거래(출고)명세서, 납품계약, 통장사본 등 거래증빙과 함께 제출한 2003년 10월 ○○○ 제조업체인 주식회사 ○○○으로부터 매입하여 ○○○ 옹벽건설업체인 ○○○에 판매한 사례와 2003년 10월 ○○○ 도매업체인 주식회사 ○○○로부터 매입하여 종합건설업체인 ○○○ 주식회사로부터 청구법인이 하청받은 공사현장에 투입한 사례를 보면, ① 청구법인과 ○○○에 선산 ~ 도개 공사현장 자재납품계약(납품총량은 변경될 수 있으므로 단가계약만 함) 또는 청구법인과 ○○○간에 ○○○산업단지 조성공사 ○○○계약을 체결하고, ② ○○○ 또는 ○○○로부터 필요한 수량을 요청받을 때마다 청구법인은 자재 발주요청서(발주수량, 납품예정일자 및 시간, 납품할 공사현장, 현장소장 기재)를 ○○○ 및 ○○○에 발행·교부하고, ③ ○○○ 제조업체인 ○○○은 ○○○의 공사현장으로 제품을 운반하고 현장소장이 제품과 함께 거래명세표를 수령하여 당해 거래명세서를 청구법인에게 ○○○을 대신하여 전달하거나, 도매업체인 ○○○는 보강토옹벽블럭 제조업체인 ○○○로 하여금 공사현장으로 제품을 운반하게 하고 현장소장이 제품과 함께 거래(출고)명세서를 수령하여 당해 거래(출고)명세서를 청구법인에게 전달하고, ④ ○○○ 및 ○○○는 청구법인에게 거래명세서와 세금계산서를 발행·교부하고, ⑤ 청구법인이 ○○○ 및 ○○○에게 매입대금을 송금하는 등 도매업이든 청구법인이 직접시공하는 경우이든간에 원재료인 ○○○은 제조업체에서 공사현장으로 직접 반출되는 것으로 나타난다. (나) 2003사업연도의 최종 3개월(2003.10.1.~ 2003.12.31.) 동안의 현장별 원재료 입고현황을 보면, 도매의 경우 매입처별(3개 업체)·월별 매입액(3개월간 68,844천원), 청구법인이 직접 시공한 경우 어느 매입처(총 18개 업체)로부터 얼마의 ○○○을 매입(3개월간 총 공급가액 370,459,625원)하여 어느 현장에, 어느 월에, 얼마의 ○○○을 투입하였는지를 파악할 수 있게 표로 작성되었으며, 매입처로부터 수취한 거래명세표와 세금계산서를 그 증빙으로 첨부하고 있다. (다) 2003사업연도 1년(2003.1.1. ~ 2003.12.31.)간의 자재발주요청서를 보면, 도매의 경우 매입처별(5개 업체)·월별 매입액(총 매입액 416,600,078원), 청구법인이 직접 시공한 경우 현장별·매입처별·월별매입(투입)액(1년간 총 매입액 1,106,806,581원)을 파악할 수 있게 표로 작성되었으며, 청구법인이 ○○○ 제조업체 또는 도매업체에 자재를 주문하면서 발부한 자재발주요청서를 그 증빙으로 첨부하고 있다.

(3) 청구법인의 최근사업연도 매출원가 및 기말재고 현황을 보면 아래 <표1>과 같고, 청구법인이 주로 사용하는 ○○○은 <표2>와 같다. <표1> 최근사업연도 매출원가 및 기말재고 현황 (단위: 천원) 사업연도 매출액 매출원가 재고자산 매출원가율

①

② 1999 1,962,489 1,682,237

• 85.7% 2000 1,047,335 806,937

• 77.0% 2001 3,924,986 3,498,901

• 89.1% 2002 2,395,084 1,971,429 98,427 82.3% 86.4% 2003 2,665,376 2,092,779 351,165 78.5% 91.6% 2004 2,467,011 2,173,757 305,165 88.1% 100.4% 2005 1,948,128 1,601,555 280,500 82.2% 96.6% 2006 3,022,870 2,613,587 263,215 86.4% 95.1%

• 주) 매출원가율①은 손익계산서상에 계상된 매출원가를 기준으로 산출한 매출원가율을 의미하며, 매출원가율②는 청구주장을 반영하여 재고자산을 ‘0’원으로 보아 산출한 매출원가율을 의미 <표2> 청구법인이 주로 사용하는 제품

○○○

(4) 처분청의 과세시에는 재고자산과 관련한 쟁점으로 과세를 하지 않았지만 재고자산이 과다계상되었다는 이유로 경정청구없이 증액경정처분에 대해 불복할 수 있는지 여부, 즉 “증액경정처분의 원인 이외의 사유로 당해 증액경정처분에 대하여 불복청구할 수 있는지 여부”에 대하여 먼저 살펴 보면,국세기본법제22조 제1항에서 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한...”이라 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하여 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 하겠는 바(○○○ 2003.10.18. 합동회의), 청구법인이 당초 법인세를 신고·납부하여 확정된 세액에 대하여도 그 경정처분으로 증액된 세액의 범위내에서는 이를 다툴 수 있다고 판단된다.

(5) 살펴보면, 거래흐름도에서 보는 바와 같이 공정의 특성상 공사현장에서 필요한 량을 그때 그때 주문받아 도매업자 또는 제조업체에 발주수량, 납품예정일자 및 시간, 납품할 공사현장, 현장소장이 기재된 자재 발주요청서를 발행·교부한 사실을 미루어 보아 청구법인이 직접 생산하지도 않으면서 주로 사용되는 ○○○의 개당 중량은 25㎏, 30㎏, 40㎏, 35㎏, 45㎏으로서 비싼 운반비(자재대의 20 ~30%가 소요된다고 주장하고 있음), 보관료 등을 부담하면서까지 굳이 매입해서 재고로 보유할 필요성이 없는 점, 청구법인은 공사에 필요한 원재료 등을 보관할 별도의 야적장을 소유하고 있지 않는 점, 1999, 2000, 2001사업연도에도 기말재고액이 ‘0’으로 나타나는 점 등을 고려하면, 원재료 기말재고가 없었던 것으로 보이나, 원재료 기말재고가 청구법인이 계상하고 있는 매출액에 대응되는 당기공사원가로 계상했어야 하는 재고자산에 해당하는지 여부가 확인되지 않는 한 쟁점기말재고를 공사원가(손금)로 인정할 수 없으므로 모든 거래를 자재 매입에서부터 공사현장에 투입되기까지의 일련의 과정을 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점기말재고를 ‘0’원으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.