주택 및 부수토지가 시차를 두고 보상금이 지급되고 대금청산전에 토지 소유권을 이전하는 경우 양도시기

◯◯세무서장이 2008.1.24. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 34,343,120원의 부과처분은 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 차감하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 1세대1주택으로서 고가주택에 해당하는 □□도 □□시 □□구 □□동 484-1 대지 133㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 위에 건립된 주택(면적 196.62㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 각각 2006.12.18. 및 2007.5.29. 양도(수용)한 후, 쟁점주택이 수용된 2007.5.29.을 쟁점토지 및 쟁점주택의 양도시기로 보아 쟁점주택 및 쟁점토지의 보상가액의 합계액인 1,109,087천원에서 1세대1주택 비과세 대상인 6억원을 차감한 후 그 초과분에 대하여 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 등을 계산하여 2007.7.27. 양도소득세를 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 2006.12.18. 수용된 쟁점토지에 대하여 그 양도시기가 2006년이라고 판단하여 2008.1.24. 청구인에게 2006귀속 양도소득세 34,343,120원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.16. 이의신청을 거쳐 2008.10.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 주택은 1세대1주택으로 쟁점토지는 2006.12.18. 수용되고, 쟁점주택은 2007.5.29. 수용되었는 바, 부동산 전체의 양도시기를 2007년으로 보아 양도소득세 예정신고를 한 것은 당시 건물을 보상받는 시점에 합산하여 신고하라는 취지의 국세청 유권해석(서면5팀-287, 2007.1.23)에 따른 것이므로 이에 반하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 국세청의 유권해석에 의하여 양도소득세를 정당하게 신고하였다고 주장하나, 2007.5.29. 쟁점주택 보상시점 및 2007.7.27. 양도소득세 예정신고 당시에는 “주택과 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고, 그 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하는 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기”라는 국세청의 새로운 예규(서면4팀-1581, 2007.5.11.)가 있으므로 청구인의 쟁점토지에 대한 양도시기를 2006년으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 1세대1주택에 해당하는 고가주택 및 그 부수토지가 각각 다른 연도에 수용되어 보상금을 과세기간을 달리하여 수령한 경우 보상금이 최종 지급되는 때를 당해 주택 및 그 부수토지의 양도시기로 보아 고가주택의 양도차익을 계산할 수 있는 지 여부
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 제21조【납세의무의 성립시기】 제45조【수정신고】 제48조【가산세의 감면 등】

(2) 소득세법(2007.7.19. 법률 제8524호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세 양도소득】 제95조【양도소득금액】 (3) 소득세법 시행령(2007.8.6. 대통령령 제20212호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대1주택의 범위】 제156조【고가주택의 범위】 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】 제162조【양도 또는 취득의 시기】

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 1976.1.7. 취득하고 1990.2.26. 쟁점토지 위에 쟁점주택을 신축하여 거주하던 중 2006.12.18. 쟁점토지를 999,797천원, 2007.5.29. 쟁점주택을 109,290천원을 보상가액으로 하여 협의이전(양도)하였음이 쟁점토지 및 주택의 등기부등본 및 보상금 내역서에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점주택 양도시 청구인 및 그 세대원이 다른 주택을 보유한 사실이 없으며, 1990.2.26.부터 쟁점주택의 수용시까지 거주하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점토지 및 주택의 수용에 따른 양도소득세를 쟁점주택의 보상가액이 확정된 2007.5.29.을 양도시기로 하여 양도소득세를 신고하였는 바, 이는 1세대1주택인 고가주택이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 수용되는 경우로서 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 최종 지급되는 때를 기준으로 소득세법 시행령제162조의 규정을 적용하는 것(국세청 서면5팀-287, 2007.1.23.외 다수)이라는 국세청의 유권해석에 따라 이 건 양도소득세를 자진신고 납부한 것에 대하여 처분청은 고가주택 및 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고, 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권 이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것(국세청 서면4팀-1581, 2007.5.11.외 다수)이라는 변경된 예규를 근거로 쟁점토지의 양도시기를 2006년으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였음이 심리자료에 나타난다.

(4) 살피건대, 소득세법령상 부동산의 양도시기는 원칙적으로 소득세법시행령 제162조의 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기를 한 경우에는 등기부에 접수된 등기접수일을 양도시기로 보는 것이므로 2006.12.18. 공공용지 협의취득을 원인으로 대한주택공사에 소유권이전등기된 쟁점토지에 대한 양도시기를 쟁점토지의 등기접수일인 2006.12.18.로 보아 양도소득세를 과세한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(5) 다만, 국세청에서는 “주택과 그 부수토지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 주택 및 그 부수토지가 함께 수용된 경우로서, 당해 주택 및 부수토지에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에 전체를 하나의 양도행위로 보아소득세법시행령제162조의 규정을 적용하는 것”으로 예규(국세청 서면5팀-287, 2007.1.23., 서면4팀-2103, 2006.7.6. 등)를 운용하여 오다가 “주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권 이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 본다”고 예규를 변경(국세청 서면4팀-1581, 2007.5.11.)하였는 바, 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고에 대한 의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 해태하였을 때 가해지는 제재적 성질을 가진다 할 것이고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니였다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것(대법원 1992누2936, 1992.10.23. 같은뜻)이고, 청구인의 쟁점토지에 대한 등기접수일이 2006.12.18.이므로 청구인이 변경된 예규에 따라 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고 ․ 납부하도록 기대하는 것이 무리라 할 것이므로 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보여지므로 청구인의 2006년 귀속 양도소득세 부과와 관련하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 가산하여 한 처분청의 당초처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.