미등록사업자로부터 재활용폐자원을 공급받은 경우 매입세액공제 특례규정이 적용되는지 여부

○○○세무서장이 2008.8.4. 청구인에게 한 부가가치세 2005년 2기분 7,535,970원, 2006년 1기분 12,369,270원, 2006년 2기분 12,124,370원, 2007년 1기분 2,941,100원, 2007년 2기분 3,881,300원의 부과처분은,

1. 청구인이 연간 공급대가가 4,800만원 이상인 미등록 재활용폐자원 공급자로부터 매입한 금액에 대하여 가산세는 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각한다.

청구인은 ○○○ 283-6에서 ‘○○○자원환 경’이라는 상호로 고철․비철금속 도소매업을 영위하고 있는 사업자로, 2005년 2기부터 2007년 2기까지 합계 1,191,274,086원(2005년 2기 226,638,173원, 2006년 1기 263,142,660원, 2006년 2기 235,872,420원, 2007년 1기 208,237,333원, 2007년 2기 257,383,500원)을 부가가치세 재활용폐자원 매입세액공제 대상금액으로 하여 부가가치세를 신고․납부하였다. 처분청은 ○○○지방국세청장의 감사지적에 따라, 각 과세기간별로 근로자, 일반사업자 및 연간 공급대가가 4,800만원 이상 미등록사업자 로부터 매입한 금액 194,101,950원(2005년 2기 39,309,460원, 2006년 1기63,571,310원, 2006년 2기 59,266,950원, 2007년 1기 11,245,410원, 2007년 2기 20,708,820원)에 대하여 재활용폐자원 매입세액을 불공제하여 2008.8.4. 청구인에게 부가가치세 38,852,040원(2005년 2기분 7,535,970원, 2006년 1기분 12,369,270원, 2006년 2기분 12,124,370원, 2007년 1기분 2,941,100원, 2007년 2기분 3,881,300원)을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.13. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 근로자, 일반사업자로부터 공급받은 재활용폐자원에 대한 매입세액 불공제 처분은 인정하나, 청구인이 연간 공급대가가 4,800만원 이상인 미등록 재활용 폐자원 공급자(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 매입한 금액은 실제 매입한 금액으로 이들 공 급자가 일반사업자인지, 연간 공급대가가 4,800만원 이상인 사업자인지를 알 수 없었고, 처분청이 쟁점매입처에게 어떠한 과세처분도 하지 아니하였으므로 청구인에게 귀책사유가 없는 만큼 쟁점매입처로부터 매입한 금액에 대하여 재활용폐자원 매입세액을 공제하여야 함에도 이를 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 재활용폐자원 매입세액공제의 적용대상 거래자는 국가, 재활용폐 자원을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자, 간이과세자 등 세금계산서를 교부할 수 없는 자로 되어 있으며, 쟁점매입처는 사업자등록 여부에 관계없이 부가가치를 창출할 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화를 공급하는 부가가치세 과세사업자에 해당한다고 보아야 할 것이므로 재활용폐자원에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정 적용대상에 해당하는 것으로 보기 어려운 만큼 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 일반과세자 규모에 해당되는 미등록사업자(연간 재활용폐자원 공급대가가 4,800만원 이상)로부터 재활용폐자원을 공급받은 경우 조세특례제한법 제108조 에서 규정한 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정이 적용되는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

② 법 제108조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 "재활용폐자원 등" 이라 한다)의 취득가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 제3항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 사업자가 제4항 제8호의 규정에 의한 자동차를 2005년 6월 30일까지 취득하는 경우에는 자동차의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 등의 범위는 다음과 같다.

(3) 조세특례제한법시행규칙 제50조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 영 제110조 제3항 제5호에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.

② 영 제110조 제4항 제9호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

(4) 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자

2. 업종ㆍ규모ㆍ지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자

⑤ 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. (단서 생략) (5) 부가가치세법 시행령 제74조 【간이과세의 범위】

① 법 제25조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 4천800만원을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 미등록사업자인 이○○○ 등 136명으로부터 공급받은 재활용폐자원 매입액인 1,191,272천원에 대하여 아래와 같이 매입세액공제를 신고한 사실이 매입세액공제신고내역서에 나타난다.

○○○ (나) 처분청은 위 (가)의 재활용폐자원 매입세액공제 대상금액 중 일반사업자, 근로자 및 연간 공급대가가 4,800만원 이상인 쟁점매입처로부터 공급받은 해당 매입액에 대하여 아래와 같이 매입세액을 불공제한 사실이 매입세액불공제내역서에 나타난다.

○○○

(2) 청구인은 근로자, 일반사업자로부터 공급받은 재활용폐자원의 매입세액을 불공제한 처분은 인정하나, 쟁점매입처로부터 매입한 금액은 당해 공 급자가 연간 공급대가가 4,800만원 이상인 사업자인지 여부를 알수 없었으므로 청구인에게 귀책사유가 없는 만큼 쟁점매입처로부터 매입한 금액에 대하여는 재활용폐자원 매입세액을 공제하여야 함에도 이를 불공제한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 쟁점매입처는 미등록사업자로서 청구인 외에도 다른 사업자들에게 계속적ㆍ반복적으로 재활용폐자원을 공급하며 연간 공급대가가 4,800만원 이상인 사실이 재활용폐자원 매입세액공제신고서 등에 의하여 확인되는 만큼, 쟁점매입처는 사업자등록 여부에 관계없이 부가가치를 창출해 낼 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 부가가치세법 제2조 및 같은법시행령 제74조에서 규정한 일반과세자에 해당하는 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점매입처로부터 매입한 금액에 대하여 조세특례제한법 제108조 의 규정에 의한 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례규정의 적용을 배제하고 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 다만, 세법상 가산세는 과세권한의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 하겠다.

(5) 그렇다면, 청구인이 쟁점매입처의 1역년의 공급대가가 4,800만원 이상인 사실을 알 수 없었고 그 알지 못한 것에 대하여 귀책사유가 있었다고 볼 수 없는 만큼 이 건 처분은 가산세를 차감하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.